学校需要在心理健康教育系统中建立学生心理障碍辅导的专门机构，即心理辅导室（中心）。考虑到中小学生的心理特点，特别是在小学，该机构可用一些亲近学生的名称，但在性质上就是辅导（咨询）性的，需要按辅导的规范来建设，使之能承担起学生心理障碍辅导的任务。学校心理辅导室（中心）在行政上纳入全校工作——心理健康教育工作系统中管理，同时在专业上纳入地区的辅导机构网络管理。
2.人员
学校心理辅导室应由经过学校心理辅导系统培训、取得相应资格的辅导员组成。至于一个学校配备几名心理辅导员，常识是根据学生数，如美国在20世纪60年代后，多数州要求小学每300个学生配备1名专职辅导员。我们需要根据国家、地区和学生的具体情况而定，而且这本身就是一个研究课题。如我国台湾1991年颁布的《辅导工作六年计划》规定，辅导专职人才需要用跨时5年的时间（1992—1996年），分三个阶段进行。
3.任务
有人曾提出建立学生心理辅导三级网络的设想；最近，又借鉴医学预防科学的理念，就儿童青少年心理健康提出建立三级预防保健网的思考，将整个学生心理健康教育纳入了这一网络，结合这些研究和经验，我们认为学校心理健康辅导室应承担下列任务：（1）监控全校学生的心理健康状况，建立学生心理健康档案，定期对学生的心理健康状况进行检测和分析，向学校提供学生心理健康状况信息，及时提出改进学校教育教学工作的意见或建议。（2）对适合学校心理障碍辅导的对象按专业规范实施个别和小组辅导。（3）鉴别需要转介到高一级心理辅导或治疗部门的学生，按规定进行转介。（4）利用心理辅导室开展各类学生健心活动（如一些学生建立的心理松弛室、阅览室等），指导学生的自助活动。（5）协调组织校内外有效资源：校内包括开展辅导和科普宣传，从辅导的角度参与心理训练或课程的设计、实施、评估，对承担其他心理教育工作的教师进行辅导理念和知识的培训，指导他们开展更大范围的成长性小组活动等；校外包括协调和利用地区学生心理健康保健网络内资源，协调家庭、社区资源等。
（二）培训
如前所述，心理障碍辅导和心理训练活动或课程的开设有着专业性质上的不同，不是一个高低层次的区别，有些地区在大规模的心理健康教育教师培训上，按层次加深是可取的，但在这些教师接受的所谓“初级”培训后，再接受“中级”以上的培训，内容就成为辅导（咨询）是不适宜的，主要理由有二：1.目标混乱
两种工作是门类的不同，不是一个门类中层次的不同。
2.具有双重的危害性
首先，心理训练或课程有许多值得深入探讨的课题，这样的培训使受训者对自身工作的目标认识模糊，也阻碍了在此方面的深入探索；第二，通过这样的培训是不能达到培训辅导员目标的，这种培训往往采用上大课的形式进行，更多的时候是讲授知识，而且很不系统。即使有一些互动活动也是浅层次的，并且不能保证受训者的“进入”，更没有辅导员培训必需的个人探讨、实务训练、接受辅导和督导等。辅导“可以使当事人转好或转坏”，没有无效的辅导，要么助人要么害人，已是众多辅导理论家的共识。接受这样培训的大量教师回到学校以心理辅导的名义给学生做工作，热情固然可靠，效果却甚是令人担忧。
总之，这样的培训不仅不可能培训出合格的心理辅导员，不利于学生心理障碍辅导工作的开展，也不利于其他心理教育工作的深入。
所以，将学校心理辅导员的培训和其他心理健康教育教师的培训分开，作为两个系列考虑势在必行。有人就此进行了一些初步探索，在其所在地区已做到由教育行政部门颁发文件，在中小学实施心理健康教育教师培训和学校心理辅导员培训两个系列，对学校心理辅导员的培训方案作了如下考虑：（1）培训单位与师资，委托本地区高等院校内长期从事青少年心理辅导研究和实务的专门部门主持这项培训，师资由本地区高等院校和心理治疗单位有专业背景又从事实际辅导工作的专家组成。
（2）规定学校心理辅导的课程内容和课时要求，内容上专门加强了个人成长、个别与小组辅导实务、实习督导以及针对儿童青少年特殊问题的辅导，对主要辅导理论的学习以及适合儿童青少年的辅导形式（如家庭治疗）给予格外的重视；总课时要求超过心理健康教育教师的76.5%。
（3）对受训者要进行甄选，采用小班培训（30～40人），采用辅导专门的多元培训方式（如个人反思、互动探讨、工作坊等），不搞集中上课，短期速成，跨时1年。
（4）将此培训作为学校心理辅导员资格认证的必备条件。
