1666年，苏克萨哈上疏请辞辅政，鳌拜乘机诬陷苏克萨哈请辞是不愿意归附朝政，将苏克萨哈及其子杀害。在除去苏克萨哈之后，鳌拜的权势更加强盛，康熙帝也更难控制朝政了。加之鳌拜得到了纽钴禄氏遏必隆的依附，使得整个爱新觉罗氏皇族都受到了威胁，原本支持辅政四大臣的太皇太后开始转而支持康熙帝向鳌拜夺回政权。
索尼的第二子索额图原领侍卫，在康熙帝亲政后，于1668年任吏部侍郎。次年，自请解除其职务，在皇帝左右效力，仍为一等侍卫，并助康熙帝除去了鳌拜。1669年，康熙帝在鳌拜入见之际将其逮捕，交由议政王审问，最后将鳌拜革职拘禁，鳌拜最终死于狱中，依附鳌拜的遏必隆则削职免罪。在太皇太后的支持下，康熙帝顺利清除了鳌拜党人，一举夺回政权。
清除鳌拜一党之后，康熙帝建立起了新的统治。索额图是逮捕鳌拜的重要功臣，被康熙帝任命为内国史院士兼佐领，佐理军政。此后康熙帝继续任用各部汉官。
康熙帝的生母佟佳氏原本为汉军旗人，康熙帝生于北京，自幼就学习汉文化，因此和那些出身奴隶主的老一辈满洲贵族完全不同。在康熙帝除去鳌拜之后，在索额图、熊赐履等人的辅佐下采取了一系列的新措施来平衡满汉大臣们的需要。
康熙帝首先为那些因遭到鳌拜陷害致死的大臣们平反昭雪，并恢复他们的爵位。然后于1669年6月正式下诏停止圈地。顺治时期实行的内阁制也被康熙帝恢复，并统一了满汉官员的品级。1671年，康熙帝以国家统一，祭告太祖太宗为名回盛京进行祭祖，沿途接受蒙古亲王的朝见，并巡视盛京内外，对年老及鳏寡孤独者都赏赐了银两。通过这一次的回乡祭祖，康熙帝顺利争取到了辽东地区还未迁入关中的满族故老的拥戴。在制定各项方针之后，康熙帝又修订了各项具体的法令制度，以此维持社会秩序。1673年，康熙帝下令禁止八旗包衣佐领下奴隶随主殉葬的旧习俗，进一步削弱了奴隶制的残余。
在清除鳌拜之后的三四年之间，康熙帝采取多种措施，缓和了辅政时期激化的矛盾，在康熙帝还未来得及进一步完善其统治制度的时候，1673年，爆发了以吴三桂为首的三藩叛乱，清朝不得不将注意力转移，全力应对这场声势浩大的战乱。
顺治帝与多尔衮时期，采用封王的方法，利用汉族将领镇压反清的农民军和南明军，并取得了很大的成功，但是在康熙帝即位之后，南明军大体上已经被消灭，而这些军阀与清政府之间的矛盾开始逐渐尖锐。
这些军阀之中，兵力最强大的藩王就是吴三桂。四大臣辅政时期曾免去吴三桂节制云贵督抚的事权，并拟裁剪吴三桂招降汉兵的五分之二。吴三桂面临行政权及兵权都将要被削弱的境地，和清政府之间的矛盾也日益加深。
康熙帝在亲政之后，打算撤销各藩王的藩封，这一举措引起了吴三桂的不满，于是决定起兵反清。随即，吴三桂发布了檄文，声称要“兴明讨清”，将于1674年正月推奉朱三太子称帝。虽然吴三桂为自己此前反叛之事的辩解违背事实，但他决意兴明讨清，在当时的汉人官员和将领中，仍然足以鼓动人心。
吴三桂的反讯震惊了清政府，索额图认为，吴三桂之所以反叛是因撤藩而引起的，为了避免战乱的蔓延，康熙帝急令停止广东和福建两王的撤藩令。吴三桂的儿子吴应熊原本留在京师做额驸，实际上就是作为质子。在吴三桂反叛之后，康熙帝立即处死了吴应熊及子世霖，以表示对吴三桂叛乱的坚决镇压。
