康熙早年的生活就一直笼罩在天花的阴影之下，他出生没有多久，正赶上天花大流行。不得已之下，由其乳母抱出紫禁城，寄住在西华门外的一座宅邸（雍正时改为福佑寺）中“避痘康熙皇帝”，可以说长期得不到父母之爱。两岁那年，他仍然没有躲过痘魔的侵害。好在有乳母——正白旗汉军包衣曹玺之妻孙氏的悉心照料，康熙硬是从天花的魔掌挣脱出来，只是脸上留下了不甚雅观的点点痕迹。这次与痘魔的“亲密接触”，给康熙幼小的心灵留下了永远无法消除的阴影。据《圣祖廷训格言》中记载，康熙在其晚年曾说：“朕幼年时未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下未得一日承欢，此朕六十年来抱歉之处”。躲过天花的灾难之后，幼年康熙搬回了紫禁城，但天花的阴影仍时时笼罩在他的周围。由于天花连年爆发，深宫中也常常处在人人惶恐的状况之中。如果宫中有人得了水痘，父皇顺治等就会出宫“避痘”。如果城中有水痘病人，四周则用绳子围起来，谁也不准随便接近，即使是集恩宠于一身的皇子也不得四处走动。童年的活动天地因为天花的肆虐而被禁锢在很小的范围之内，这些惊恐与动荡的灰暗记忆填满了幼年康熙的梦魇。
然而，何其幸运的是：康熙很小就已出过天花，并且有幸存活下来，而且以后永远不用担心再会得上天花。于是，天花让康熙登上了多少人梦寐以求的金銮宝座。
康熙登基之后，幼年的惨淡经历使其深深明白天花对大清王朝的威胁。在总结了前人防痘经验的基础上，他开始由过去被动防御而转为主动出击防治天花。在康熙的倡导推动之下，清朝天花防治开始走向科学化与系统化的道路。他在太医院下专门设立了痘诊科，并在普天之下广征名医。北京城内还设有专门的“查痘章京”，负责八旗防痘事宜，可见，康熙将这件事情是当成一件大事来抓的。
康熙皇帝十分重视对传统隔离防痘方法的继承，并在实施中不断有所创新。最著名的一例就是避暑山庄的选择与蒙古各部落首领围班制度的建立。这件事得从顺治时代说起，由于天花的流行，清初很长一段时间蒙古草原各部入觐制度受到了严重的挑战。由于蒙古首领多为“生身”（即没有患过天花），为避免传染起见，顺治消极地多年不接见来京的外藩首领，后来又规定没有出痘的蒙古王公也不许入京觐见皇上。康熙初年，这个规定仍然存在。据史书记载：康熙对于一些元旦来朝的外藩蒙古首领们自称已出过痘一事，表示担忧。康熙十年（1671）十二月二十七日，他降谕理藩院：“凡元旦来朝外藩王等，虽云已经出痘，朕犹虑之。伊等所云出痘，信耶？疑耶？”
康熙十六年（1677）出巡塞北的途中，在热河发现了一个理想的避暑地方，决定在此建立一个避暑避痘的行宫。随即，康熙皇帝规定：以后凡是没有出过痘的蒙、藏、回、维等上层贵族，想要觐见皇帝，可以在每年七月到热河，九月随皇帝入围场秋狩，同时觐见皇上。这真是一个绝妙的办法，因为天高气爽的秋天入觐，既避开了痘疫发作期，同时也达到了亲合少数民族各藩的目的。
幸运的是，康熙即位以后，多年的休养生息，使得北方连续性的天花爆发已开始减弱，而南方传统的种痘疫苗法也传到了北方。这种民间种痘法，最早起源于明朝隆庆年间（16世纪下半叶），被称为吹鼻种痘法。大致分为两种，一种方法叫早苗法，即取天花者的痘痂研成细末，加上樟脑冰片等吹人种痘者鼻中；另一种方法叫水苗法，就是将患者的痘痂加入人乳或水，用棉签蘸上，塞入种痘者的鼻中。两种方法的原理事实上都是让种痘者轻度感染天花，发烧出疹，再经过精心护理，待病症消失，就具有了免疫力。
