反政府势力无论如何也想不到的场面出现了：李光耀充满自信地走到群众中间，对着麦克风大声讲了起来：“你们大家都知道，我的同僚和我都非常强调迅速实现新加坡的工业化。我们的政策是从世界其他各地将专门技术和工业技术引进新加坡，以提高工业化的速度。能引进东南亚的最廉价的专门技术和管理技术都来自日本。然而，在求得公平合理的解决办法前，同日本人不合作的决议被正式通知以后，将不再为新加坡新的工商企业向日本人发出更多的签证。的确，吉隆坡商会现在显示出来的团结以及北婆罗洲和沙捞越人民做出的响应，都意味着与日本不合作的运动将会遍及全马来西亚。作为一个讲究实际的民族来说，日本人是会变得明智起来的，会与新加坡、马来亚、北婆罗洲和沙捞越，甚至中国香港等地人民的代表达成协议，我对此并非不抱希望。现在，可由他们来选择，他们是否想要参加经营有利可图的马来西亚工商业。我说马来西亚，是因为即使中央政府以后会负责外事和移民工作，正如从过去几周事态的发展中可以看出，它完全不会有什么区别，因为在这个问题上存在着一个泛马来西亚团结的问题。换句话说，日本必须和我们在马来西亚问题上达成协议，否则就会失去马来西亚市场——一个在目前和未来都是世界上潜力最富的市场。”
李光耀一番话使得被反政府势力掀起的民众暴躁情绪渐渐平息下来。接着，李光耀又讲道：“我再补充一句，心平气和地商讨和头脑冷静地考虑，并不意味着我的同僚和我对此问题漠不关心。的确，对我们许多人来说，这是一个高度激化了的问题。我的同僚吴庆瑞博士和我的内弟当时都是星洲义勇军的成员，我的内弟被日军枪杀了，但是吴博士幸免于死，继续在马来西亚的历史舞台上发挥他的作用。日本总领事及其前任曾和我们讨论过这些问题，我和日本首相及外相在东京也曾简要地讨论过。的确，他们都不知道，要不是有一个侥幸的机会得以逃生，我也会成为1942年2月那批被屠杀者之一。”
接着，李光耀简要述说了他从一辆装着被送去处决的青年的卡车上逃生的过程。李光耀的叙述终于彻底打动了民众，广场上有人在抽泣，有人在慢慢散去。
最后，李光耀大声地说道：“我们有我们的意志，我们有依靠自己在和平中生存的权利。让我们在马来西亚的内部团结起来，并防止悲剧重演。如果可能的话，就让我们和平地解决第二次世界大战遗留下来的问题吧。如果我们必须用其他方式解决的话，那么，就用其他方式解决吧。”
李光耀的演讲终于结束了，民众也彻底地被说服了……
1963年9月16日，新加坡正式与马来亚合并成为马来西亚联邦。合并后成立的马来西亚联邦拥有13万平方公里的土地，约1000万人。新加坡在马来西亚联邦内有一定的独立性，李光耀的身份仍然是新加坡总理。
9月16日恰巧也是李光耀的生日，拉赫曼亲王得知这一消息时，高兴地与李光耀紧紧拥抱，显示了马来西亚人民的团结和多元种族共存社会的胜利。
1983年9月，在庆祝60岁生日时，李光耀曾发表讲话，提到了这一段往事。他说：“20年前，在我40岁生日那天，发生了一件重大的事。1963年9月16日，马来西亚宣告成立，新加坡成为其中一部分。那天，我北上吉隆坡，参加在国家体育场举行的马来西亚正式宣告成立的典礼。在同一天傍晚，我赶回新加坡，继续主持决定性的大选。我就是在这种情况下庆祝我的40岁生日的。”他还说：“马来西亚原定于1963年8月31日宣告成立，由于印度尼西亚苏加诺提出反对，联合国观察员被派到婆罗洲，负责确定北婆罗洲和沙捞越人民的意愿，结果宣布成立马来西亚的日期被拖延了。……拉赫曼当时并不知道9月16日是我的生日，他并不是有意选定这个日期，以表示赏识我在协助促成马来西亚联邦方面所做的努力。8是他的幸运号码，由于联合国的报告书预料不会在8号以前完成，他（拉赫曼）就把日期改为16日，即8的倍数。”