吴三桂在起兵之后随即传檄各地，与各地的汉族军将相联络，这些汉族军将多是明朝旧臣，虽然投降了清朝，但和清政府之间一直都存在着严重的矛盾，因此在吴三桂起兵反清之后，各地的官员都纷纷响应，使得吴三桂的割据之战迅速发展成为大规模的反清战争。
1673年，吴三桂在云南起兵后，贵州提督李本深首先响应，西南云贵川三省不战而自动统于吴三桂麾下。在吴三桂控制西南之后，主力进攻湖南，于1674年一举攻下常德，并由长沙进兵，攻取了江西三十余城。虽然在吴三桂反清后，康熙帝即刻下令追回其他两王的撤藩令，但却为时已晚。同年，靖南王耿精忠起兵响应吴三桂，在福州自称总统兵马大元帅。而孙延龄也在广西自称安远大将军，起兵反清，广西全省都脱离了清朝的统治。同在这一年，郑成功的儿子郑经也以“南明桂王”年号发布檄文，正式起兵反清。
吴三桂自反叛以来，仅一年多的时间里，西北起自陕甘、东南至台湾、福建到处都燃起了反清的烈火。只有广东的尚可喜在清朝停止撤藩之后上疏效力清朝，被康熙帝晋封为亲王。到1675年之际，反清的地区发展到云南、贵州、四川、广西、台湾的全部，福建、陕西、甘肃、湖南的大部，湖北、江西、浙江的一部，清政府失去了对大部分汉族地区的控制权，处在极其被动的地位，面临着巨大的威胁。
虽然各省汉将都纷纷起兵，但吴三桂却依然停留于封授虚衔，而没有及时组织作战。各地的军将们处于各自为战的局面。有人建议吴三桂迅速渡江，直取金陵，但吴三桂知道自己声望不高，不容易得到广泛的拥戴，缺乏必胜的信心，故而一再犹豫不前，割据一方。这使得清军有了反攻的机会。
1674年夏，康熙帝派出满族诸王领兵南下，全力镇压叛乱。到1676年冬至次年春之间，战争的形势发生了急剧的转变。王辅臣、耿精忠、孙延龄等将领相继投降清朝，郑经败走，吴三桂日益陷入了孤立之中。
1678年，吴三桂起兵反清作战已有六年，由于战争形式逆转，部下劝他称帝封臣来鼓舞士气。3月，吴三桂在湖南衡州建号“周”，自称周帝。但吴三桂的这一举动显然抛弃了复兴明朝的大旗，在军事不利的情况下，吴三桂让自己在政治上也陷入了不利的地位，明朝的旧臣再没有人起来响应。在称帝后不久，吴三桂就病死在衡州。此后，吴三桂之孙吴世璠称帝，更无政治威望，只凭借着吴氏家族在西南多年蓄积的兵力，与清政府抗争了三年之后败亡。
自吴三桂起兵反叛到镇压结束，这场战乱前后经历了八年之久，波及十几个省区，各地连年战乱，民不聊生，清王朝所遭受的打击是十分沉重的。但这场意外的长期战乱也使清朝经受了严峻的考验。年轻的康熙帝在亲政后不久，就领导这场艰难的战争走向了胜利，使得他在满汉臣僚之中威望大增，并使得自己的统治更为稳固了。
郑经在败走之后，于1681年在台湾病死。在郑经死后，其长子郑克臧被侍卫冯锡范等人杀死，次子郑克塽继任其位。清政府得知郑经死讯后，随即起用施琅攻取台湾。1683年，施琅受封水师提督率领战船出征台湾，全歼郑氏水师。康熙帝下令招抚台湾军民，郑克塽等剃发投降，受封为公爵。此后，台湾府归于清朝统治之下，直属于福建。
在战争全部结束之后，1684年，康熙帝亲自到山东和江南一带巡视，称为“南巡”。此次南巡的目的即是安抚南方的汉族人民。此次南巡沿途所需要的物品都由内务府提供，而不向民间征取。此次南巡中，康熙帝对廉洁官员进行褒奖，对居官不谨者作出处置，这些举动为缓和满汉之间的矛盾取得了一定的成效。康熙帝还先后任用了一批汉人官员，使得汉人文臣进入了统治集团的核心。
