明珠一党中的要员主要有汉官余国柱，满人大学士勒德洪，汉人吏部尚书、文华殿大学士李之芳，以及历任工、刑、户部尚书的佛伦等，地方官员中则有云贵总督蔡毓荣及湖广巡抚张汧等人，被称为“北党”。
索额图解任之后结纳了李光地等汉人儒臣，侍奉皇太子，在朝中依然有一定的势力。明珠一党由此准备阴谋反皇太子，并暗地排斥侍奉皇太子的官员。随着明珠一党势力的扩大，康熙帝也逐渐开始察觉，1688年正月，在康熙帝支持下，郭琇上疏弹劾明珠和余国柱一党，二月，康熙帝召集内阁大臣，将勒德洪、明珠革去大学士一职，并将余国柱以及佛伦等人革职解任。这是清朝统治中枢的一次重大变动。
在明珠党败后，户部尚书管兵部事梁清标与礼部尚书满人伊桑阿并任为大学士，原刑部尚书张玉书为兵部尚书，徐乾学为刑部尚书，吏部侍郎李天馥为工部尚书，共同组成了新的内阁。徐乾学是江南人士，翰林院的江南汉人官员以徐乾学为首形成了号为“南党”的政治集团。南党接近皇帝，拥有一定的权势，像康熙帝倚信的官员高士奇，也属于南党一派。
1688年，在审讯张汧贪污案之际，牵连出了徐乾学及高士奇等人收受贿赂之事，康熙帝下令暂停质讯，之后命高士奇等人休致回籍。徐乾学等南党人一再遭到非南党汉人官员的弹劾，但康熙帝却对其一再宽容，实际上这也是对南党一派和江南地主士大夫的宽容。
1691年，因明珠案而被免职的佛伦被任命为山东巡抚，追究前任巡抚的贪污案，由此再次牵扯出徐乾学，徐乾学被免职。在徐乾学失势之后，北党开始起来进行报复，朝廷中的党朋之争愈演愈烈。
康熙帝一直致力于消弭朋党，于是继续贯彻争取江南士大夫支持的执政方针，于1694年召回徐乾学、高士奇及王鸿绪等人。后徐乾学病死，康熙帝恢复了其尚书等官职，王鸿绪入京之后出任工部尚书，高士奇则直属南书房。
在索额图与明珠党的争斗之中，太子胤礽是索额图的支持者，在明珠党败后，索额图再次被起用。1689年，索额图率领使团与俄国谈判，1690年后领兵与噶尔丹军队作战，屡立战功，其被革去的爵位一一恢复。1701年，索额图致仕，但在朝中依然拥有非常强大的势力，同时也是太子胤礽最信任的支持者，索额图一党也逐渐演变成为太子党。
在1690年至1697年间，康熙帝两次亲征准噶尔，留皇太子在京师执政。康熙帝返回京师之际，发现皇太子所用的各种物件颜色都和皇帝相同，甚至定下的一切礼仪也与皇帝相同。康熙帝开始对太子党产生了怀疑。1703年，有人告发索额图等人“背后尤怨，议论国事”，于是康熙帝捉拿索额图下狱。后索额图死于狱中，朝野震动。
诛除索额图一党之后，康熙帝对太子依然疑虑重重。1708年，康熙帝决意废除太子，后将太子胤礽幽禁，并命皇长子胤褆和皇四子胤禛负责看守。在胤礽被废之后，围绕太子废立的党争又再次推向了高潮。
太子胤礽被废除之后，康熙帝没有另立新储，各皇子及依附的大臣们开始密谋争夺皇太子之位。康熙帝共有三十五个儿子，其中十五个儿子早死，一个儿子出继，实际上来说有十九个皇子。皇子们各自结交权臣，招揽门客，以谋求太子位。其中大皇子胤褆党羽众多，引起康熙帝不满，后又被皇三子胤祉揭发其曾用秘术谋害胤礽，康熙帝将胤褆革爵幽禁。在太子胤礽被废之后，随即就有人提出立皇八子胤禩为太子，康熙帝不悦，开始对胤禩产生怀疑，后胤禩被革去了贝勒一职。
