20世纪40年代，纽约和新泽西的两位州长都要求该机构插手航运，只是出于完全不同的原因。纽约州长德威认为港务局或许能够把有组织的犯罪从码头上根除，而新泽西州长沃尔特·埃奇则想让港务局发展港口在新泽西一侧的码头。托宾和港务局的主席霍华德·卡尔曼看到这是一个好机会，于是欣然领命；他们心里的算盘是，承担一些港口工程可以为港务局向梦寐以求的机场业务扩张提供支持。
1947年，纽约世界贸易自治机构，一个得到了重要商业领袖支持的新的州政府机构，提出要接管所有的市立码头并随后收购所有的私立码头以及码头区的仓库。纽约州长威廉·奥德怀尔拒绝了这个计划，并要求港务局治理市立码头。在经过了三个月的研究之后，港务局提出发售价值11 400万的收益债券，筹资建造13个新的轮船泊位、4座火车轮渡站场以及1座150万平方英尺的农产品集散站场，同时向市政当局支付每年500万美元的租金。这可不是一项小工程：总金额（相当于2004年的9亿美元）已经超过了纽约市政在过去数十年里对其码头的投资。这个建议很快就遭到了猛烈的抨击。国际码头工人协会反对，纽约市管理这些码头的航运和航空管理局也强烈反对；1947年，为了阻止港务局接管两座重要的市立机场，他们已经发动了一场痛苦而又失败的战争，现在，他们不想再放弃自己的又一项职能。最重要的是，纽约市的政客们不希望港务局插足他们的势力范围。市政官员们都深信，这些码头是潜在的金矿，而不是严重落后的基础设施。正如当时曼哈顿区的区长、纽约市治理评估委员会的成员罗伯特·瓦格纳后来质问的：“这些码头还在赚钱；他们为什么不去接管卫生部门呢？”评估委员会在1948年驳回了港务局起初的提议，随后又在1949年拒绝了他们修订后的计划。
尽管纽约的市政官员认为没有港务局的参与他们也能完成码头的现代化，但新泽西州陷入财务困境的纽华克市根本就不抱这种幻想。纽华克赔钱的市立码头处于实体坍塌的状态。1947年年底，纽华克市同意将他们的码头（以及机场）租给纽约港务局。1948～1952年，该机构投入了1 100万美元来疏浚航道和重建码头。之后，他们又宣布要在新泽西一侧建一座最大的枢纽站场，这是给将要从港口对面的布鲁克林搬来的沃特曼轮船公司设计的。沃特曼公司的枢纽站场将有一座顺着海岸延伸1 500英尺的码头，可以提供更迅速的停泊和更方便的装船，这是纽约市的码头无法匹敌的。看着纽华克的码头建设以及一家重要轮船公司的叛逃，纽约的市政当局提出或许终究他们应该放弃港口。“有时候，港务局的码头控制计划看起来对我们是有利的，”《纽约世界电信报》（New York World-Telegram）发表社论说，“再一次的拒绝可能仅仅意味着，市政当局是出于政治目的而死死抓住码头区的控制权不放。”港务局的一位发言人声称，他们无意再次开始与纽约市政的谈判。
1953年年底，当沃特曼公司的枢纽站场接近完工时，港务局首先听说了麦克莱恩卡车运输公司很想在纽约港建一座货运站场的消息。一家卡车运输公司想租用最抢手的码头用地，这是一件很奇怪的事情，而他们居然还打算把卡车直接开上船，这就更加出人意料了。不过，他们来得正是时候。港务局的官员们渴望吸引来更多的业务，以巩固纽华克港的成功，而且，也只有他们最有可能满足麦克莱恩卡车运输公司的需求。在纽华克的码头区，港务局可以提供卡车集结所需的空间、邻近的铁路线以及连接新泽西收费高速公路的方便通道。由于具备发行收益债券的能力，所以港务局就有办法为所有必需的新设施筹集到建设资金。所有这些优势都是纽约市不能比的。马尔科姆·麦克莱恩与港务局的航运站场主管莱尔·金很快就达成了一笔交易。
