此后，黄兴率义军纵横于钦、廉、上思一带，坚持战斗四十余日，数千清军疲于奔命，令钦廉道龚心湛“闻风而傈”，频向粤督告急。在同盟会领导的各次起义中，这次起义是战绩最大，坚持时间最长的一次，孙中山赞扬黄兴说：“克强乃以二百余人出安南，横行于钦、廉、上思一带。转战数月，所向无前，敌人闻而生畏，克强之威名因以大著。”⑤但是由于革命军孤军深入，长期转战，没有根据地为依托；同时黄兴亦未接受防城起义时受骗的教训，仍把接济弹药的希望寄于郭人漳身上，而郭则再次违背原已答应接济弹药相机反正之约，且疯狂地向义军进攻。结果终因补给十分缺乏、军心涣散，无法坚持下去；于是黄兴被迫下令队伍解散，一部分退回安南，大部分仍退回十万大山。
6云南河口起义
孙中山在指示黄兴入钦、廉发动起义同时，令黄明堂会同王和顺、关仁甫策划云南河口军事，以应援黄兴的行动。光绪三十四年三月（1908年4月），关仁甫先入云南，游说清防营及铁路巡警等响应起义。四月一日（4月30日）凌晨，黄明堂等率所部百余人从安南边界渡河袭攻河口，清军防营一部起义响应，经过两小时战斗，占领河口。旋进取半山四炮台，经激战，清军管带黄元祯率部先降，且反戈助战，至午后四时清河口副都办王镇邦被击毙，河口四炮台皆为义军所有，缴获快枪千余枝，子弹无算。黄明堂即以“中华国民军南军都督”名义，布告安民，严申军纪；义军秋毫无犯，居民悦服，远近归附者络绎不绝，数日内增加至千余人，声势大振。关仁甫于三日（5月2日）率众四百人左趋蛮耗，拟上个旧，并合临安周文祥之兵，以攻蒙自；四日（3日）与清军管带柯树勋所部二百余人相遇，清军不战而走，降者数十人，驻霸西清管带李开美也率众反正，义军遂占领新街。五日（4日），王和顺率起义军从河口出发沿铁路进攻，先有清军李兰亭部一营归诚，继又招降黄茂兰部两哨，遂占领南溪。时开广镇总兵白金柱奉云贵总督锡良命，带兵4营到八寨。王和顺闻报，乃分兵袭取古林菁，以牵制白军，而白军来降者百余人。义军本可乘胜进克蒙自，但因粮弹不济，只得暂驻原地停止进击。
英国制造的双桅单烟囱“致远”舰为数众多的清兵反正，是起义迅速胜利的原因之一，但随之而来的也给起义的发展带来了无法克服的困难，其中最重要的是不听号令。孙中山见河口前线缺乏得力主将指挥，又适黄兴从钦州返安南，遂电委黄兴为云南革命军总司令，节制前线各军。黄六日（5日）从海防乘晚车入河内，八日（7日）即乘早车上老街，赴前敌督师。他至河口后，见军事状况“疲玩不振”，力促黄明堂迅速增兵，沿滇越铁路进攻昆明。黄明堂以粮食缺乏，犹豫不决；黄兴不得已，亲率一军前往袭取蒙自。但是“将士多不听号令”，行军未及一里，“各兵群向天开枪一排，齐声呼疲倦不已。克强再三抚慰无效”。再行半里，兵士纷纷溃散。黄兴深感“本身非有基本军队不能指挥他军”⑥，遂决计回河内，组织基本队伍，然后再赴前敌。不料十二日（11日）黄兴自河口返安南，甫到老街即被法国当局扣押，旋被驱除出境，法当局且明令禁止起义人员及粮械从安南进入云南。
此后，义军进入困境。清云贵总督锡良乘机调集军队向义军反扑，委道员方宏纶为全军总统，白金柱督办全省军务，他本人则亲赴临安居中策应。白金柱由蒙自分兵两路沿铁路线进攻，进至蛮耗的义军左队关仁甫部原清降兵，闻清军到来，立即哗变；关部损失惨重，只得退守河口。四月（5月）下旬，清黔军二营、川军二营、桂军三营络绎而至，向王和顺大营进攻；王与清军在泥巴黑附近相持二十余日，义军渐处劣势。二十三日（22日），王和顺亲至河口与黄明堂相商，双方议定义军全数开赴普弭府，袭取思茅为根据地，然后徐图进取昆明，并确定两部开至巴沙会合，再相机进取。但黄明堂部先到巴沙，未等王和顺兵来临即先自出发，在下田房与清军大队相遇，败后退回河口；王和顺闻讯也只好向河口退却。鉴于敌我力量悬殊的形势，义军诸首领经商议确定行动方针为“保全队伍，移师桂边，再作后图”⑦，故义军全数撤出河口；四月二十七日（5月26日）清军占河口。黄明堂等率军六百余人撒至安南境内，拟再转进桂边，结果被法殖民当局强行缴械，被遣散到新加坡等地。历时一月的河口起义最后失败。
