对科恩兄弟来说，他们固然渴望与汉克斯合作，但他并不是这部电影里唯一重要的人物。“他是个好演员，能够在各种环境下找到自己最合适的位置。有些电影明星不愿成为演员集体中的一员，所以对这种群像式的电影退避三舍。汤姆另一个令我们印象深刻的地方就是他先考虑的是角色的刻画，然后才考虑喜剧的表演。”
不幸的是，事实证明汉克斯并不适合科恩兄弟的喜剧片，他最终得到了自《虚荣的篝火》以来最猛烈的批评。影评界不仅认为这是他“从影以来最糟糕、最不像样的一次表演”，而且称他的扮相“令人讨厌透顶”。
观众也同意这一结论。该片只收回了3900万美元，终结了汉克斯不可思议的票房神话。
这样的结果必定给汉克斯的心态造成了冲击波，但他不愿表现出来。在接受《娱乐周刊》采访时，他说：“我认为科恩兄弟像是60年代的约翰·卡萨维茨、70年代的伍迪·艾伦。他们只拍他们感兴趣的电影，票房不会影响到他们的动机。当然，你希望每件事情都能在商业上有所作为，但并非任何事情都能让别人也觉得重要。《老妇杀手》已经得到了它想要的东西，也许是比钱更重要的东西。我决不会拍《阿甘正传》第四集，因为它不能给我带来激动、艺术和社会价值。”
短暂的挫折感只会激励他抖擞精神准备反击，而这第一场战役便是他与斯皮尔伯格重新牵手的《幸福终点站》。
《幸福终点站》与《荒岛余生》有许多相似之处，汉克斯的角色均是被困于孤岛之上，进退维谷。不同的是，这一回他受困的地方不是寥无人迹的荒岛，而是人流穿梭的机场大厅。
《逍遥法外》的教训不仅让汉克斯和斯皮尔伯格重新回到了人性光芒的照耀之下，也促使他们回归到更简单的叙事方式。《幸福终点站》没有艺术上的创新，没有手法上的突破，只想全神贯注地讲述一个人与人在非常状态下交往的故事。
汉克斯扮演的维克多·纳沃尔斯基是一个虚构的东欧国家的移民，他在茫然无知的状态下成为官僚体制的牺牲品，不仅被拒绝入境，也无法返回祖国，只能栖身于纽约的肯尼迪机场。
一个人因为护照问题竟然在人来人往的国际大机场生活了几个月，看起来这像是个荒诞的故事。实际上，这部电影取材于一条真实的新闻——1988年，伊朗难民默罕·纳塞里在法国巴黎戴高乐机场被拒绝入境，从此他便以候机大厅为家。纳塞里被机场工作人员习惯地称作“阿尔弗雷德先生”，他的床是一号航机楼里的一条红色塑料长椅，每天在公共厕所里洗漱更衣。极具讽刺意味的是，他最终不仅获准进入法国，而且拿到了梦工场影片公司支付给他的20万美元的版权费。
在片中，汉克斯的纳沃斯基也有额外的补偿，这便是与凯瑟琳·泽塔一琼斯饰演的空姐之间的一段小小浪漫史。为了获得与凯瑟琳演对手戏时准确的感觉，汉克斯不得不乘坐了几趟航空班机，因为他已经习惯了坐私人飞机出行，对空姐以及喧闹繁忙的机场有了陌生感。
以能否获得奥斯卡奖的青睐为前提选择角色并非汉克斯的天性。毕竟，他的书橱里已经有了两座金像。问题是他的观众们不敢确信汉克斯能否始终抓住他们的注意力。太多的人对机场习以为常，他们不会去关注云集在候机大厅里的芸芸众生，不管有名还是没名。
预期中的成功画面没有出现。又一次，一部汤姆·汉克斯主演的电影没能在美国突破1亿票房大关，况且这次他的身后还有好莱坞的“印钞机”斯皮尔伯格。就连斯皮尔伯格自己也不明白究竟出了什么问题，他的电影第一次没能坐上首映周末票房排行榜的头把交椅，取而代之的是本·斯蒂勒的打闹喜剧《疯狂躲避球》（Dodgeball：A1"rueUnderdogStory）。
突然间，汉克斯不再坚不可摧。纽约的《村声》杂志竟然有胆出来说《幸福终点站》“陈词滥调，是廉价的情节剧”。英国影评家托比·扬走得更远，称该片是“骗人的小孩把戏”，而他的文章标题竟然是“汤姆·汉克斯是否该回家了？”
扬在文章中说：“从他的第一部卖座片《美人鱼》诞生以来的20年中，汉克斯一直排名10大票房明星，他应该感到满足了。也许现在是该他把自己送进维修站，享受他丰衣足食的退休生活了。”
虽然退休为时尚早，但汉克斯还是毫不迟疑地作出决定：他将暂时告别幕前，转战幕后，那里还有一件重要的事情在等着他。
