太平天国运动的最初发动者和最高领导者是洪秀全。他出身于广东花县的一个中农家庭，曾向往通过科举之路进入官场。然而他从16岁到31岁，4次参加科举考试均失败了。他抛弃了功名之心，开始了改造社会的探索。他受基督教宣传读物《劝世良言》的影响，萌生了创教想法。《劝世良言》宣传天国在上，在来世，而洪秀全却认为地上也可创造天国，他决心创立拜上帝教，组织发动群众信教入教，在现实社会中“斩邪留正”。
1834年，洪秀全在家乡建立了拜上帝教，他自称是天父耶和华（上帝）的儿子、基督（耶稣）的弟弟，被上帝派到人间拯救世人。他的同乡同学冯云山，也是科举考试屡屡失败，成了洪秀全最得力的助手，兢兢业业地协助洪秀全组织拜上帝教活动。他们的传教活动在当地受到封建顽固势力的敌视，失去了塾师职业的洪秀全、冯云山，于1844年春前往外地活动，靠出卖笔砚作路费，辗转进入广西贵县赐谷村。经过几个月的努力，吸收了100多人参加拜上帝教，为日后成立太平军播下第一批种子。这年冬天，洪秀全返回家乡，先后写了《原道救世歌》、《原道醒世训》、《原道觉世训》等，为发动大规模斗争做理论准备。而冯云山则留在广西，搞实际的宣传工作和组织工作。
1844年9月，冯云山离开贵县赐谷村，前往浔州紫荆山区。紫荆山属桂平县治，山峦起伏，形势险要，南麓就是金田村。不少客家人居住在这一带，为客家人身份的冯云山在活动中带来不少便利。冯云山在这里的3年时间，先是作苦工、打短工，后来作塾师，“历尽艰辛，坚耐到底”，逐渐取得群众的尊敬与信任，结识了不少精明强干的农民。他经常走村串寨，一心一意宣传拜上帝教宗旨，当地汉、壮、瑶各族农民亲切称他为“冯云伯”。经过3年努力，冯云山发展了拜上帝教信徒2000多人。
1847年8月，洪秀全再次来到紫荆山，见到冯云山的工作成绩大喜过望，两人建立了拜上帝教的总机关，制订了宗教仪式及“十款天条”，平时是会员的生活准则，起义时就成为铁的纪律。他们一方面更迅速地发展信徒，一方面领导信徒开展实际斗争。开始主要是破坏偶像，捣毁神庙。因为偶像、鬼神是中国封建统治的精神支柱之一，将其公开捣毁，可以锻炼群众，提高群众的斗争信心和拜上帝教的威信。洪秀全、冯云山又派人到周围各县去发展信徒，建立活动点。贵县、平南、藤县、武宣、象州、博白、陆川以及广东信宜等地的汉、壮、瑶等族人民、纷纷参加拜上帝教。
拜上帝教积极开展活动，自然打击了封建地主阶级对农村的统治，宗教外衣掩盖下的实质是政治斗争。1847年12月，地主团练头目王作新逮捕了冯云山，押送桂平县衙门。这激起拜上帝教会众的极大愤慨。卢六带头聚众，打散团练，抢回冯云山。王作新恼羞成怒，1848年1月17日，他再次调集团练抓走了冯云山和卢六，送往桂平县监狱，罪名是“阳为传教，阴谋造反”，并把冯云山所作的对联——“暂借荆山栖彩凤，聊将紫水活蛟龙”，指作企图“造反称王”的证据。冯云山利用坐牢时机，创作一部新历法，即日后太平天国采用的“天历”，充分表现出不屈不挠的斗争意志。卢六被折磨死在狱中，成为太平天国的第一个烈士。为营救冯云山等出狱，洪秀全急回广东投书上告。拜上帝教群龙无首，地主团练乘机捣乱，加上疫病流行，人心惶惶。在这紧要关头，杨秀清出面了。他利用当地流行的所谓神鬼可以附在某人身上显灵的说法，宣称“天父”上帝下凡附在自己身上，通过自己“传言”，安定会众情绪，揭露敌人阴谋，指出眼前的行动方法。不久，萧朝贵也自称“天兄”（耶稣基督）附在自己身上显灵，宣传“真道”，发布号令。这种做法在当时团结了会众，巩固了队伍，也极大地提高了杨、萧的地位，但留下了日后杨秀清与洪秀全矛盾冲突的隐患。
冯云山坐了9个月的牢，通过会众的疏通活动，被判以“无业游民”遣送原籍。押送的两个差役在途中接受了冯云山的教育，转而跟随冯云山回桂平参加了拜上帝教。于是也随即回广东家乡寻找洪秀全。这个时候，洪秀全公开宣布了“太平天日”的神话，正式赋予自己神的地位——救世真主。他把1837年生病时昏迷中上天堂的幻象，重新整理成一个首尾完整、细节丰满的神话故事，在把上帝人格化的同时也把自己神化，宣称上帝赐给自己金印、金剑，封自己为“太平天王大道君王全”，下凡作真命天子，斩邪留正。这里所描绘的上帝已和基督教的上帝不同了，是洪秀全借宗教外衣重新塑造的，目的是使反清斗争师出有名，并以君权为上帝所授证明自己夺取天下是名正言顺。
洪秀全和冯云山分别在理论上和组织上为太平天国运动作了必要的准备后，又在杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开等人的协助下，为武装起义在军事上作了周密的筹划。这个领导核心颁布了纪律条规，拟定了军事编制，并且赶制武器，筹集军费和物资，议定起义时机和地点。