度过了艰难的1961年，李光耀及其内阁终于迎来了1962年元旦。李光耀在元旦的新年献词中，呼吁右翼民族主义者和左翼民族主义者团结起来，同反政府势力作斗争。他高兴地说：“尽管人民行动党在1961年中连连失利，但总的说来还不算坏，政局稳定，经济发展，这是值得纪念的。特别重要的是，广大民众在反政府势力与民族主义者之间划清了界限。”李光耀满怀信心地说：“不管反政府势力试图干什么，马来西亚总会获胜。但是，我们必须准备他们回来再战另一回合。我们民族主义者，不论左翼或是右翼，必须研究反政府势力策略的来龙去脉。例如，他们怎样在原则上支持马来西亚的团结，而在实践中却竭力反对它。因为，正是在实践中，他们希望分裂民族主义者把我们一口一口地吞下去。”“因此，为了我们自己的生存，让我们团结起来，不仅是这一次，而且永远如此。愿1962年给马来西亚带来更大的团结，因为团结会带来更大的力量和安全，以保证我们在一个混乱的世界上生存和繁荣。”
新的一年一开始，反政府势力就想出了新的对策，他们通过国际间的渗透，妄图利用外国力量，对李光耀施加压力。当时，新加坡在外交上还未独立，内阁仅行使内部政府的职责，无法通过外交途径与外国沟通。然而，倘若国际社会对新加坡的误会不解除，听任反政府势力利用，那将对新加坡的前景造成伤害，新加坡的对外形象也将严重受损。
元旦过后，为加速经济发展，解决失业者的工作安排，李光耀决定另辟工业化新路。他和杜进才带着一批专家到裕廊工业区现场办公。听了专家们的汇报，李光耀决定不搞大而全、样样都做的模式，要在加工工业上做文章。李光耀指出：“要做到这一点，首先我们政府要做好服务工作，给投资者以优惠，让他们赚钱，让他们感到在新加坡办厂办事一切都很方便。”
谈着谈着，李光耀似乎突然想起一件事，把杜进才拉到一边说：“家里的事，你多操点心。我打算到国外去走一走，人家正用国际力量来压我们哩。”
“是呀，亚非团结组织书记处也对我们说长论短。”
“南斯拉夫一直在批评我们呢。”
“说我们是新殖民主义的代理人。”
“还说马来西亚合并，不过是英国殖民主义的私生子！”
“把我们说成是傀儡政府。”
两人越说越气愤。李光耀似乎是总结性地说道：“林清祥他们这一手很厉害。他们利用外国势力有两个动机：一是对我们的合并计划泼冷水，希望阻止或妨碍它的实现；二是即使他们反对不了，马来西亚成立了，他们就希望在国际上孤立我们，以取得在开罗、贝尔格莱德或卡萨布兰卡的国际组织的支持。我感到有必要到国外去做点解释工作，至少让人家不要误解我们。”
“好，你放心去吧，多跑几个国家，家里的事，乱不到哪儿，不过是多开几次会，多磨几层嘴皮罢了。”杜进才高兴地拍了拍李光耀的肩膀。
于是，4~5月，李光耀以快节奏在亚、非、欧一些国家进行了访问，亲自向各国元首解释了新加坡计划同马来亚合并的意义，驳斥了“马来西亚是新殖民主义”的论调，消除了人们的误解。
5月1日，李光耀乘一架银灰色的飞机来到一直批评新加坡的南斯拉夫。南斯拉夫外交部部长特帕瓦茨代表铁托总统和比耶迪奇总理在贝尔格莱德国际机场迎接。5月2日，铁托总统同意以半个小时的时间会见李光耀。会见时，李光耀详细地讲清了新马合并的过程，获得了铁托总统的理解。
李光耀的出访，取得了丰硕的成果。6月3日，李光耀参加国庆庆祝活动，并发表了演讲。他强调了华人对新加坡和马来亚已经做出的贡献，并且必将对马来西亚做出贡献。他也没有忘记提到印度人。他提醒马来人，他们必须作为马来西亚人融合在新的社会中，不要再想把他们自己作为分离的特殊的集团。
7月3日，人民行动党的一名女议员突然宣布退党，使人民行动党政府成为以25个议席对26个议席的少数党政府。面对此情，李光耀宣布了政府的意图：“要执行新马合并，并使新加坡在马来西亚的命运得到保证。”
