在故乡绍兴度过了大约一年奔放无羁的少女生活之后，秋瑾随家离开浙江前往台湾。秋瑾的父亲秋寿南接受了台湾巡抚邵友濂聘请，任台湾巡抚文案。1894年邵友濂调任湖南巡抚，秋寿南亦赴湘侯补，秋瑾又随父来到湖南。秋寿南开始被签发到常德县厘金局，后又调到湘潭县厘金局作总办，全家也迁到湘潭。这时，秋瑾已是一个待字闺中的大姑娘了。
尽管秋瑾的父母十分疼爱自己的女儿，但是在2000年来根深蒂固的封建婚姻制度束缚下，秋瑾还是没有逃脱婚姻的悲剧。经过媒人说合，她与王廷钧于1896年结婚了。
王家是个暴发户。王廷钧的父亲名叫王黻丞，绰号王二胖子，是湘乡县荷叶种冲（今属双峰县）人，与曾国藩是同乡兼表兄。曾跟随曾国藩当过随营帐房，因而暴富，回家购买了数以千亩的良田，并在湘潭县城开设了”义无当铺”，把家属也迁到城里，成为湘潭的首富。秋瑾父母认为这门亲事还算得上门当户对。可是秋瑾嫁到王家，发现与娘家的慷概、厚道的家风截然不同，王家很刻薄、吝啬，在这样的环境里，她时时处处感到格格不入。
秋瑾的丈夫王廷钧，从小养尊处优，好逸恶劳，是个十足的浪荡公子哥儿。加上他“状貌如妇人女子”，所以豪爽不拘的秋瑾在思想、性格上与他不合，亦谈不上有什么感情。然而，在封建社会里，“出嫁从夫”是女子必须遵循的金科玉律。过着这样痛苦郁闷的生活，秋瑾只得以饮酒和写诗排解抑郁。新婚之初她就写了《思亲兼柬大兄》，其中细致地刻划了缺少知音的痛苦和不满：“一样帘前月，如何今照愁？”想起在娘家时的生活那样快乐，如今在一样的月光下而是满腹愁肠。“敲棋徒自谱，得句索谁和？”“却怜同调少，感此泪痕多。”诗中丝毫没有新婚的幸福欢乐，而是孤独、惆怅，得到佳句无人和，下棋只能自己对奕，一想到这里，秋瑾便会潸然泪下。这时她还没有接触到革命的新思想，只得在王家消磨宝贵的青春。然而王家的重宅深院和锦衣玉食并不能消磨她豪爽的性格和对劳苦人民的同情心。
当时王家有个女仆吴妈，她的儿子在湘乡老家租种了地主曾五爷的田地，平时只能勉强糊口。一年遇天灾无力交租，曾家几次讨租不得，便仗势欺人，写状纸给在湘乡任盐务督销的秋瑾父亲秋寿南，诬告吴妈的儿子是私盐贩子，要求将他彻底查办，这个曾五爷是曾国藩的侄子，与王家有亲，所以尽管吴妈急得暗中流泪，也不敢告诉主人家。秋瑾得知这个消息后，深深同情吴妈一家的不幸，便亲自到湘乡找父亲，说明事情的原由，要父亲主持公道。秋寿南终究是个清官，虽然感到碍于亲家的情面而为难，最后仍秉公办事，使吴妈的儿子得以免受冤屈。
就在秋瑾挣扎于王家的“网罗”之中时，中国大地掀起了一场大规模的变法维新运动，它震撼着清王朝的反动统治，也动摇着使秋瑾深切痛恨的封建纲常伦理。早在1894年中日甲午海战，为了求和清政府派重臣李鸿章与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。这个条约不仅使中国割地（割去台湾、澎湖及辽东半岛）、赔款（二万万两白银）、开放通商口岸（沙市、苏州、杭州、重庆），而且允许日本人在中国的通商口岸投资办厂，从事各种工艺制造，这个条约大大加深了中国殖民地化的程度。消息传来，正值全国各地举人云集京城会试。以康有为为代表的1300多名举人联名上书要求“拒和、迁都、变法”。从此，要求变法的风潮遍及全国，其中以湖南变法运动最活跃。湖南巡抚陈宝箴、按察使黄遵宪积极支持变法，在这场变法运动中的谭嗣同、唐才常等维新人士在湖南开办了“财务学堂”办起了《湘报》、《湘学新报》，提倡变法救国，使原来以“守旧闭化名天下”的湖南，民智骤开，士气大昌，“人人皆能言政治之公理，以爱国相砥砺，以救亡为己任”。这样的社会风气同样影响着秋瑾，她的哥哥当时在北京路工局任职，经常给她寄来新书报，她也常差人上街去买新书报，这些书报给秋瑾沉闷的生活增添了色彩，使她了解到外面风云变幻的世界。这一切在秋瑾的思想深处产生了潜移默化的作用，使她能冲破家庭的樊笼，最终走上革命的道路。
