“伽利略是否由官方通知过，哥白尼的著作已被列入1616年宣布的禁书之中去了，从此信徒们不可以再研读该书？”伽利略回答：“当然。”但他也被通知过，哥白尼的革命经过某些小的修正后，经过4年的禁止后，已经开始解禁。
伽利略从三位审讯者询问的内容中知道，他们对哥白尼的革命一书及自己的《对话录》均已细心研读过。他知道他们是恶意地否认他所叙述的忠诚——他早期的写作已一再在这审判庭中反复引用。伽利略在该书中，无疑地认为哥白尼理论是两个系统中较好的一个。因此，伽利略已确信，这群宗教法庭人士已决心把这位佛罗伦萨人的学说永远消灭掉。
天主教史学家认为审讯伽利略的法官超越了他们的权限范围，审判会仅有权力裁决信仰与道德问题，而非科学问题。伽利略坚持信任哥白尼学说的行为并未违反他的宗教信仰或道德。但这些史学家也认为教会永远是正确的，只是执行人士有时难免会有差错。宗教法庭虽为教会的一支，但也不会比民间法庭好到哪里去的。
使伽利略整夜未眠、寝食不安的是，他真的对他的宗教信仰犯有什么罪吗？他将会受到什么样的惩罚？
伽利略只是以他对科学的公正态度说出了事实，仁慈的教堂圣母会残酷地对待她顽皮的孩子吗？不只是为维持它的权威，也为拯救犯错的罪人，使其肉体受苦才能使灵魂得以拯救。
伽利略一再警告自己，下次站在法官面前的时候，不要再动怒或反抗，如被指出错误所在，他要谢恩，接受应得的惩罚。原先的傲气，如今一扫而空，他知道这些惩罚很厉害。他不是一个无名小卒的罪人，他是欧洲最负盛名的科学家，他知道教会害怕其他学者效仿他。
但他仍祈祷着不要有公开的侮辱，这会使他在修道院的女儿痛心，更会使他的儿子和无辜的孙儿女们含羞。
伽利略不只一次听到过，宗教法庭常会给犯人一丝假安全感。随后的一天，他没有被叫去法庭应讯，而是法庭派了一名法官来访问他。法官来到伽利略床边，满怀同情地像一个朋友似地坐了下来，没有威胁、没有指控，仅仅表示希望犯人能认识和放弃自己的错误。
这种随意的会谈经过了好几个小时，其中充满着陷阱，使伽利略不易招架，他心里计划着少说为妙。但是，说多了可能有助了解，不说反而可能被认为自己承认有罪。
晚上，他终于有些自由时间了，他勉强吃了些东西，也让热情侍候他的人感到一点安慰。
“你一整天都没有吃一口食物，这是大使送给你的美味干果。这是一些野鸡肉。”侍者殷勤相劝。
“只要我能够做些体操，我原先的大胃口就可以恢复，”伽利略告诉他，“你带给我的食物足够给劳动的人吃一整天。来，过来帮我把这些吃光吧。”
“我不敢，先生。”
伽利略笑着说：“你不敢和宗教法庭的囚犯共餐？”
“你知道我不是这个意思，”侍仆辩解说，“我是说，像我这样身份的人，怎敢和像你这样一个伟大的科学家同席！”
伽利略再次笑了。一瞬间，他眼里的疲惫暂时消失了，他想起了过去的岁月。
他说：“我记得，我第一次来罗马时，衣服褴褛，啊，很脏！那天早晨，我在路旁泉水边洗衣，将全身灰砂掸掉，但是，克勒菲神父请我吃早餐，这是我从未尝过的高贵食物。他既有学问，又爱施舍。我们共餐时，他的谈话像美酒一般让人陶醉。”他突然接着说，“现在，你坐下来和我一起吃吧，不要再说那些蠢话。”