清朝封建统治制度的确立
康熙帝成功镇压了汉族武将的反抗，同时又争取到了汉族文士的支持，尤其在1684年的南巡之后，清朝统治区内开始呈现出了稳定的局面。清政府在与被统治民族的反复斗争中取得了胜利，巩固了其统治，并从实践中逐步放弃满族传统的奴隶制度，转而接受了汉族的封建制度和汉族传统的封建文明，奠定了它对全中国的统治。
康熙帝在除鳌拜，平定战乱之后，巩固了自己的统治，并逐步对社会政治、军事以及经济等方面的各项制度和措施进行了一定的改变。
1670年，康熙帝恢复内阁，并加强了其职权。六部在康熙帝时期沿袭顺治时期的定制，由吏、户、礼、兵、刑、工等六部来分掌政务。吏部掌管全国文职官员的考核、升降、赏罚、任免等；户部管理户籍、田地、赋役及财政等；礼部掌管国家典礼仪制、学校以及科举，并接待外国使臣；兵部掌管全国军事及武职官员的考核任免，以及武生考试，军械、驿站和邮传等事宜；刑部掌管全国刑罚政令，与都察院、大理寺合称三司法；工部则主管修建宫殿、城池、兴修水利等工程。
内阁和六部的官员都规定要满汉并用，并有定员，官员出缺，才能补授，因此又被称为“官缺”制。康熙帝多次强调满汉一体，但实际上，六部郎中、员外郎等下级官员，满缺却多于汉缺。康熙帝利用官缺的选授方式，协调着满汉之间的矛盾，从而保持了政局的稳定。
康熙帝在恢复内阁设置的同时，也恢复了翰林院的设置。翰林院的学士品级和内阁相同，翰林院的官员们虽然品级都不是很高，但是却因为能够接近皇帝而更有机会晋升。清朝时期的汉人大学士以及各部尚书几乎都是翰林出身，而国子监祭酒、司业，内阁学士等官员只能授予翰林出身之人。
皇族与宫廷机构之中还专门设有一些机构来管理皇族与宫廷之中的事务，是不属于内阁的，其主要有宗人府、内务府以及敬事房。
宗人府主要掌管皇族继嗣、封爵、授职、调迁、降革、赏罚等事宜，并编纂皇族谱系，登记生死档案；内务府主管宫廷事务，宫廷的财政收支、皇室膳食、衣装、祭祀、游幸以及宿卫宫城的上三旗军营事务等都是由内务府所掌管；敬事房主要管理内监的甄别、任免、调迁以及赏罚等事务。
在地方官制方面，清朝沿袭明朝的制度，分设直省，每省设置巡抚。地方官员除了行政长官之外，还分别设有掌管经济和文教等事业的专职官员，地位较高的主要官员有学政、漕运总督、河道总督以及盐政等。地方的各级官员也有固定的满汉官缺，督抚一级满缺多于汉缺，而府县的地方长官则主要是汉人担任。
兵制方面，清军原是以满洲八旗兵力为主要兵力，在三藩战后，康熙帝对清朝的兵制做出了较多的改革。
在定都北京之后，满洲八旗兵成为保卫国家以及镇压人民的工具，有了禁卫军与驻防军的差别。禁卫军主要驻守于北京，分在京城各地。镶黄旗在安定门内，正白旗在东直门内，镶白旗在朝阳门内，正蓝旗在崇文门内，正黄旗在德胜门内，正红旗在西直门内，镶红旗在阜成门内，镶蓝旗在宣武门内。满洲八旗被皇帝视为最为可靠的军事力量，是国家的根本所系。禁卫八旗兵以满洲八旗为主，又称为京旗。如遇到战事，则派出作战，战后仍然回到京城。而驻防八旗兵则是分驻全国各个军事重镇，总数大约数万，后逐渐有所增加。
八旗军属于国家军兵，其军需俸禄都由朝廷所提供。但八旗兵驻守京城，脱离农事，只依靠粮饷及朝廷的赏赐来过日子，并且聚集在京城里，无所事事，战斗力也日渐削弱。在康熙时期，随着封建统治的确立，八旗兵从奴隶制兵转化成为封建国家的军队，而八旗兵丁的生计问题也越发严重起来。