庆典上，拉赫曼对新加坡的局势十分关切，他与李光耀详细交换了意见。因为，在马来西亚成立前十多天，李光耀解散了新加坡立法议会，抢先进行大选，在国际间引起了反响。拉赫曼亲王似乎有点不理解，他认为李光耀想在马来西亚成立前，趁中央政府还没有接管新加坡警察，来不及把这支警察控制起来以致影响新加坡大选之时，抢先决定大选，仿佛是对他的不尊重。拉赫曼问道：“新加坡的大选，在合并后举行不是更好吗？”
李光耀解释道：“反政府势力指责我们把新加坡‘出卖给马来西亚’，召开声势浩大的群众大会攻击我们，为了澄清是非，证明人民的意愿，我们只好同他们进行短兵相接的斗争。基于此，我们决定提前举行大选，9月12日提名结束，但我们指出，选举应在马来西亚成立后进行，投票日定在9月21日。”
庆典结束后，李光耀于当天晚上赶回新加坡，继续主持决定性的大选。对于社会主义阵线来说，大选是一场生死攸关的斗争，一旦他们在选举中获胜，就可完全以符合宪法的方式阻止合并，并从根本上推翻马来西亚的任何协议。但是，9月21日的大选结果显示，尽管人民行动党的得票率从1959年的53.4%下降到47.4%，但仍赢得议会51个席位中的37席，社会主义阵线获得13席，另一席为人民统一党的王永元夺得。
12月21日，李光耀作为15名新加坡议员中的一员在马来西亚议会上第一次以马来西亚人的身份发言。他说：“今后的几年，将考验马来西亚的生存能力。我们是否有足够的、作为一个国家所具备的民族和社会的聚合力。如果不具备，那么，正如过去我们在其他场合说过的那样，历史上就将用一节把我们一笔带过，把我们说成不过是一个使用多种语言的种族社会罢了。由于英帝国主义的一次偶然事件，使它和马来亚以及沙捞越和北婆罗洲聚在一起，它在历史上短短的一瞬间看来似乎取得成功。”
接着，李光耀极其坦率地说：“在成立马来西亚的过程中，我们起了一定的作用，我们希望，在马来西亚取得成功的进程中，我们还要发挥作用。这里，我想给‘成功’下一个定义，我认为，成功不是指各个政党之间的争权斗争，而是指我国必须追求的社会和经济目标。如果我们要取得成功的话，按照成功这个词的现代含义，就是要建立一个新兴、发达的国家。”
1964年是新加坡参加马来西亚生活的第二年。李光耀在1964年新年献词中充满信心地说：“最后，让我们决心使1964年成为团结年。只有正视现实和从实际出发，我们才能在国际舞台上站稳脚跟，才能彻底揭露新殖民主义路线的虚伪性。如果我们马来西亚内部各州能够联合起来，准备互相支持，我们就可以调整经济，弥补损失。到了年底，我们如能在国内外都比年初强大的话，那么，永远解决问题的前景无疑将是光明的。但无论发生什么情况，任何人都不能阻止我们奋发图强。我们有能力和财力保证去取得胜利。努力吧，我们一定会成功！”
1964年1月20日，李光耀代表马来西亚政府率领一个代表团到非洲17国访问。代表团成员由成立马来西亚而取得独立的新加坡、沙巴和沙捞越3个前殖民地代表组成。出发前，李光耀向新闻媒体谈了取得国际上谅解和同情的重要性。访问中，李光耀向这些非洲国家说明，马来西亚的组成不是新殖民主义的阴谋，而是民族主义的独立、自由和主权的胜利。李光耀的非洲之行消除了这些国家对马来西亚的误解。李光耀一行于2月26日回国。
然而，就在李光耀竭力维护马来西亚而从事外交努力时，马来西亚上空的乌云却越来越浓密。3月间，人民行动党作为一个非种族集团的马来西亚人政党象征性地参加了马来西亚议会选举。人民行动党想与马来民族统一机构合作，同反对马来西亚的党派作斗争。在选举前，马来极端主义分子就制造舆论说：“李光耀搞中国沙文主义”，“敌视马来人”，扬言要“用拳头教训人民行动党”。吉隆坡的一位领导人公然说，只要有9名人民行动党议员候选人获胜，将会“引起马来的社会革命”，联邦政府的处境将相当尴尬。结果，人民行动党提出的11名候选人，仅有1人当选，其余全部落选。这使李光耀非常吃惊。
