对于民族区域自治，早在毛泽东时代就已经落实在《共同纲领》中了，中华人民共和国成立后邓小平又对此问题更进一步地进行了落实。如，《共同纲领》规定：“各少数民族聚居的地区，应该实行民族区域自治。”在这里，我们可以很清楚地看到他对民族区域自治的看法，少数民族想落实民族区域自治，要落实政策必须取信于民，而且让少数民族干部也要意识到民族区域自治的重要性。
他又讲：“现在这件事还没有谈好，不过一定要有一个他们满意的名字才行。”这更进一步说明，对于民族区域自治政策不能勉强，而应该使少数民族满意，才能把党和国家的大政方针和根本制度变成少数民族自己的需要，才能激发他们的感情，从而更好地落实民族区域自治。
对于少数民族的区划问题，他认为要遵循历史习惯和少数民族的风俗，“比如康东过去划有县，有一二十年的历史了，现在实行民族区域自治，还保存不保存县呢？从发展前前途看，保存县有好处，而且已经习惯了，但是他们赞成不赞成呢？有一个原则，他们不赞成就得取消，另外划”。这说明他对于民族区域自治的态度仍然是从实际出发，尊重少数民族自己的选择方式。
在民族区域自治的理论上，邓小平既尊重少数民族自己的选择，又注意处理少数民族内部的问题，同时还主张派少而精、自愿为少数民族服务，真正帮助少数民族发展的民族干部，当然还要在分析不同情况、积极创造条件，逐步实行民族区域自治，保障少数民族的合法权益和重视他们的经济建设，从而更要诚心诚意为少数民族服务，还要重视少数民族的干部培养问题从而提高少数民族的政治权利和经济、文化的发展。
4．新时期要团结各族人民，才能消除民族隔阂
我国是一个政治、经济、文化发展很不平衡的多民族不发达的社会主义国家。我们的每一个民族，都有加速发展自己的愿望和需要，为此从历史上的民族间不信任的困境中走出来已是必选之路，实现社会主义现代化是各民族的共同愿望，所以一定要从各个民族的实际出发，消除已经存在的民族的差异性和已经存在的民族隔阂，是民族团结首先要抓的任务。
1979年，邓小平在中国人民政治协商会议第五届全国委员会第二次会议的开幕词《新时期的统一战线和人民政协的任务》中说：“我们这次会议，是在中共中央决定把党和国家的重点转到社会主义现代化建设上来以后召开的。这次会议的目的，就是要进一步动员、团结全国各族人民和一切爱国力量，促进社会主义现代化建设的发展。”
我国是一个多民族国家，需要中国共产党的正确领导，同时也需要人民服从党的领导，从加强民族团结的角度来看还需要以民族团结为重。特别是通过民主改革、社会主义改造所形成的并在社会主义建设中所发展起来的“团结友爱、互助合作”的新型民族关系，提供了加强民族团结的可能性和为实现社会主义现代化奠定了坚实的基础。
又如邓小平在中共十二大的开幕词中所讲：“我们一定要兢兢业业地做好自己的工作，加强同全国各族人民的团结，加强同全世界人民的团结……”这些都充分加说明民族团结的重要性。因为有了人民的团结，特别是各民族的团结，才能更好地建设社会主义。
综上四个方面所述，邓小平处理民族问题的理论有：民族平等理论；民族团结理论；民族区域自治理论；民族共同繁荣理论；民族精神文明建设理论。特别重要的是民族发展理论。
邓小平民族理论所运用的方法有：（1）实事求是，老老实实；（2）调查研究；（3）解放思想，从实际出发的研究方法；（4）原则性和灵活性相结合的方法。
三、毛泽东邓小平处理民族问题的方法论之比较
我们通过对毛泽东邓小平处理民族问题的理论和方法的不同研究发现以下问题是我们思考的重点：
