船静静地行驶在浩瀚的大海中，秋瑾站在甲板上极目远眺，思绪万千。她只身一人赴日本，不仅是为了求得自身的独立，更要寻求救国的真理和革命的同志。想到这里秋瑾满怀激情，“漫云女子不英雄，万里乘风独向东”。秋瑾迈出了在她一生中具有决定意义的一步。
日本在明治维新以前，同中国一样受西方资本主义国家的侵略。自1868年明治维新后，日本的经济有了较快的发展，特别是中日《马关条约》签订后，从中国掠夺了大量财富，加上在国内残酷地压榨广大日本人民，至20世纪初资本主义经济便有了飞速发展，国家日益强盛，于是吸引了众多的中国学生到日本来留学。
7月2日，“独立”号客船抵达日本神户港。秋瑾踏上了东瀛的土地，来不及很好地休息，又与服部繁子乘上火车。两天两夜后到达了日本首都东京。
随着中国赴日留学人数的迅速增加，留学生的情况也复杂起来。有的参加革命，宣传资产阶级民主革命思想；有的反对革命，宣传君主立宪思想；有的为了镀金，回国捞一官半职。但相当多的人是抱着富国强民的愿望到这里学习知识，寻求真理。如鲁迅先生所写他们“一到日本，急于寻求的大抵是新知识。除学习日文，准备进专门的学校之外，就赴会馆，跑书店，往集会，听演讲”。秋瑾的情况就是如此。她先到骏河台中国留学生会馆所设日语讲习所补习日语。她学习日语达到了废寝忘食的程度。功夫不负有心人，不久就基本学会了用日语进行简单的听、说、读、写，为第二年考青山实践女校作了准备。
当时的东京有很多宣传革命的刊物，《湖北学生界》、《新湖南》、《浙江潮》等，著名革命宣传家邹容的《革命军》，陈天华的《猛回头》、《警世钟》等小册子也广为传播。秋瑾如饥似渴地阅读这些刊物，感到精神无比舒畅。资产阶级革命派不仅办刊物，还经常组织集会。秋瑾热情很高，只要是浙江同乡会集会，她总是必到。就是湖南同乡会集会，她也每会必到。阅读刊物，参加集会，秋瑾的革命愿望，促使她结交了很多进步青年和革命志士。如 1904年8月以前也在东京的鲁迅，1905年初到日本的陶成章，还有宋教仁、王时泽、何香凝等，都与秋瑾有过或多或少的交往。秋瑾广交志士仁人，在海外觅得了知音。
秋瑾一边学习，一边积极投入社会活动。她在日本最初参加并组织的团体是个妇女团体“实行共爱会”。“实行共爱会”的前身“共爱会”是1903年由留日中国女生组织的，由于缺乏有力的领导和严密的组织，入会人数又太少，一直很少开展活动。秋瑾到日本后，重建了这个组织，并将原名秋闺瑾正式改为秋瑾。“实行共爱会”的会长是陈撷芬，秋瑾担任招待。她希望这个组织成为团结中国二万万妇女的机构，广泛开展妇女解放运动。她们还制定了“实行共和会”章程，提出“反抗清廷，收复中原”的口号。她们还将“实行共爱会”的章程向国内妇女界宣传。当国内传来封建顽固派破坏湖南第一女子学堂的消息，秋瑾立即写信给学堂的姐妹们，鼓励她们不要害怕，要争取男女平权，“欲脱男子之范围，非自立不可。”同时介绍日本女学的盛况，劝她们争取到日本留学，并随信寄去三十张“实行共爱会”的章程。
虽然“实行共爱会”在当时没有发挥太大的作用，但它为秋瑾从事妇女解放活动和以后的革命武装斗争，提供了某些实践经验。秋瑾在日留学期间一直从事着解放妇女的活动。不仅注意宣传，还以实际行动帮助妇女打碎封建的婚姻枷锁，争取人身自由。
