李光耀坚定地说：“我们不打算庇护对我们不真诚的人。尽管斗争将异常复杂，但无论多么激烈，都动摇不了我们发展经济的决心。”经过一周的激烈辩论，李光耀严肃地说：“左翼冒险家在新加坡犯的严重错误，就是他们认为他们能够用新加坡作为苏维埃的基地，从而解放马来亚的其他地方。他们背离经济繁荣这一重大国计民生，妄图大搞苏维埃的政治运动，新加坡民众能够答应吗？答案是否定的！”“我深知前面的道路是崎岖曲折的，可能还会出现政治局势的不稳定，给种族主义分子和其他不良分子以可乘之机，给我们的工作带来种种意想不到的困难。但是，我们有充分的信心和有利条件，一定要把新加坡经济繁荣的新局面开创在我们手中，刷新莱佛士时代以来的最新纪录。”
时光很快就转到1961年。这一年对人民行动党来说是艰难的一年，是备受考验的一年。这一年，政府在两次补缺选举中遭到挫折。
1961年初，人民行动党在芳林区补缺选举中失败，产生了一次政治上的震动。被人民行动党开除了的王永元在补缺选举中比他在人民行动党内的对手所得的选票多两倍半有余，取得了压倒性的胜利，从而成为反对党的成员。王永元利用他的合法身份，猛烈攻击李光耀，攻击人民行动党。
王永元在补缺选举中获得胜利使李光耀和人民行动党成员震动、惊讶。此时仍然还是人民行动党党员的林清祥及其追随者，公开与党同床异梦，利用局势进行反对人民行动党的活动。
人民行动党陷入从未有过的困境。李光耀为此专门到芳林区去解释人民行动党失败的原因：“这是因为政府未曾把它的计划向选民做充分的解释。政府未能解释为什么必须做某些事，为什么未能实现某些事。”李光耀从选民中得知，王永元利用福建话向芳林区选民讲话，因而能把演讲内容更直接、更有效地传达下去。鉴于此，李光耀立即开始学习福建话。
人民行动党第一次在补缺选举中的失败，产生了政治上的不稳定感，给种族主义和反对党派以可乘之机。
1961年5月27日，马来亚内阁总理拉赫曼在新加坡的公开演说中，建议合并马来亚，北婆罗洲（沙巴）、沙捞越、文莱和新加坡，创立新的马来西亚共和国。
其实，早在1959年6月3日新宪法生效的当天晚上，李光耀在向群众发表演说时就指出：“人民通过他们选出的政府所行使的权力仅限于内部事务，这不是我们真正想要的，这不过是朝着合并和独立前进的一步。”李光耀把新加坡与马来亚合并看作新加坡完全脱离殖民束缚的希望。他曾说，拉赫曼所说的合并组成马来西亚“就是民族主义者为了缩短摆脱殖民主义走向独立的孕育时间而提出的答案”。这个方案是当时英政府唯一能够接受的，因此，李光耀担任总理后，把很大一部分精力放在谋求与马来亚的合并问题上。
李光耀对拉赫曼的提议表现出极大的热情，但新加坡另外一些政治力量却对合并持反对意见。当时，安顺选区一位人民行动党议员突然去世，正在进行第二次补缺选举，因此，是否与马来亚等合并组成马来西亚共和国，成为第二次补缺选举的关键问题。
正在争论期间，由林清祥领导的一群工会干部计划阻止新加坡并入马来西亚。林清祥的行动得到了内政部政务次长李绍祖博士的支持。
1961年6月15日，重返政坛并组成了工人党的前首席部长马歇尔在安顺选区的补缺选举中，与人民行动党候选人、公共汽车工会主席马哈茂德·宾·阿旺竞选，马歇尔以546票取得胜利。这是人民行动党在3个月中两次补缺选举中的第二次失利。
马歇尔意外地获胜后，向李光耀发起挑战，要求内阁总理辞职。内阁遭受内外夹击，似乎难以招架，就连财政部部长吴庆瑞也“不务正业”，投入反击政敌的斗争，以协助李光耀渡过难关。
李光耀没有想到会出现如此局面，他愤然向人民行动党主席杜进才博士呈请辞去内阁总理的职务，人民行动党陷入了危机。李光耀在内外攻击下，急出了病，发高烧，经医院急救了几天后，才退烧回家。
柯玉芝知道，丈夫的病根是精神上的刺激，她把律师事务所托付给金耀，全身心护理李光耀。她知道，心理因素有时比药物治疗更有用，于是，她对症下药，从精神上鼓励李光耀，并从书架上拿来一本《拿破仑传》，鼓励他说：“光耀，政坛上的起起落落是常事，没有什么好大惊小怪的。现在，你需要的是沉着冷静。拿破仑曾经这样说过：‘一个统帅最重要的是头脑的冷静，要能接受各种事物的正确印象，决不可为好消息或坏消息所迷惑。’”
