4月14日，南京代表团经过一天的研究，提出了40余处修改意见，提出一个修正案。张治中以后在回忆录中说：“这个修正案和原草案最大的不同之点是：词句力求和缓，避免刺眼的词句，同时对军队改编、联合政府两项也有若干的修正。”当晚，张治中把这个修正案交给周恩来。
第二天，4月15日晚上7时，周恩来把最后定稿的《国内和平协定》送给张治中，并定当晚9时在勤政殿举行第二次会议。周恩来说：“如果我们没有最后定稿，就使南京代表团无以说服南京当局；没有这个最后的定稿，就不能使它考虑同意与不同意的问题。我们认为，一个问题一定要有一个结果。我们提的最后方案，南京代表团乃至南京当局都有它的自由，就是同意或者不同意。”
在这一天的会议上，张治中问道：“所谓最后的文件，是不是解释为最后的通牒？是不是只许我们说一个对或者不对？”
周恩来严肃地点点头，说：“可以这样理解。这是我们的最后的态度。”
张治中如释重负地长吁一口气，说：“也好，干脆！”
接着，周恩来要求双方代表团用两个小时时间研究最后定案。
中共首席代表周恩来首先发言，对协定修正案作了详尽说明。他最后正式宣布说：“这个协定是定稿，是不能改变的，南京政府同意就签，但无论签或不签，到本月20日为止，人民解放军百万大军将立即渡江。”
周恩来最后的宣布，令国民党代表团个个心惊震荡。
张治中缓缓地站起身，说：“刚才恩来先生说这是最后的文件，那就意味着同意就签字，不同意就拉倒。如果是这样，我们代表团同仁现在就没有再发表意见的理由和必要了。我们将把这个文件迅速报告我们的政府，请示它最后的决定，然后再答复中共代表团。”
说到此，他略停顿一下，又继续说道：“不过，我想略为提出一点个人的意见或感想，国共两党的斗争，到今天可以说是一个结束了。谁胜谁败，谁是谁非，谁得谁失，当然有事实作证明，将来也自有历史作评判。不过，要打个比方来说，我想国共两党之争，好比是兄弟之争……”
张治中关于“兄弟之争”的一段话，模糊了国共争战的实质，与共产党人的立场格格不入。
对此，中共首席代表周恩来立即起身反驳。他说：“刚才文白先生说的几句话，我不能不辩白一下。就是对于兄弟的比喻，是指两个代表团的立场，那么，我们都是为和平而努力的，我们很愿意接受。过去大家虽有不对，今后大家仍可以一道合作。但是，如果拿过去20多年来，尤其最近两年又9个半月的蒋介石的朝廷来说，这就不是兄弟之争，而是革命与反革命之争；孙中山先生当年革命的时候，对清那拉氏进行的斗争，就不是兄弟之争；对袁世凯的讨伐，就不是兄弟之争。如果说兄弟之争，孙中山先生是不会同意的。如果把蒋介石朝廷和一切死硬派也包括进去，就失掉了它的严肃性。”
周恩来还说：“昨天文白先生已说过，要把我们提出的最后稿子带回南京，说服南京当局，但愿能如此，不然我们解放军就会向前推进，因为他们正在等待着向江南推进的命令。因此，我必须在这个协定的文本以外，关于人民解放军渡江接收的问题，还再提出几点。”接着周恩来提出了五点补充意见。
第一，人民解放军就没有宣布过停战，南京国民党政府曾经要求停战议和，我们没有同意。我们只说在协定签字之后，永远不再有内战，而不是说在协定签字之前，就可以宣布停战。但有一个临时的情况，就是因为南京代表团到了北平，而代表团诸位也是南京政府中主和的人士、热心和平的人士，这是我们素来知道的，为了使谈判更顺利，所以我们愿意在谈判进行期间，命令人民解放军暂时不过江。但是我们不能无限期地受到约束，所以我们今天正式告诉文白先生，请南京代表团回去南京的先生转告李德邻先生和何敬之先生，我们只能约束到本月20日为止，到那时还不能获得协议签字，那我们就只有渡江，不能再拖延到20日以后了。
