尽管林赛的追随者还在虚张声势，纽约市的官员却已经认识到，曼哈顿的码头没有前途。1966年，公共用地管理局的局长托马斯·霍文请求政府批准把格林尼治村的42号码头改作娱乐用途；多次抗议未果，航运和航空管理局被迫让出了该码头靠上的部分。到了第二年，有12家航运业者把他们的首批订单确定为庞大的纯集装箱船，其中有多达64艘的集装箱船已经在建造中了。港务局四处宣扬说有一项研究表明，纽约港有75%的普通货物可以用集装箱来运输。当国际码头工人协会的曼哈顿分会试图面见林赛，要求市政府修建新的码头来挽救他们的就业机会时，甚至连新任的航运和航空管理局局长赫伯特·哈尔伯格都建议说，“就目前航运业的需求而言，按照他们所要求的数量在曼哈顿修建航运站场，这既不是合理的经济规划，也不是合理的城市规划。”
通过收买瓦格纳在任时的航运和航空管理局局长文森特·奥康纳去为码头建设游说，国际码头工人协会已经为保住老港口作出了最后的抵抗。奥康纳曾经递交了一份计划，建议在下曼哈顿修建一座轮船-铁路-卡车的综合站场，并在大楼的屋顶上铺设简易的飞机跑道。还有一项计划提出要利用自动停车库的技术，在东河上修建一座“垂直码头”，用来把集装箱从船上提升到高空中的储存空间里去。诸如此类的荒诞设想毫无用处。“除了少数的例外，几乎所有在纽约港经营集装箱航运的大公司都把船停泊在伊丽莎白港。”港务局在1969年报告说。1970年，当修建一座新的客运站场的提案成为重点时，林赛总算决定了要让纽约市脱离港口的经营。“亲爱的奥斯汀，”他用几年前还无法想象的语气给港务局的主席托宾写道，“在慎重地考虑了所有可能的选择之后，我相信最有能力建设和经营码头区站场的机构就是港务局。”新的客运站场最终将建在曼哈顿，但是，纽约港务局不久就更名为纽约和新泽西港务局，而当他们决定在远离纽约市的地方再建一座新的大型港口时，纽约市政府没有再次发出反对的声音。
随着集装箱不断地排挤传统的轮船，1970年，新泽西在纽约港的普通货物中所占的份额达到了63%。两年之后，总共有549 731只集装箱流经了新泽西的码头。然而在纽约市，我们只能看到毁灭。1965～1970年，港务局在布鲁克林码头的货运量下降了18%。“集装箱在挖掘埋葬我们的坟墓；我们无法靠集装箱为生。”国际码头工人协会的主席托马斯·格利森抱怨说。他的话不算太离谱儿，1963～1964年，曼哈顿的雇主们雇用了140万人次的码头劳动力；1967～1968年，雇用人次减少到了不足100万；1970～1971年，雇用人次跌破了35万；1975～1976年，这个数字已经下降到了127 041，在12年里，码头区的就业机会锐减了91%。在曼哈顿，1964年从事航运货物处理的就业岗位（包括办公室工作）总数为19 007个，而到了1976年就只剩下了7 934个。由于有港务局的投资，布鲁克林的情况要好一些，但也没能维持很久。在曼哈顿码头区漫长的就业流失开始了两年之后，布鲁克林也遭遇了同样的命运：雇用人次在1965～1966年是230万，1970～1971年减少到了160万，1975～1976年就减少到了只有93万。等到码头区委员会于1971年关闭了他们设在布什码头的职业介绍所时，那里以及布鲁克林军港邻区的就业机会已经在10年内锐减了78%。布鲁克林一度强盛的货物处理行业，如今已经名存实亡。
与此同时，新泽西这边的增长超出了所有人的预测。各家装卸公司和轮船公司都在抱怨劳动力的短缺。1973年，有40家轮船公司在经营从纽华克港和伊丽莎白港出发的航运。尽管集装箱运输的效率很高，但新港口的不断扩建还是促使雇用人数在1963～1970年间增加了30%。
到了20世纪70年代中期，纽约市的码头大多已经成了回忆。1974年，驳船运送的待装船货物总量为12.9万吨，还不到1970年的10%，仅为1960年的2%。布鲁克林还剩下一些航运，但20世纪50年代后期彻底重建的6号、7号、8号码头（因其承租人的身份而被称为“小日本”），在日本人的航运公司搬去新泽西之后就彻底闲置了。布尔轮船公司的波多黎各业务是布鲁克林码头的支柱，但该公司的业务一直急剧萎缩，终于在1977年彻底关门。在第十四大街的北边，哈德逊河旁那座有4个码头的综合站场是在1963年为美国轮船公司重建的，如今已经无人租用，变成了一座勾起纽约人痛苦回忆的纪念碑，时常会让他们想起纽约市因为不肯接受其港口时代已经终结的事实而付出的惨重代价。多年以后，当新的承租人终于出现时，切尔西码头已经有了完全不同的用途：休闲娱乐。
码头的减少影响到了整个纽约市的经济，尤其是在布鲁克林最贫穷的街区。1960年，在布鲁克林的836个人口普查区中，只有23个区里从事卡车运输和航运业的劳动力不超过10%。在地图上，这些普查区构成了一个与码头区平行的地带，从北边的大西洋大道一直延伸到南边的日落公园。这些街区有很多的共同点：以意大利人为主的大量移民；低收入；非常低的教育程度。在南布鲁克林的第67号普查区，有57%的成年人只上了不到8年学。在如今叫做“卵石岗”的第49号普查区，有64%的成年人教育程度不超过8年级。南布鲁克林的第63号普查区有1 071名雇用工人，其中只有4个人上过大学。到了1970年，整个布鲁克林的运输业工作岗位急剧减少，人口数量也随着直线下降。从几年后进行的一次住宅调查中可以看出这里工作岗位流失的严重程度：与码头区相邻的日落公园和温莎坪地区有10万多居民，但在1975年这里却连一座私有住宅都没盖。
