军机处的第三个工作是为皇上管理文书档案。官员的奏折，皇帝亲自阅览后，无论有朱批的还是没有朱批的，都交给军机处抄成副本，加以保存。雍正帝很重视军机处文书档案的管理工作，在军机处内设立了清档房、汉档房，以分别管理满、汉文的档案。凡档房收存的档案都要逐件进行登记，名为"随手登记档"。凡经过皇帝朱批的奏折，由军机大臣奏请另外缮写一份，以备阙失；未经朱批的，以原折存案，每半月一包，按年月日顺序归档。同时，军机处还建立了定期清查军机处档案的制度，每次清查都建立有档案清册，并有折片数目、档册篇页数目及清查档案的记录等。这种记录工作全由军机章京执笔，十分辛苦，他们所干的工作颇类似于各部院吏员的活计。雍正帝之所以会这样做，一是为了保存各种档案，二是为了便于将来查寻各种资料。
军机处官员的工作责任看似十分重大，其实没有任何实权。在当时，所谓的"军机处"实际上完全是雍正帝处理军务的一个秘书班子。这个秘书班子的职责本来是由内阁、议政大臣完成的，雍正帝现在绕开了内阁和议政大臣，这样，实际上就削弱、剥夺了内阁和议政大臣的权力。
惟贤与信，不问出身
雍正帝对军机大臣的挑选标准与清朝末年的挑选标准根本不同。清末的军机大臣地位显赫，实为国家首相，握有军政实权，如恭亲王奕为军机大臣最久，是清末权势极重的首脑人物。而雍正朝的军机大臣，所办事务虽很重要，但本人却无实际权力，仅仅是雍正帝的辅佐和推行集权统治的工具。
我们首先来看一下军机处人员的具体情况---雍正帝曾先后任命怡亲王允祥，大学士张廷玉、蒋廷锡、鄂尔泰、马尔赛，平郡王福彭，贵州提督哈元生，领侍卫内大臣马兰泰，兵部尚书性桂，内阁学士双喜，理藩院侍郎班第，銮仪使讷亲，都统莽鹄立、丰盛额等为军机大臣。又先后任命内阁侍读学士舒赫德、蒋炳，兵部主事常钧，庶吉士鄂容安，内阁中书柴潮生，翰林院张若霭等人为军机章京。在军机处人员中，允祥、张廷玉、蒋廷锡与雍正帝的关系就不必说了。
雍正朝的军机处有一个规定，即不用亲王入军机，直至乾隆朝仍遵守这一成例。但惟独怡亲王允祥破例。在军机处成立之初，允祥就被任为首席军机大臣，雍正帝之所以任用他，是由允祥的性格决定的。
雍正帝即位后，一方面打击政敌，一方面加紧培植发展自己的势力。要培植自己的势力，最好是在兄弟辈中找几个对自己真心实意的阿哥。阿哥是皇子龙孙，所处的地位是其他大臣所无法比拟的，关键在于是否真心实意支持皇上。无奈境况凄凉，八阿哥、九阿哥、十阿哥、十四阿哥等都是雍正帝的政敌，只有十三阿哥胤祥与之相交最厚。在争夺皇位这场没有硝烟的生死搏斗中，胤祥始终坚定地站在四阿哥胤禛这边，暗中帮助胤禛跟原太子党、阿哥党等政敌作殊死斗争。为此，他失宠于父皇，削爵圈禁，直到父皇去世前一直都生活在灰暗和痛苦之中。雍正帝上台之后，云开日出，他被封为和硕怡亲王，成为总理事务四大臣之一，最为皇兄雍正帝信赖。
雍正元年（1723年），雍正帝又将总理户部的大权交给他，并让他主管钱粮奏销的会考府事务。对于封建国家来说，掌管钱粮就是掌管实权。允祥没有辜负皇兄期望，操纵财政大权，参与军国大事，事事办得井井有条。雍正七年（1729年），军机处一成立，雍正帝就让他充任首席军机大臣。允祥的首要任务是为雍正帝传旨，他以亲王的身份替皇帝向百官传达谕旨，这项任务极其重要，但归根结底不过是个传声筒罢了。
