由于两国领导人的共同努力，李光耀的这次雅加达之行取得了可喜的成果。在苏加诺总统举行的国宴上，李光耀总理发表了热情洋溢的声明：“我们的友好和合作的愿望是发自新加坡人民内心的。新加坡人民极为愿意与我们第二个最亲密的邻邦——印度尼西亚共和国——在文化和贸易方面有更加友好和更加亲密的关系。”李光耀保证说：“新加坡不允许在其管辖的领土范围内从事任何损害印度尼西亚安全的事情。这就是我们对待我们邻居印度尼西亚人民的根本友谊。愿这种伟大的友谊在相互尊重、相互繁荣中茁壮成长。”
从雅加达回到新加坡，李光耀又开始了那永远也忙不完的工作。他的政府首先通过了《国籍法》，接着又实施了《新工厂法》。律师出身的李光耀，格外重视以法治国，用法律的形式鼓励国民和外国企业家在新加坡办工厂、办企业，以促进经济的持续增长。但新加坡的人口出生率也很高，达39.8%，是当时世界上人口出生率最高的国家之一，而且国内有半数人口的年龄在15岁以下。这一切，既是好事，又是坏事。李光耀经常与内阁成员商量，采取有效措施，扩大贸易，发展工业，使全国经济形势处于良好状况，使人人都能就业。
那段日子，李光耀常常与他的内阁成员一起思考这样一些问题：为什么只有少数的发展中国家，在教育、卫生、生活水准、社会和社区服务等方面取得进展？为什么有那么多国家的领导人高谈阔论而不实事求是，致使自己难堪，并且令人民感到绝望呢？为什么只有一些工业国家有比其他国家更有秩序和更有纪律的社会呢？为什么只有少数国家的街道较为安全和清洁，它们的人民又较有礼貌，有自信心呢？为什么一些贫穷的国家常常发生种族、部落、语言、宗教、文化等问题的斗争？为什么许多发展中国家的统治阶级很富而人民却很贫穷？
李光耀曾经这样对他人说道：“我经常要对这些百思莫解的问题进行反省，因为，我们的国家没有广大的土地，没有庞大的人口，没有天然资源，只有225平方英里的面积，加上一些外围的小岛屿，容纳着200万人口。如果经济发生问题，我们的人民将要挨饿。特别是在我们的货币局制度下，我们是无法乱发没有足够保证金的纸币来使金融活跃的。”
李光耀特别强调人的作用。他曾经这样说过：“我们应该牢记着，人才资源可以补救天然资源的缺乏。我坚信：人定胜天。”
李光耀还具体分析了新加坡人的特点和优点。他这样认为：“大部分新加坡的公民是移民，是从印度尼西亚、印度和中国等国家移民而来的，在这里落叶生根的历史都不太长，国家的脚跟还没有站稳，不时还受这3个具有悠久文明的亚洲大国的影响。”“而在这个世界上，稳健生存、发展、有巨大成就感的移民国家有的是，如美国、澳洲、新西兰等，他们的经验都值得新加坡学习。”“大部分移民之所以要脱离他们的祖国，是因为他们要寻求比较好的生活，因此，这些移民富有‘创造性的冒险精神’这个优点。如果你是懦夫，你绝对不会离乡背井，脱离自己的祖国，远涉重洋，冒险来南洋或新加坡谋生。”“这种不畏艰险的创业精神，对我们极为有利。”
在分析清楚新加坡国情的基础上，李光耀和他的内阁们又全面研究世界各类国家的情况。李光耀最欣赏瑞士模式，他认为，瑞士是一个最值得新加坡学习的样板，它许多方面的情况和新加坡相同：土地不多，多元种族，多种语言。但是，瑞士却是世界富国，他们出产的纺织品可与英国媲美，出产的药品可与美国媲美。瑞士人靠的是：人才、计划和努力。李光耀对以色列的经验也很重视，他认为：“以色列在世界上也不大，面积2.1万平方公里，人口400万，但以色列有相当多有才干的民众，他们是一个全面发展了的民族集中在一个尚未发展的国家，且这些有才干的民众决心尽快地改变国家的现状。”