清初推广的传统的种痘疫苗法，是当时世界上最为领先的预防天花的方法。据记载，康熙时期，俄罗斯曾派人专门到中国学习种痘法。后来这种方法经土耳其传入欧洲。1786年，在此基础上英国人詹纳发明了“詹纳法”，也就是后来的牛痘疫苗法。
雍正即位
胤禛继承大统，史界和民间一直以来有不同的看法，迄无定论，成为清初三大疑案之一。一种看法认为胤禛在即位前作了长期的谋位准备，经过精心的谋划，抓住康熙生病静养与外界隔绝的时机，伪造遗诏而得以继承皇位；另一种看法是康熙遗言传位于胤禛虽没有留下令人信服的材料，但从康熙帝生前比较看重他的情况看，传位于他也是完全有可能的。
一代英豪清康熙帝执政六十一年，于康熙六十一年（1722）驾崩。其后，第四皇子胤禛在激烈的皇位争夺中登上了皇帝的宝座，这就是历史上有名的雍正皇帝。但迄今为止，雍正究竟是如何登上皇位宝座的，是按遗诏之言合法登位，还是暗中篡改遗书而即位的仍然是众说纷纭，莫衷一是，仍然是一个谜。
据官书中记载，康熙六十一年（1722）十一月冬至前，胤禛奉命代祭祀南郊。当时，康熙患病住在畅春园疗养，但仍然能“静摄”政权，掌控一切。胤禛请求侍奉左右，但康熙因祭天是件大事，命他不得离开。到了十一月十三日，康熙的病情突然恶化，才不得不破例把胤禛召到畅春园来。而在胤禛未到之前，是七阿哥、十阿哥、十二阿哥以及理藩院尚书隆科多在御前侍候。这时，康熙向他们宣布说皇四子胤禛人品极好，肯定能够传承大统，继承皇位。此时，其他皇子都在外候旨，当胤禛来到康熙面前时，康熙告诉他病情的恶化，胤禛听后昏扑于地，痛不欲生。到了夜里戊时，康熙归天，隆科多正式宣布“遗诏”，胤禛即位，即为雍正帝。
从上面官文记载的情况来看，雍正的即位是合乎法理的。对此，清代的官书可以说是众书一词，口径统一。后世有人根据雍正的品格、才干、年龄和气质上的众多特点以及他在皇宫中深藏不露、暗自修炼多年的特征，以及康熙对雍正的认识和父子感情基础，当时诸子争储互斗的背景，还有康熙在死之前留下遗诏的在场人物、地点、时间以及情节等综合分析，雍正是根据康熙的“仓促之间一言而定大计”而继承皇位是可能的、可信的。
但是在众多的民间传说中，雍正即位却是非法的，是篡位夺权。
早在雍正帝在位时，社会上就盛传康熙是要将皇位传给皇十四子的，在他患病的最后几天，曾经下旨要十四皇子回到京城，但是胤禛的死党隆科多却隐瞒真情，篡改谕旨，在十四皇子还未到之前假传圣旨，宣布胤禛即位。这就是民间所谓的“矫诏篡旨说”的由来。另外一种说法是，康熙原来就有了手书，要把皇位传给十四阿哥，诏书藏于乾清宫正大光明匾之后。但是诏书遭到了胤禛及其死党的篡改，把传给十四阿哥的“十”改成了“于”字，这就是民间所谓的“盗改遗诏说”的来源。那么到底是谁盗改的遗诏，又有不同的说法：有的说是雍正本人亲自改的；有的说是康熙把遗诏写在隆科多的掌心，而隆科多将“十”字抹去了；还有人说是雍正所养的死党、武林高手把诏书偷出来之后而精心篡改的……