在军机处时间最久的军机大臣要数张廷玉。他的性格和允祥的性格极为相似，他也是典型的只为雍正帝操劳具体事务，并无决策和施政大权。张廷玉是安徽桐城人，字衡臣，大学士张英的儿子。康熙三十九年（1700年）中进士，康熙末年任吏部侍郎兼翰林学士，雍正帝即位后，他先后做过礼部尚书、户部尚书、文渊阁大学士、保和殿大学士兼吏部尚书。雍正帝设立军机处后，他与鄂尔泰同为军机大臣，曾先后纂《康熙帝》、《雍正帝实录》，并充《明史》、国史馆、《清会典》等总裁。
张廷玉在军机处供职，不分白黑入值，常与雍正帝一道筹划军政大事，每日都要接受皇帝多次密谕和上呈多篇奏疏，忙着拟旨，替雍正帝看奏章、提意见。每次从军机处走出至自己的公署，属吏请求他指示和批阅文件的常达百余人，一拥而上。他坐在轿子里、入紫禁城骑马，都要听取汇报、处理事务，每天很晚回到家里，草草用膳之后，赶快点起灯烛，继续办事，有时要干通宵，有时睡下想起某稿未妥，又得起来再改。雍正帝常说他"事务太多了，从早至晚，没有片刻的闲空"。
张廷玉一生忙碌，都是在具体的事务堆中度过，而他自己却没有什么思想，但这并不妨碍他成为雍正帝十分器重的大臣。因为雍正帝要的不是他的建树，而是他的忠心不二，踏踏实实地完成皇帝交给的文字工作。
蒋廷锡早在雍正四年（1726年）就担任户部尚书一职，协助允祥办理财政问题，从那时起他就获得了雍正帝的信任。马尔赛曾被雍正帝任命为北路军抚远大将军，早得眷宠。莽鹄立在雍正初年任长芦盐政时，受到雍正帝的赏识。哈元生在西南改土归流行动中立有大功，雍正帝接见他时，曾解御衣以赐之，对其恩宠有加。讷亲在雍正帝重病时，被任命为顾命大臣，由此可见雍正帝对他的信任之深。张若霭、鄂容安则分别为张廷玉、鄂尔泰之子。
由此看来，雍正帝所任命的这些军机大臣，他们原来的官职相差悬殊，从正一品到从四品都有，这就表明，雍正帝在选拔军机大臣时，官职不是必要的条件，而工作能力和与皇帝良好的私人关系才是最重要的。从这个角度来看，雍正帝在用人一事上，既体现了"惟用亲信"的思想，也体现了"不问出身，不拘一格用人才"的用人策略。同时，由这些亲信负责军国大事还有另外一个好处，即这些人绝对服从雍正帝，而又无政治野心、无权力欲望。作为军机大臣，他们的职责多是从事议事、鉴述、传达工作，虽有一定的权力，但却主要是秉承雍正帝的旨意办事，既没有议政处的决议权，又没有内阁的票拟权（票拟又称为条旨，它是阁臣根据皇帝所示旨意草拟敕旨，或对各部门各地方所上奏章提出批答意见，供皇帝裁决参考，经批红后颁示，因而具有相当的决策权力）。这样一来，雍正帝就从最大限度上加强了中央集权。
加强集权，提高效率
雍正帝设立的军机处具有鲜明的时代特点。
首先，军机处是皇帝的集权工具。从明到清，废除宰相制，皇权得到相应提高。清朝初年，多了一个"八爷议政制"，加上各旗旗主、管主都有一定实权，导致皇权在一定程度上被削弱，因此为了加强集权，雍正帝设立了军机处。正是看到军机处能实现集权这一目的，所以雍正帝才进一步扩大其权力范围，从而把自己推向了权力的金字塔顶峰。
其次，军机处有高度的机密性。这体现在以下几方面：一是军机处设在皇帝身边，与朝臣百官相隔绝。二是对印信管理极严。印信是机构的符号和象征，是出门办事的护身符和通行证。
还有，军机处有很严格的纪律，雍正帝对军机大臣的要求极为严格，要求他们时刻同自己保持联系，并留在皇帝最近的地方，以便随时应召入宫应付突发事件。军机处像飘移的帐蓬一样随皇帝的行止而不断改变，皇帝走到哪里，军机处就在哪里。雍正帝每次议事，一般都是分批独自会见一名军机大臣，让他们无拘无束地谈自己对工作、对百官的一些看法，以便察言观色、去伪存真地选用人才。此外，军机处要求所办之事，不分大小，当日必须处理清楚，不许拖到来日，工作效率极高。