李光耀对德国和日本的经验也较重视。李光耀认为：“德国和日本是两个被打败的国家，它们都丧失了许多土地，德国丧失了东部和南部的地方，日本丧失了外围岛屿和归还了它所侵占的中国东北、中国台湾以及其他地方。它们所拥有的土地都缩小了，但这两个国家都能够动员它们的人才资源，尽快恢复了国力。”这两个国家之所以能在短时间内重新崛起，李光耀认为有两个原因：一是它的工人工作勤奋；二是他们的技术水平相当高。而且，日本与新加坡有许多相同的地方，同样是岛国，文化和民众的文明程度也相近。李光耀认为：“日本是应付经济和政治变动最有准备的国家。缺乏天然资源的日本人已经做好了准备，以面对经济结构上的改变、维护人民的幸福和国家对世界的责任。”“日本人口只占世界人口的0.3%，领土只占世界的3%，但其国民生产总值却占世界的30%。他们所做的基本上是‘翻版工程’，也就是购买新发明的产品，把它们拆开，反复地研究别人怎么做，然后照样模仿，且进行进一步改善。现在，他们已经做好了准备，要从事‘前进工程’，通过创新的工艺，创制新产品。”
经过对几个发达国家进行研究，并结合新加坡的具体情况，李光耀提出了三条结论性的看法：“新加坡经济要想取得持续快速的发展，首先需要有一个有效率的政府；其次需要新加坡的民众能够愿意从工作上获得他们之所需，而不是不劳而获；最后需要新加坡人民具有进取的素质，具有推进力，具有预先采取经过思考而有计划的冒险能力。”
在这三条中，李光耀认为，特别值得重视的是人的因素，他对新加坡发展前途的信心也是建立在人的因素之上。他说：“除了具有战略性的位置之外，我们新加坡没有任何天然资源。如果要说什么资源的话，我们唯一的资源就是人。”“新加坡人勤劳好学、刻苦耐劳、严守纪律、自我克制，有牺牲眼前利益换取长远利益的精神，加上新加坡政治稳定，社会安定，这些，都是新加坡有光辉前景的因素。”
李光耀还清楚地知道，新加坡这样一个多宗教、多种族、多语言的移民国家，有一个严重的弱点：“那就是历史短浅，树根子还未十分稳固，有时遇着暴风雨，难免会摇晃，因为大多数移民都习惯于以一种‘是否有利可图’的观点去看待一切事——这点我们要承认，要面对现实。”
然而，任何事都不是一帆风顺的，正当李光耀与他的大多数内阁成员同心协力加速新加坡的现代化建设时，人民党内部却出现了敌对势力，企图篡夺党的权力。
一天，杜进才副总理来到李光耀的办公室。两人推心置腹地交谈了眼下的工作，然后由古及今、由新及外地海阔天空了一番。突然，杜进才由“三台山茶”引发了感慨，他严肃地说道：“看来，世界万物，千变万化，但总有一个规律，那就是一物降一物，有病态的现象，就要有根治的方法。三台山茶能治‘拉肚子’病，靠的就是消、化、除、提的功能。我想，这一功能，也可以引进我们内阁，引进我们人民行动党内来。”
李光耀听出了杜进才的弦外之音，他问道：“你的意思是在我们内阁、我们党内，也需要进行消、化、除、提？”
杜进才肯定地说：“是。目前，党内有人在打你的鬼主意。比如王永元，他心中根本就没有民众。他当了国家发展部部长后，根本没有做什么工作。本应属他管的土地局、测量局、工务局、路政交通局、合作发展局、渔业局、乡村发展局、兽医局、森林局、植物园以及邮政服务、电政交通，他根本什么也不闻不问，让我这个副总理来当他的保姆。他把精力用在上蹿下跳上，整天想的都是争权夺利。像这样的人，你说该不该给他喝一点‘三台山茶’？”
提起王永元，李光耀也较为愤慨。王永元原是一名曾在澳大利亚受教育的会计师，从人民行动党成立那一天起，他就一直担任人民行动党司库。在党内，王永元曾经相当长一段日子坚决站在李光耀一边。1957年新加坡市政选举时，人民行动党获胜，王永元当上新加坡市长。当时的舆论界称赞王永元“是像林清祥一样的一流人物，很有吸引力”。但后来，据说“他经常自行其是，不听李光耀的指挥，慢慢地便成了李光耀及其人民行动党的对立面”。人民行动党在大选中获胜后，大度的李光耀很重视他的才能，组阁时仍把最重要的国家发展部部长的职务交由他担任。但王永元仍不满足，提出所谓的“十六点议案”，公开向人民行动党挑战，指责人民行动党“缺乏民主，越来越右倾”。