以上只是初步探索，其中对许多问题还将深入研究。
（三）管理
构建学校心理障碍辅导的管理机制是辅导规范化的重要内容，主要包括辅导员的资格认证和督导两个制度的建立。
欧美发达国家对辅导专业都有明细的法律、法规予以限制，既保护了当事人的权益，又保护了辅导事业和辅导从业人员。我国目前状况下对学校辅导员实行资格认证制度，意见并不完全统一。一种意见认为，什么样的人能够上岗实施辅导，是辅导工作本身一个重要的要素，需明确规定辅导员的资格要求和素质要求，要实行资格认证制度；一种意见委婉地肯定了要对学校心理辅导员在会谈规则和咨询取向等方面“提供必要的工作规范和适当的限制条件”，但不明确提出实施资格认证制度。显然，在从我国学校辅导发展实际出发，保证辅导的专业性，为辅导对象负责上，两种意见是统一的。实践中，一些专业学会（如中国心理卫生协会等）已在一定范围内出台了类似资格认证的措施，国家劳动和社会保障部（2001）正式颁布了针对社会中心理辅导工作的《心理咨询师职业标准（试行）》。
有人认为，正是考虑到我国学校心理辅导的现状，为保证心理障碍辅导的规范性，保证这项新兴事业的健康发展，对学生负责，必须对学校辅导员实行资格认证制度。问题在于需要认真探讨既适合我国学校辅导发展具体情况，又不违背辅导专业基本准则的具体认证内容和形式，需要解决的问题有：（1）学校辅导员的规格，包括专业背景、培训课程、工作年限和实绩等。（2）考核方式，辅导员资格的考核必须有辅导实绩考核和面试。（3）由谁来考核，即考核者的资格问题，由于我国高校目前尚无正式的学校辅导课程，相应的师资和高级专业人员奇缺，目前应该由有较高心理辅导理论专业背景又有较长时间辅导实务经验的专业人员实施考核。（4）心理辅导员工作准则。（5）心理辅导室建设规范。
对辅导员的督导是保证已取得资格的辅导员进一步成长，保证他们的工作符合规范，保证辅导对象能够获得有效能辅导的重要制度。在某种意义上，这项工作也可纳入资格认证制度。根据我国实际，资格认证由政府相应行政部门主持为好，而不是由专业学术协会主持。而督导必须由有督导经验的专业人员进行，并且督导和辅导员个人成长以及辅导对象隐私紧密相关，由于其特殊性，所以辅导员的督导应保持相对独立性。我国目前有督导经验的专业人员更是凤毛麟角，有的地区采取了由专业培训背景相对较高和辅导经验相对丰富的辅导人员主持、辅导员定期相互督导的形式，这可能是目前较为可行的一种办法。
无论如何，即使取得了辅导员资格，没有进一步的督导，缺乏对学校辅导行为规范化相应的监控是不行的，必须根据各地区情况，建立符合实际的督导机制。
（四）目前的考虑
客观地说，我国学校心理障碍辅导尚在起步阶段，而且大量儿童青少年需要得到及时有效的心理辅导，要在全国中小学很快做到对学生提供规范的心理辅导是不可能的。随着素质教育的深入，学生心理健康教育在全国上下已大面积展开，中小学名称各异的心理辅导室如雨后春笋般出现，对涉及此项工程的领导和教师的热情和积极性要充分肯定，但辅导不规范可能带来的危害我们必须严肃地对待。辅导的专业性和辅导对象个人成长的密切关联性，要求我们越是在这种情况下，越是要注重从一开始就将辅导纳入规范发展的健康轨道，不能单凭热情和良好的愿望。我们不能头脑发热，一哄而上，对此应有如下考虑：第一，教育行政部门尽快联合相应专业学术组织和教学、研究、实务单位，制定学校心理辅导规范化管理措施，实施试行性的学校心理辅导员资格认证制度，以政策条文的形式正式颁布。这一制度可在不伤害心理辅导基本专业准则的前提下，对不同地区有不同的要求。
第二，条件不具备的学校，暂不开展心理障碍辅导工作，已建起的辅导（咨询）室，只能从事非辅导性质的心理健康教育活动，并不能以“辅导”或“咨询”冠名。
第三，学校（小学、中学以及大学）心理辅导员的专业资格，学校心理辅导员的需求量（多少学生配一名辅导师），高等院校辅导专业的学位课程的设置，当前学校辅导员培训的课程设置等应作为重要研究课程深入探索。
第四，组织专业力量，对学生心理障碍及其辅导进行具体的、微观的研究，而不仅是宏观的一般原因和辅导模式探讨。有研究发现，在中小学中开展一些针对特定问题的结构式小组辅导是一种很有效方式，组织力量开展这种研究，探索出一些针对不同问题的小组辅导结构，很有意义。