军机处的设立是一个不断完善的过程，具有重要的意义。概括地讲，主要有以下几个方面：
第一，随着军机处的出现，整个国家的政治运作体制发生了巨大改变。由原来内阁承旨、六科封驳，公事用题本内阁承办、私事用奏本直达御前的方式，改为皇帝亲书谕旨或口授，军机大臣承旨拟谕径自廷寄各地的方式，使题本成为"例行公事"的具文，从而，原为王朝中枢的内阁成为有名无实的闲曹，大学士成为无公可办的荣誉头衔。
第二，削弱了当朝某些重要机构的职权。军机大臣奉旨撰拟机要事务和西北用兵大事，这些工作本来是内阁票拟的内容。在军机处成立以后，内阁这方面的权力就被剥夺了，内阁的兵部就只从事军官的考核，稽查军队的员额和籍簿等工作，而这些都是日常的琐碎事务，至于如用兵方略、军政区划等重要事情，内阁从此就无由问津了。这样就大大地削弱了内阁的职权，从而加强了君主的专制权力。军机处成立以前，机密军务之商讨，主要在议政处，由议政大臣完成。议政大臣，顾名思义就是要议政并提出相应的意见，而能够在上层机构提出意见，这已经就是一种权力。军机处设立后，商议军机要务，雍正帝也不交给议政处的议政大臣了，军机处所用的满人军机章京，绝大多数都是从议政处调来的，这样就给它来了个釜底抽薪，议政处也名存实亡了。而军机大臣们自身既没有议决权，也没有票拟权，只能秉承皇帝的旨意办事，因此，即便他们再有雄心壮志，也无法成为与天子抗衡的"宰相"，军机处也永远不会变成尾大不掉的官僚机构。
第三，雍正帝通过军机处和"廷寄"制度，进一步加强了中央和地方的联系，使皇帝的旨意能畅通无阻地直达各部院和地方。上至六部、九卿及九门提督、内务府太监之敬事房，外至十八省，无事不综汇；军国大计，无事不总揽。雍正帝设立军机处这一固定的班子，形成了一整套工作制度，因而在竭力加强皇权的同时，还大大提高了行政效率，使皇帝的旨意能够真正充分得以实现。历代帝王都希望加强集权，只是采取的手段有所不同。朱元璋日理万机，忙不过来，就找了几个大学士作顾问，然而这些顾问不是固定地在皇帝指导下处理政事，因此皇权是强化了，行政效率却并不高；而雍正帝建立的军机处，在加强皇权的同时，还提高了效率，使得皇权的加强能够真正地充分地得到实现。军机处是绝对军权的有力支柱，皇帝们并不想取消它，反而会有意识地发展完善它，乾隆帝于乾隆五十六年（1791年）时取消了议政王大臣会议，这说明军机处已经形成了一代定制。
第四，加强了中央集权，维持了社会稳定。雍正帝在削弱乃至排除内阁与议政王大臣会议参与国家政务的决策权后，这些大权皆总汇于军机处；而军机处则牢牢地控制在雍正帝之手，如"人之使臂，臂之使指"，一切权力皆由雍正帝自操，军机处官员真正成了他的办事人员。雍正帝惟恐军机大臣"专擅"，设置层层警戒，军机大臣无不小心谨慎，奉公守法。历代曾屡屡出现的权臣专政、外戚专权、宦官干政等难以克服的政治弊端，自雍正帝设立军机处以后，自行根绝。
总之，雍正帝设立的军机处，建立了君主高度专制的运行机制，保证了中央集权，提高了行政效率，实行了政治上与思想上的"一元化"统治，维持了社会长期的稳定与统一，避免了政治动乱和社会骚动，让百姓能够持久地休养生息，推动社会向着繁荣稳定的方向前进。因此，在当时的历史条件下，雍正帝创设军机处，是有其积极意义的。