尽管如此，为维持刚刚成立的马来西亚，李光耀还是给拉赫曼亲王发了一份热情洋溢的贺电，表示：“最热烈祝贺您的辉煌胜利。世界上任何人现在都不会怀疑您能领导马来西亚人民按照他们的愿望建设一个有别于印度尼西亚的独立的、民主的国家。”
5月21日，李光耀在新的马来西亚议会第一次会议上再度表示：“我们是忠诚的反对派，忠于马来西亚，忠于在马来西亚通行的政府民主制度。因此，我们的批评将直接指出那种会导致失败的政策的危险性，申斥导致整个制度崩溃的政治领导人和行政人员的过失。”
然而，马来极端主义分子却将人民行动党的一再忍让认为是屈服，企图置人民行动党于死地。马来民族统一机构秘书长贾巴尔·阿尔巴尔在新加坡扬言说：“有足够证据把李光耀送进监狱，因为他压迫和镇压马来人。”《马来先锋报》则不断地鼓吹种族主义情绪。7月18日，李光耀在一次讲话中对马来沙文主义日益增长的危险提出警告。但马来极端主义分子置之不理，终于使种族骚乱在1964年7月21日那一天爆发了。这一天是伊斯兰教先知穆罕默德诞辰，当天晚上，李光耀在广播和电视中呼吁停止这种“愚蠢的行为”，但这个讲话几乎没起什么作用，骚乱一直持续到月底，共有22人丧命，467人受伤。
新加坡发生种族骚乱时，拉赫曼亲王正在美国访问。8月12日，拉赫曼回到吉隆坡不久，就来到新加坡，李光耀陪同他视察了骚乱地区。当着拉赫曼的面，李光耀对民众说：“现在我们正站在十字路口，马来西亚该向何处去？一年前，当我们在伦敦签订马来西亚协定时，新加坡人是信任亲王的领导的。我们信任他的才干能使每个人都能得到公平对待。尽管在宪法里、在法律文件里，我们都得到保证，但最后还是要信任那些解释和执行这些文件的人，这比书面文字更为重要。”
新加坡人民给亲王以热情的欢迎，51个议会选区集中在东海滨路学校的广场上，举行了空前的数百人参加的盛大宴会。被新加坡人热情所感染的拉赫曼即席做了演讲，他说：“真主诞生那天发生的骚乱，是个别别有用心的人鼓动起来的。我相信，今后再不会发生这种悲剧性事件。”《海峡时报》在8月21日发表社论指出：“亲王对新加坡的访问是成功的，应该有积极的步骤削弱种族主义煽动的力量。只有亲王才拥有这种力量和权威，去有效地制止种族不和的争吵。”
然而，拉赫曼离开新加坡没几天，第二次种族骚乱于9月2日再度爆发，有12人死亡，109人受伤。当时，李光耀正在欧洲以人民行动党秘书长的身份首次参加社会党国际活动。
对于种族骚乱一再发生，李光耀极为愤慨，他说：“这些惨剧使新加坡民众正式体验到在联邦的种族恐吓政治。”“当我们发觉我们是怎样的天真和相信人家时，我们的确非常震惊。”“我们拒绝在受威吓之下表示默许。”
李光耀当然不会被恐怖所吓倒，他也绝不会屈服。11月22日，在新加坡国家剧院召开的人民行动党10周年大会上，李光耀坚定地说：“我们必须使全国团结起来，孤立敌人（那些分裂马来西亚的人），要造成公众舆论气氛，掀起一个运动，把所有穷人，不分种族、宗教和语言都投入进去，以实现一个更平等、更公正的社会。我们最重要的任务之一，就是对于自己的理想抱有基本信念和信心。我们要努力地在一个完全是资本主义的制度下建立社会主义的标准。将近6年来，作为新加坡的执政党，我们所面临的完全是资本主义经济，不可能把它转变为社会主义经济而不给每个人带来灾难性的后果。对于新加坡这样一个货物集散地经济，那样做是不可能的。这就是要为马来西亚的团结，为马来西亚更宽广的生存的基础而战斗的理由。”
李光耀深切地感到，经济的发展离不开稳定的社会环境，如果听任种族骚乱的发生，自己多年的努力将付之东流，他决心与分裂、恐怖的种族极端主义分子做坚决的斗争。同时，李光耀对马来西亚第一个非常庞大的国家预算也深感失望，税收建议增加了他的不安，他认为新加坡在马来西亚没有得到公平的对待。在新加坡，资方和工人都同样抗议计划中的税收，他们纷纷举行抗议集会。但是，有些会议却遭到吉隆坡当局的禁止。李光耀为马来西亚政府的态度所震惊。他思忖，这样做不是将可能导致马来西亚的瓦解吗？