1709年，康熙帝复立太子胤礽，同时也对其他皇子加封晋爵，以求稳定局势，其中皇八子胤禩也在胤礽被释之后恢复了贝勒爵位。三子胤祉、四子胤禛以及五子胤祺等都由郡王晋封为亲王，七子和十子都晋封郡王，九子、十二子和十四子则封贝子。
康熙帝复立太子胤礽之后多方扶植，为继承皇位作准备。1711年，康熙帝去热河行宫避暑，得到密告说太子和多名大臣结为朋党，康熙帝大怒，严查此事，次年，再次将胤礽废黜禁锢。胤礽此次再立不满三年。在胤礽再次被废之后，皇八子胤禩又谋继位，后被康熙帝察觉。1714年，康熙帝出巡塞外，乘机追查胤禩党羽之事，随即对其进行了严密的监视。
在诸皇子争夺储君之位的争斗中，皇四子胤禛一直在康熙帝面前亟表恭顺，不露行迹，但暗中却一直结纳朝臣，多方活动。胤禛在二十一岁时封贝勒，在胤礽第一次被废之际，在康熙帝面前屡次为其保奏，在康熙帝复立胤礽之际，对胤禛大为赞赏，次年晋封其为雍亲王。
1722年，康熙帝在寝宫病死，宫中传出遗诏，称“皇四子胤禛人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统，着继朕登基，即皇帝位。”雍亲王胤禛随即奉诏即位，即清世宗，改年号为“雍正”。
雍正帝时期的封建专制统治
雍正帝继承皇位时是45岁，至58岁病逝，前后在位共13年，在这13年中，雍正帝采取了一系列强硬措施，进一步发展康熙帝时期所建立起的封建统治制度，并极力矫正康熙帝晚年实行“仁政”所留下的种种积弊，使得吏治败坏的清朝政局颇有振作的气象。
雍正帝在继承皇位之前曾经历了长期的皇子争夺战，在即位之后随即便采取各项措施来稳定局势，革除隐患。
雍正帝登基之日就下令胤禩、胤祥与大学士马齐、尚书隆科多等四大臣总理国家事务，并晋封胤禩和胤祥为亲王。胤祥原本就是雍正帝的支持者，而胤禩在长期夺位之中，在朝中拥有一众党羽，权势不容小觑，晋封胤禩实际上是为了暂时稳定局势，安抚胤禩一党，以图时机进行清除。后雍正帝又召皇十四子胤禵回京奔丧，胤禵是雍正帝的同母兄弟，于1718年受命为抚远大将军征讨准噶尔，在康熙帝病死的时候，胤禵正领重兵在外。雍正帝召回胤禵守陵，并于1723年解除其兵权，将其留居京师。在1722年之际，雍正帝又下令，改兄弟同辈诸王的名字中“胤”为“允”，以避皇帝名讳。为了消除康熙帝以来，各皇子结党营私争夺皇位的积弊，雍正帝还宣布将会亲自将皇位继承人的名字书写密封在匣内，放置于乾清宫正中匾额之后，皇帝死后才能取出。此后，清朝不再立太子，以避免朋党之争。
1724年12月，被康熙帝废黜的太子胤礽在囚禁中病死，雍正兄弟中的政敌主要是胤禩一党。1725年2月，雍正帝撤销了四大臣总理朝政的事务，并对胤禩加以斥责。7月，雍正帝革除了胤禟的贝子封爵，将其幽禁在西宁。11月，内务府属下聚众喧闹，雍正帝说胤禩是祸首，将其押往宗人府会审。不久之后，又查出胤禩曾私自毁坏康熙帝御批的事宜。1726年正月，雍正帝将胤禩削去皇室宗籍，并禁锢高墙。其后于八九月间，胤禩和胤禟相继死于狱中。雍正帝就这样一举消灭了自己的政敌。
雍正帝在位期间，对满汉大臣及文士采取了控制镇压的方针。
