科举考试的这一传统制度随着元朝政权的建立被打破。元世祖忽必烈在提倡“文治”和“汉化”时，也曾有实行科举制度的打算，但由于各方面原因，包括蒙古和色目贵族的强烈反对，以及忽必烈本人对此的顾虑，始终未得以实施。在历经7朝皇帝、共70余年之后，到了元仁宗时，才开始正式举行科举考试。但在举行了6次考试之后，到了元顺帝权臣伯颜专权之时，仇视汉人的伯颜停罢科举，加剧了民族矛盾。
欲大有作为的顺帝接受了翰林学士承旨库库等人的提议，“古昔取人才以济世用，必由科举，何可废也？”再度恢复科举取士的制度。顺帝在恢复科举当年，亲试进士78人。元代由顺帝坚持实施下来的科举制度，推进了大元政权的汉化，提高了官僚集团的文化素质，巩固了元朝的统治基础，缓和了民族矛盾。元朝建立的科举制度，其内容和模式均不同于前朝唐、宋、金时。明、清王朝开科取士的制度，仅仅是在元朝科举制度基础上加以发展、充实和完善，并没有什么大的改变。
除了恢复并坚持科举制度外，顺帝继续贯彻、推行“文治”和“汉化”政策的另一重要功绩就是任脱脱为都总裁官，使长期未完成的宋、辽、金三史的纂修终于在至正三年开工。顺帝充分信任重臣脱脱，果断解决争议，保证了“三史”在两年之内迅速完成。同时，顺帝还接受了脱脱的多条建议，包括太庙四时祭和“留心圣学”的建议。顺帝改奎章阁为宣文阁，不置学士，惟授经郎及监书博士，以宣文阁系衔。
为了治理水患、发展农业，以及加强水陆交通等目的，元朝统治者对水利建设比较重视，从中央到地方，都设有专门的机构和职务。顺帝的突出表现是，下决心治理黄河，并下令记载、总结方法。其中，贾鲁治河是当时最经典的例子，他疏浚河道280多公里；堵塞大小决口107处，总长达3里多；修筑堤防上至曹县，下至徐州，计770里。不仅成为元朝治理黄河的最大工程，在我国治河史上也属罕见。
贾鲁治河的成功，一方面源自他采用了科学的治理方法，另一方面，则源自顺帝给予他的全力支持。公元1351年，水利学家欧阳玄受命制河平碑文，对治理黄河事系统记述、总结方法、经验，撰有《至正河防记》。这对元朝及后世的水利学发展与进步有重大作用。
从上述这些政策我们可以看出元顺帝妥欢帖睦尔在国家的治理上是有他自己的想法和抱负的。除此之外，妥欢帖睦尔本人也非常聪明灵巧。这主要表现在异常出色的机械制作方面。
他设计的“宫漏”“约高六七尺，广半之，造木为匮，阴藏诸壶其中，运水上下。匮上设西方三圣殿，匮腰立玉女捧时刻筹，时至，辄浮水而上。左右列二金甲神人，一悬钟，一悬钲，夜则神自能按更而击，无分毫。其精巧绝出，人谓前代所鲜有。这就是在前代水运浑仪一类天文仪器的基础上设计的自动报时器。
他还精通建筑技术，曾亲自设计过宫殿的建筑图和模型，“自画屋样，又自削木构工，高尺余，栋梁楹槛，宛转皆具。”工匠“按式为之，即成华屋。”如果用现代学科划分，顺帝在物理学、机械学、数学、建筑学等方面造诣颇深。可以说，他不仅是个意欲有为的统治者，更是个科技奇才，更适合于研究技术型的工作。
然而，也许正是因为他这方面的能力太过出色，导致在他后期政治衰落时，人们往往把亡国罪责归咎于他出色的科技与机械制作天赋上。其实，这样的责备太过武断和牵强，似乎只是因为顺帝是个末代皇帝，便只有“耽于政事”“醉心于声色犬马之娱、技巧机械之玩”似乎元朝灭亡，就在于顺帝一人耽于朝政。
超级帝国灭亡的主动权掌握在一位朱姓人的手中。之后的更替王朝也就自然姓朱了。朱元璋于公元1368年8月从南京出发，后进入河北，这是一次胜利的进军。蒙古将军卜颜企图守住通往北京的路，但是，在通州被新明王朝的杰出统帅徐达打败并杀死。皇太子爱猷识礼达腊携带祖先匾额逃往蒙古。妥欢帖睦尔皇帝于9月10日夜离开北京奔上都府（多伦诺尔）。蒙古宗王帖木儿不花在企图保卫北京的战斗中英勇阵亡。于是，明朝统治者进入了北京，不可一世的超级帝国宣告灭亡。
六、硝烟四起残阳北元
北元政权是超级帝国在蒙古草原的继续。这个政权似乎比他先祖们所创的蒙古帝国和大元王朝更加的具有生命力。北元政权持续了200多年，差不多与明朝相始终，最后还是麻烦下一个政权清王朝来最后把它给统一了。究其如此长寿的原因，似乎是明王朝不够强硬的结果。