7月26日，被李光耀成功的外事活动逼急了的社阵主席李绍祖劝说17名议员在纽约向联合国关于殖民主义特别委员会提出他们的控告。李光耀亲自出席联合国会议，为新加坡政府辩解，详尽地答复了李绍祖的控告。
李光耀以雄辩的事实和论据把李绍祖的控告批驳得体无完肤。李绍祖控告败诉，联合国关于殖民主义特别委员会没有派遣观察员到新加坡。
从纽约回到新加坡，李光耀立即着手举行围绕新马组成马来西亚纷争的公民投票表决，李光耀认为，由人民做出决定，是最有权威的法律。
内政部部长王邦文告诉李光耀说：“最近，反政府势力活动频繁，妄图搞乱7月6日午夜会议上决定了的公民投票法案，并与文莱的阿扎哈里勾结，伺机发动武装叛乱。”
听到这里，李光耀不禁一惊。他随即镇定下来，坚决地说道：“我们要做好准备，万一发生这一情况，要立即采取果断措施。这就是人民的意志，也是法律的尊严。”
1962年8月，一位前人民行动党议员改变政治主张，重新参加人民行动党，政府再次获得26个议席。但在月底前，劳工与律政部部长贝恩逝世，使议会议席减少至50个，致使政府与反对派的投票权相等。
1962年9月1日较晚的时候，公民投票的结果出来了，全部投票数的71%以上要求按人民行动党建议的路线合并，25%投了弃权票。
看到这一投票结果，人民行动党全体成员悬着的一颗心终于放了下来，李光耀总理则激动得流下了眼泪。3天后，李光耀在新加坡广播电台上宣告：“关于合并的战斗，从一切实际意义上看，已经过去了。人民的意志，做出了最高的法律决定。现在留待要做的事，是使马来西亚宪法最后定下来，并签署正式条约。”
公民投票的胜利，给反政府势力以沉重的打击。尽管他们不公开活动了，但人民行动党的情报显示，林清祥等人与文莱人民党头目谢赫·阿扎哈里一起，正在密谋策划武装叛乱，他们希望马来西亚计划在他们的军事行动和社会混乱中“流产”。
12月8日，文莱人民党在当地发动叛乱，但这一叛乱很快就被早有准备的政府控制了。李光耀政府以社阵领导人参与文莱叛乱为理由，于1963年2月将林清祥、方水双等人逮捕起来。
李光耀这一果敢行动给反政府势力以灭顶打击。后来，林清祥、方水双等人都为李光耀的魄力所折服。林清祥、方水双等人被监禁6年，于1969年7月获释。获释后，两人都不再言政。林清祥于1969年7月21日曾分别致函李光耀及当时的社阵主席李绍祖。在给李光耀的信中，林称：“我已达致最后结论，永远放弃政治。”在致李绍祖的信中，林称：“由于不同意党（指社阵）的政策与路线，我决定从今天起辞掉在党内的一切职位，并宣布放弃政治。”信中还说，“对国际共产主义运动，我已完全失去信心。”“共产党所主张的暴力革命在我国是行不通的。”为此，社会主义阵线于1969年7月24日发表声明，说林清祥“已背叛他过去的政治立场和信仰，背弃了党、人民及反帝斗争的基本利益”，宣布把林清祥开除出党（社会主义阵线）。也就在同时，林清祥请求会见李光耀，同李光耀会谈后，李光耀即送他到英国学习和疗养。林清祥旅居英国10年，1980年重返新加坡。据新加坡报纸1986年透露，林清祥已成为当地一名产业经纪人，而方水双则成了柔佛新山一家机械公司的董事和经理。
1963年元旦，李光耀再度满面红光地发表了新年献词，他信心百倍地说：“我们虽然取得了举世瞩目的成就，可是，真正的时代才开始。我们看到祖国的土地上，在民族、经济、历史、地理相同的情况下，而政治却分割为两方。一条柔佛海峡，把马来亚隔成了新加坡自治邦和马来亚联合邦，而阻碍了建立一个统一、繁荣、进步、民主的马来亚国，这有待于我们去把这种障碍清除。在未来的一年，在胜利的礼炮中，我们将迎来马来西亚的诞生，迎来一个崭新的时代。”
