然而，当集装箱出现时，因为被仍旧经营散件货轮的公司控制着，所以航运公会仍旧依赖于基于商品的运价系统。在北大西洋，一种产品用集装箱装运的每吨运价与散件装运的运价相同，只是一满箱的单种商品可以打5%～10%的折扣。混杂货物的运价甚至更不合理。1967年，也就是集装箱船业务开通的一年前，当欧洲-澳大利亚的航运公会制定集装箱运价时，他们裁定混装在一只集装箱中的不同商品将按各自的每吨运价收费。这样一来，要想知道正确的运费，唯一的办法就是打开集装箱，并给里面的每一件商品称重。
这种经济上不合理的系统不可能长久。轮船公司没有理由关心自己运载的集装箱里面装的是什么；由于运载能力严重过剩，只要运费能超出运载成本他们就愿意接受。到了1967年早期，沃特曼轮船公司开始对从美国运到欧洲南部的集装箱货物实行统一定价：不管里面装的是什么，每只发货人自有的20英尺集装箱收费400美元，每只40英尺的集装箱收费800美元。当时的沃特曼公司还没有集装箱船，他们的运价体系也还没有效仿者，但他们的这一举措揭示了价格所承受的压力。轮船公司开始威胁说，除非公会降低运价，否则他们就退出。公会极力地想让运价体系保持原封不动，但他们的努力是徒劳的。1969年夏天，跨大西洋航运公会瓦解了。八家轮船公司组建了一个新的公会，目的就是抛弃基于商品的运价，建立起对集装箱航运来说合理的运价体系。
当人为的高运价土崩瓦解时，轮船公司面临着利润压缩。建立新的运价体系是唯一的出路。1969年7月，也就是集装箱航运成为国际业务刚满三年的时候，德国两家最大的轮船公司同意合并成为赫伯罗特轮船公司，于是北大西洋的航线上又增加了一个庞大的竞争者。三个月之后，马尔科姆·麦克莱恩以同样的方式作出了回应。麦克莱恩一向喜欢合并而不是竞争；要不是美国政府的阻挠，他就已经在1959年和1962年先后并购了海陆联运公司在东海岸的唯一竞争对手（火车轮渡公司，以及他们在波多黎各的主要竞争对手）布尔轮船公司。现在，他以海陆联运公司的名义，拿着雷诺兹公司的12亿美元向美国轮船公司提出了一笔大胆的交易。美国轮船公司正在建造16艘集装箱船，它们全都能够运载1 000多只集装箱，航速超过20节。他们很快就将拥有最大的集装箱运载能力。海陆联运公司打算租借整个船队的所有16艘集装箱船，租期20年。美国轮船公司将放弃获得补贴的资格，这将让海陆联运公司可以把那些船部署到任何航线上，无需等政府的批准。一个主要的竞争对手将退出竞争，而海陆联运公司将在大西洋和太平洋上成为当时最大的轮船公司。
竞争对手一开始都疾呼这是不正当的，但随后他们迅速地作出了反应。1970年早期，格雷斯轮船公司被保诚轮船公司并购。麦特森公司在1970年卖掉了他们的船只，放弃了进军国际航线的雄心以及要把火奴鲁鲁变成跨太平洋贸易中心的努力。穆尔-麦科马克轮船公司卖掉了他们新购入的4艘货轮，退出了北大西洋。英国的边行轮船公司和埃勒曼轮船公司在英国-远东的航线上结成了联盟，而斯堪的纳维亚地区的三家轮船公司合并成立了运营国际航线的斯堪服务轮船公司。
这些转变还远远不能让这个行业安定下来。在澳大利亚的贸易中，海外集装箱有限公司在1969～1971年损失了3 600万美元。赫伯罗特轮船公司在这三年里也是连续亏损。在北大西洋，有1/3的集装箱船运力得不到利用，而美国伊斯布兰德森出口轮船公司更是在1970年和1971年亏损了太多的钱，以致其母公司的股票在纽约证券交易所被停牌，其总裁也被赶下了台。美国轮船公司同时在大西洋和太平洋上运营，他们在1970年亏损了1 400万美元，而在第二年亏损得更加严重。在政府阻止了海陆联运公司与美国轮船公司合并的努力之后，海陆联运公司也经历了一段困难时期，其利润从1969年的3900万美元减少到了1970年的2 100万美元，而在1971年更是只有1 200万美元。像其他对轮船公司投资的集团企业一样，雷诺兹公司也渐渐地认识到，集装箱航运并不是他们原先想象的金矿。
