对于给泛大西洋公司提供庇护所的纽约港务局来说，集装箱运输的到来是天赐良机；然而对于纽约市来说，那被证明是一场灾难。为了让这座城市始终处于航运业的中心，市政官员们付出了巨大但却徒劳的努力，因为这个行业的变化是纽约所无法容纳的。尽管他们付出了代价高昂的努力，但是当新技术的出现让这座全国最大的港口变得日渐冷清时，当地的经济也遭受了毁灭性的打击。
20世纪50年代早期，在集装箱航运尚未形成概念之前，纽约港处理的货物量约占美国制造品海运贸易的1/3。如果以美元来计算的话，纽约港的作用甚至会显得更加重要，因为这里已经越来越偏重于高价值的货物。这一成功来之不易，因为从一个港口的角度来讲，纽约有一些重大的缺陷。这里的码头在曼哈顿和布鲁克林的滨水地区排成一线，到20世纪中叶时有283座，其中有98座能够装卸远洋轮船。然而，主要的铁路联络线都穿过纽约港，并在新泽西州境内横跨哈得逊河。从北、南、西三个方向的道岔上驶入的货运列车，被引导至设于内陆的宽敞的铁路站场上，在那里，列车车厢根据目的地重新编组，并被调度车头牵引至港口新泽西州一侧的枢纽货运站场。每家铁路公司都拥有由拖船牵引的驳船船队，可以运载着各自的货运列车车厢穿过港口，进入各自在纽约的货运站场或者是一艘远洋轮船正在使用的码头。因此，要想把来自阿克伦的轮胎装到一艘开往欧洲的轮船上去，必须要经过再三的调度和转轨。这之所以在经济上可行，仅仅是因为作为联邦管制机构，州际商务委员会要求铁路公司对到布鲁克林和曼哈顿的货运收取与到新泽西相同的费用；实际上，他们被迫免费提供穿过港口的驳船运输，以保持纽约港与东海岸其他港口抗衡的竞争力。
卡车运输业开始于20世纪20年代，它的发展让纽约港码头的先天不足变得更加明显。到了20世纪中叶，流经码头的货物有大约一半是靠卡车而不是火车运进运出的。在穿过了林肯隧道或者霍兰隧道之后，卡车司机们必须艰难地驶过码头附近的街道—那里非常拥挤，以至于在1952年，市政部门只允许从曼哈顿中心区的第十二大街开往码头去的车辆通过。如果是去往布鲁克林区的码头，那么从西面来的卡车司机就必须杀出一条血路，艰难地穿过曼哈顿区，然后从某一座桥上越过东河。卡车通常要在堵车的长龙中等上一两个小时，才能进入到码头旁边的中转货棚去装卸货物。中转货棚往往在一侧设有卡车（有时候是火车）装卸平台，而在相对的一侧是去往轮船的通道。离港的货物会被叉车或工人卸下，暂时存放在中转货棚里，等到待装轮船进港之后，货物又要重新搬运到码头上，而每一次作业都会造成更多支出。
用卡车递送意味着要与纽约独有的一类企业“公共装卸人”打交道。公共装卸人是一个得到国际码头工人协会支持的团体，他们声称拥有在特定的码头上装卸卡车的独占权。几十年来，航运业者、市长、州长以及想让自己的成员干这些活儿的卡车司机工会，他们都一直试图摆脱公共装卸人。这些人都是国际码头工人协会极其腐败的757分会的成员，表面上看来是他们所属的“合作社”的所有者，然而实际上，公共装卸人被国际码头工人协会的头头们秘密地控制着。国际码头工人协会已经与一家卡车运输组织勾结，成立了“卡车装卸管理局”，发布了所谓的“官方的”装卸费用：每袋100磅的杏仁或大理石碎片收费51/2美分；每100磅的汽车零件、轮胎或鱼内脏收费61/2美分；每100磅的罐装啤酒收费8美分；下午5点后的装卸额外收取一半的加班费。其他试图进入装卸市场的公司遭遇了恶意破坏以及明目张胆的暴力。有些发货人试图用自己的工人来装卸，以避开公共装卸人的非法垄断，结果往往会发现，船已经开走了而他们的货物还堆在码头上。即使是在新成立的码头区委员会于1953年12月取缔了公共装卸人之后，暴徒们仍旧控制着纽约港的码头。
