让港务局更为关注的是，纽约市正在发动一场可能压低码头租金的补贴战。托宾抨击纽约市与荷兰－美国轮船公司的租约“绝对不合理”；他声称，这份租约包含了一笔每年45.8万美元的市政补贴，导致了“通过补贴私有航运业者来暗中压低既定的码头租金水平的新政策”。奥康纳反击说，“港口章鱼”正在挥舞“它们的一切宣传触手，试图阻挠市政当局把码头区保留在全体市民的控制之下，迫使当局把码头区交给它们这样一个靠漠视公共责任起家的机构。”
与此同时，城市规划委员会正在宣扬这样的观点：说到底，纽约港可能并不是纽约市的未来。他们想在下曼哈顿的东河沿岸盖写字楼和住宅楼；1959年他们提出，重建废弃的航运码头并不能最有效地利用宝贵的码头区土地。奥康纳进行了回击。他先是争取到了罗伯特·摩西的支持，此人是纽约市很有影响的公共用地管理局局长，也是城市规划委员会的成员。接着，奥康纳直接对城市规划委员会进行了抨击。他写道：“城市规划委员会认为，判断纽约港的潜力必须要根据它最近的状况，而不是根据对其前途的乐观预期。他们精心编造的这种主张，恰恰是消极而非积极规划的例证。这种论调看起来与纽约的发展势头很不协调。”
不用说，纽约市的大量投资都已经浪费了。1955年，当奥康纳第一次提出新建5座货运站场来处理横穿港口的驳运货物时，这里的驳船在新泽西与纽约市的码头之间运送的货物量是950万短吨。10到了1960年，当纽约市已经在新的驳运站场上面花掉了1 000万美元之后，原来950万短吨的驳运货物量已经蒸发了1/3，而且这种迅速减少的趋势不可阻挡。哈德逊河上重建的57号码头是为格雷斯轮船公司的客货混载业务定制的，已经够现代化了，但是航空旅行的迅速扩张让这个码头几乎还没开张就已经废弃了。很显然，单靠新码头不足以维持纽约市的港口贸易模式。几乎没有引起纽约市政官员们注意的集装箱，将要成为促使这种模式崩溃的最后一击。
在泛大西洋公司的集装箱业务启动后的头6个月内，它们每周在纽华克和休斯敦之间运送120只集装箱。泛大西洋公司在纽华克的货运站场已经变成了繁忙的转运中心，在那里，码头工人把零散的货物合并后装满集装箱。在1957年早期，也就是差不多刚刚运营了9个月之后，泛大西洋公司已经把在纽华克租用的场地面积增加到了最初的12倍，用来存放集装箱和底盘。一项政府资助的研究发现，集装箱航运的每吨成本要比传统航运低39%～74%。在这之后，当航运企业的高管协会螺旋桨俱乐部召开1958年的大会时，他们用了一整天的时间来讨论集装箱。没有人能怀疑传统航运很快就会陷入困境。
随着集装箱货运量的猛增，纽华克港的好运也汹涌而来。1956～1960年，纽华克的货物吨数翻了一番，而纽约那边的吨数则略有下降，这让新泽西这边占港口总货运量的份额从9%增加到了18%。泛大西洋公司在1960年更名为海陆联运公司，他们的货运量占到了纽华克港普通货物的1/3，是整个纽约港所有普通货物的6%。所有这些都是在一度垂死但现在几乎已经完全迁出了曼哈顿的国内贸易中实现的。
在南面离海陆联运公司的纽华克货运站场只有一箭之遥的地方，挖泥船和推土机已经在建造伊丽莎白港了。在规划了两年之后，在克服了谨慎的当地官员的反对之后，港务局在1958年开始了大规模的工程建设：一条长9 000英尺、宽800英尺、深35英尺的航道，直接对着纽华克港；数千英尺的码头前沿；多条铁路线；宽达100英尺的快车道。港务局的规划师们预计，伊丽莎白港每年将能处理250万吨的集装箱货运，是当时纽华克港的4倍。这与纽约市的码头重建有着明显的差别。在1961年的一次演讲中，谈论纽约市港口开发的奥康纳根本就没提到“集装箱”这个字眼儿；他正在建设的那些码头就是为运送混杂货物、旅客和行李的轮船设计的。相反，伊丽莎白港从一开始就是作为集装箱港口来设计的。对纽约来说幸运的是，在沼泽地上建设要求港务局得先挖掘航道，再把挖掘出来的土石填到码头区，最后还要等填入的土石沉降。码头和车道直到1961年才开始建设；到了这时，马尔科姆·麦克莱恩的集装箱计划已经有了进一步的发展。在最终建成时，伊丽莎白港的首批泊位各个都紧挨着一块大约18英亩的铺砌场地，以求削减把集装箱从储存地点搬运到船上的成本。港务局的期刊解释说，“这种设计让拖车能以‘流水线’的方式连续不断地开到船旁。”
海陆联运公司在伊丽莎白港的新站场于1962年投入使用，其运营规模对纽约市来说是难以想象的。在麦克莱恩的活动下，政府已经批准他们运营从纽华克经巴拿马运河前往西海岸的航线，海陆联运公司的货运量因此迅速飙升：1962年，纽约港处理的国内普通货物超过了1941年以来的任何一年。这些货物差不多都是经过海陆联运公司在新泽西的码头运送的，几乎没有经过纽约市的。在这里，20世纪50年代早期冷清的港口停靠正在成为回忆。纽约市的新码头所面向的集装箱和散件货的混载是一种经济消耗，因为处理非集装箱货物所需的额外港口成本完全抵消了集装箱运输所带来的节约。因为没有空间可以存放大量的集装箱和底盘，也没有办法处理大量进入码头的卡车和列车，所以纽约市的码头毫无竞争力。
