刘彻将刘据的行动定位为叛乱，给刘屈氂颁发了一道玺书。在书中，刘彻亲自筹划了对儿子刘据的镇压方案：“捕斩反者，自有赏罚。以牛车为橹，毋接短兵，多杀伤士众。坚闭城门，毋令反者得出。”这个计划主要有三条措施：对叛军开出赏格，杀贼有赏；用牛车等物品构筑障碍，尽量避免短兵相接，防止扩大伤亡；紧闭城门，防止叛乱者逃出长安。为了加大胜算，刘彻拖着病体，从甘泉宫移驾前往城西临近长安的建章宫，以便就近指挥。
六
长安城内顿时成为了血腥的战场。
太子刘据发兵后，宣布汉武帝在甘泉宫病危，太子恐怕社稷有变，所以起兵。他赦免了长安城中的囚犯和刑徒，用武库的兵器武装起来，分别由太子少傅石德、太子宾客张光等人率领控制长安，建立了实际的武装力量。汉武帝刘彻从甘泉宫来到了城西的建章宫，向周边各县发下诏书征兵入长安平叛；又下诏书晓谕朝廷重臣，任命丞相刘屈氂负责讨伐太子。汉武帝调动的军队渐渐超过了太子指挥的军队。
为了壮大兵力，刘据破格提拔长安的囚犯如侯持节杖，假冒圣旨征发长水及宣曲的胡族骑兵，提供武装。刚好侍郎莽通从皇帝身边出使长安，见状当机立断逮捕了如侯。莽通对胡人们说：“如侯的节杖有诈，你们不要听他的。”莽通将如侯斩首，反过来率领胡族的骑兵进入长安交给大鸿胪商丘城指挥。之前，汉朝宫廷的节杖都是纯赤的，太子也持赤节，所以才会出现如侯这样的阴谋。事后，皇帝将节杖改为黄旄，和太子的节杖相区别。依律，太子可以调动直属皇帝指挥的北军。因此刘据派人持太子节杖去命令监北军使者、曾是卫青门客的任安出兵协助自己。任安不得不接受太子节杖，但他知道清官难断皇帝家务事，皇帝和太子哪头都不能得罪。所以他收下节杖后，一转身就下令紧闭军门，严禁官兵外出。北军这支捍卫皇室最主要的军事力量，在这次动乱中采取了观望态度，既不应太子，也没有向丞相刘屈氂方面靠拢。
没有办法了，刘据只好率军裹挟着长安四市的数万名百姓勇敢地迎战四面八方涌过来的镇压军队。双方大战了五天，死者数万人，鲜血流满了长安的沟渠和街道，浸染着双方的尸体。整个长安城弥漫着刺鼻的腥臭味。日益寡不敌众的太子军最后战败。
太子刘据带着两个儿子南奔覆盎城门，逃亡。战斗刚开始，刘屈氂就选派官员驻守长安各个城门。分配驻守南门的是司直田仁。田仁认为刘据毕竟是汉武帝的亲生儿子，虎毒不食子，汉武帝终不会对儿子斩尽杀绝。于是他没关城门，眼睁睁看着太子和两个皇孙从身边逃出城去。
长安男子景通抓住了太子少傅石德，因功封德侯；大鸿胪商丘城抓住了太子宾客张光，因功封秺侯；侍郎莽通杀了如侯，因功封重合侯。而各个太子宾客，只要出入过宫门都被诛杀；其中跟随太子发兵的，一概族诛；趁乱劫略长安的士兵和官吏全部发配边远的敦煌郡。监北军使者任安，虽然没有参与叛乱，但接受了太子节杖；司直田仁放跑太子，两人都被腰斩。汉武帝派人入宫收回卫子夫的皇后印玺，废黜皇后。卫子夫不愿受辱，自杀身亡。苏文等人将卫皇后用小棺材葬在城南桐柏山。卫氏一族外戚被彻底诛灭。
为了防止逃亡在外的太子回长安捣乱，长安诸城门屯驻士兵防备太子回城。长安城展开了紧张的清洗工作，幸亏上天上起了雨，街道上的血污冲洗起来简单多了。