蒙古八旗与汉军八旗也有禁卫与驻防的差别，从编制上来说基本上与满洲八旗相同。编入汉军八旗的兵丁在地位上来说低于满洲八旗，但因为较早投降清朝，并立有战功，因而在军事及政治地位上又都优于入关之后的汉人降军绿旗兵。
绿旗兵是清军在入关之后的作战中陆续收降的明军所编组的，因旗帜一概用绿色，故而被称为绿旗兵。绿旗兵以营为其主要的基层编制，故而又称为绿营。在三藩战后，康熙帝对各地的绿旗兵作出了一系列改革。
康熙帝规定，绿旗兵的将官任免由兵部掌管，将官不能世守一方，统率一军。将领们也不得再豢养自己的私人武装力量。将帅调兵遣将都要呈报给皇帝批准才能进行。也就是说，如果没有皇帝的谕旨，那么将帅就不能够调动本部兵丁。
康熙帝一直对绿旗兵存有戒心，故而一直采取各种措施加强对绿旗兵的控制，并规定在绿旗将官出缺时，可以派遣满人补任，而满洲八旗兵与绿旗兵共同作战之际，绿旗兵要接受八旗将领的指挥。
康熙时期，承袭了顺治帝时期的法律进行条例的编修，司法机构与程序日趋完备。
朝廷最高的司法机关为三法司，即刑部、都察院以及大理寺。外省刑案由刑部复核，京都案件也交由刑部审理，如果是不需要经过三法司会审的案件，都察院及大理寺就无权过问。而需要进行三方会审的案件，也主要是由刑部主稿。
地方的司法沿用明朝制度，由行政机关进行审理。但重大案件需要呈报，专呈按察使，以至巡抚、总督。地方的重大案件判处死刑要经过刑部进行复核，并由六部尚书与通政使、都察院左都御史以及大理寺卿等九人会同定案，照例在每年八月进行，称为“秋审”。
满汉官员如果犯罪，要先呈报给皇帝请旨，司法机构不能够自行进行提审。而如果是满族宗室犯罪，则需由宗人府进行审理。
在处刑的时候满人是优于汉人的，可以依据律法进行“减等”或者“换刑”。
虽然清朝大部分律法沿袭了明律，但仍然存在着维护残存满族奴隶制度的律法，以保护奴隶主对奴隶的统治。律法规定，家生奴仆及契买奴仆都要世世为奴，而奴婢也不能够与良人通婚。奴婢如果殴打主人要判处死刑，但主人如果杀死了奴婢，则只需杖刑或徒刑。
在各级官员的选任方面，满官主要来自于八旗贵族，由皇帝直接任命或推举。汉官则主要来源于科举。科举被视为汉官出身的正途，满官科举出身的则非常少。清朝时期的科举制度和学校都沿袭明制，没有太多改变。
康熙帝在其统治时期，尤其是三藩战之后，全面接受了汉族的封建统治以及封建文化。虽然在局部范围内，清朝仍然保留着满族的奴隶制，但从整体说来，清王朝的封建制度在汉族地区已经基本上确立了。
统治集团的内部斗争
康熙帝早年依靠索额图等人的支持诛灭了鳌拜集团，索额图由此成为康熙帝左右的重臣，任国史院大学士，1670年建内阁，为保和殿大学士，1672年加封太子太保头衔。康熙帝皇后是索额图兄长噶布喇的女儿，于1674年生下皇子胤褆，次年胤褆被立为太子。索额图开始专权贪贿，搜刮财富。
满洲正黄旗人明珠是叶赫纳喇氏贵族，1672年出任兵部尚书。明珠曾经附和撤藩，在吴三桂反叛之后，索额图曾上疏请康熙帝将建议撤藩的大臣诛杀，康熙帝不同意。1675年，明珠调任吏部尚书，次年授武英殿大学士，加封太子太师，明珠的权势仅次于索额图，开始结纳党羽，形成了又一个专权贪贿的官僚政治集团。1680年，索额图因病解任，明珠一党由此开始专权朝政。