无奈之下，一些重要航线上的领先公司尝试了一个老式的解决办法，即减少竞争。在欧洲-远东的贸易航线上，5家竞争对手（2家英国的，2家日本的，还有就是德国的赫伯罗特）结成了他们的太平洋利益集团，即一个名为“TRIO”的联盟。这5家公司同意一起建造19艘大型的集装箱船，每家公司在每一艘船上都可以分得一定数量的集装箱格槽。没多久， 第二个欧洲-太平洋航线上的联盟也紧跟着成立了：瑞典的几家轮船公司与荷兰的渣华轮船公司合并了他们在亚洲的业务，组建了讯航轮船公司。这两个联盟的成立大大地减少了欧洲与日本之间的竞争对手，促进了运价的稳定。1971年6月，一个甚至更加强大的企业联盟诞生了，它就是北大西洋货运联营协议组织。这个组织得到了6个欧洲国家的政府的强有力支持，可以把来自这些国家的15家轮船公司联合起来。这个组织清楚地规定了每一个成员将承运多大比例的货物量，所有的成员公司都同意执行相同的运价，并分享来自北美-欧洲业务的收入。这个企业联盟总算守住了运价的底线。一位公司高管在1972年承认说：“如果没有这份联营协议，我们当中的很多公司都会破产。”
全球的经济增长在1972年重新开始加速，贸易流也随着迅速增长。1971～1973年，集装箱吨数几乎增长了一倍。当运输业者终于找到了足够多的货物来填满自家的轮船时，他们再一次开始盈利了。但是，从第一轮的集装箱运输价格血战中幸存下来的航运企业，完全不同于1967年时的航运业。独立的航运企业已经所剩无几，而且它们对未来已经不抱任何幻想了。价格战显然将是集装箱航运的一个永久特征，每当世界经济减速或者轮船公司扩大船队的时候，价格战就会重演。发货人将根据集装箱运送的距离支付费用，而不管集装箱的重量或者是箱内货物的种类。在艰难时期，运价会降得非常低，以至于轮船公司只能勉强赚回运营成本。为了降低处理每一只集装箱的成本，轮船公司将必须不断地建造更大的轮船和更快的起重机，因为在某个时候运力过剩可能会再次发生，而当运价崩溃时，成本最低的经营者才能最有机会幸存下来。
运价的再次崩溃很快就要来了。
事实证明，在经济动荡的20世纪70年代，1972年和1973年代表着一段宁静的间歇。美国的工业生产指数增长了18%，加拿大的增长了19%，日本的增长了22%，欧洲的增长了12%。国际贸易的增长非常强劲，足以让集装箱航运的运力过剩变成运力短缺，尽管在这两年的时间里就又有143艘集装箱船陆续下水。从1973年开始的油价暴涨让集装箱船相对于残余的散件货轮有了更大的成本优势（因为油耗相同的情况下集装箱可以运送更多的货物），所以在一开始，这对航运业来说是件意想不到的喜事。仅在1973年这一年，全球的集装箱海运货物量就增长了40%。轮船公司要求各自的船只降低航速以节约燃料，而这使他们在一年中能够完成的航行次数减少了，进而让市场上的运力变得更加紧张。运费急剧增加，因为各航运公会强行实施了数百次涨价，并且收取额外的附加费来补偿汇率波动、更高的燃料成本以及港口延误。美国的一份报告声称：“面对超过15%的运价上涨还有附加费，很多发货人肯定会发现他们的运费增加了多达25%～30%。”
这次繁荣一直持续到了1974年，当时相对疲软的美元让美国工厂的出口量在一年里就增长了42%。运价上涨，再加上全球各种各样限制运载能力、实行收入共享或者合作的协议，这些最终对航运业的财务结果施加了魔力。1974年，海陆联运公司报告了1.42亿美元的利润，而在1973年他们的利润仅为1 600万美元。连美国轮船公司也在1974年公布了1 600万美元的利润，尽管在这之前他们的16艘新集装箱船带来的几乎都是赤字。大西洋集装箱航运公司总裁评论说：“如果一个经营者现在不能在北大西洋赚到钱，那他就永远也不会赚到钱。”