真相大白
一
追捕逃亡的刘据成为了刘彻关注的焦点问题。
刘彻似乎失去了理智，一再强压朝臣和各地郡县抓捕刘据及两个孙子。看到皇帝暴跳如雷，群臣无不胆战心惊，不敢开口。
刘据带着两个儿子向东逃到了湖县的泉鸠里（今河南灵宝西部与陕西交界处的泉里村），在一户农家藏匿了起来。收留太子父子三人的农夫家非常穷，一家人连温饱都解决不了。现在平白多了三张吃饭的嘴，所有人都只好干饿着肚子。但即使如此，好心的主人家还是无私地收留了逃难的刘据三人。他忙完农活，还日以继夜地做草鞋，再拿到市场上去卖，补贴家用。刘据父子三人看到主人家的辛劳，过意不去，就躲在屋里帮着一起编织草鞋。好在当地官府没有想到太子会隐藏在赤贫的农家，一直没有到泉鸠里搜查。
即便如此，农夫家最后还是粒米不存，生活难以为继了。刘据突然想起有一个故人在隔壁的新安县（今河南渑池附近），家境富裕，就想找他接济一下。刘据深受儒家思想的教导，却忽视了那些与他交往的人看中的是太子的光辉，并非个个都是真正的挚友。刘据把人心想得太单纯了。那个故人接到太子的求助信后马上向本县官府告发。
新安县令李寿得知太子的下落后，立马带人将农家团团围困住，围捕太子。农家主人为了掩护刘据，上前与官兵搏斗，两位皇孙为了掩护父亲也上去搏斗，都被官兵杀害。刘据自己不能逃脱，在房中悬梁自尽。县卒张富昌一脚踹开门；李寿上去抱下刘据。可惜迟了，刘据已经死了。
汉武帝得到死讯后，略有伤感。李寿和张富昌二人因为擒拿有功，分别被封为邗侯和题侯。刘据死时，年近四旬四十，生育有三男一女。太子败后，他的四个子女都同时遇害。
二
慢慢的，越来越多的真相暴露出来，表明刘据根本就没有用桐木子诅咒皇上。
人们越来越相信刘据是无辜的，坊间的舆论开始朝着有利于刘据的方向发展。
刘彻冷静下来后，渐渐明白儿子刘据起兵是惶恐自卫，并没有谋害自己的意图。
关键时刻，负责守护西汉开国皇帝陵墓的小官，高寝郎车千秋上书为刘据犯颜直谏，扭转了整件局势。他写道：“儿子对着父亲舞刀弄枪，应该受到鞭笞。如果皇帝过失杀死了太子，那又应该作何处理呢？”刘彻对车千秋的上书非常感慨，非常重视。平地一声雷，车千秋竟然因为这次上书而被擢升为丞相。
之后，巫蛊动乱的处置完全被颠倒了过来。先是江充被满门抄斩，接着是宦官苏文在横桥公开烧死；在泉鸠里加兵刃于太子的人都被族诛，包括李寿、张富昌等人。刘彻可怜的儿子无辜遇害，在湖县修建了思子宫，在宫殿中修建了归来望思之台。他希望通过这些宏伟的建筑能够挽回儿子的生命，弥补自己的过错。天下人听说后，没有不感到伤感悲哀的。早知今日，为何当初不三思而后行呢？
一年后（征和三年，公元前90年），有个叫郭穰的人告密说刘屈氂的夫人祝诅皇上，贰师将军李广利也参加了祷祠活动。这才是真正的巫蛊罪行。刘李两家的目的是要让昌邑王刘髆早日为帝，证据确凿。刘屈氂被腰斩于长安东市，其妻则在华阳街被枭首示众；当时贰师将军李广利正率军与北方匈奴作战，汉武帝也没放过他，将他留在后方的妻子儿女全部逮捕入狱。前方的李广利害怕了，干脆率军投降了匈奴。他的妻子儿女随即被斩首。