中国共产党代表团和国民党政府代表团进行和平谈判的情形
第二点，为了保证协议签字以后有效实施，我们必须渡江接收。这一点，已经口头的、书面的和文白先生说过，就是要在长江下游的扬中、江阴两县，和上游的繁昌、南陵、铜陵、青阳、石埭、贵池、东流、至德8县，由解放军和平渡江，接管这10个县的地区。这样一来，就可以使得长江以南在国民党政府管辖下的要想率部叛乱的破坏协定的部队，不能不有所顾虑。如果还是敢于称兵作乱的，我们就以力量协同南京国民政府所管辖愿意和平的部队一起讨平它。
第三点，至于其他地区，像刚才所提到的苏、浙、皖、湘、鄂、陕、陇东等地如何接收，那就要等到整编委员会成立以后。
第四点，在南京国民政府所管辖下的部队，如果有不同意和破坏这个协定称兵作乱的，那么为了要协同讨平它，人民解放军就不能受约束在这10个县份之内，我们愿意与南京国民政府管辖下接受和平协定的部队一同动作。
第五点，南京国民政府对于中共代表团所提这一和平协定定案的回答，我们愿意等到20日。
说完了5点补充意见，周恩来又说：“有许多朋友都知道，中国共产党有时候是很硬的，不过我们也是根据原则性才这样做的；我们要是从四面八方讲敷衍，就不会有今天的局面。”
最后，周恩来问张治中：“文白先生以为怎样？”
张治中对和谈协定，当然已经无法再说些什么。周恩来的讲话，在他看来，意味着对国民党南京政府作了最后通牒，这与顽固分子那种“划江而治”、“平等的和平”的主观幻想相差十万八千里。他预料南京政府不会接受这个协定，但是他还是发表了自己的想法。
张治中说：“我们没有别的，只有祝望两党过去的一切芥蒂、一切误会、一切恩怨，永远结束；过去的就让它过去，今后我们应有一个新的意愿。在我们方面，当然首先做一个自我反省，同时希望中共方面也保持着这种远大的眼光、开阔的胸襟、明朗的态度，来领导未来的、历史性的、新的政权。中国共产党基于其过去的努力奋斗，到今天已经接近——最少可以说接近——到它当政的理想。也有了成功的把握，用不着我们恭维。”
会议于10点20分结束，正式会谈也告停止。
张治中后来在回忆录中写道：“回到住处后，经过代表团郑重的研究，认为这个定稿已经接受了我们所提修正意见40余处的过半数，特别是关于战争罪犯一项删去‘首要与次要’字样；原来把南京政府和所属部队置于人民革命军事委员会指挥统辖之下一句也改换了，所以代表团一致的意见，认为尽管条件过高些，如果能了解于‘战败求和’‘天下为公’的道理，不囿于一派一系的私利，以国家元气、人民生命财产为重，那么，就只有毅然接受；以诚心承认错误，以勇气接受失败，则对国家、对人民、对国民党保全者实多，总比顽固到底、失败到底的好。大家表示只有接受这个《国内和平协定》为是。
国民党中常委的秘密会议
4月16日上午10时，黄绍竑、屈武携带《国内和平协定》乘飞机返回南京请示。他们步下飞机时，何应钦、白崇禧、张群等人正翘首迎候在机场。
在南京、在溪口，为时两天关于《国内和平协定》的讨论，在国民党内，在蒋、桂两派之间，不啻引起一场大地震。国民党政要人物的嘴脸都得到充分展示。
黄绍竑走进总统府官邸客厅，刚一落座，白崇禧便一把将文件抢到手，坐到一边看起来。黄只好先向在座诸位大略介绍和谈情况。当白崇禧看完后，“吧”地将文件拍在地上，怒气冲冲地指着黄绍竑说：“真难为你呀，这样的文件也带得回来！”说完拂袖而去。
