1900年，做完了他对伊玛的梦的解释以后，弗洛伊德下结论道：“我并不以为我已经完全揭露了这个梦的意义，或者说它的解释没有瑕隙。”
1900年9月间，弗洛伊德因为健康原因去柏林看弗莱斯，但是当他们讨论自己的想法时，他再一次被友谊滋润得兴奋不已。
弗洛伊德的新工作，是提供一种可以归类为自然科学的心理学。也就是说提出可辨识的物质粒子来解释人类的精神领域，并使心智演进的过程明显而不矛盾。他所提出的粒子是三种神经细胞：phi/神经细胞、psi/神经细胞和omega/神经细胞。
他希望根据这些基本的构成物，以物理学和脑生理学而非心理学的语言来叙述心理学的知识。弗洛伊德在《计划》（后来称为《神经病理学者的心理学》）这本书中树立了复杂的机械架构，它的运作使任何心理学的状态都可以用生理学的名词来解释。《计划》一书不仅解释了“记忆”的问题，而且解释了精神能量得以聚集的过程。另外，它还包括了许多观念，后来又继续发展成为精神分析体系中重要的一环。
工作于1900年10月完成。弗洛伊德把原稿寄给弗莱斯，他高兴地写道：“凡事都已就绪了，齿轮环环契合，我简直认为它是一部机器，一会儿就会转动了。”
但弗洛伊德这种满意的情绪没有维持多久。一个月后，他从山峰跌到谷底。他告诉弗莱斯说，不懂自己所编造的布局中的人类思维状态，但他又极不愿意放弃《计划》一书的中心观念。很多年以后，他仍然对此抱有希望，以为可能以神经系统的有机元素来代表神经细胞系统的精神路径。但二十年以后，他不得不承认，自己在这一方面始终没有进展。
弗洛伊德在一封给弗莱斯的信上写道：“请注意，我想到一件重要的事情：歇斯底里现象的产生与青春期以前的主要性经验以及剧变和恐惧有关，而意念萦绕性的精神病是受到了同样的经验加上快乐而形成。”
在1895年年底，弗洛伊德仍然只和弗莱斯共享这个信念的秘密。翌年初，他完成了《计划》中的三篇文章的第一篇，文中对这个观点有较详细的叙述。这一次，弗洛伊德显然发觉他终于击中了成名的脉门；如果他发现了伟大的医学临床奥秘，则可以尽可能少地招人们议论。
三篇报告中的第一篇是《遗传与神经病的病源论》。第二篇报告是《防卫性神经病的再评论》，叙述了支持他理论的病例。但是，使弗洛伊德的旗帜异常鲜明的是他在维也纳的“神经及精神病学学会”的一次演讲，这次的演讲内容形成了他第三篇论文的基础。
题名《歇斯底里的病源论》的演讲被批判性地接受，后来成篇出版，大部分内容都受到攻击。演讲过后，学会主席卡夫特·伊宾总结了大家的感觉，直截了当地说：“弗洛伊德，你的演说听起来好像一个科学的神话故事。”
《歇斯底里的病源论》在美国也未得到好评，人们说那是“西格蒙德·弗洛伊德愚蠢的结论”，说“他应该再试一遍”。
弗洛伊德继续坚持他的理论，并以科学客观态度面对他的理论。他宣称，这段时期他曾经把许多心血放在“诱惑理论”上。1896年整年和1897年的上半年，弗洛伊德继续从他的病人身上搜集更多的资料，以印证他的“诱惑理论”。他透露：理论的证实和“压力技巧”的使用有很密切的关系。
事实上，如果不是因为两件事情，弗洛伊德可能一直继续相信“诱惑理论”。其一是，1896年秋天父亲的逝世；另外就是他丧父后投入大量精力所作的自我分析。
弗洛伊德的父亲死于1896年10月23日。大约十天以后，他认为有必要作自我分析了。他在日记上写道：“老人家的死，借着意识之后的朦胧路径，影响我至深。我极为尊敬他，而且实际上非常了解他。他深邃的智慧和宽容的体贴奇妙地揉合在一起，对我的生命有着极大的意义。他虽然离去，但是整个过去不停地在搅动着我的内心。我现在觉得整个人好像被连根拔除似的！”
1897年6月初，玛莎六个小孩子和明娜，都到山间观光胜地奥西去旅行了。弗洛伊德独自在维也纳工作了好几个星期，8月初才和家人会合。他和玛莎回到维也纳，写信向弗莱斯报告近况，悲伤地承认，他煞费苦心建造的“诱惑理论”没有合适的基础。他说：“让我开门见山地告诉你一个大秘密，我最近几个月逐渐觉悟，我不再相信我的神经机能病。”
卡夫特·伊宾所谓的“科学的神话”并非是不正确的评论，但是相隔六年以后，弗洛伊德才公开承认自己的错误。
回顾以往，他了然自己所犯的错误。他承认道：“分析已经循着正常的路径，带回到这些幼儿的性创伤，但是它们却不对。现实的稳固立场已经消失了。那时候，我真恨不得放弃整个工作……我之所以执著，也许只是因为我不再有选择的余地，不能再重起炉灶！”1907年，他仍然私底下认为被“那第一个大错误弄得晕头转向”。又过了五年，他仍然对他的第一个错误耿耿于怀，坦白地对一位朋友写道：“我现在将要张大眼睛，看好每一步路了！”
弗洛伊德仍然执著地相信，“在精神世界里和在物质世界里一样，每一件东西都有一个原因，只要我们耐心和敏锐地去找寻，一定可以发现”。弗洛伊德在这种信念支持下，回顾他和精神病患者相处的职业经验，他记起和他们许多人在一起时，现实中感到的恐惧已经转变成为潜意识，病人渴望将这种恐惧表达出来。