这句话深深地启发了李光耀，他一骨碌从床上坐了起来，接过妻子手中的《拿破仑传》，翻了起来。翻了几页后，李光耀深有感触地说：“是的，如果将帅不能理智地控制自己的情绪情感，任凭感情的潮水横冲直撞，势必造成泛滥之势。这是将帅最起码的心理修养。”“中国北宋曾公亮主编的《武经总要》中，有这样的警句：‘处大事要心定，若张皇则中无主矣，焉能治事！’这就是说，处理大事要沉着，如果慌慌张张，胸无主见，又怎么能办好事呢？临大事而气静，处大事而心定，对于将帅是高境界的心理要求。”
李光耀后来在总结他40年治国经验时，曾深情地说：“我的妻子是力量的源泉。”
李光耀心情刚好，财政部部长吴庆瑞博士带着人民行动党的委托来看望李光耀。吴庆瑞首先转交了杜进才主席代表党中央执行委员会给李光耀的复信，不同意其辞去总理职务，表示党对李光耀的信任。吴庆瑞说：“国内外有识之士都认为，新加坡不能没有你，新加坡的政局只有你才治得住，才稳得住。”
李光耀双手从吴庆瑞手中接过党中央主席杜进才的复信，激动地说：“感谢党对我的信任，感谢人民对我的信任，我将一如既往地履行好总理的职责，把新加坡建设成为经济繁荣、人民安居乐业的国家。”
听到李光耀如此回答，吴庆瑞的一颗心终于落下了地。当党的主席杜进才委托他转交复信时，他真怕任务完成不好，他怕自己无法说服这个有很强自信的大汉子小弟弟。他怎么也想不到，一天不见，好像隔了3年，李光耀的态度来了个180度的大转弯，他就这么轻易地完成了党交给的任务，那些早就准备好了的劝词，一句也没用上。
两个人谈着谈着就谈到了财政问题。尽管吴庆瑞是新加坡第一流的经济学家，但他仍认为李光耀开阔的思想能给自己以启发，所以，两人常在一起商谈国家的财政问题。说着说着，李光耀兴奋起来，他拍了拍吴庆瑞的肩膀说：“我们确实不能再坐失良机了，我们要像瑞士银行家那样，把新加坡推向国际金融中心。殖民时代的新加坡，仅仅是个商港，哪能赚多少钱？现在，我们办了几家银行，也是小打小闹，做些零碎的融资业务。这几天，我一直在思考，金融业不能再扮演副手的角色了，我们应该专注发展‘金融服务’这个行业，为经济发展做更直接的贡献。我们要有天大的野心，把全世界的银行家都吸引到新加坡来发财。”
见李光耀与自己的所思所想不谋而合时，吴庆瑞也兴奋起来，他以行家的口吻说：“我早有打算，把珊顿大道建成超级的金融市场。因为我们一无所有，只有聪明的人民，依靠提供脑力服务，在金融上才能赚大钱，这就是我们发展经济的底牌呀。”
与财政部部长商讨完经济大事，李光耀清楚地意识到，现在到了必须维护政府威信的时候了，只有如此，新加坡的发展才能走出低谷。
李光耀首先要求议会进行信任投票，以澄清全部问题。向着不同目标迈进的民族主义者和反政府人士站起来点一点人数，该是时候了。
7月20日下午，议会开会。这次议会进行了关系重大的辩论。李光耀站在民族主义的立场上提出问题，以反对“殖民当局默许的”反政府势力的策略。辩论一直延续到次日凌晨4点。投票前，不少人为李光耀捏了一把汗，担心他失利。在政府里担任文书的蒂凡那也很担心李光耀失利，但李光耀忙中偷闲地回答了蒂凡那的询问：“我胸有成竹！”
蒂凡那是与林清祥一起在1956年被捕的，他与林清祥等人一起给李光耀写了保证书，但是，能够遵守诺言的，只有蒂凡那一人。他为李光耀鼓劲儿说：“总理，人心都向着我们人民行动党呢！”
果不出李光耀所料，对其信任提案的表决结果是，27名人民行动党议员支持，8名反对党议员不支持，13名人民行动党分裂者弃权。