著名清史学者王钟瀚先生，从对康熙皇帝之死及其四子胤禛即位的情况研究，提出了不同的看法。他认为，从康熙皇帝在其六十一年（1722）八九月份至热河行围，十月回宫的身体状况来看，其身体相当健康良好，当时，康熙只是患了感冒，胤禛多次亲自或派人请安，康熙的答复都是“朕体稍愈”，从这个情况来看，他的身体并没有什么大的病情，如果没有发生非常的事情，还没有到要“寿终正寝”的时候。然而康熙却在病情并未恶化的情况下突然死去，其中疑窦重重。从事变的发展迅速来看，很可能是因为胤禛相信了人们吹捧大阿哥可能即位的言论，感到得位无望，于是看准时机，与隆科多等勾结，控制了康熙与外界的联系，害死了康熙，篡改了诏书，篡夺了皇位。从康熙皇帝驾崩之后，仅由隆科多宣布口授遗诏的情况来看，也是大为让人生疑的。
还有人认为，康熙本来就是要在四皇子和十四皇子两人中选立皇储，而最终确定为四皇子胤禛，十四皇子被任命为抚远大将军，这也说明康熙确实把胤禛作为即位的候选人之一。胤禛在康熙四十八年（1709）封为亲王后，在皇子中的地位日益提高，先后二十二次参与祭祀活动，次数比其他的皇子都多。此外，康熙对胤禛的儿子弘历宠爱有加。由此可见，雍正是后来居上。也有人认为，康熙本想让十四子继承皇位，但在他临终前，十四皇子远在边疆，若将他召回再宣布诏书，恐发生皇位纠纷的变化，无奈之下就传于雍正。
总而言之，雍正即位有着种种让人难以理解的疑点。这些问题使一些历史学家耗费了很多的精力和时间，然而直到现在也没有能够得到很好的解释。可以说，雍正即位是否合法，仍然是个谜。这不仅是因为雍正在即位上有很多令人费解的问题，而且他即位后不久，就有很多难解的言行，尤其是大肆诛戮贬斥功臣、兄弟、文人等，这些连在一起，更是令人感到扑朔迷离。
乾隆伪造“元传国玺”
按古代制度，帝王得国一般要取得“传国玺”方才成为名正言顺的“真命天子”。清皇太极从察哈尔林丹汉手中得到了“传国玺”。然而，此“元传国玺”后来却失踪了，传说乾隆帝又不为人知地伪造了“元传国玺”。
按古代制度，帝王得国一般要取得“传国玺”方可以成为名正言顺的“真命天子”，不然即使得到天下也会被讥笑为“白板天子”。这项传国玺制度始于西汉，而“传国玺”始于秦。相传，秦始皇用“和氏璧”镌制宝玺，玺由丞相李斯以大篆书之，王孙寿刻制，字体呈“鱼龙凤鸟之状”，玺文曰：“受命于天，既寿永昌”。此玺于公元前206年西汉高祖刘邦兴兵攻入秦都咸阳时，从秦王子婴手中得到。从此，这颗至宝便成为历代强梁争相攫取的目标。西汉末年王莽篡位，“传国玺”被之窃取。王莽失败，传国玺归东汉光武帝刘秀。三国时期，“传国玺”被曹操据有。三国归晋，“传国玺”落入司马氏手中。南北朝末年，“传国玺”被隋文帝杨坚夺去，隋末农民大起义，此玺又被唐太祖李渊拥有。唐末，石敬瑭之乱中潞王李从珂在宣武楼自焚，“传国玺”与之一起毁掉。至此，汉“传国玺”消失。然而，此后的许多朝代都宣布有“传国玺”出现。诸如，后晋高祖石敬塘于天福三年“敕制皇帝受命宝”，此宝后归入契丹，辽代末年传至延禧，金辽交战被延禧丢失于桑干河，宋绍圣三年，咸阳农民段义耕地得宝玺，玺“色绿如兰，温润而泽”，玺文与李斯篆体合，饰以龙凤鱼鸟，宋嘉定十四年又得玉玺，其文曰“受命于天，既寿永昌，”至元三十一年御史崔中丞得玉玺于故臣之家……
清皇太极从察哈尔林丹汉手中所得“传国玺”确有其事、其物。不过，皇太极获得的“传国玺”，有人称其是秦始皇的“元传国玺”，也有人称它是后晋石敬瑭制的伪玺。这个“传国玺”不是秦始皇那个“传国玺”，皇太极极力夸大获得这个“制诰之宝”的目的无非出于政治需要。沈阳故宫曾藏有的“制诰之宝”，并非皇太极所得之原物，而是乾隆伪作的赝品。
