尽管获得了包括最佳影片之内的4项奥斯卡提名，但汉克斯却没能凭借《绿色英里》再度入围奥斯卡影帝的竞选行列。该片在美国票房排行榜冠军位置上仅待了一周，取代它的是汉克斯的另一部电影《玩具总动员》续集。他依然为伍迪配音，并帮助该片拿下了近6000万的首映周末票房，以至于有人会惊呼：“汉克斯票房号召力已经超出了人类的范畴！”
《绿色英里》的拍摄超期只是一次演练而已，汉克斯的下一部电影堪称电影史上拍摄周期安排最奇特的例子，而这样的结果并非出于什么意外，而是汉克斯与导演罗伯特·泽米基斯的一次合谋。
这部名叫《荒岛余生》的电影创意来自汉克斯本人。他偶然在电视上看到一段采访，被访者是二战期间一场海难的幸存者。“他爬上了一座珊瑚岛，在等待救援的漫长日子里，他吃光了岛上所有能吃的东西，不止一次地想到自己会死，”汉克斯说，“采访者认为这是一段冒险的经历，问他是否想回去看一看当年的那座小岛。这个人回答说，‘这不是冒险，这是地狱，我再也不希望看到那个地方。’他的话令我产生了强烈的兴趣，我开始设想人在失去了所有社会联系的情况下会怎样？在这种情况下人会有怎样的心理活动？其复杂性和戏剧性也许远远超出了我的想象。”
超出汉克斯想象的还有昂贵的付出。《荒岛余生》是他与《阿甘正传》导演罗伯特·泽米基斯的第二次合作——影片还没拍到一半，其成本已经高达8000万美元。造成这一局面的原因之一就是汉克斯为使他的表演更加真实而要求了一年的准备期。
在片中，汉克斯扮演的查克·诺兰是联邦快递公司的业务工程师，在带着牙痛回家的途中，他乘坐的飞机坠落在一个荒岛上。诺兰是唯一的幸存者，处在一个简直难以想象的远离尘世的环境中，他的忙忙碌碌的生活也一下了结束了，不仅失去了每天生活中惯用的东西，也失去了与外界的联系。
当他再次出现在银幕时已经是几个月之后，孤独无助的荒岛生活使他在身体和情感上都发生了显著的改变，他不得不努力地试图活下去。
尽管电影发展到今天，运用化装和特技完全可以使一个人变得消瘦憔悴，但是汉克斯和泽米基斯却决定借助古老的方式，通过减肥和锻炼达到这样的效果。于是，在1999年1月至2月间，他们先用了8周时间拍摄诺兰开始荒岛生活前的所有镜头。此后，接力棒便交到汉克斯手中，他要用最短的时间强行减重23公斤。在此期间，泽米基斯将带领原班人马拍摄另一部电影，即由哈里森·福特与米歇尔·法伊佛联袂主演的超自然电影《危机四伏》（WhatItiesBeneat|。）。
汉克斯带着为这部电影蓄起的胡须出席了1999年的奥斯卡颁奖典礼。5月初，当他出现在美国活动影像博物馆的年度颁奖活动上时，他已经比以往消瘦了许多，但他还必须在秋天结束时再减去18公斤的体重。当时他开玩笑地对记者说：“我还没有减肥，我还在吃光所有放在盘子里的东西，我总是说——明天我将正式开始。”
2000年初，汉克斯用了将近一年的时间达到了他的减肥目标，瘦得像一根麻秆儿的他乘机飞往斐济，与等候在那里的导演和剧组会合。
这场千万美元的赌博取决于汉克斯是否有毅力坚持到底，也取决于大部分剧组人员必须在不拿薪水的情况下等待汉克斯的成功归来。
事情在开始时并非一帆风顺，早在电影开拍之际，汉克斯的右膝就在斐济感染了细菌，差点让他取消了奥斯卡之行。加州圣塔莫尼卡圣约翰医院的大夫起初无法解释汉克斯为什么会感觉右膝疼痛，直到做了病理切片后才发现他感染上的是一种并不多见的细菌。
连续几小时地在斐济温暖的海水中拍戏，汉克斯的全身肿起了水泡，他不得不返回洛杉矶医治。为了不引起恐慌，他用了假名字在医院登记。
因为病情严重，他错过了奥斯卡颁奖典礼前获提名者的宴会。好在接下来的手术做得很成功，他才最终得以在颁奖之夜亮相。
泽米基斯对《纽约时报》说：“汉克斯的角色独自一人在荒岛上生活了4年，用以果腹的只有生鱼和椰子。我们必须这样做，我们没有其他办法来掩饰演员肉体上所发生的变化。当汉克斯读到剧本时，他说，‘这是一个了不起的故事，但是我们怎么如何能把它真实地表现出来？你怎么能让一个现代人演出角色的生理感受和变化？看来，我们只有身体力行地去经历同样的磨难。”’
