太子逼宫顺帝皇后答纳失里被赐死后，不久又册立了武宗之侄孙女伯颜忽都为后。伯颜忽都虽出生名门，却丝毫没有骄横之态，极守妇道。顺帝本想册立高利女子奇氏为后，但遭到权臣伯颜的极力反对，伯颜死后，奇氏很快被册封为第二皇后。奇氏体貌秀美，为人乖巧，本来刚送到宫里时仅是一般侍女，但渐渐的得到了曾经流放过高丽的顺帝的欢心，并为顺宗生得一子爱猷识里达腊。起先皇后伯颜忽都亦生一子名为真金，但真金两岁而夭。顺宗的三皇后木纳失里没生子，所以顺宗如若立皇子的话只有爱猷识里达腊一人。顺宗请名儒李好文等出任太子谕德、太子赞善等职，命他学习畏兀儿文和汉文，同时为爱猷识里达腊建立詹事院，有八十余个职位，由其自己任免。1354年年底爱猷识里达腊被授权批阅所有上报他父皇的奏折。一个新的、有影响的权力中心在皇宫内部建立起来，顺帝还能安稳吗？皇太子随着年龄的增长，对权力的欲望也不断在增加，与母后积极寻找"内禅"的支持者，渐渐的朝臣也分化成两派，右臣相搠思监、宦官朴不花拥戴太子，御史大夫老的沙等人则拥护皇上。为了打击后党势力，老的沙命其手下也先帖木儿等人上章弹劾朴不花等人的"奸邪"之罪，并要求将其通通罢官免职。但由于皇后和太子的庇护，非但朴不花没事，也先帖木儿反被降职。老的沙不甘罢休，又命其手下治书御史陈祖人、李国凤等再次上书弹劾，御史台大小官员以集体辞职来相要挟，太子怕事情弄大，一面命朴不花暂时辞去官位，一面准备对付老的沙。在太子等人的策划下，老的沙被封为雍王，令其离都赴职。老的沙转而依靠驻军大同的孛罗帖木儿，拒绝赴职。不久朴不花又官复原职。太子诬告老的沙图谋不轨，下令连同收留他的孛罗帖木儿一同削掉管职。但顺帝传密诏给孛罗帖木儿，令其保护老的沙，有顺帝的支持，孛罗帖木儿拒绝交出军权。时又有蒙古宗王不颜帖木儿、秃坚帖木儿等出面为老的沙等鸣不平，顺帝趁势为老的沙等官复原职，同时将朴不花等人流放，但由于皇后和太子的支持，朴不花等人并未离开都城。后党联络驻军太原的扩廓帖木儿为外援，两党之间的武装夺权一触即发。
至正二十四年（1364年）四月九日，孛罗帖木儿以"清君侧之恶"为名首先发难，皇太子命大将出迎，但因寡不敌众中途退了回来，皇太子不得不率众出逃，顺宗将搠思监和朴不花二人交出，孛罗帖木儿退兵，将二人斩于大同。皇太子回到京城，命令扩廓帖木儿兵分三路向孛罗帖木儿进攻，孛罗帖木儿见状，率领老的沙等倾巢而出，第二次杀向大都，皇太子不得不再一次出奔，躲到了扩廓帖木儿军中。
七月底，孛罗帖木儿等率军进入北京，顺宗设宴加以款待。不久，顺宗任命孛罗帖木儿为中书省左丞相，老的沙为中书平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。至此，帝党大获全胜。然而，好景不长，同年十月，扩廓帖木儿乘孛罗帖木儿等人进占大都，老巢空虚之机，一举占领了大同，随即向东围攻大都。而此时孛罗帖木儿正分遣秃坚帖木儿率军前往上都，消灭异己势力，只能派大将也速率军迎战。然而，也速一出京就背叛了孛罗帖木儿。孛罗帖木儿不得不派大将姚伯颜不花率军出击，姚伯颜不花遇袭兵败被杀。顺宗见孛罗帖木儿大势已去，只得将孛罗帖木儿斩杀。老的沙逃往上都，与秃坚帖木儿会合。后党的势力再度恢复，不久，皇太子入大都，老的沙、秃坚帖木儿等亦被擒杀，帝党全军覆没，后党取得最终胜利。皇太子原想借助扩廓帖木儿的大军胁迫顺帝让位，但未得到扩廓帖木儿的赞同，却也重掌了军、政大权。然而，天下骚然，农民起义军风起云涌，遍及全国，过不了几年中原世界就要又有一个新的主子出来执掌鸿钧了。