港务局继续发挥其在新码头区的力量。在与麦克莱恩签约之后，他们又打算为纽华克港的橡胶进口商建一座货运站场，预期的承租人会从布鲁克林拥挤的地区搬来这里。1955年年中，通过收购布鲁克林码头区私人所有的两英里地段，港务局终于在港口的纽约一侧有了立足之地。以前他们曾经两次拒绝收购这一地段的码头，但是现在他们认识到，这次收购在政治意义上是恰逢其时。显示他们对布鲁克林的兴趣，这为他们在新泽西的另一项投资打了掩护：1955年11月，港务局在纽华克投入930万美元，为诺顿利利公司修建了一座4泊位的货运站场，促使这家轮船公司从布鲁克林搬迁到了纽约港的新泽西一侧。
之后就是所有行动中最激进的一步。1955年12月2日，新泽西州州长罗伯特·迈纳宣布，港务局将开发纽华克港正南450英亩私人所有的沼泽地带。作为当时美国最大的港口工程，新的伊丽莎白港最终将能同时容纳25艘远洋轮船，这将让新泽西州能够处理纽约港所有普通货物的1/4以上。以前港务局对伊丽莎白的沼泽地没有多大兴趣，不过，麦克莱恩要把卡车的拖车装上船的设想彻底改变了港务局的看法。现在，港口规划师们预见到沿海航运将出现复兴，而新的伊丽莎白港将有宽敞的码头和岸上地区，可以“方便大型的航运集装箱在经过特殊改装的轮船上装卸”。这里可能连一座中转货棚都没有，而中转货棚恰恰是码头建筑中最昂贵的部分。 第一艘集装箱船还没有开航，但港务局正在清楚地表明，集装箱航运的未来在纽华克，而不是在纽约。
港口新泽西一侧热火朝天的景象引起了纽约市的恐慌。过去，新泽西的码头一直是以死气沉沉而著称；通过纽华克港的货物主要是木材，其流量仅占整个20世纪40年代纽约港口非石油货物量的几个百分点。然而，随着轮船经营者从纽约迁出，新泽西这边的市场份额肯定会增长。在普通货物的总量不变的情况下，新泽西这边处理的货物增加一吨，纽约那边处理的货物就会减少一吨，纽约市的就业机会也将随之流失。
对纽约的政客来说，这道简单的加减法是一个棘手的难题。罗伯特·瓦格纳曾经在曼哈顿区做了多年的区长，他非常熟悉那里的码头。在让众多的工会和族群结成了一个格外广泛的联盟之后，他在1953年当选了纽约市的市长。他未能争取到的一个主要集团是意大利人，他们几乎都把票投给了当时在任的市长文森特·因佩利特里。1954年年底，瓦格纳在公布的首个基建预算中把航运和航空管理局的支出猛增到了1 320万美元，超过了以前的两倍，之所以这样做，他的一个动机或许正是要争取为大多数码头工人提供就业的雇主的支持。激烈的口水仗很快就开打了。1955年夏天，航运和航空管理局的局长文森特·奥康纳指责港务局不顾“纽约市决心不把宝贵的码头区地产交由港务局控制”的事实，“蓄意破坏纽约市想靠自身的力量来解决码头区难题”的努力。奥康纳是一个与国际码头工人协会关系很密切的律师，他也担心码头区就业机会的流失。1955年9月，市长瓦格纳把码头重建与教育、运输和人口控制一起并列为资本开支的四项首要内容。
对码头区的担忧也传播到了纽约州的首府奥尔巴尼。纽约州的州长埃夫里尔·哈里曼对纽约市指责港务局以牺牲纽约为代价推动新泽西发展的抗议很敏感，但他也知道，纽约市缺少重建其码头所需的资金。在伊丽莎白港的修建计划宣布了一周之后，哈里曼的一个高级助理乔纳森·宾厄姆（他还曾经是瓦格纳的竞选演讲撰稿人）打电话给托宾的副手马赛厄斯·卢肯斯和港务局的主席霍华德·卡尔曼，告诉他们州长对诺顿利利公司从布鲁克林搬到新泽西“感到担忧”。“他还表示说，他认为我们不应该花这么多的钱来抢走纽约市的业务。”卢肯斯在其文件的机密备忘录中写道。据卡尔曼说，“宾厄姆说他完全理解纽约这些码头的处境非常糟糕，但他不认为州长应该公开地站出来说纽约港务局该接管它们。”