三、皖浙起义
当孙中山等同盟会领导人在华南发动一系列反清武装起义之时，光复会领导人在安徽、浙江也打响了反清的枪声。
光绪三十一年（1905），在陶成章的协助下，徐锡麟在绍兴设立大通师范学堂，作为光复会的革命机关，招收金（州）、处（州）、绍（兴）三府各县会党头目来校受训，规定凡入校学员均属光复会员，卒业后仍归学堂领导人统辖和节制。为打入清政府内部，掌握军权，徐锡麟又赴日学习军事，因眼近视而未果。光绪三十二年（1906），他捐资为道员，分发安徽，得到巡抚恩铭重用，任安徽武备学堂会办，巡警处会办兼巡警学堂监督，与陈伯平、马宗汉等密谋革命。这期间，徐锡麟还与归国主持大通学堂的秋瑾保持联络，并与浙江同时发动义举。
秋瑾（1875～1907）字珞璀卿，号竞雄，又称鉴湖女侠，浙江山阴（今绍兴）人。义和团运动失败后，她目睹民族危机深重，决心献身救国事业。光绪三十年（1904），她冲破封建家庭的束缚，自费到日本留学，投入资产阶级民主革命运动。是年冬归国，加入光复会。三十一年（1905）春复去日本，加人同盟会，被推为评议部议员和同盟会浙江省主盟人。同年冬，为反对日本取缔中国留学生规则，愤然归国。三十二年（1906），在上海参与创办中国公学，发刊《中国女报》。三十三年（1907），到绍兴，主持大通学堂，联络金华、处州等地会党，组织光复军，与徐锡麟约于六月上旬（7月中旬）在皖、浙两省同时起义，然后分兵进取南京，进而占领江苏、安徽、浙江各省要地，再图发展。
五月（6月）间，绍兴会党过早地暴露了形迹，清政府已有觉察，到处缉拿革命党人。徐锡麟见事机已败露，决定铤而走险。五月二十六日（7月6日）。安徽巡警学堂甲班学员举行毕业典礼；该日上午八时巡抚恩铭以及省文武高级官吏前来祝贺。典礼开始后，陈伯平首先向文武官员坐席掷一炸弹，未爆炸。接着徐锡麟持双枪向恩铭射击，恩身中七弹，后经抢救不治死于抚署内；清吏遇变如鸟兽散。徐锡麟复拍案对众大呼：“抚台已被刺，我们去捉奸细，快从我革命！”⑧学生们愕然不知所措。徐遂率徐伯平、马宗汉等三十余人攻抚署。旋转至军械所取械，结果被清军包围，双方激战六小时，陈伯平战死，徐、马等二十余人被捕。受审时，徐自称“革命党首领”“专为排满而来”⑨，慷慨陈词，视死如归，当晚英勇就义。皖省起义的失败牵连到绍兴大通学堂。秋瑾得知安庆败讯后，即焚毁名册，掩埋枪弹，疏散党人；她本人则坚持不走，决计以身殉国。六月初五（7月14日），浙江巡抚张曾歇派清兵往大通学堂，捕去秋瑾等六人。次日秋瑾英勇就义于绍兴轩亭口。
受皖浙起义的影响，光绪三十四年十月下旬（1908年11月中旬），岳王会成员熊成基利用新军，又在安庆发动了一次起义。熊成基（1887～1910）又名承基，字味根，江苏甘泉（今江都）人。光绪三十年（1904），入安徽练军武备学堂练军班当学兵，参加革命团体岳王会。次年入江南炮兵学堂学习。三十二年（1906）任江宁陆军第九镇炮兵排长。三十三年（1907）由南京调回安庆，先任马营队官，继任炮营队官，参加光复会，并负责主持岳王会，在军队中发展革命力量。三十四年十月二十一日、二十二日（1908年11月14、15日），光绪帝和西太后相继死去。消息传到安庆，熊成基认为这是起义的极好机会。二十六日（19日），他召集党人会议，众议决当晚举行起义。晚九时，熊成基率马炮两营千余名新军起义，进攻安庆。经一昼夜激战，因城内已有防备，起义军未能破城。二十七日（20日），清水师提督陈从周率舰五艘，炮轰起义军；端方从太湖派兵七营向安庆进逼。起义军三面受敌，战至晚十时，被迫向集贤关、桐城方面突围出走。突围中，起义军又遭到清提督姜桂题部追击，义军退至庐州时，余部已不足百人，于是只好解散队伍。这次起义虽然失败了，但它是革命派转化清朝新军用以反对清政府的开始，标志着新军革命新阶段的到来。
四、广州新军起义