沸反盈天元朝的吏治一直没有很好地建立起来，后期加上朝政腐败，旱涝频仍，百姓生活在水深火热当中，各地农民纷纷揭竿而起。至正十一年（1351年）四月，元顺帝命贾鲁征发民工15万、军队2万人开黄河故道，弄得怨声载道。元廷又滥发交钞，民不聊生。是年五月初，白莲教首领韩山童与刘福通聚众颍上准备起义，事泄，韩山童被官府捕杀。刘福通仓促起兵，攻克颍州。起义军头裹红巾，故称红巾军。其余地区纷纷响应，天下大乱。麻城（今属湖北）人邹普胜、罗田人徐寿辉在蕲州（今蕲春西南）发动起义；邳州（今江苏邳州西南）人李二（芝麻李）聚众攻占徐州；定远（今属安徽）人郭子兴攻占濠州（今凤阳东北）。未几，钟离（今凤阳东北）人朱元璋投奔农民军郭子兴部。另外还有一些不属于白莲教系统的，如台州（今属浙江）方国珍和淮东张士诚等。元廷调集军队进行镇压，但滴水难灭燎原之火。徐寿辉以蕲水（今湖北浠水）为都城，称帝，以邹普胜为太师，国号天完，年号治平。十二年春，徐寿辉遣将分路进攻湖广、江西、江浙诸省，起义队伍逐渐壮大，得到各地贫民的拥护。元廷急忙调集军队进行镇压。十二月，数省元军联合进攻蕲水，起义军奋勇抗击，但终因寡不敌众而失败，天完政权400多名官员被杀，徐寿辉突围至沔阳湖中。元丞相脱脱在镇压了徐州李二起义后，于十四年九月，进围张士诚的统治中心高邮（今属江苏），围城三月，高邮危在旦夕，因皇后奇氏和太子爱猷识里达腊策动哈麻弹劾脱脱，致使元廷诏削脱脱官爵，临阵易帅，致使元军溃乱。张士诚乘机出战，大获全胜。红巾军战斗进入新的时期。十五年二月，刘福通迎韩山童子韩林儿至亳州（今属安徽）立为帝，号小明王，国号宋，建元龙凤。十六年（龙凤二年）三月，刘福通大败答失八都鲁。为分散元军主力，刘福通于九月命部将李武、崔德经潼关入陕西，十一月分遣诸将入河南、山东、河北。十八年五月攻破汴梁（今河南开封），立为都城，宋政权一度出现盛势。其间，刘福通遣军三路北伐：毛贵率东路为主力，出山东进攻大都（今北京）；关铎、潘诚率中路，绕道山西攻河北，形成对大都夹击之势；白不信、李喜喜率西路攻关中，协同先期入陕的李武、崔德牵制元军。由于兵力分散及内部纷争，这三支部队相继失败了，但他们给予元廷沉重的打击，是不言而喻的。陈友谅、明玉珍各据一方，十九年底，陈友谅迫徐寿辉迁都江州（今江西九江），次年闰五月，陈友谅杀徐寿辉，自立为帝，建国号汉，改元大义，称雄一方。时在重庆的天完陇蜀行省右丞明玉珍，得知陈友谅杀徐寿辉称帝，也宣布自立，称陇蜀王。二十三年，在重庆称帝，立国号夏，建元天统。一时称王称帝，天下汹汹。朱元璋会采取一些什么样的策略保证其能夺取天下呢？