军机处是雍正帝于雍正六年新设立的一个机构，当时清政府正在平定新疆、准噶尔的叛乱，为了更加及时有效地调用军需物资，成立了"军需房"，这就是军机处的前身。叛乱平定后，军需房保留下来并成为军机处。尽管军机处的设立是以雍正帝办理军机要务为契机的，但是军机处的出现并非偶然。它是清初满族统治者由贵族分权向中央集权不断演变的产物，是雍正帝向封建官僚集团发起的又一次进攻。军机处的设立，加强了雍正帝对社会的统治，为迅速稳定社会秩序、恢复经济繁荣奠定了良好的基础。
初设军机，有待完善
清朝初年，沿袭满洲贵族议事的旧制，设议政王大臣会议，决定军国大事。康熙初年，四大臣辅政，满洲、蒙古都统俱为议政大臣，六部满人尚书也参与会议，议政王大臣会议较前扩大。康熙帝亲政后，为了加强君主专制，在宫内设置南书房，又名南斋，抽调自己亲信的翰林官入房办事，替他起草重要的上谕或传达谕旨。这个机要班子的设立，实际上削弱了议政王大臣会议和内阁的权限，许多重大政务不再交付议政王大臣会议讨论，许多重要的谕旨也不再交付内阁草拟。雍正帝登基后，为了进一步把权力集中在皇帝手中，在宫内设立了军机处。军机处取代了内阁、驾空了议政处，是由皇帝直接控制的首要枢廷，是辅助皇帝行使强权的有力工具，为政令的通畅顺利执行提供了有力的保障。
关于军机处的成立时间，史料上众说纷纭，但它始于西北用兵之际是可以肯定的，确切时间当在雍正七年（1729年）对准噶尔策妄阿拉布坦用兵之时，由于议政王大臣都是世袭的贵族，没有实际经验，早已不熟悉军国大事；又由于内阁在太和门外，离街市近，人员多，往返递奏本章容易泄漏机密。所以，雍正帝下令把内阁中三四品以上人品端正、才思敏捷的大学士，由太和门外的内阁，调到隆宗门外(后又迁入隆宗门内靠北、乾清门外靠西的地方)来亲承旨意，拟发谕旨。雍正七年（1729年）二月，雍正帝公开向朝臣宣布对西北用兵。六月，为办理军需，特派怡亲王允祥、张廷玉、蒋廷锡主持其事，并为此发布上谕："两路军机，朕筹算者久矣。其军需一应事宜，交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理"，开始正式建立军机房。雍正八年（1730年），改名"办理军机事务处"，也即军机处。
军机处的地点，最初设在乾清门外，寻迁往门内，离雍正帝寝宫养心殿很近。据载，军机处初创时只有几间简陋的木板房，乾隆初才改建为瓦房，但比起旁边那些高大的殿阁，仍显得很矮小，内部设置也很简单。由于当初军机处设置简陋，在很长一段时间里，没有人认为它是一个正式衙门。
军机处的官职并不多，仅设军机大臣、军机章京两种职官。军机大臣开始称"办理军机大臣"，后来又改为"军机处大臣上行走"、"军机大臣上学习行走"，简称"军机大臣"，俗称"大军机"，雅称"枢臣"。军机大臣是由皇帝从内阁大学士、尚书、侍郎等官员中特旨挑选，或由军机章京升任，也可由满洲皇室亲王选任，其名额没有定数，人数的多少由皇帝一人决定。从《清史稿·军机大臣年表》看，军机大臣最初设了三人，即怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡，后来逐渐增加，最多时达十一人。他们之间没有隶属关系，各自办理皇帝交办的机要事务，分别对皇帝一人负责。军机大臣能文能武，出将入相，既能熟悉部院事务，了解地方情况，又能指挥作战，具有军事经验。如鄂尔泰出身进士，先后任佐领、广西巡抚、云贵广西三省总督，雍正十年（1732年）任保和殿大学士、兵部尚书，进为军机大臣。
军机章京(满语，意为"官")是军机大臣的下属，俗称"小军机"，与"大军机"相对。军机章京也没有定员，由内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙署中的中下级官员选任，负责公文收发及满、汉、蒙古多种文字的翻译等日常事务。
军机处的官员没有编制，简放任免都在原单位，人数也视需要而定。军机处要员能否入选，关键是看他们与皇帝的私人关系好坏。当时雍正帝最器重、最信任的军机大臣除了与之关系密切的怡亲王允祥外，还有大学士张廷玉、鄂尔泰、銮仪使纳亲等，皇帝巡幸、谒陵、驻园时这些人无不跟随其后。可见，雍正帝几乎把军机处看成了自己的一件随身物件，走到哪里便带到哪里，说明军机处在雍正帝心里是十分重要的。
军机处创建之初，既没有正式衙门，也没有印信。雍正十年（1732年）春天，雍正帝命大学士等议定军机处印信，大学士等拟议印文为"办理军机印信"，经雍正帝批准，交礼部铸造银印。该印由内奏处保管，印匙则由领班军机大臣随身携带。另外还打制了镌有"军机处"三字的金牌，由值日章京佩带。须用军机处印信时，由值日章京凭金牌到内奏处领取印信，随后，凭金牌向领班军机大臣索取印匙，并在数人的监督下，才打开印匣取出印信。印信用完后，金牌要交给值班章京，印匙归还领班军机大臣，印信则要重新归还内奏处。这一规章制度显得有些繁琐，但它的确是一套严密的管理模式。为了达到保密的目的，雍正帝着实下了一番工夫。
