马新贻被刺杀，意味着湘军与淮军之间潜伏的矛盾来了一次总爆发。
湘军头领曾国藩本来是“诸葛一生惟谨慎”的人物，剿灭太平军后，更是威震四方，甚至于有功高震主之嫌。曾国藩是官场老油条，深知清廷虽有诸多软肋，但在对汉人官员的防范上却是手段万千。一旦拥兵自重，莫说屯兵长江上游的满清大将僧格林沁、官文等会掉转枪口对准湘军，恐怕连汉人大臣李鸿章、沈葆桢等人也会站到清廷一边，到时候曾国藩只怕要落得个死无葬身之地的下场。拿脑袋去搞政治赌博的事，曾国藩决不会干。他采取的策略是急流勇退，决定裁抑湘军，减轻皇室疑虑，保住自己的基业和脑袋。曾国藩说过：凡办大事以觅替手为第一。此时曾国藩寻觅到的替手，便是以李鸿章为首的淮军。
在李鸿章来说，他也十分乐意充当曾国藩的“替手”。经过几年苦心经营，淮军气象初露，大有与曾国藩的湘军一争高下之态势。眼下让李鸿章感到烦恼的，是班底里缺乏人才，要么是才具不足，要么是资历太浅，要么是不够可靠。算来算去，除了一个刘秉坤是翰林，在资格上可望成为督抚外，其他人皆不合要求。丁日昌倒是不错，可惜资历太浅，丁宝桢、沈葆桢、郭嵩焘等又都很有个性，不甘久居人下“注释1”李鸿章搜尽夹袋，最后选中了马新贻。
李鸿章的看重和提拔，等于将马新贻推到了漩涡中心。虽说曾国藩处处克己，以裁抑湘军自保，但是他手下的湘军兄弟中有人却并不听招呼。特别是飞扬跋扈的曾九帅（曾国荃）对曾国藩的这套做法很是想不通。在他看来，明明是湘军打下了江南的半壁江山，凭什么要白白送给李鸿章？对李鸿章眼皮底下的红人马新贻，曾国荃尤其不买账。
偏偏马新贻上任两江总督之后，又一贯以裁抑骄兵悍将为首要任务。而所谓的“骄兵悍将”，大部分是曾氏兄弟一系的湘军。比如被薛荫榜棍责殒命的徐有得，属于太湖水师营，此营即为曾国藩一手设立的。自湘军被裁，淮军兴起，曾国荃心里就一直窝着一团火。官场上明争暗斗的较量通过一场偶尔爆发的妓馆风波推向高潮，徐有得虽说只是湘军水师营中的一名小喽哕，但却是引爆湘军与淮军之争的导火索。刺马案发生后，官场中流传种种猜疑，其中一个版本就是湘军雇凶杀人。
刺马案发生时，曾国藩正在天津任直隶总督，远离江南是非之地。无论从哪个角度看，刺马案都不可能是曾国藩直接指使的。但是，刺马案疑云四起，扑朔迷离，曾国藩再怎么解释仍脱不了干系。他本来想从政治漩涡的中心逃脱出来，殊不知这桩案子又将他带进了漩涡中。
刺马案是同治九年（1870）8月22日发生的，一周后，8月30日上午，曾国藩接到29日的上谕，命他调补两江总督，直隶总督由李鸿章担任。看着谕旨，曾国藩满脸愕然，急忙召集幕僚商谈。
就在前不久，刚发生了震惊中外的天津教案，使曾国藩焦头烂额，狼狈不堪。事情原委是这样的：这年夏天，当地老百姓纷纷传说法国设立在天津海河的天主教堂迷拐小孩，挖眼剖心。天津知府张光藻带领兵丁去教堂查询，毫无所获。但是告状的老百姓不依不饶，见到洋人上街便上前围攻，丢石头、扔垃圾。教堂领事丰大业见状暴跳如雷，带人找知府张光藻交涉，要求派兵丁维持教堂正常秩序。遭到委婉拒绝后，丰大业气冲冲回教堂，恰好在路上遇到排洋情绪强烈的知县刘杰，两人几句话不投机争吵起来。丰大业掏出手枪，“砰”地一枪打中了挡在刘杰前面的家人刘七。这一枪迅速激起了民变，周围围观的数百群众像潮水似的涌来，当场打死了教堂领事丰大业及其随从，冲人法国教堂，扯碎法国国旗，打死十多名传教士，最后放火焚烧了望海楼天主教堂。
曾国藩对天津教案的处置结果是判死刑20人，流放25人，天津知府张光藻、知县刘杰革职，流放黑龙江“效力赎罪”。朝廷支付抚恤费和赔偿财产损失49万两白银；派中国特使到法国赔礼道歉。
结果出来后，国内舆论一片哗然，对曾国藩的谴责声讨之声大作，一代“中兴名将”转瞬间变成谤讥对象和举国欲杀的大汉奸，“积年清望几于扫地以尽矣”。更让他感到委屈和伤心的是，诸多湖南同乡将曾国藩此举视作奇耻大辱，来到设在京城骡马市大街的湖广会馆，将会馆中所悬挂的官爵匾额悉数击毁，并将曾国藩的名籍削去，不再承认他是湖南人。在日记中，曾国藩黯然神伤地写道：“数日来查讯津案，办理诸多棘手，措施未尽合宜，内疚神明，外惭清议。”
按理说，身处如此难堪的困境下，朝廷让他回任两江总督，是一次将他从泥淖中拉出来的恩典，乃天大的好事。可是曾国藩的回应却有点反常，9月2日他上了一道“谢调任江督因病请开缺折”，固辞两江总督。他在奏折中说，自本年三月以来，衰病日甚，目病已深，恳请另择贤能担当两江重任，等他将天津教案一事处理完结后，再请开大学士缺。从曾国藩的这个奏折中，足以看出其诚惶诚恐的心理。
曾国藩想养政治病，朝廷却不允许，送出一摞高帽子，夸耀他的功德政绩，言明曾国藩“前在江南多年，情形熟悉，坐镇其间，诸事自可就理”。上谕说得再明白不过了，此事休要谦让，即使有病也必须去。这年是曾国藩60岁寿辰，朝廷为了安慰老臣，特别传旨赐寿，赐予御书匾额、御书福寿字、梵铜像、紫檀嵌玉如意、蟒袍等物。看着这些御赐的礼物，曾国藩心里却泛出了“乐景写哀”的韵味。看来朝廷非要“赶”他去江南处置那桩棘手的案子不可，曾国藩只好吩咐家人收拾行装，准备上路。
然而这一准备，又耽搁了一个多月。这段时间里，曾国藩先是给慈禧太后祝寿，又给自己做了60岁生日。不过这生日过得别出心裁，不是坐在家里等人祝寿，而是逛大街，逛戏院，最后来到湖广会馆，这里的南北同乡多，听说曾国藩要下江南，先前为天津教案指责问罪的态度又变为同情者居多。他们请名角唱了一场戏为曾国藩送行。
即使启程之后，也是一路磨磨蹭蹭，尽情享受运河两岸的旖旎风光。等曾国藩抵达江宁时已是12月中旬，此时离他接到调令已有三个多月了。
“注释1”①丁宝桢（1820—1886），贵州平远人，咸丰进士，1867年任山东巡抚。沈葆桢（1820—1879），福建侯官人，道光进士，1861年任江西巡抚。郭嵩焘（1818-1891），湖南湘阴人，1862年任广东巡抚。这三人都是李鸿章心目中比较认可的梯队候选人。