天聪九年（1635）清太宗皇太极征服蒙古察哈尔林丹汗获“元传国玺”，赢得满汉王臣及蒙古各部的一致拥戴，于翌年改国号大金为大清，成为“跨踞满洲、蒙古的大国皇帝”。这件事在清代历史上具有划时代意义。“元传国玺”在清初历史上意义重大影响广泛，然而，此玺下落早已不明，甚至连它的印迹也未见有人确指，至今所知不过是文献史料对它的描述，这不能不说是史界一大憾事。
不过据传说盛京凤凰楼曾经藏有所谓“元传国玺”制诰之宝。凤凰楼是盛京皇宫内寝的门户，坐落在清宁宫高台之上，是一座单檐歇山式二层楼阁。此楼在清初大概是供皇帝、后妃登l临玩赏之处。乾隆八年（1742）高宗东巡盛京不久，决定将此楼作为恭贮历朝《实录》、圣容、行乐图以及御用“十宝”的永久场所。太宗御宝在清入关后存于北京交泰殿，乾隆十一年（1745）改在凤凰楼存放。
乾隆十一年初，高宗至交泰殿阅视宝玺，见其中有些宝玺已“历年既久，记载失真”，有的宝玺则宝文“重复”不再使用。而且，从宝玺的数目来说也与《大清会典》记载不符。如《大清会典》称，本朝“御玺二十有九”，其中，“宫内收贮者六”，“内库收贮者二十有三”。而交泰殿实际收藏竟有三十九颗之多。大大超过《会典》定制，高宗为此重新做了厘正。他依据《周易·大衍》：天数二十有五的理论，把宝玺的数目亦确定为二十五颗。下余的十四颗，以其中的十颗因宝文与二十五宝文重复，认定是清初太宗使用之玺，将其依旧送回盛京，贮列于凤凰楼。
凤凰楼藏有“元传国玺”之事在清代影响很广，如清朝末年出任盛京旗务处总办兼盛京内务府总管的金粱曾不止一次的说过，“凤凰楼所藏御宝，相传即太宗得之‘元传国玺’”。
不过，此事也存在若干令人疑惑之处。其一，如果“元传国玺”存在，为何乾隆十一年送十宝到凤凰楼不将其一并送来，而要拖到数十年后？其二，乾隆本人性格风雅，酷嗜翰墨，凡其所经无不留题。他曾经四次东巡盛京，每次都要登临凤凰楼，而且写过七首吟咏此楼风物的诗词，内容方方面面，而对凤凰楼藏有“元传国玺”这件重大的历史掌故却只字不提。
“元传国玺”印迹确认之后，这个谜题也迎刃而解。现将凤凰楼制诰之宝与“元传国玺”印迹加以对照，答案自明。
其一，两玺字迹有别。以“制”字为例。前者（凤凰楼制诰之宝）字体的出角为九十度标准直角，后者（“元传国玺”）出角呈弧形。而且二者在笔画的粗细、字体的结构比例方面也互相不一致。其他三字诰、之、宝也存在同样的差别。
其二，边缘粗细有别。前者边缘的宽度为1．2厘米，后者边缘仅宽0．8厘米。
其三，印玺大小有别。前者大小为14．5厘米方直。后者大小为12．5厘米方直。
其四，刻工精拙有别，前者字迹刻工粗糙，有刀锋，笔画硬而不匀，显系拙工之作。后者刀法细腻、均匀、字迹古朴庄重。
总之，凤凰楼制诰之宝显然是件作伪的赝品。乾隆皇帝对“元传国玺”的作伪出于如下原因。其一，太宗所获之原玺已经不存在。据中国第一历史档案馆公布的《顺治五年许尔安诰命》，这件诰命使用的印玺仍然是“元传国玺”制诰之宝。而此后颁发的诰命改用满汉合璧制诰之宝。其次，太宗征察哈尔林丹汗得元传国玺，而建国大清之事事载典谟，是清开国史之大事。太宗御用旧宝不可缺少此宝，否则，不仅有悖史实，也是对祖宗的不恭，而且也无法向后世交待。