1955年，集装箱还没有成为现实，再加上马尔科姆·麦克莱恩完全是航运业的外来者，所以这时他的计划还没怎么引起注意。由于市长瓦格纳决心保住纽约的航运业，奥康纳提出了一个建设新码头和中转货棚的6年计划，纽约市就此开始对码头区投入大量的资金。1956年的基建预算给码头区的建设划拨了1 480万美元，作为总投入估计将达1.3亿美元的港口计划的启动资金。这些计划都是20世纪50年代中期的水平：码头与海岸线平行；客运站场与货运站场处在不同的高度上；铺砌的甬道让卡车可以倒着开上中转货棚在陆地一侧的装卸平台。这里还将建起5座新的仓库，用于处理靠驳运穿过港口的铁路货物；还有一座巨大的新站场，是为丘纳德公司跨越大西洋的定期客轮准备的。在这些工程当中，最引人注目的就是一座带有客货站场的新码头。这座码头耗资1 700万美元，是给荷兰－美国轮船公司修建的。这家已经在新泽西经营了66年的轮船公司将逆潮流而动，从新泽西搬到曼哈顿，这显然是想抽港务局一记响亮的耳光。
在经过了几十年的通货膨胀之后，原始数字已经不足以说明纽约市这些计划的规模。按照1956年的物价水平来计算，瓦格纳的六年港口重建计划将耗资1.3亿美元，相当于2004年的8亿美元。在美国的西部，发展中的洛杉矶港在1945～1955年这10年中才为港口建设投入了2 500万美元，而照瓦格纳的计划，仅仅为荷兰－美国轮船公司修建站场就要花掉1 700万美元。
当然，这些计划没有一项能很好地解决纽约市码头区的根本问题。同其他的港口比起来，这里的成本毫无竞争力。根本性的地理缺陷依然存在。新的驳运站场可能会让到纽约的铁路货物的处理变得容易一些，但是对于要装到一艘离港船只上的铁路货物来说，还是得先靠驳运穿过港口，卸到一个码头上，然后再重新装到离港的远洋轮船上。开往码头的卡车还是得在霍兰隧道和林肯隧道以及码头附近的拥堵中煎熬。另外，重建的码头当然也不会对港口的劳工问题有丝毫的影响，而这些问题是如此严重，以至于在国际码头工人协会的成员能否拥有雇用优先权的问题上，各方的争论让一个首批重建完成的码头推迟了很久才重新开张。1955年夏天，奥康纳直截了当地告诉国际码头工人协会的领导者，他们的惯例“对纽约市想要在某些地区出租好码头的努力来说是一块绊脚石”。
瓦格纳自己的城市规划委员会也怀疑奥康纳的港口工程，他们建议重新开始谈判，把码头转让给港务局，他们觉得，“港务局能够保证港口的进一步开发和利用，并给纽约市的经济带来利益。”市长没有回应。大规模的建设是瓦格纳任期的一个标志；他不打算把码头区的重建交给一个他无法控制的机构。瓦格纳与隶属工会的工人关系密切，而纽约市的工会领袖恰恰害怕港务局的接管将意味着某些码头的废弃。瓦格纳在纽约的政界缺乏族群基础，“在纽约，参加选举投票的德裔美国人没有多少。”当时很有影响的黑人政治家托马斯·拉塞尔·琼斯回忆说。因此，对瓦格纳来说，在依赖码头区工作的黑人、爱尔兰人和意大利人社群中寻求支持就显得至关重要。在这一点上他取得了成功：1957年，当他首次竞选连任时，他赢得了意大利裔纽约人大约一半的选票，大大超过了1953年。工商企业也都支持港口的整修努力。大通银行的戴维·洛克菲勒发起了一个新的民间团体，即中下曼哈顿协会，他们强烈要求除了东河上的4座码头以外，下曼哈顿的所有码头都应该保留下来用于商业航运。“我们支持航运和航空管理局当前的计划，主张继续在这一地区寻找合适的码头，并在自立的基础上推动它们的现代化和出租。”这个协会在发布于1958年的初始计划中这样写道。
港口支出占到了空前的比例。1957年9月，三井轮船公司同意搬到布鲁克林一座耗资1 060万美元的新建市立站场去，而荷兰－美国轮船公司也与纽约市签了一份20年的租约，租用了曼哈顿的一座新站场。到了1957年，奥康纳预计码头区的投资将达到两亿美元，相当于2004年的14亿美元。建议把码头卖给港务局的言论平息了。对托宾和金来说，他们已经深信集装箱才是未来，港务局已经对接管纽约市的码头失去了兴趣，那里永远也不会具备适合于集装箱的土地面积或交通衔接。尽管港务局还在继续实施既定的计划，要把布鲁克林的27座破旧码头变成12座现代化的码头，但是他们明白，他们必须和时间赛跑，力求能在集装箱航运让重建的码头变得过时之前收回投资。“我们已经知道，我们在布鲁克林建造的东西将能够收回投资，但那不是未来。”当时港务局的港口规划负责人盖伊·托佐利回忆说。