关于设立军机处的理由，雍正帝曾对大学士说："国家政治，皆皇考所遗。朕年尚壮，尔等大学士所应为之事，尚可勉为代理，尔等安乐怡养，心力无耗，得以延年益寿，是亦朕之惠也。"事实上，雍正帝倒不是怕办事的人操心劳神，他建立军机处是另有目的的。首先，雍正帝是从储位之争中冲杀出来的胜利者，雍正帝登基后，虽然对诸兄弟进行了不同程度的惩治，但他们与官僚机构仍有千丝万缕的内在联系。内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处诸王大臣中仍可能有允等人的亲信，雍正帝对此看得很透彻，但他又不能把所有的官僚机构统统推倒重来，如果那样的话，就可能违背群情，不利于稳定。在经过反复思考之后，雍正帝想出了一个绝妙的办法，建立一个由既有权柄又能服从他指挥的亲信人员组成的新机构。其次，在即位之初，雍正帝虽然掌握了国家最高权力，但凡军国大事，皆应集体讨论定夺，最后由皇帝宣布执行，雍正帝不可能随心所欲独断专行地处理一些事。可见，雍正帝建立军机处的目的是加强集权，达到百官随之、一呼百应的效果。
军机处设立之初，在各方面还不是很完善，从而使得一些目光短浅的人意识不到这个特殊机关的重要性。但在雍正帝心里，军机处并非临时建立起来的小机构，而是从长远利益出发而建立起来的重要机构。
事无大小，事必躬亲
雍正帝在创建军机处的同时，也明确了军机处的主要工作职责。大致上可归为三类，即不时应召商议军机要务；面奉谕旨草拟文书；管理文书档案。
不时召对商议军机要务，是指参议国家各种政事事务，议题由雍正帝本人来决定，参议范围很广泛，有军务、人事、典礼等等。让军机处参与议事，并不表示给了他们决定事务的职权，皇上只是通过参议向他们征求意见，至于事情应如何决定，如何处理，诸军机大臣和军机章京就无权过问或从中阻挠了。说得直白一些，当时的军机处人员没有固定职权，纯属顾问性质。在一般情况下，每天凌晨三时至五时，军机大臣及军机章京就要进入值班房，早上，雍正帝召见他们。如果有紧急要务，也可能提前召见，甚至一日要接见多次。雍正初年，在军机大臣中，张廷玉是雍正帝最得力的宠臣之一，也是最忙碌的一位，有时一日召见多达十余次，特别是在西北两路用兵期间，入值自晨至暮，有时甚至要忙碌到一鼓、二鼓，直到鄂尔泰内召充任军机大臣，张廷玉才稍微轻松一点。可见，勤政者并不是雍正帝一人。由于他们公务繁忙，雍正帝给了他们许多格外恩典，如每日入值的军机大臣、章京饭食，都由膳房供给，满汉章京散值后可以去方略馆聚餐。这样，他们就会更加尽心尽力地去做事。
在军机处创办初期，军机处协助雍正帝办理的头等大事是西北两路用兵。雍正十年（1732年）二月，宁远大将军岳钟琪奏劾副将军石文焯纵敌，雍正帝命军机大臣议奏。同年，西路军大本营移驻穆垒，雍正帝选定六月初四日巳时启行，于四月十三日命军机大臣通知岳钟琪："将一应事宜预先留心备办，但军机切宜缜密，以防漏泄。"其他方面的军政、八旗事务，往往也命军机大臣办理。雍正九年（1731年），雍正帝以山东登州是滨海重镇，仅有六千兵丁驻防，不敷应对，命军机大臣详议是否需要增兵。由此可见，军机处初创时的主要职责是在办理战争、军政和八旗事务上，体现了一个"军"字。后来它已经将范围扩大为所有机要政事了，连大学士、六部、九卿、督抚、将军、提督、都统，甚至连学差、主考以及驻外使节的简放都需要由军机处开单请旨。
面奉谕旨草拟文书，这是军机处的第二个工作职责，也是很重要的工作职责。清代皇帝的诏令有数种，主要的是"旨"、"敕"、"上谕"三种。所谓旨，是指批答朝廷内外官员有关一般事务的题本的文书。所谓敕，是颁给各地将军、总督、巡抚、提督、学政、总兵官、钞关税使的公文。这两种公文原来均由内阁草拟，皇帝批准后发六科抄出，宣示有关衙门和官员执行，无多少机密可言。所谓上谕，有两种形式，一种是宣布巡幸、谒陵、经筵、赈济及侍郎、知府、总兵以上文武官员黜陟调补等事，也由内阁六科转抄送发。这种上谕经手多人，几乎无密可保，因此可称为"明发上谕"。另外一种形式是"告诫臣工，指授兵略，查核政事，责问刑罚之不当者"，都属于不便或不宜公开的内容。因此，在军机处创建之后，这些事情由一名军机大臣单独面承皇上，拟写公文，密封发出，称"寄信上谕"。这种公文因不经内阁六科之手，而直接出自内廷，所以又称廷寄。"寄信上谕"在雍正朝经张廷玉规划，形成完备制度。凡发给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的，叫"军机大臣字寄"；凡发给盐政、关差、布政使、按察使的，叫"军机大臣传谕"。字寄、传谕封函表面都注明"某处某官开拆"，封口处钤印军机处印信后，交兵部捷报处发送，具体承担递送任务的是各地驿站。军机处根据公文紧急程度，将递送速度写在函面，凡标"马上飞递"字样的，皆要求日行三百里；遇到更紧急情况，则具体写明行驶里数，或四百里、五百里。