陈撷芬的父亲陈范是原上海《苏报》编辑，因《苏报》案的牵连（1903年夏《苏报》刊载邹容的《革命军》和章太炎反清论文，被清政府查封）逃到日本·陈撷芬随父来日留学。陈范将女儿许给了一个广东富商为妾。陈撷芬很不情愿，但表示父命不得不从。此事在留学生中大哗，秋瑾召集全体留日女学生开大会，她激愤地说：“逼女作妾，就是乱命，事关全体女同学的名誉，非取消不可。”大家一致赞成热烈鼓掌，婚事因而未成。陈范有两名小妾，都是浙江人，秋瑾不赞成她们依附男人的生活，并认为有玷同乡的名誉，发起了浙江同学捐助两人的学费使两人终于脱离丈夫而独立。秋瑾在东京赤坂区留学生师范女校时，有一邻居女子名叫蔡行素。因丈夫时常虐待她，总是啼哭并要自杀。秋瑾气愤地说：“女子有这等非人的生活，非共同起来作斗争不可。”她多次去和蔡行素的丈夫交涉，将蔡救出火坑，并与她住在一起。以后回国探亲时，将蔡带回故乡绍兴，送她入新开办的绍兴手工学校读书，使她毕业后可自食其力。秋瑾在日留学时，经费很紧张，“每月费用则限止若干，不多用一钱”，可是看到被虐待的妇女，还是全心营救，是可见她的热心与责任感。
1904年秋，孙中山派冯自由、梁慕光在横滨成立“三合会”（合天、合地、合人之意）这是个秘密反清组织。秋瑾、刘道一、王时泽等人得知消息后，特地乘车前往横滨。
在横滨一条中国人聚居的街道（俗称南京街）某广东人开的商店里，有10个青年男女正在举行庄重的加入“三合会”仪式。
主持宣誓仪式的梁慕光，手执一把钢刀，架在秋瑾的脖子上问：“你来做什么？”
秋瑾回答：“我来当兵吃粮。”
“你忠心不忠心？”梁又问。
秋瑾声音洪亮坚定地回答：“忠心。”
“如果不忠心，怎么办？”梁进一步问。
“上山逢虎咬，出外遇强人！”秋瑾毫不犹豫地回答。
其余几个依次同样宣誓完毕后，冯自由和梁慕光横牵一幅六七尺长的白布，上面写了“翻清复明”四个大字，各宣誓人俯身鱼贯从布下穿过，表示忠于主义。又在室内烧一堆火，各宣誓人从火堆上跳过，表示赴汤蹈火在所不辞。最后，会员共饮鸡血酒，表示会员都是生死不渝、患难相共的结盟兄弟姐妹。在这次会上，刘复权被封为洪棍（此人后来变节，被黄兴枪决），秋瑾为“白扇”（即军师），刘道一是“草鞋”（即将军）。
加入“三合会”后，秋瑾的革命精神更强。对于志在反清的爱国青年引为同志，滔滔雄辩，无话不谈，广为结交。对于专讲吃喝玩乐的纨袴子弟，深恶痛绝，不相往来，有时还当面呵斥，毫不留情。对于借留学为升官发财途径的人，她最痛恨，展开面对面的斗争。有个浙江留学生胡道南就是这样的人。一次秋瑾因谈论反清革命与男女平权问题，彼此意见不合发生争执，秋瑾当面骂他是“死人”。1907年秋瑾在绍兴大通学校被捕，就是他向绍兴府知府贵福告的密。
为了能唤起更多的民众参加革命，秋瑾把演说视为革命斗争的一种武器，她积极参与成立“演说练习会”，提供提高演说的技巧。她说：“开化人的知识，感动人的心思，非演说不可”。她自已经常登台演讲，身体力行。她的语言生动，感情充沛，讲到慷慨激昂之时听者无不为之感动。
在成立“演说练习会”的同时，秋瑾还倡办《白话报》。当时中国流行文言文，而白话文的文章浅显通俗，文化不高的妇女也可以读。1904年中秋节，《白话报》创刊，上面发表了以“鉴湖女侠秋瑾”署名的文章《演说的好处》，文中列出演说的种种好处，尤其在中国大多数劳动者不识字不能看报情况下，演说就更为重要。第二期、第三期的《白话报》上，亦有秋瑾多篇文章，她通过报纸宣传爱国，揭露清朝官场腐朽丑态，呼唤男女平权。
秋瑾经过半年紧张艰苦的学习生活，于1905年初在日语讲习所结业，报名转入东京青山实践女校附设的“清国女子师范工艺速成科”。她带来的经费快用完了，正值假期，他决定回国探亲筹措学费，并且帮助青山实践女校在中国招收师范、工艺两科学生。
此时，光复会首领陶成章来到了日本。陶成章在浙江一带会党中名望很大，秋瑾通过亲戚介绍认识了他。回国前秋瑾向陶成章了解浙江会党的情况，陶成章热情地将会党一年来的活动情况详细地告诉了她。秋瑾听了很兴奋，决心加入光复会，并与浙江各地的会党建立联系。陶成章开始认为她是女子，不适合搞武装起义，但经不住秋瑾的再三要求，还是同意了她的要求，并为她介绍了光复会的另外两位首领，即在上海的蔡元培和在绍兴的徐锡麟。