至此，巫蛊之祸中的各个人物都有了自己的结果。
三
刘据的太子生涯以彻底的悲剧结束，原因就在于他始终生活在汉武帝的光芒之下。
汉武帝的文治武功，本朝没有一个皇帝可以企及。汉朝在汉武帝刘彻的统治下，达到了鼎盛。而刘彻是通过不断地加强中央集权，强化皇帝的权威和奴役天下才实现了丰功伟绩。伟大的成功让他的个性非常自负。而太子刘据却是在儒家学说的教化下成长起来的，不知道儒家只是统治工具，不能成为统治思想，又和权势熏天的外戚卫家紧密联系在一起。与谨小慎微才得以善终的舅舅卫青不同，刘据深受儒家入世的人生态度影响，将父子俩的矛盾纠纷自动暴露出来。当这些光芒中的瑕疵被个别奸臣挑拨，无限扩大的时候，父子之间的冲突就变得难以避免了。
当然了，在刘据看似平稳的接班人生涯中还存在许多导致失败的因素。比如刘据没有很好地与父亲刘彻交流。当年老生病的刘彻在甘泉宫养病的时候，即使刘据和刘彻有重大政治分歧，刘据为了自己的地位也应该经常在甘泉宫伺候着。比如刘据没有事先防范那些对自己的地位虎视眈眈的政敌。在一手把持朝政的情况下，刘据即使没有太大的政治空间，也应该抓住一切机会暗中凝聚自己的政治力量，以免一旦有事，无所依靠。
刘据的死将原先隐藏着的刘彻接班人之争表面化了。除了刘据和早死的齐王刘闳外，刘彻还有四个儿子，分别是燕王刘旦，广陵王刘胥，昌邑王刘髆和年幼的刘弗陵。广陵王性情暴戾，很不受刘彻喜欢；昌邑王经过刘屈氂和李广利一案后被彻底排除在候选人序列之外；剩下的燕王刘旦年长有才，最有希望继位，也以未来的太子自居，上表请求入京随侍父皇左右。不想刘彻雷霆大怒，下诏责骂燕王刘旦，还削弱了封给燕国的三个县的土地。因为刘彻选定的接班人是年幼的刘弗陵。因为他觉得刘弗陵最像自己。不过一贯专权的刘彻也耍了个小心眼，在指定刘弗陵即位前，勒令他的生母赵婕妤自尽，以免日后出现幼主在位，太后垂帘的情况。
刘据的死留下了一个小尾巴。当时，刘据的孙子尚在襁褓之中。因为受到巫蛊之祸的株连，小婴儿也被投入了死牢。好心的廷尉监丙吉将他秘密隐藏了下来，联络几个善良的女囚，用自己微薄的收入尽可能地照顾这个可怜的孩子。这个孩子被丙吉取名为刘病已。这个刘病已就是日后的汉宣帝。西汉的皇室血脉最后还是回到了刘据这一系上来。
汉宣帝即位之初，下诏给祖父刘据平反。他采取的方式是“故皇太子”（指刘据）没有谥号，自己年年祭祀他，“不太方便”。有关部门很快遵照皇帝的意思奏请给刘据上谥号“戾”，在他的墓地设立墓园，甚至官吏、卫兵和守墓的百姓。其他人的墓葬也都得到了隆重的改葬。故太子妃的墓地设立了戾后园。刘病已的父亲史皇孙也被追谥为“悼”，埋葬他的广明成乡则被称为悼园。尽管“戾”是一个不太好听的谥号 ，但有个谥号总比没有强。刘据因此就被称为“戾太子”。
八年后，有关部门再次上奏将悼园的主人史皇孙改称尊号为皇考，立庙，将园林修建为陵寝。守陵的居民增加到一千六百家户，单独设立奉明县。刘据没办法上尊号为“帝”，戾夫人却背上尊号为“后”。刘据虽然身前没有做过皇帝，身后却享受到了皇帝的待遇，也算是“迟到的平反”了。