过了几天，人民行动党中央执行委员会在党部大楼开会，这次大会决定，把林清祥及其集团清除出党，有14个支部书记停职反省。会议分析形势，制定了新的方针策略，为创立一个完整的、独立的多元民族和睦共处的马来西亚共和国而努力奋斗。李光耀在大会上做了《当前形势和我们任务》的报告，他指出：“把新加坡合并到马来西亚，这是全民族的最高利益，也是我们为之奋斗的争取民族独立伟大斗争的壮丽事业。我们有民众的支持，我们一定会取得胜利。因为我们的策略是从实际出发，依据现实做出决定，所以是正确的，是符合人民利益的。那些反对合并的人，居心不良，他们妄图搞乱新加坡，进而乱中夺权，建立他们的‘苏维埃’。”“反政府人士原计划是补选26名议员，组成新政府以夺取议会权力。但是，由于人心向背，他们失败了。他们的第二个计划是劝说反对派议员反对政府，搞垮内阁。这也不能得逞。他们的第三个计划是使政府四面受敌，坐立不安，在与马来亚合并以前垮台。他们现在最需要的就是动荡不安的局势、混乱不堪的经济局面。因此，我们首先要稳住局势，发展经济，让他们在我们成功的面前去歇斯底里叫喊吧。”
7月26日，从人民行动党分裂出来的13个人，共同组成了社会主义阵线。其主席由李绍祖博士担任，林清祥任秘书长。8月13日，社会主义阵线作为一个政党获得合法登记。
社会主义阵线对人民行动党是一个明显的政治威胁，它一开始就运用1959年使人民行动党取得政权的同样方法——鼓动反殖民主义的感情，批评英国，决心控制工会运动。集结在林清祥周围的工会会员组成工会联合会，与人民行动党争夺群众，向人民行动党公开挑战。
李光耀后来描绘当时的处境说：“他们（指社阵）的干部在经验和人数方面比我们优越多了。”“我们骑上了一只狂野的老虎，可是我们却不能因为恐惧而变得瘫痪无能。”“我们咬紧牙关骑着这只老虎，一直到它精疲力竭而被制服为止。”李光耀深有感触地追忆说：“回想1961年到1963年9月那一段极端严重的危机时，宿将们坚贞不渝的勇气还很鲜明地涌现在我们的脑海里。”
人民行动党同社会主义阵线的一次重大较量是关于新加坡应否同马来亚合并的一场争论。以李光耀为代表的人民行动党从新加坡地小人少、无自然资源、夹在马来亚和印度尼西亚两个大国之间的实际情况考虑，力主并入马来亚以求得生存。而以林清祥、方水双为代表的社会主义阵线则表示反对新马合并。
为了使新马合并尽早实现，李光耀从1961年9月采取了攻势，他宣布，人民行动党为创立马来西亚而定下的独立与合并方案不容反对。倘若有谁反对，必将遭到迎头痛击。李光耀在一系列的演讲中明确指出：社会主义阵线是反对新马合并的。12月28日，在沙捞越召开的马来西亚团结协商委员会上，李光耀汇报合并工作的进展情况时说：“我们已说明了马来西亚的原则，现在应该寻找迅速促使马来西亚实现的方式方法。马来西亚的形式不能由五个伙伴中的任何一个排斥其他伙伴而独断制定，它也不能迎合任何一个伙伴的单独利益而制定。我们必须共同维护马来西亚的根本利益，维护我们集体的基本利益，同时也必须考虑我们各个地区当地的特殊利益和条件。马来西亚是我们创造的。在世界争夺最激烈的地区之一，这种创造是我们民族主义者对求得生存和继续生存问题的回答。”
第二天，李光耀在沙捞越广播电台发表演说指出：“沙捞越、文莱、北婆罗洲三个地区是东南亚最后的殖民地附属国。我们的反殖民主义的斗争，争取民族独立的斗争，一定会在我们手中变为成功的现实。”“马来西亚就是民族主义者为了缩短摆脱殖民主义走向独立的孕育时间而提出的答案。为的是赢得时间，积聚我们的力量。在人民独立的胜利面前，那些反对势力的武装叛乱瓦解了，他们的组织涣散了。他们经常发展他们的阵线，制造不满，而民族主义的联合邦政府揭穿了他们的阴谋。无情的斗争就是这样继续下去的，我们现在的斗争，就是用我们已经赢得的自由和独立，去做我们应该做的事，去发展我们应该发展的经济。”
新马合并又分离
李光耀之所以选择新加坡与马来亚合并，是从国家的前途命运着想的。新加坡地小人少，夹在马来亚和印度尼西亚两个大国之间，一有风吹草动，处境极其危险。但是，反政府势力却颠倒黑白，认为“马来西亚”是新殖民主义的阴谋。他们打着反殖民主义的旗号，企图从根本上击败李光耀的内阁。