当妻子丽塔看到妮娅·沃达洛丝的自传体舞台剧《我的盛大希腊婚礼》（MyBig：Fat，GreekWedding）时，她坚持说服丈夫将它搬上银幕。这个要求听上去毫不过分。沃达洛丝在剧中扮演丑小鸭似的女主人公，她不仅把自己变成了白天鹅，还试图说服她的希腊家庭接受她的美国未婚夫，这个故事足以触动全球观众的神经。
汉克斯第一次给沃达洛丝打电话，问她是否有兴趣与他的普莱东公司合作，对方居然挂断了电话，因为她不相信电话那一头的真的是汉克斯。汉克斯担当起了制片人的角色，他和丽塔自掏腰包启动这一项目。由于精打细算，该片只花费了600多万美元，却在2002年成为有史以来赚钱最多的独立电影，总票房超过了两亿美元。
如此巨大的成功使得汉克斯有心情在2004年的小制作电影《猫王不在了》里客串了一个小角色。该片由《我的盛大希腊婚礼》的导演乔尔·兹威克执导，金·贝辛格和约翰·科贝特主演。它连进影院的机会都没有，直接被制成DVD投放音像市场。
下一部电影里，汉克斯信守了他暂别银幕的诺言。根据克里斯·凡·艾斯伯格的经典圣诞童话改编的《极地特快》是一部造价上亿美元的大制作，导演是与汉克斯有过两次合作的罗伯特·泽米基斯。泽米基斯是好莱坞公认的“技术狂人”，早在1988年的《谁陷害了兔子罗杰》中，他就把动画与真人结合到乱真的地步。在《极地特快》中，他更进一步，运用最先进的动作捕捉技术捕捉演员的面部表情和肢体动作，并把它们反映到数字影像中，向观众呈现了一种从未见过的表演与动画的结合。
汉克斯在片中饰演5个角色，包括列车长、圣诞老人和8岁的小男孩，这5个角色的配音也都是由他一人完成的。对于同时出演这么多个角色，汉克斯表示：“每个角色都是用动作捕捉技术在电脑上做出来的，所以我能扮演全部五个角色。当时导演跟我说：‘你要演全部角色。’我说没问题，但其中有一个是女性角色，我怀疑我能不能演。导演立马说：‘没问题，效果更棒。’在试演那天，我一口气演绎了好多个角色，5个、6个，还是7个我都忘了，之后我跟导演说：‘我已经累死了。”’
这的确是一个累活。和其他演员一样，汉克斯必须身穿每个关节点都装了电子标记的特殊服装在一个特制的舞台上表演。在拍特写镜头时，他的面部要安装180个反射装置，这样电脑就能捕捉到他80％的表情变化。
“我也许做了一件令每个同行都要诅咒我的事情，”汉克斯事后说，“电脑科技的威力实在太强大了，这部电影的成功标志着终有一天数字科技可以取代演员，我们将统统失业。”
汉克斯的预言其实已经在一步步实现。在电影《角斗士》拍摄期间，主要演员奥立佛·里德不幸病故，他没拍完的戏有一部分就是靠电脑特技帮他完成的。在《极地特快》中饰演两个角色的迈克尔·杰特也是在拍摄中途因艾滋病去世，泽米基斯依然能靠其他演员的帮助替他补足了剩余的镜头。
相对于影片令人目眩的视觉效果，汉克斯更感兴趣的是原著本身，艾斯伯格的童话故事将他带回到对自己童年的记忆中。
“在《极地特快》中，当小男孩乘坐列车驶向北极时，我仿佛看见儿时的我每年坐着大巴四处奔走，”他说，“有时是和哥哥姐姐们一道，有时就只有我自己，但绝非奇幻的旅程。入夜时，我看见点点灯光飞闪而过。车厢里有人闷声闷气地聊着天。这就是我永远在路上的童年，前排座位上没有爸爸妈妈，口袋里只剩下几枚零花钱，而前面的路似乎总也走不完。这样的记忆令我久久难忘。”
还好，这部电影的票房历程没有这般感伤。1亿7千万美元的骄人战绩足以表明汉克斯重又回到了既定的轨道上来。除了影片本身，《极地快车》在另一领域也取得了成功。早在2003年，著名的游戏制作公司THQ就与华纳兄弟影片公司签署了协议，将当时还在制作的《极地快车》改编成为游戏，而这款以多平台形式出现的游戏也在影片上映之前，先于电影在北美正式发行。
现在，汉克斯开始谋划下一个大的动作，这一回他似乎比以往任何时候都要信心充足。在前往英国伦敦的飞机上，他拿起一本书读了起来。这本书他已经不知读了多少遍，书名是《达·芬奇密码》。