第二天，桂系集团要员聚集在一起商讨对策时，又指责黄说：“季宽，你们走时，明明带着行政院讨论过的‘腹案’，你们在与中共谈判时，为什么要违背这个基本立场？这哪里是和平协定，简直是投降协定！张文白怎么这样糊涂？这个协定没有什么讨论的，他们要过江，就打！”这时候，白崇禧已得到蒋介石送给他的黄金，他已完全倒向蒋介石死硬派一边。他狠狠地说：“我就不信，共军能插翅飞过长江！”
4月19日，国民党中常委讨论会在国防部会议厅秘密举行，会上将对和平协定做最后的决定。会议由何应钦主持，代总统李宗仁列席会议，参加会议的有在南京的中常委、中央党部秘书长吴铁城、参谋总长顾祝同、行政院秘书长黄少谷以及几位部长，还有刚从太原逃出的阎锡山也应邀出席会议。但是，白崇禧却引人注目地缺席了。
黄绍竑首先作和谈情况介绍的报告，话刚讲到一半，吴铁城就拍案怒吼，反对签订和平协定。
吴铁城慷慨激昂地说：“这个协定是绝对不能接受的。中常委从未承认过中共1月14日提出的和平条件。要和平不能离开中常委那个和谈的五项原则。代表团离开五项原则，擅自和对方讨价还价，这是不应该的。”他气势汹汹地质问：“宪法乃国家的根本大法，法统是实行宪法的保证，如果都废除了，中国将成为什么样子的国家？！”
国民党元老、屈武的岳父于右任则声泪俱下地说：“我活到如今，想不到会碰到这种日子，真是欲哭无泪！我觉得我们自己的努力太不够，太不够了！多少年来，一个革命的政党反而变成革命对象，这已经使人痛心！而今日之下，面临紧要关头，受到中共绝大压力，承认固然不可以，不承认又没有这个力量，到了这个地步，上不上，下不下，进退维谷，简直使我痛心之极！”
于右任一番的话引起了与会者的强烈共鸣，有的人哭泣，有的人跳脚，有的人长吁短叹，有的人破口大骂，大家都为“上不上，下不下”的处境悲伤，秘密会议乱成一团。
何应钦
这时，外交部长朱家骅站起来说：“各位，事到如今，还是请多动动脑筋吧！签字吧，蒋先生不会同意，我们这里人也不赞成。不签字吧，北平方面也没有讨价还价的余地。这个不同意，那个反对，唯一的结果就是再拼一下。然而，再拼一下的结果又将如何呢？”
朱家骅悲怆地发问，又使会议陷入沉默，谁也能料到，但谁也料不准再拼一下的结果会如何。最尴尬的是代总统李宗仁，会议开了4个多小时，他一直枯坐着，一言不发。不过他能说什么呢，又有谁能听呢？
再争吵谩骂下去于事无补，主持会议的何应钦也算聪明，及时打住，他总结道：“各位已经发表了很好的意见。中共的八条二十四款，实在叫人难以接受。我是赞成中常委关于和谈声明的。共方协定的前言，全属对政府和本党的诋毁之词，等于对罪犯的判决，难道我等全是罪犯？就以改编军队一项而论，双方军队既罢战言和，自应同时改编，以实现军队国家化的原则。而该协定把属于政府的一切武装力量均改编为人民解放军，这是对民主原则的背叛！对于这个协定，我的意见不能签，看李代总统有何高见？”
何应钦已经做了结论，但他不忘将李宗仁一军。
李宗仁被将得目瞪口呆，张口不得，但身在其位，又不能不表态，只得硬着头皮说：“我没有回天之力。是战是和，我无能为力。如果广州和溪口的意思，是要和共产党决一死战，那我也没有办法。”
和谈已到如此地步，李宗仁还能说什么呢？他当上了副总统，便打起了和谈的旗帜。关于和谈，他心中有自己的算盘。他认为美国支持他求和，蒋介石也表示不妨碍他搞和谈，因此他把和谈的价码摆得很高，对和谈的期望寄予了非分之想。