在雍正帝即位之后，曾召回了胤禵，后命年羹尧总理大将军事务。年羹尧是汉军镶黄旗人，于1709年出任四川巡抚，1718年擢升为四川总督，1721年升任川陕总督，镇守一方。1723年，年羹尧授抚远大将军，驻守西宁，并进兵青海，击败了和硕蒙古，次年晋爵为一等公。年羹尧主持西北军务，战功卓绝，权势也日渐强盛。雍正帝担心年羹尧功高盖主，对其起了疑心。但因年羹尧在西北立有战功，雍正帝担心若是将其随意处死之后人心不服。后雍正帝命各省将军督抚提镇弹劾年羹尧，将其逮捕入狱。后雍正帝诏命年羹尧在狱中自裁，并斩其子与宾客。
隆科多是康熙帝孝懿仁皇后的弟弟，雍正帝称他为舅舅。在康熙帝病死后，隆科多传遗诏雍正帝继位，此后被雍正帝所倚重，任为总理事务大臣，兼吏部尚书，加太子太保衔。1725年，雍正帝定年羹尧罪状之际，隆科多提出将其罢任留爵，引起雍正帝不满，认为隆科多想要徇私包庇，将其太保衔削去，撤销总理大臣职务。1726年，隆科多又因家仆牛伦贪赃枉法而遭罢黜尚书之职。1727年，因私藏玉牒被雍正帝禁锢，次年，死于禁所。
在雍正帝处置年羹尧和隆科多时，也涉及到一些依附于他们的汉人文士。其中汪景琪、钱名世、查嗣庭三文士的案子震动一时。
汪景琪是浙江钱塘人士，曾为年羹尧记室。1725年，朝廷在搜查年羹尧书信之际，搜出了汪景琪所写的《西征随笔》。雍正帝指责其中的记事文字对康熙帝不敬，并诽谤雍正年号，于是将其处斩，枭首示众。
钱名世是江苏武进人，任翰林院侍讲。钱名世曾作诗赞颂过年羹尧，雍正帝以此将其革职。并令众官员作“刺恶”诗攻讦钱名世。翰林院侍读吴孝登和陈邦彦等人因作“刺恶”诗不合雍正帝意，被罢黜职务并发配为奴隶。
查嗣庭是浙江海宁人，曾由隆科多引荐任礼部侍郎，于1726年出任江西考官，据说因曾出题“维民听止”，被指为将雍正帝的“雍”字去首，此后又被搜出两本日记，被指有讥讽诽谤朝政的词句，后被雍正帝革职囚禁，死于狱中。其家属被流放，其兄长查慎行为翰林院编修，为一代名士，也因此案被罢黜职务回原籍。其弟弟也为翰林院编修，被贬谪关西，于1734年病死。
康熙帝时期一直极力争取江南名士的支持，来稳定清朝的统治。但雍正帝却以三士之狱杀鸡儆猴，压制江南士人。在汪景琪、钱名世和查嗣庭案之后，雍正帝随即又处治了广西谢济世案和湖南曾静案。
谢济世于1726年考选浙江道御史，弹劾了河南巡抚田文镜等人营私贪虐的罪状。田文镜是汉军正黄旗人，曾受到过雍正帝的嘉许。雍正帝由此对谢济世不满，将其夺去官职进行审讯。后广西巡抚李级也弹劾田文镜等人，雍正帝认为李级受了谢济世指使，御史将谢济世革职发往阿尔泰军中服役。
曾静案在雍正帝时期曾震动朝野。在清朝初期，浙江文士吕留良隐居山林，着书立说来传播反对满人的思想。康熙帝时期，吕留良病死，其弟子严鸿逢继续传播其学说。曾静是一落第书生，在吕留良的儿子吕毅家中得到了吕留良所着的书，与严鸿逢门人沈在宽等秘密联络准备反清。后曾静被雍正帝所拘捕，解押来京。雍正帝赦免了曾静和其弟子张熙的死罪，命其到江浙各地宣讲其悔悟的过程，以消除汉人的反满思想。雍正帝在镇压汉人文士之后，对臣民加强了思想统治。
在康熙帝末年，由于提倡理学，并施行“仁政”，对臣下宽容放纵，致使清朝吏治败坏，严重威胁到了朝政。雍正帝即位后随即以雷厉风行之势开始大力整顿吏治。
雍正帝首先对各级官员进行审查，先后降旨革除了江西巡抚王企清、湖广巡抚张连登、直隶巡抚赵之垣、山西巡抚苏克济、河道总督赵世显等多名不能胜任的官员。随即下令各省督抚整饬官吏。1726年，又对朝中各部官吏进行整顿，裁减了大批冗员。