1963年5月24日，李光耀在新加坡全国记者协会发表讲话，他高瞻远瞩地说：“马来西亚必然会成立，然而，作为一个经济和政治单位，没有一个人能说，马来西亚必然会成功。这有赖于我们——马来西亚的人民和领导人，在实现成功的基本先决条件中如何去做。”李光耀在讲话中详细地列出了要获得成功必须具备的4个基本条件：
（1）构成马来西亚各族的民族团结，完全效忠于选出来的马来西亚的中央政府。
（2）一个能向马来西亚全境发布命令的有效而忠实的行政机构。
（3）能使人们树立信心，在国内实现积累资本的投资，并能吸引国外不附带政治条件的、用于工业发展的贷款和投资的稳定的政治领导。
（4）维护民主政府的代表制度，在这个制度下，领导应使所有种族及经济集团的利益十分均衡。
到1963年中，马来西亚的成立原则上已经达成协议，大多数细节问题也已解决。但是，在财政问题上却互不相让，大家相互间讨价还价，相互指责，连马来亚财政部部长陈修信本人也卷了进去。最后，常识和现实主义占了优势。在李光耀的周旋下，拉赫曼亲王同意在伦敦讨论这个问题，他们约定在伦敦同英国政府会谈，把马来西亚问题定下来，最后终于达成协议。1963年7月8日，马来西亚总理拉赫曼和李光耀以及沙巴及沙捞越的代表在马来西亚的协定上签了字，文莱没有参加。
签字仪式上，李光耀扼要地发表了自己的观点，他说：“国家依靠的不是法律文件，而是人民的智慧和意志以及领导的质量。”“我们把信心寄托在这个即将草签的文件上，生死相连，安危与共。”
7月30日，李光耀总理在新加坡议会上正式提议合并和成立马来西亚。李光耀在辩论这一问题时发表长篇演说，指出：“这次辩论将结束从1945年开始的一个时代，那时，英国军队回到马来亚，根据英国政府片面的法令，新加坡从大陆上被划分出去。”
李光耀的演讲打动了全体议员，议员们以异常热烈的掌声向李光耀总理表示敬意，并通过了他的提议。
然而，反政府势力想方设法地破坏马来西亚的成立。这次，他们又巧妙地变换手法，利用日本人的血债问题，煽动民众反对现政府。
关于日本人的血债争论是与中华总商会有联系的善意的华人发起的，反政府势力巧妙地利用了这一局势。
当时，新加坡政府刚与日本政府达成由日本协助新加坡进行工业化改造的协议，这时提出血债问题，很可能影响协议的执行；而如果李光耀对这一问题不管不问，反政府势力就会借题发挥，触发民众的怒火，稍有不慎，新加坡政府很可能被反政府势力推翻，新、马合并将成为泡影。
反政府势力出的这道难题并没有难住李光耀，经过反复思考，他决定把争论日本血债问题的指挥权从反政府势力那里夺过来。他首先通知讨还血债委员会，表示政府决定大力支持这一运动，并责令日本人做出赔偿。同时，他决定到广场上去做群众的工作，向民众表达政府的意志。
内阁和党部同僚对李光耀的第一个行动表示同意，但不同意他深入广场发表演说，因为内政部部长王邦文通报了反政府势力阴谋暗杀李光耀的计划。王邦文认为：“我看，总理不一定到广场去，可以通过电视、电台发表演说，这样更稳妥些。”
李光耀静静地听着大家的意见，然后把一支左轮手枪放进口袋里，他看了看手表，此时正是8月25日星期天晚上9时，他想，如果自己不出面，这种场面其他人是难以驾驭的，但个别亡命之徒正在打自己的主意，暗杀事件很可能发生。不过，李光耀深信，成千上万的民众是善良的，一旦弄清了事情的真相，是会通情达理的。即使万一牺牲了，李光耀认为，自己的鲜血将比自己的演说更有说服力。于是，他习惯性地耸了耸肩，猛的一挥手说：“不必争论了，现在民众最需要的是走到他们中间去，和他们一起探讨解决的办法。总之，我们要相信民众，就像民众信任我们一样！”
大家了解李光耀，他决定了的事谁也劝阻不了。杜进才忙把王邦文和警察署长拉到一边，指示他们采取严密的措施，确保李光耀的安全。