当蒋介石看到《国内和平协定》时
4月17日，张群携《国内和平协定》文本飞往溪口。
蒋介石坐镇溪口，敏感地注视着北平进行的国共和谈。北平和谈进展情况，南京李宗仁的一举一动，蒋全都了如指掌。为使北平国共和谈纳入蒋记轨道，迭电指示：“一、和谈必须先订停战协定；二、共军何日渡江，则和谈何日止，其破坏责任应由共军负之。”
张群到了溪口，蒋介石阅罢《国内和平协定》，气得暴跳如雷，拍案大骂：“文白无能，丧权辱国！”
蒋介石在当天的日记中写道：
“共党对政府代表所提修正条件二十四款，真是无条件的投降处分之条件。其前文叙述战争责任问题数条，更不堪言状矣。黄绍竑、邵力子等居然接受转达，是诚无耻之极者之所为，可痛！余主张一方面速提对案交共党，一方面拒绝其条件。同时全文宣布，以明是非与战争责任之所在。”
蒋介石
蒋介石所控制的国民党中常会在广州举行临时会议，并邀中央政治委员会委员参加，由孙科听取吴铁城关于和谈经过及中共提出《国内和平协定》与政府复文的报告后，通过国民党对《国内和平协定》决不能接受的声明，并即电达李宗仁、何应钦。
同时，国民党宣传部长于天放举行记者招待会。
有记者问：“和谈前景如何？”
于天放说：“和平的希望暗淡，如果共产党渡江，国民党不会投降，而是抵抗。是成功，还是失败，要靠我们的努力。”
有记者问：“广州方面和南京总统府对《国内和平协定》持什么态度？”
于天放说：“广州方面和南京方面的意见，现在实际上是一致的。”
憋了几个月的蒋介石，终于强硬地行动起来了。他把南京的李宗仁撇在一边，命令蒋经国传达他一系列手谕，给前方将领打电话，部署最后一拼：
“告诉汤恩伯，让他给我好好打，一定守住长江天险！”
“告诉白崇禧，和谈已经破裂，华中地区全靠他了！”
“告诉胡宗南、宋希濂，西南半壁就靠他们支撑了！”
“告诉孙立人，新兵训练加紧进行，准备打一场艰苦的持久战！”
蒋介石恶狠狠地发布了一系列命令。
与此同时，毛泽东、朱德也发布了一个命令，即4月21日发布的《向全国进军的命令》：
“……
奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭中国境内一切敢于抵抗的反动派，解放全中国人民，保卫中国领土主权的完整和独立。”
4月22日，蒋介石约李宗仁、何应钦举行杭州会谈。
会上，蒋介石问李宗仁：“对于和谈还有什么打算？”
李宗仁回答说：“我准备再派人去北平商谈一次。”
蒋说：“不用了，不必再谈了。过去共产党因为在军事上没有布置好，所以才同意和谈，现在他们已经渡江，再没有谈判的余地了。”
李宗仁随即提到3个月来的教训，对蒋表示：“和平方针既告失败，请示蒋总裁复职。”
蒋介石声言：“今日只讨论时局之政策，不涉及人事之变动。”一句话将李宗仁搪塞过去。
蒋介石提议在中央常委会之下设“非常委员会”，作为国民党的最高决策机构，由蒋介石当主席，李宗仁当副主席，今后党的重大决策，先提“非常委员会”决定，然后交由政府执行。在座诸人都附和蒋的提议，似乎事先已有默契，李在当时不便反对，但后来到桂林后始提出异议。
杭州会谈对当前时局及政府今后政策，作出下列决议：
（一）关于共党问题，政府今后唯有坚决作战，为人民自由与国家独立奋斗到底。
（二）在军事方面，由行政院长何应钦兼任国防部长统一陆海空军的指挥。
此外，并决定总统府和行政院23日从南京迁往广州。
会后，李宗仁飞返南京。