港口为纽约市提供了大量的就业机会。1951年，随着港口的运营在战后恢复正常，有10万多纽约人在水上运输、卡车运输以及仓库搬运中找到了工作，这还不算为铁路公司和市政轮渡系统工作的员工。还有14 000名纽约人工作在“运输服务领域”，比如负责处理复杂国际贸易的货运代理。在全国所有“运输服务领域”的工人中，有超过1/3的人住在纽约。在20世纪50年代早期，全国的批发贸易有3/4要通过纽约来办理，尽管这些货物并不总是流经这座城市。1951年，全国范围内私有部门的工人（不包括铁路员工），每25个当中有1个是干商业批发的，而在纽约则是每15个当中就有1个。
当时，有很多企业为了方便航运而把工厂设在了码头区（纽约港的地理分布参见图5-1）。在20世纪的头25年里，食品加工厂都坐落在哈得逊河沿岸以及布鲁克林的码头区，而制造染料、油漆、药品和特殊化学品的工厂也都散落在海滨区，从昆斯区的长岛城直到布鲁克林区的贝里奇一带。20世纪中叶，纽约日益扩大的制造业雇用了33 000多名化学品生产工人、78 000多名食品加工工人以及数千名从事造船和电机制造的工人，这些行业都需要便宜的货物运输。1956年，据保守估计，纽约市内有9万多个制造业的工作岗位“相当直接地”与通过纽约港的进口联系在一起。
另外，海洋建造以及轮船修理还雇用了数千名工人。再加上为航运业服务的律师、银行职员和保险经纪人，总共可能有50万人的生计要直接依赖于纽约港（见表5-1）。在下曼哈顿，草地保龄球场附近的地区挤满了航运公司的办公楼，而几个街区以外的约翰大街上则是为他们提供服务的保险公司。在人口最稠密的布鲁克林区，与航运相关的办公室工作比较少，但码头区的工作比较多，有13%的工人工作地点在码头上。
表5-1、1951、年纽约市与港口相关的就业行业、工人数量、公司数量、商业批发、206、315、22、135、水上运输、67、453、637、卡车运输和仓库搬运、36、164、3 494、化学制品及相关产品、33、472、1、129、运输服务、13、968、1、030、纸浆、纸张和纸箱、12、977、294、初级金属业、11、452、249、土石及玻璃制造业、9、880、590、轮船修理、9、469、84、肉制品、7、345、183、石油精炼、1、161、7、谷物加工、1 061 30、合计、410、717、29、862、注：纽约市的就业人数为、3 008、364人。资料来源：U.S.Census Bureau，County Business Patterns（1951）。
在第二次世界大战后的若干年里，这一强大的经济发动机已经开始错失了一些机会。在战争期间，当布鲁克林以及新泽西码头区旁边的炼油厂和军用码头发出成千上万艘跨越北大西洋的轮船时，有利的地理位置帮助纽约港夺得了市场份额。1944年，美国的水路出口有近1/3是通过纽约港完成的，这个货物流量是1928年的两倍，是大萧条最严峻的1933年的5倍。然而，即使是在战争期间，也已经有专家对纽约码头的危险状况发出了警告。在第二次世界大战结束后，当货物流量由于来自欧洲的进口不足而急剧下降时，那些警告似乎得到了印证。尽管欧洲的恢复曾经短暂地刺激了出口，但是朝鲜战争又把美国经济拖回了战时状态，摧毁了美国的对外贸易。美国所有港口的进口和出口总值，从1951年的185亿美元下降到了3年后的156亿美元，而且因为工厂都把生产从消费品转向了军需物资，所以出口遭受了尤其沉重的打击。
纽约正在输掉保卫出口流量的战争。 第二次世界大战已经刺激了西部和南部地区的经济增长，而同罗切斯特和克利夫兰的工厂相比，达拉斯和洛杉矶的工厂就更不太可能通过纽约港来运输产品和物资了。1956年，就快开通的圣劳伦斯海上航道将让五大湖区与欧洲之间直接的轮船运输成为可能，专家预测，到1965年，这条运输通道将夺走纽约港出口量的8%和进口量的3%。