导演原本担心汉克斯戏剧性的减重会给公众带来负面影响——他的担心是多余的。这已经不是汉克斯第一次这样做，而他上一次为《费城》减肥带给他的是一座奥斯卡金像。
汉克斯承认体重问题“一度令他倍感挫折”。“减重意味着时间和限制，”他说，“这绝非8爪月以培根和水果维生那么简单。我必须时时刻刻注意盘子里的东西，每天逼着自己去做大量的运动，不能让自己有片刻的偷懒。”
减轻体重不是汉克斯唯一需要关注的。他必须在影片绝大多数的时间里不让观众感到乏味。这几乎是他一个人的电影，他在荒岛上唯一可以谈心的是一只威尔逊排球。他亲自撰写了与这只排球之间的对话，诸如，“嘿，你想听一些开心事吗？”“我的牙医的名字是詹姆斯·斯帕尔丁”等。
在最初的剧本里并没有这只排球，大都是诺兰的自言自语。事实证明加入这个角色是一本万利之举，影片上映后，它成了大明星。片中用于拍摄的3只威尔逊排球最终拍卖出了2万6千美元。
在《荒岛余生》中扮演诺兰妻子的是《为你疯狂》（MadAbout。You）的电视红星海伦·亨特，她在2001年的奥斯卡颁奖典礼上凭借《尽善尽美》（AsGoodAsItGets）获得了最佳女主角奖。汉克斯尽管获得了奥斯卡提名，但最终输给了《角斗士》（Gladiator-）的拉塞尔·克洛。当然，他并非一无所获，《荒岛余生》不仅为他赢得了金球影帝，还为他赢得了平平的腹部。
新的片约仍在接踵而来，但汉克斯却一头扎进了他自己想做的事情。就像在《阿波罗13号》之后，汉克斯因为梦想尚未完全实现而动手拍《从地球到月球》一样，《拯救大兵瑞恩》也激发起了他用影视作品全面展现第二次世界大战的雄心壮志。不过这一回，他并不孤单，拥有同样想法的还有斯皮尔伯格和《拯救大兵瑞恩》的历史顾问斯蒂芬·安布罗斯。他们通力合作，共同打造出了长达13个小时的电视剧集《兄弟连》（BandofBrothers）。
“我敢说所有参与《拯救大兵瑞恩》拍摄的人，尤其是演员们，通过这部电影经历了从情感到心理上的洗礼。”汉克斯说，“这不仅仅是一次演出。它改变了我们的生活，我们的世界观和价值观。所以，当拍摄结束后，我不想丢开它。我还有很多东西想表达，想把它们搬上荧屏，使之成为一段新的传奇。”
《兄弟连》改编自安布罗斯1993年的同名原著以及它的姊妹篇《公民士兵》（CitizenSoldier），它以美国101空军部队506团最精英的特种部队E连的年轻官兵为主线，展现了他们从在美国佐治州的残酷训练到诺曼底登陆，再到布尔格战役的二战全景。该剧大部分是在欧洲拍摄，斯皮尔伯格此番退居二线担任监制，将导筒交给了包括汉克斯在内的10位导演。汉克斯执导的第五集《十字路口》主要讲述的是诺曼底登陆之后，E连在向巴黎挺进过程中所发生的故事。
《兄弟连》耗资1．2亿美元，堪称有史以来最昂贵的电视剧集，为了避免演员的知名度影响到全片真实的色彩，汉克斯并未参加演出，不过却请来达尔·德耶上尉在片中扮演盟军的罗伯特·辛克将军。汉克斯用他的经验从一批不知名的演员身上挖掘出了令人震撼的表演，该剧在商业和艺术上的成功再次证明他在幕后同样有能力征服他的观众。
在2002年的艾美奖颁奖典礼上，该剧一举包揽了最佳迷你剧集、最佳迷你剧集导演等6项大奖。汉克斯终于有机会与斯皮尔伯格一道走上了领奖台，业界认为这是好莱坞的一次“兄弟连”式的成功，
与《从地球到月球》一样，《兄弟连》同样是与HB0合作。然而，第一集播出两天后便发生了9·1l恐怖袭击事件。汉克斯和斯皮尔伯格临时决定无限期推迟后面9集的播映。“我们认为我们应该这样做，因为现在没有人会有心思看另一场战争，”汉克斯说，“但是，这只是暂时的，终究人们会平静下来和我们一起重温半个世纪前的那场正义战胜邪恶的战争，他们的内心不再恐惧，有的只是希望。”