然而，石油危机最终摧毁了航运业。1974年下半年，随着各国的中央银行紧缩货币政策以抵消油价上涨所导致的通胀后果，世界经济陷入了衰退。工业生产崩溃了，贸易流也随之锐减。1975年，全球的制造产品出口量自第二次世界大战结束以来首次减少了，海上贸易的贸易额也减少了6%。尽管贸易流减少了，造船厂却还在交付新的集装箱船，而且每一艘新船都会进一步削弱轮船公司维持运价的能力。来自苏联的集装箱船加入了大西洋和太平洋的竞争，而且它们处在航运公会的体系之外，这给运价带来了更大的压力。各航运公会被迫降低运价或者取消了附加费，这样的无奈之举在1974～1976年总共发生了600多次。
经营者自身的抉择让集装箱航运的第二次危机进一步恶化了。在20世纪70年代的头5年建造的数百艘集装箱船，都是为20世纪60年代晚期的世界设计的。因为苏伊士运河在1967年的阿以战争中关闭了，这迫使欧洲到亚洲和澳大利亚的海上运输必须绕道非洲的最南端，所以集装箱船的高航速很重要。高航速自然意味着高油耗，但这并不要紧，因为当时石油很便宜。20世纪70年代中期的世界则变得完全不同了。燃油的价格翻了两番。在北大西洋，燃油在运营成本中所占的比例从1972年的1/4增长到了1975年的一半。在欧洲-远东航线上，由于苏伊士运河在1975年6月又出人意料地重新开放了，所以让高油耗的高速集装箱船绕行非洲就没有必要了。有很多运输业者被这些不合时宜的轮船弄得进退维谷。
在这些经营者当中，最突出的就是雷诺兹工业公司的海陆联运分公司。马尔科姆·麦克莱恩一贯是根据直觉而不是谨慎的分析来行事；1968年，他不顾海陆联运公司董事会的反对，坚持要建造SL-7型集装箱船。1969年，当雷诺兹公司收购海陆联运公司时，他们同意建造8艘SL-7。这些当时造价最昂贵的商船也是最能喝油的，一艘船每天可以消耗500吨燃油。在全速航行时，这些船平均的油耗是其他集装箱船的3倍。当船用燃油的价格在几个月里就从22美元飞涨到了70美元时，这些SL-7型轮船就变成了极其沉重的负担。尽管雷诺兹公司向其股东吹嘘说这些轮船“可以提供世界上最快的集装箱航运服务”，但实际上，这些船一直未能完成他们野心勃勃的时间表，也没能赚到钱。
清算旧账已经不可避免。因为不满雷诺兹公司的官僚作风，麦克莱恩在1975年卖掉了自己的股份，并在1977年离开了董事会。因为无力应对航运业异乎寻常的波动性，心灰意冷的雷诺兹公司重组了海陆联运公司，对其实施了更严密的财务控制。这些改变没有什么帮助。1980年，雷诺兹公司最终接受了8艘SL-7型集装箱船造成的1.5亿美元亏损，把这些服役不到8年的大家伙卖给了美国海军，改造后用作了快速的补给船。4年之后，雷诺兹公司彻底退出了航运业，而剥离出来的海陆联运公司变成了一家独立的企业。正如雷诺兹公司的新管理层向投资分析师解释的：“可能有兴趣拥有雷诺兹公司股份的投资者，通常不会对一家资本密集型的、周期性的运输企业感兴趣。”
的确是这样。对雷诺兹以及其他为追逐快速增长而在20世纪60年代晚期进军航运业的公司来说，他们的投资带来的几乎只有失望。海陆联运公司及其竞争对手完全不同于宝丽来或施乐，因为这两家公司的专有技术以及持续创新，在几十年的时间里一直提供着超常的高利润。轮船公司的最终产品基本上是一种日用品，就像农场和钢铁厂一样，轮船公司总是要受制于外部因素，他们的价格和利润率主要取决于经济增长以及竞争对手建造新船的决定。狂热投机的年代已经过去了。到了1976年，在集装箱航运变成国际业务还不到10年的时候，《金融时报》（Financial Times）已经可以宣告：“集装箱运输的革命性影响，几十年以来货物运输的最大进步，基本上已经接近尾声了。”
只是，《金融时报》的断言是错误的。事实证明，集装箱运输的革命性影响尚未到来。