另外，高昂的陆路运费也是一个障碍。纽约的市政官员总是抱怨铁路公司莫名其妙地偏爱费城、巴尔的摩或者诺福克，但是真实的情况是，铁路公司和卡车运输公司能够以较低的成本服务于那些地区；火车车厢无需须穿过港口就能到达码头，而卡车司机也不会遇到纽约那么严重的交通拥堵。对卡车来说，纽约港在运费上的劣势甚至比对火车来说更为突出，因为从克里夫兰把一卡车的货物运到纽约的码头，其每一吨的成本就可能比运到巴尔的摩高出4美元。卡车运输公司往往试图把纽约港的拥堵所造成的成本转嫁到客户的头上，也就是说，同运货到曼哈顿的其他地点相比，运货到码头时他们会每吨多收60～80美分；联邦海事委员会因此接到了大量的投诉。
然而，纽约港还有很多其他的问题是他们自己造成的。在1915～1945年这30年的劳工平静过后，劳工动乱在战后成了家常便饭。在1945年、1947年、1948年、1951年和1954年，罢工都曾经导致部分或全部的码头关闭。1945～1955年，在整个纽约港得到法律认可的国际码头工人协会既要与全国海事工会作战，又要同美国劳工联合会（AFL）斗争。1953年，美国劳工联合会以腐败的罪名驱逐了国际码头工人协会，并随后成立了新的美国码头工人联合会，试图取而代之。在公共装卸人被取缔之后，卡车司机工会试图把码头上的卡车装卸权据为己有，结果引发了1954年卡车司机与码头工人之间的暴力冲突。在个别码头上，未经工会允许的罢工时常发生，直到国际码头工人协会在赢得了一系列的选举之后，于20世纪50年代的后期重新夺回了控制权。这时的国际码头工人协会得到了航运界的支持，因为航运业者宁肯忍受一个腐败但还算可靠的谈判对手，也不想看到由于不同工会组织相互竞争，导致没完没了的冲突。在整个20世纪50年代，纽约港巨大的罢工风险促使发货人转向了其他港口。
犯罪行为也迫使发货人远离了纽约港。偷盗货物的行为非常猖獗；大多数的商品都包装在小箱子或柳条筐内，所以偷出手表、酒类或者别的什么商品并不是特别困难。在纽约州长托马斯·德威的督促下，纽约市和新泽西州在1953年联手成立了码头区委员会，通过取缔公共装卸人并控制码头上的雇用而沉重地打击了敲诈勒索。码头区委员会有意地想减少码头工人的数量，从而提高他们的收入，希望这样一来他们就没必要经常偷盗货物了。然而，即使是在码头区委员会彻底驱逐了670个有前科的码头工人之后，也仍然还有1/5的码头工人有犯罪记录。偷盗货物的问题仍旧非常严重，以至于港务局和纽约市政部门都拒绝协助拍摄一部詹姆斯·卡格尼主演的喜剧片，生怕片名《千万别小偷小摸》（Never Steal Anything Small）会让观众对他们留下坏印象。
如果说陆路运输成本、劳工问题和犯罪还不足以吓跑通过纽约的航运业务的话，那么这里还有纽约港设施破旧的问题。罗斯福大街上的东河码头建造于19世纪70年代，西二十六大街上的哈得逊码头建造于1882年，克里斯托弗大街上的市立码头建造于1876年。这些以及许多类似的码头，都像细长的手指一样伸入港口。这些码头的设计对象都是老式的船只，它们可以在深水航道中回转九十度，船头朝着岸的方向，一连好几天停在码头里。有些码头甚至窄得让一辆大卡车都无法掉头。为了获得租用这些过时设施的特权，轮船公司每年要为每平方英尺的租用面积支付0.96～2.00美元，这是其他东海岸码头现行费率的3～6倍。1947年，纽约已经启动了一项翻新码头并增强其防火性能的计划，但是市政官员们认为修建新码头的高成本是无法承受的。很多码头简直已经坍塌在水里了。废弃的木桩以及漂浮在水中的码头残骸既难看又阻碍航行。“到了1980年，我们将很难在一座捕鲸博物馆中为满足1870年要求的、早在1920年就已废弃的码头找到空间。”港务局的常务董事奥斯汀·托宾在1954年评论说。
尽管名字叫纽约港务局，但是实际上，这个机构很晚才介入航运事务。自1921年成立以来，这个机构的主要活动一直是建造并管理桥梁和隧道；他们最初曾试图整顿纽约地区混乱的铁道线和枢纽站场，但他们的努力被铁路公司挫败了；从此之后，港务局就不再插手货物运输了。13但是，正如政治学家华莱士·塞尔和赫伯特·考夫曼在1960年所指出的，包括港务局在内的纽约各政府机构所享有的独立性和广泛的政治支持，鼓励他们“为各自的能量寻找新的发泄出口”。