货物处理的革命对码头以外的运输和递送工人也有很多可怕的影响。1964～1976年，全国范围内从事卡车运输和仓库搬运的工人数量增加了，但是在纽约，1970年以后这些工人的数量就急剧减少了。随着在纽约市停靠的轮船越来越少，到码头接送货物所需要的卡车也就越来越少。中转仓库要么被废弃，要么就改为了只需要很少劳动力的其他用途，比如停车场。一种完全不同的货物配送模式已经成了主流。装满出口货物的密封集装箱被送到纽华克港和伊丽莎白港，在那里，它们被露天堆放，直到待装的轮船进港；只有远远不够一只集装箱的少量货物，才需要在仓库中进行分拣合并，凑成一整集装箱。进口集装箱被直接从码头拖出来，运送到新泽西中部和宾夕法尼亚东部的大片场地上新建的单层仓库里。在那里，企业既可以享受到较低的劳动力成本，又可以得益于方便出入码头且日益发展的超级高速公路网。在这些地区，卡车运输和仓库搬运的就业情况要远比纽约更接近全国的趋势。
作为纽约的传统优势行业，批发业也遭受了重创，尽管在全国范围内批发业的增长势头非常强劲。假如曼哈顿和布鲁克林的就业变化与这些行业在1964～1976年的全国趋势接近的话，那么这两个行政区本该增加了20万个就业机会，而且其中的大多数都适合于体力工人或办事员。然而实际情况正相反：纽约在这些与港口相关的行业中流失了7万多个就业机会，尽管在全国范围内类似的就业增长了32%。
集装箱所导致的运输成本的变化也打击了纽约的制造业：不仅减少了工厂最底层的工作岗位，而且随着工厂搬出纽约，这还减少了相关的卡车运输和配送工作。20世纪50年代中期，也就是集装箱被广泛使用的10年之前，纽约市的工厂就业就已经开始下降了，尽管直到进入了20世纪60年代纽约还保留着健壮得令人惊讶的制造部门。1964年，纽约市的5个行政区有3万多家制造企业，雇用着将近90万名工人。纽约市的制造厂有大约2/3在曼哈顿，以服饰和印刷企业居多。制造部门平稳地度过了1967年，随后就突然地崩溃了。1967～1976年，纽约市损失了1/4的制造企业和1/3的制造业工作岗位。这种制造能力削弱的范围非常广泛，47家重要的制造企业有45家都经历了两位数的就业率下降。
工业的损失有多少可以归咎于集装箱呢？没有一个确定的答案，因为在20世纪60年代的晚期和70年代的头5年里，集装箱运输仅仅是影响制造业的众多因素之一。这一时期有很多条高速公路竣工通车，而这让广阔的郊区向工业发展敞开了大门。纽约的高电力成本也赶走了一些工厂。向南部和西部的人口迁移加快了，这也使得纽约的工厂未能有效地服务于扩张中的市场。20世纪70年代早期的经济衰退导致了全国范围内制造业就业的下降，而纽约一些老式的工厂往往设在破旧的大楼里，缺少扩建或重建所需要的土地，它们自然无法躲过这种行业萎缩的冲击。
然而，有一点可能是毋庸置疑的，那就是集装箱运输消除了一个在纽约市经营工厂的关键理由：便捷的航运。对服务于国外或遥远国内市场的制造商来说，在纽约设厂长期以来为他们提供了运输成本的优势，因为同在内陆地区相比，在这里把产品从工厂运出并装上船要简单、快捷得多。集装箱轻而易举地改变了这种局面。现在，一家企业可以放弃他们在布鲁克林或曼哈顿拥挤的多层工厂，转而在新泽西或宾夕法尼亚新建一座现代化的单层工厂。在新的基地，他们可以享受到更低的税收和电力成本，而且把一集装箱的货物送到伊丽莎白港，他们需要付出的成本要比在布鲁克林或曼哈顿低得多。实际情况也正是这样：随着企业接二连三地逃离，纽约市1961～1976年流失了大量的制造业工作岗位，而其中有83%的岗位转移到了宾夕法尼亚州、纽约市北部或者康涅狄格州。
1962年，布鲁克林的海滨地区仍旧分布着很多码头，码头上仍旧挤满了船只、巨大的中转货棚以及离码头一箭之遥的多层工厂大楼。这里曾经是全国最大的制造业中心之一，但航运业在整个20世纪60年代都在向新泽西转移，布鲁克林海军船坞也在1966年关闭了，这两样合在一起就加速摧毁了这里的工业基础。长期以来人们都知道，布鲁克林在纽约地区的制造业中所占的份额简直大得不成比例，而到了1980年，布鲁克林则是以其在制造业活动中所占的份额小得不成比例而著称。这里的经济状况变得非常糟糕，以至于居民都陆陆续续地离开了。1971～1980年，布鲁克林的人口减少了14%。扣除物价上涨因素之后，这里的个人收入连续8年都在下降。在1986年之前，布鲁克林的工人收入一直都没能恢复到1972年的水平。
对20世纪六七十年代所发生的令人惊讶而又痛苦的经济转变来说，集装箱不是唯一的起因，但却是重要的一个。集装箱技术的发展之快，它对运输行业的影响之大，甚至都远远超出了当时那些最热心的支持者的想象。在集装箱登上世界舞台之后，纽约是第一个将以前所未有的方式面对经济转变的老牌航运中心。