贪污舞弊一直是朝政中的大弊病，雍正帝即位之后就即刻下令，限各省督抚在三年内核查所有钱粮，凡有亏空，必须在三年内如数补足，但不能从民间苛取。如果限期内不能补完，要从重治罪，补完之后如果还有亏空，就绝不宽待。1726年，雍正帝所定的三年期限已满，各省都还未报奏清理就绪，于是再宽限三年，并下令如果到期仍旧不能完成，就将督抚从重治罪，若实在有难处，可以奏报请旨。官员们贪污贿赂是长期形成的积弊，雍正帝的举措固然不可能将这些积弊扫荡一空，全国各地的钱粮亏欠也不能够全数补齐，但这些举措对官场侵贪的劣习给予了沉重的打击，在整顿吏治的过程中成绩显着。
康熙帝晚年提倡理学，要求臣僚对上忠顺，对下宽仁。结果，朝廷之中，所谓忠顺变为了逢迎，而所谓宽仁则成为徇私舞弊，形成了十分不好的风气。雍正帝在即位后，致力于理财惩贪的同时，也力图矫正官场风气，他提出了“实心实政”的方针以整顿吏治。在处治庸劣官员的同时，雍正帝也极力褒奖专心实政，有所贡献的官员，以此来从实处倡导实政，摒弃积习。
雍正帝为加强对各级官员的控制，并深入了解情况，特别拟定了密折言事的制度。雍正帝命朝中科道诸臣，每日每人上密折，一折只说一件事，无论大小都要据实陈述。地方的官员也可以呈递密折进行陈奏，密折需要官员亲自书写，直送京师，不能泄露，这对官员有了一定程度的限制。
雍正帝时期对于中枢统治制度和赋税制度都做出了重要改革，成为此后清王朝历代相承的定制。
在中枢统治中，雍正帝设立了军机处，掌管当时的军事机密。军机处满汉大臣并用，但大学士和军机大臣的领班需由满官所担任。这些官员文武兼备，既熟悉各院事务，又了解地方情况，并具有一定的军事经验。雍正帝与军机大臣们一起处理各地所呈送的文书，之后批交给内外官员进行办理，使得手续简单快捷，从而也加强了朝廷的统治职能，议政王大臣会议逐渐被军机处所取代。
在税赋方面，雍正帝在全国绝大部分地区推行摊丁入亩制度，占地多的地主必须多缴纳田赋以及附加的地丁银。而占地少或没有地的农民则可以少交或者不交赋税，有效减轻了贫苦农民的负担。在此制度推行之后，入籍的户口显着增多，逃隐的人丁也减少了。雍正帝时期，还将各地大批不在籍的贱民们升等为良民，使得编入户籍的民户人口也大大增加。
雍正帝时期进一步加强了对边疆地区的统治。雍正帝先后击败了青海和硕特蒙古和准噶尔部贵族的反抗，并与俄国订立了恰克图条约，划定清朝在喀尔喀蒙古地区的疆域，并进一步加强了东北方的边防。雍正帝还在西南各民族地区订立了统一的官制，加强边疆地区的统治，为乾隆时期清朝疆域的确立奠定了基础。
1735年，雍正帝病逝，大学士鄂尔泰、张廷玉等大臣宣读了雍正帝的密旨，命皇四子爱新觉罗·弘历继承帝位。
乾隆帝的统治
乾隆帝弘历是雍正帝第四子，自幼深居宫中读书，尤其喜好汉诗文，虽然参与过军事会议，受封为和硕宝亲王，但基本上还是生长于深宫之中，与前朝皇帝即位前的经历迥然不同。在雍正帝死后，乾隆帝在庄亲王允禄、果亲王允礼及大学士张廷玉、原大学士鄂尔泰等宣诏之后正式即位。
在乾隆帝服丧期间，允禄等总理事务王大臣执政，撤销了雍正时期设立的军机处，另设总理事务处办事。这一段时期内，乾隆帝不时会过问政事。直至1737年，乾隆帝服丧期满后亲自执政，总理事务王大臣解任，其总理事务处也撤销。乾隆帝恢复军机处设置，以鄂尔泰、张廷玉等为军机大臣，组成了自己的统治集团。