公元1368年，元惠宗妥欢帖睦尔被朱元璋领导的农民起义军推翻，失去了对全国的领导权。于是，他退至上都（今内蒙古正蓝旗境内）。蒙古贵族在退回北方草原后继续保持着政权，这个政权史称“北元”。北元政权持续了200多年，差不多与明朝相始终，最后统一于清王朝。
元顺帝是元朝皇帝中少有的接触汉文化较深的一个，大都陷落仓皇北归的打击，对于他来说是极大的，虽然依然还是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去国怀乡”的忧愁，尤其是明朝军队对于他的继续打击又接连不断，更使他惶惶不可终日。终于，1370年5月23日，他怀着悲愤和郁闷，在沙拉木伦河畔的应昌去世。
元顺帝的儿子爱猷识里达腊获悉父亲去世的消息后，便在哈拉和林继位，他将残元政权又维持了8年，并厉兵秣马盼望着有朝一日重登中国皇位。然而，他非但没有机会实现这一愿望，还面临着深入到蒙古地区的明朝军队的攻击。
公元1372年，明朝大将徐达率军攻向哈拉和林，这是蒙古黄金家族的大本营，是权力和荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古政权将彻底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，被誉为“万里长城”的徐达一路上势如破竹，爱猷识里达腊几乎到了绝望的边缘。所幸，明朝的大军由于战线过长，后援不继，受阻于土拉河畔。
公元1378年，爱猷识里达腊怀着满腔遗憾去世，其子脱古思帖木儿继位，这位第三任残元皇帝所能控制的领土已经缩小到蒙古帝国最初兴起时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无可能了。
公元1381年，据守云南的元军遭明朝大军的征讨。白石江（今云南曲靖县东北）一战，元军十余万溃败，被俘二万。梁王把匝剌瓦尔密见大势已去，带着妻、子一同投滇池自杀。与漠北蒙古贵族逐相呼应的这支力量被消灭了。
明朝在不惜劳师费财屡征北元的同时，对主动投降和战争中被俘的大批北元贵族、官吏和军民，都给予优厚的待遇并予安置。明朝希望借此招引更多的北元人马。明初几十年间，确实有大量的蒙古人和汉人从北方跑到内地，成为明朝的臣民。当然，明朝的最终目的是招降北元皇帝。朱元璋曾封昭宗爱猷识理达腊之子买的里八剌为崇礼侯，不久将他送还漠北，并几次遣使给爱猷识理达腊送信，劝他及早归降。但是明朝皇帝从来没有得到北元皇帝的回音。
明朝在20多年间，对北元进行了一系列军事征讨，取得了很大的胜利。然而他们知道，这离彻底消灭蒙古势力还差得很远。蒙古的军事力量虽然在元朝后期一度衰败，但是一旦回归草原，蒙古人很快就恢复了昔日剽焊勇武的素质，并再次表现出吃苦耐劳、能征善战的特点。
此后的百年时间里，北元就是在割据与统一之间不断地变换角色。公元1388年（明洪武21年）后，北元内部分裂，皇权衰落，形成西部瓦剌、东部鞑靼、东北部兀良哈三大集团，相互攻杀，混战不止，封建割据近百年之久。公元1480年（明成化16年），被视为元裔正统的鞑靼部著名首领达延汗在战乱中兴起，重统一蒙古诸部，控制了东起兴安岭、西至阿尔泰山、漠南漠北的广大地区，稳定了蒙古社会的封建秩序，并与明朝和平互市。
达延汗于公元1517年（明正德12年）去世，他去世后，又成了群龙无首的状态，蒙古地区再度出现封建割据局面。从而形成漠南、漠北、漠西三个新的蒙古集团，互争雄长，三集团内部也混斗不已。约在公元1542年（明嘉靖21年）左右，达延汗之孙俺达汗以呼和浩特为中心再度统一漠南，威服诸部，成为三大集团中的强者。其先与明朝互相攻战，后与明朝罢兵言和，被明廷封为“顺义王”，同明朝和平互市40余年。到16世纪末叶的明朝晚期，漠南蒙古地区再度进入割据状态。
此时新兴的女真族，即后来的满族，崛起中国东北地区，在其著名首领努尔哈赤和皇太极的统帅下，经40多年努力，于公元1636年统一漠南蒙古地区。同年皇太极在盛京（今沈阳）即皇帝位，改国号为“清”，漠南诸部蒙古成为大清王朝的臣属。此后蒙古骑兵随清王朝南下，成为主力军之一，在定鼎中原、统一全国的战争中发挥了极其重要的作用。至1636年蒙古诸部臣服清朝止，北元与明朝形成长达265年的对峙局面，蒙古帝国及其汗位也就在这一年消失。