餐桌收拾完毕后，侍者搀扶老人脱衣就寝。伽利略情绪不宁，无法入睡。他思前想后，心中充满着疑虑和恐惧。
3个礼拜的等待，心中煎熬如度日如年。法官如果想用这种方法把他拖垮，十分有效。有增无减的焦急使他血液沸腾。在被囚禁的第22天上午，他被召去法庭。临去前，他涕泪纵横，像一个小孩，紧握着侍从的手不放。
“我要再去见他们，要求我的法官发发慈悲，赶快判罪。像这样煎熬着一再拖下去，我实在受不了，我宁愿早些死去！”
伽利略没有再被讯问，宗教法庭宣布他的案子在复审中，他现在可以回到佛罗伦萨大使尼柯里尼的住宅去等待。
在尼柯里尼大使一个多月的爱心照护下，这位科学家的体力恢复了很多。他写信给玛丽亚，而她的信永远带给父亲温暖的慰藉。他的视力已不如往昔，但他仍旧阅读、研究许多大使给他弄来的书。两人时常坐在花园中探讨各类事情。尼柯里尼大使虽告诉他，即使判刑也不会很重，但伽利略心中仍疑惑不定，而且常会梦见石牢和广场的火柱。
6月底，法庭再度召开。伽利略二度进入恐怖的法庭，墙侧的蔷薇盛开，映照成一片鲜红的色彩，刺激着他的眼睛。他感觉到这是个不祥的预兆。4月间他来这里的时候，蔷薇初绽，十分娇美，现在已经盛开，眼前一片火红的景象，砖石的小径上，洒满了花瓣，踏在上面就像是践踏在血浆中。他紧紧抓住侍从的手臂。
“勇敢些，先生，很快就过去了。”侍从安慰他说。
6月的时候，暑天炎热，一个修士助理走过来扶着伽利略在阴凉的走廊上坐好，并给了他一份文件。伽利略细心读完，脸色变青，侍从再次慰勉他要勇敢。
几分钟以后，伽利略站立在判决他的一群枢机主教、主教、教士、修道士之前。
他尽力挺直着身体走向这群法庭判官坐着的长桌前，桌上有两支蜡烛照亮着一本巨大的圣经。一位法官站立起来宣读判决书。
一句一句，一段一段，一页一页，冷酷单调的声音读着文内的问答。伽利略衰弱的身躯摇晃着，这时他已没有坐椅可支持。他抓住长桌的边缘，祈祷着，希望让这身心的苦楚赶快过去。
他听着过去两个月来从那些固执、绷紧着的口中说出的话，指责他附会异端邪说哥白尼理论，并且胆敢为其辩护；更斥责他不服从神圣教会的指示，顽固地传播那种学说……最后，宣读判决条文如下：“我们判决：伽利略《对话录》禁止流通；判处伽利略监禁，期间由本法庭另议；并处分伽利略每周读7篇悔悟赞美诗，一共读3年。”
法官问伽利略是否愿意改过，伽利略茫然点头，自己也不知道自己做了什么。他只想逃避面前的这些脸孔，躺在床上把腿伸展，休息一会，然后睡觉。
“现在，弯下你的膝盖，把手放在这圣经上。”
伽利略费了很大的力气，将双膝下屈。一个修士将圣经拿过来，让他的手能触到。另一名法庭修士递给伽利略一卷纸。
“你现在开始朗读这份文献。慢慢地、大声地读，让制作这篇文献的全体法庭人员都能听到。”
伽利略视力模糊，将文件凑近鼻端。一个身着黄色披袍的修士怕他光线不足看不清楚上边的文字，于是将蜡烛移近伽利略。他脸上充满爱怜之情，并将另一只手抚在伽利略的肩上以示劝慰。
伽利略轻声说：“谢谢你，神父。”然后，他带着口吃的声音开始朗读他的誓言。
“我，伽利略，现年70岁，为佛罗伦萨公民，犯罪被囚，现跪伏天主教诸主教之前，我前面放置圣经，我用手抚着圣经，我誓言放弃、诅咒、摒绝那错误而荒谬的地球运转邪说。”