在杜进才的提醒下，李光耀决定向王永元进行反击。1960年6月，王永元公开在人民行动党的大会上宣扬他的“十六点议案”，攻击李光耀政府的施政纲领和具体措施。面对王永元的挑战，人民行动党内的主导力量经过讨论后决定，建议党中央执行委员会“在听取他企图分裂党的团结、破坏党的集体领导的证词后，考虑把他开除出党”。
6月底，人民行动党正式决定，将王永元开除出人民行动党。这时，王永元已经顾忌，随即在议会中攻击人民行动党的领导人，还无中生有地诬称李光耀总理和劳工与司法部部长搞裙带关系。
王永元的指责引起议会的重视。议会决定召开委员会听取王永元陈述理由，但心虚的王永元却在开会前几分钟向议会辞职。后来，经过法官组成的调查委员会反复调查，证明王永元的指控是无中生有。不过，被人民行动党开除出党的王永元并没有从政坛上消失，他很快就组织了人民统一党，并在1963年9月举行的大选中取得议会中的一席。
人民行动党内的分裂者不仅仅是一个王永元，李光耀政府很快又面临了一次危机。这次的分裂者主要由李光耀政府组阁时极力要求放出的林清祥、方水双等人组成。他们早先都是马来亚共产党员，李光耀后来追忆时说过这样一番话：“这些人在他们还被关押时，都曾以书面向我保证，以后不再为共产党效劳。但是，能够遵守这项书面保证的，只有蒂凡那一个人。”林清祥等人被放出后，忘记了他们当年的书面保证，很快就开始了反政府和反人民行动党的活动。他们在工会中培植势力，秘密举行集会，与王永元遥相呼应，企图逼政府采取一些符合他们利益的政策，从而为马来亚共产党夺取政权创造条件。
李光耀和他的内阁成员当然不能容忍林清祥等人的行为，他们一而再再而三地拒绝林清祥等人的要求，挫败他们的计谋。于是，林清祥等人就公开攻击内阁成员，并与王永元联合，提出“极左路线”的口号。在此情势下，李光耀不得不公开澄清事实。1960年8月3日，李光耀在议会的讲话中说：“我愿以简单的语言重复一遍，告诫议会内外的反对党：人民行动党的政策是依据当地的条件，而不是出于教条主义的原则，是在自己的斗争经验中发展起来的。它迄今一直获得成功……将继续获得成功。”
为了向人民公开林清祥等人的言行，李光耀不得不向民众公开了他们1959年6月获释后写来的信件。林清祥等人在信中这样说：
“……在大多数别的国家里，社会主义纲领是以既定的、单一的民族意识和团结的历史基础为依据的。我们则不但必须为社会主义而奋斗，而且还要为社会主义的民族主义基础而奋斗。只有当我国人民，即马来人、华人和印度人，能够越过种族集团的、文化的和语言的障碍，越过目前分裂他们的效忠问题，而且怀着一个共同的效忠于马来亚之心，培养一个共同的民族意识，那么，马来亚真正的为社会主义的斗争才能开始。”
“一旦文化和语言的问题趋于解决，恐惧和猜疑就会消失。我们必须面观现实。只要有反对英国殖民主义的斗争，马来各族人民之间的分歧就在共同努力希望获得自由的共同目标中有所减少和缓和。现在，这种自由既然已在联合邦中获得，所有这些分歧又重新出现。它们能够解决而且必须解决。我们在新加坡的人能够对语言和文化这些重要的差异找出解决办法。这就是我们在下一时期为自由而斗争，为马来亚合并而斗争所能够做到而且必须做到的事……”
“随着马来亚联合邦政治独立的获得，一个新的时期已经开始。在这个新的时期内，社会主义者最为重要的任务是完全投身于统一马来亚民族的理想，并且用和平、民主、符合宪法的手段，为了一个统一的、独立的、民主的、非共产主义的、社会主义的马来亚这个持久目标而奋斗……”
李光耀指出，林清祥等人的这个政治信仰和政治原则的宣言，与人民行动党的政策和纲领完全相符合。基于此，他们5人中有4人被任命为内阁中的政治秘书。现在，他们背离了自己的宣言，偏离了正确的政治立场，为此，他们就无法得到人民的信任。