首先，科学的方法论是同唯物史观历史条件的观点相一致。中国从民主革命到社会主义革命和社会主义建设，从战争时期到和平时期，历史条件发生了很大的变化，毛泽东思想和邓小平理论就是适应这种变化而产生的，就是在不断面对和解决民族问题的实践中进行发展的。如果我们不重视、不研究、不比较这些历史条件的变化，就不能正确理解毛泽东邓小平是怎么样从研究历史和现状中找出规律性的东西来指导民族建设，也就不可能有毛泽东思想和邓小平理论的成功之处，由此，我们可以说这是马克思主义在新中国的实践和运用。
其次，科学的比较方法论是同唯物辩证法所包括的历史性是完全一致的。列宁认为：“在分析任何一个社会问题时，马克思主义理论的绝对要求，就是要把问题提到一定的历史范围之内。”也就是马克思主义者认识问题应该从现实和历史的联系出发看问题，采用比较的方法和唯物辩证法的思维来认识问题。在毛泽东与邓小平的比较研究中就可以看出来，在不同的历史时期，他们选用不同的方法和原则来解决民族问题，而且他们对马克思主义原理的运用虽然各有不同，但总的原则还是一样。
再次，毛泽东邓小平都是在反对教条主义，针对不同的历史时期而选择不同的处理民族问题方法。特别是“文化大革命”前后，他们的思想更显明，因为随着历史的发展，必须面对现实思考出路才可以很好地认识民族的各个方面的问题。
通过以上的比较研究，我们得出如下结论：
1．他们在理论和方法论上的一致性和继承性
对于毛泽东邓小平处理民族问题的一致性（即相同点）表现在：从实际出发，实事求是；诚心诚意帮助少数民族发展经济的调查方法；原则性与灵活性相结合的方法；共同性与特殊性相结合的方法。两者继承性表现在：他们都是继承了马克思主义的历史唯物论和辩证法原理，以及客观认识事物的方法；这其中也有邓小平继承了毛泽东思想中的部分认识问题的方法，由此，我们认为继承性有一种方向性。
2．他们在方法论使用上的差异性
首先，表现在他们所处的历史环境不同，时代背景不同，方法论上不同。如民族区域自治政策是在毛泽东时代提出来的，具有开创性，同时又具有马克思主义者思考问题的自觉性和建设性，这是毛泽东处理民族问题方法论上的最大特点。
其次，在深入调查问题方面，毛泽东主张亲自参加调查和基层反映问题相结合的方式，而邓小平坚持实事求是地参与调查的方式。在解决民族问题的过程中，毛泽东善于开座谈会，征求大家的意见，同时能够从历史中寻求借鉴；邓小平的方法论是先从历史上寻求经验教训，然后再从调查人手，进行分析和归纳，总结出新的方法，也就是他们从思维方式上各有特点。
3．邓小平对毛泽东方法论的创新
中共十一届三中全会以来，邓小平在继承和发扬毛泽东处理民族问题方法论中，不断地进行了创新。如结合改革开放提出民族共同繁荣思想，同时也提出把民族上层人士多吸收成政协委员，他们可以帮助做好民族的统战工作；与此同时，他在密切联系群众的基础之上，又提出必须以民族利益为重，不得伤害民族感情，必须尊重民族发展，国家只能扶持民族经济，并不是全面地干涉。他在处理民族纠纷时善于调查研究，综合各方面的意见，全面的、彻底的解决民族问题（特别是他强调解放思想，实事求是的工作作风）。
4．毛泽东、邓小平处理民族问题方法论对我们的启示
通过对他们处理民族问题的方法论对比分析，我们认为有如下启示：首先，必须遵循马克思主义的唯物论和辩证法，这是我们处理民族问题的关键。其次，必须把马克思主义的普遍原理与中国具体的民族问题紧密地联系起来，因地制宜，不能生搬硬套。再次，处理民族问题一定要从少数民族的利益出发，不能伤害他们的民族感情和民族利益，而且要团结各民族，建立和睦、平等、团结的民族关系。第四，必须一切从实际出发，一切实事求是，既不武断和坚持个人意见，又不主观和想当然，必须以事实为根据，广泛听取意见，仔细分析再提出方法。