十五年三月，郭子兴病卒，朱元璋领其军，为扩展势力，奉宋龙凤正朔，被任命为左副元帅。十六年三月，率水陆军攻克集庆（今南京），改称应天，建立以此为中心的基地。二十一年，朱元璋被韩林儿封为吴国公，乘起义军内部分裂、元军战斗力削弱之机，开始兼并各方势力。他采纳刘基的意见：先攻陈友谅、后攻张士诚、统一东南、再北上灭元。二十三年，以火攻击杀陈友谅。次年正月，朱元璋在应天称吴王。旋率水陆军进攻武昌，迫陈友谅子陈理投降，灭汉政权。二十六年年底，朱元璋部将廖永忠将韩林儿和刘福通溺死于瓜步（今江苏六合瓜埠）江中，宋政权亡。二十七年正月，朱元璋废宋龙凤年号，始称吴元年。九月，破平江（今苏州），灭张士诚周政权。接着，命徐达、常遇春率主力北上灭元；汤和率水陆军南攻，降台州方国珍，平定割据福建的陈友定。至此，除夏政权外，朱元璋控制了江南广大地区。二十八年正月，朱元璋称帝，国号大明，建元洪武。至此，元末农民起义战争结束。大元王朝就在这样的隆隆战火中土崩瓦解了，元顺帝率众北逃，又重新回到了祖宗发祥的大漠，两年后病死。虽然元王朝在他手上覆灭了，但蒙古国还存在，他还是他们的大汗。元朝入主中原的这不到百年中，实际上始终是一种异族入侵政权，没有和汉文明融为一体，这一点和后来满人王朝一比较就可以知道，这虽然造成了它在中原的短命，但同时也长期保持了其自身的传统，为世界历史的发展作出了自己的贡献。从元朝的覆亡我们又一次验证了当年陆贾对刘邦说的那句话："居马上得之,宁可以马上治之乎？"国家政治当中，一套合理健全的制度是国家稳定繁荣的根基，也是持续兴盛的保证，这一点，在什么时候都不会过时。
元朝大事记
1206年铁木真即汗位，号成吉思汗，建大蒙古国。
1227年成吉思汗病逝。西夏亡。拖雷监国。
1234年蒙古攻破蔡州城，金哀宗自杀，金亡。
1258年旭烈兀破巴格达，阿拉伯阿拔斯王朝灭亡。
1260年忽必烈称汗于开平。其弟阿里不哥称汗于哈剌和林，发生争汗位之战。
1271年忽必烈取《易经》"大哉乾元"之意，改大蒙古国号为大元。
1274年忽必烈第一次东征日本。
1275年马可波罗抵达上都，得到忽必烈赏识。
1279年忽必烈灭南宋。
1280年由郭守敬主持的《授时历》修成，它测定一回归年平均长度为365.2425日，与地球绕太阳公转周期仅差26秒。
1281年第二次征日。
1313年元仁宗正式下诏开科取士，一时颇有儒治气象。
1323年亲军将领铁失等以阿速卫亲军为外应，在上都南坡截击皇帝行帐，杀害了元英宗和丞相拜住等人，史称"南坡之变"。
1328年泰定帝在上都去世，燕铁木儿在大都发动政变，迎立武宗子图帖睦尔为帝，是为元文宗，史称"天历之变"。
1329年元文宗设立奎章阁学士院，秩正三品，其设定的职能为"进经史之书，考帝王之治"。
1331年元《皇朝经世大典》修成。
1351年淮河决口，民不聊生，各地爆发了接二连三的农民起义。白莲教首领韩山童与刘福通聚众颍上准备起义，事泄，韩山童被官府捕杀。刘福通仓促起兵，攻克颍州。起义军头裹红巾，故称红巾军。其余地区纷纷响应，天下大乱。
1368年徐达、常遇春率主力攻占大都，元朝灭亡，明朝建立。