1898年6月，光绪皇帝接受维新派人士的建议，接连下诏变法，推行新政。就在维新变法方兴未艾之时，以慈禧为代表的顽固派破环变法，发动了政变，囚禁光绪皇帝，大肆捕捉维新派人士，戊戌六君子血染京城。其中谭嗣同事先得到了消息，但他不走，说：“各国变法没有不流血的，今天还没有听说中国有人为变法流血，所以变法不能成功。如果要为变法流血就从我开始吧。”虽然变法运动失败了，但志士的血没有白流，他们以自已的生命惊醒国人：为中华民族图存必须与封建顽固派作斗争。这一切又给秋瑾留下了深刻的印象。
1899年前后，王廷均花了近万两银子捐了户部主事这个京官，于是带着秋瑾和儿子上京去了，到北京后，住在南横街圆通观附近的一所小宅院里。
北京毕竟不同于湖南湘潭。秋瑾第一次来到京城，即深切感受到清政府官场中勾心斗角腐败无能，加之她初次到京“室因地僻知音少”更增烦闷。同时，戊戌变法虽未成功，却也给社会带来一些变化，如：兴办学堂，办报纸，有一定的出版结社权利，她更多地接触了一些新书刊。国家的兴亡，使她这个心比男儿烈的女子忧心忡忡。
秋瑾在京时间不长，中国又掀起了如火如茶的义和团运动，扫荡着帝国主义的侵略势力，冲击着清政府的腐败统治。俄、英、美、法、意、德、日、奥八个帝国主义国家，为了维护他们在中国的既得利益。组成一支侵略军，肆无忌惮地屠杀中国人民，掠夺中国财富，破环中国城镇，使人民又一次陷入空前的战乱之中。1900年夏秋之际，秋瑾和王廷均离开北京回到别离一年的湖南。
秋瑾回到湖南仍然观注着北方战事，她不断听到八国联军在京、津一带的暴行，心中非常激愤。从她所写的《感事》这首诗中，可以看出她这时的心情：
竟有危巢燕，应怜故国驼，
东侵忧未已，西望计如何？
儒士思投笔，闺人欲负戈。
谁为济时彦？相与挽颓波。
诗中的“故国驼“是个典故，晋朝将亡时，索靖感叹洛阳宫前的铜驼将陷在荆棘之中。在这里，“危巢燕”与“故国驼”都指中华民族将要面临亡国的危机。诗的大意为：中华民族正处在危机之中，中日甲午战争的忧虑还没有停止，又面临着西方帝国主义的瓜分，该如何办呢？在民族存亡时刻，读书人想投笔从戎，妇女也欲持刀枪上战场。谁是挽救国家民族的志士？我将与他一起战斗。诗中表现出秋瑾一片热忱救国之心，正是这样强烈的愿望，促使她后来留学日本，寻求拯救祖国的真理。
民族的灾难和家庭的不幸同时向秋瑾袭来，1901年11月，秋寿南在桂阳任上病逝。秋瑾的母亲，兄弟将灵柩护送到湘潭择地安葬。失去了亲人的秋瑾一家，不忍再次骨肉分离，在湘潭住了下来。为了生计，秋瑾的母亲与王廷均家合股开了“和济钱庄”。秋家对经商完全外行，原想得到王家帮助，谁知王家介绍来的人行为不轨，第二年钱庄便破产了。经过这样的打击秋家衰落了。王家本来就势利，两家联姻是建筑在“门当户对”基础上，秋家的衰落，失去了共同基础，自然对秋家的态度也冷淡起来。秋瑾的母亲和兄弟便于1902年下半年回到远在千里之外的故乡绍兴。秋瑾别无他法，只有含泪送别亲人。
义和团运动最终以清政府向外国列强屈膝投降，签订《辛丑条约》而结束。这次不仅赔了款，允许北京附近驻“洋兵”，京城东交民巷建外国使馆，还特别提到不许中国百姓有反抗侵略者的行动。曾怆惶出逃的慈禧又回到了京城，一面对外国侵略者感恩戴德，派了官员向各公使馆送冰块、水果等慰问，一面对义和团运动大加指责，“此案初起，义和团实为肇祸之由。”“今欲拔本塞源，非痛加剿除不可。”清政府已到了寡廉鲜耻、腐败透顶的地步。