就整个港口来说，集装箱运输在1962年仍然仅仅是一出穿插上演的小节目。集装箱货物仅占纽约港所有普通货物的8%，而且全都是在国内贸易中。港口的国际货物量还都留在曼哈顿和布鲁克林，都不是以集装箱的形式运输的。但趋势对纽约市来说是不利的。随着海陆联运公司在加勒比地区不断地扩张，原本在布尔轮船公司的控制下流经布鲁克林码头的岛屿货运，渐渐地转向了海陆联运公司在伊丽莎白港的综合大楼。在1964年，新泽西在纽约港普通货物中所占的份额已经达到了12%。
尽管纽约市又进行了更为巨大的投资，包括耗资2 500万美元为美国轮船公司订购的高速轮船修建了一座新码头，但纽约市这些码头的前景仍然是一天比一天黯淡。航运和航空管理局又请求再为1964～1965年的码头建设投入4 000万美元。看到自身已经没有希望继续独霸市区海岸线的使用权，国际码头工人协会就建议说，曼哈顿码头区的新开发项目应该把码头与公寓结合起来。但是，好斗的奥康纳已经去世了，瓦格纳的任期也剩不了几天了，在这种情况下，城市规划委员会根本不怕与奥康纳的继任者利奥·布朗叫板。“我们认为，试图倒转历史的车轮，在曼哈顿的码头区再浪费两英里的地段来建造更多的货运码头，这样的计划既不必要，也不值得，甚至根本就不可行。”城市规划委员会在1964年警告说。不管怎么说，纽约的根本问题一直没有得到解决。航运企业的高管们还在继续抱怨码头上卑劣的腐败，以及“陆上与水上运输业者之间的货物移交中存在的混乱”。新的建筑和设施不足以把轮船公司吸引到纽约这边的码头上来。
随着集装箱航运变成国际业务，纽约港务局也在不停地扩张。到了1965年，已经有6家公司宣布他们将在1966年启动通往欧洲的集装箱业务，并预订了很多艘新轮船。至于能否在曼哈顿甚至布鲁克林处理这项业务，这已经无须再争论了：只有伊丽莎白港有足够的空间能够满足这项业务对集装箱设施的要求。
1965年下半年，港务局加快了伊丽莎白港的扩建，新建了5座码头以及65英亩的铺砌储存区域。当时，有不少于7家的轮船公司表示有意离开纽约市过时的码头，搬到这边的伊丽莎白港来。仅仅过了10个月，港务局就又开始了新一轮的扩建，而这将让伊丽莎白港具备同时处理20艘集装箱船的能力。集装箱的发展势头如此强劲，以至于港务局已经不必再假装曼哈顿和布鲁克林会恢复它们在航运领域中的地位了。“在设想纽约港今后的10年时，我们丝毫不会怀疑将有大量的货物必须从纽约市所在的港口中心转向纽华克和伊丽莎白这一带，”港务局的航运主管莱尔·金对一群电视观众说。“事实上，他们自己现在也都这么说，而且他们也为新的集装箱船制定了计划。”后来，纽约的官员们请求港务局在布鲁克林和斯塔滕岛修建集装箱站场，而作为回报，他们将允许港务局在纽约市盖起世界贸易中心。但是，他们只争取到了这样的承诺：港务局会给予更密切的关注。至此，正像纽约市的舆论制造者们所担心的那样，对于纽约港来说，重新把家安在新泽西已经变得非常值得考虑了。“作为两州共同成立的机构，港务局必定会把纽约港看成是一个实体，并根据地理和经济因素来布置纽约港的设施，而不会根据政治因素。”《纽约时报》（New YorkTimes）感叹说。
数字可以告诉我们纽约港的故事。1960年，由于只有海陆联运公司可以运送集装箱，所以集装箱装运的货物占纽约港普通货物总量的比例还不到8%，超过3/4的普通货物仍旧要流入布鲁克林和曼哈顿。在1966年，由于伊丽莎白港的一期工程已经投入使用，纽约港的普通货物有将近1/3流经了新泽西的码头，有13%利用了集装箱航运。“纽约港—美国的集装箱之都”变成了港务局在全世界的广告语。金融界已经开始公开地谈论可以在曼哈顿的码头区落脚的其他“值得投入的活动”，比如盖公寓楼、建小型船只码头等等。曼哈顿的码头已经变得如此沉寂，以至于连国际码头工人协会的一个官员也挖苦当时的航运和航空管理局局长利奥·布朗，说他“实在是一个相当出色的停车场管理员”。
纽约市的码头工人和政客进行了抵抗，他们试图阻止世界贸易中心的开工，并派出了纠察队去封锁市政厅。“如果港务局可以把钱投到伊丽莎白和纽华克，为什么他们就不能花一些在纽约，给我们创造一些永久性的就业机会，来补偿布鲁克林的海军船坞搬迁所造成的工作岗位流失呢？”约翰·林赛手下的副市长罗伯特·普赖斯在1966年发问说。他说，这实在很不公平：“纽约市处理着2/3的远洋货物，但却只得到了港务局1/3的投资。”作为回应，港务局只是许诺相对现代化的布鲁克林码头将继续处理散件货物，尽管“随着散件业务的逐渐萎缩，新的传统码头将不太可能在不远的甚至遥远的将来开工建设。”