农村税费改革是一次农村经济利益的大调整，目的在于通过对现行农业和农村领域税费制度的改革和完善，规范农村分配制度，理顺国家、集体和农民之间的分配关系，真正实现“耕者有其利”。因其涉及面广，影响深远，被称为1949年以来继土地革命、家庭承包经营制之后的“中国农村的第三次革命”。
农村税费改革历程
从上世纪80年代中后期开始，我国出现了农民负担加重的问题，特别是进入90年代，农民负担加重的问题日益严重，这不仅损害了农民的利益，而且影响到农村社会的稳定和经济发展，并进而影响到我国改革开放的全局。我国的农村税费改革，也正是在此背景下悄然展开。
一、税费改革前期
为了缓解社会矛盾，维护自身统治，历代统治阶级都试图通过改革农村税赋制度来减轻农民负担。一般认为，唐朝的“两税法”、明朝的“一条鞭法”、清朝的“摊丁入亩”是历史上影响较大的三次税费改革。历史上的这三次税费改革，内容基本上都是改费为税，统一税制，化繁为简，官收官解。这些改革措施，大都在短期内使农民得到了休养生息的机会，对促进经济发展、推动历史进步起到了重大的作用，但是都没有从根本上解决农民税负重的问题。
新中国成立之初，我国各革命根据地继续沿用解放战争时期制定的比例税制，而新解放区则按政务院1950年9月颁布的《新解放区农业税条例》实行全额累进税制。农业合作化完成之后，我国自1955年起实行了新的《农业税条例》，全国统一实行分地区的差别比例税制，并坚持“稳定负担，增产不增税”的轻税政策。农村实现合作化和人民公社以后，农民负担的主体由农户转变为集体，矛盾也就不那样突出了。
农村家庭联产承包责任制实行后，“交够国家的，留足集体的，剩下的全是自己的”的分配原则使农民获得了对部分剩余产品的支配权，极大地调动了农民的积极性，农村、农业经济得到了长足的发展，农民生活总体上达到小康水平。但家庭联产承包责任制使农民负担的主体又由集体逐步转变为农户，农民负担问题也就变得更加直接、敏感。在改革开放之初，农民除按土地上交定购粮外，基本没有其他社会负担。但是，到了上世纪80年代中期，一些地方由于农村道路、乡村教育等公共事业无力开展，开始向农民收取“三提五统”，一直延续至税费改革前，农民负担问题已成为农村热点和难点问题。
农民负担不合理、不公平主要表现在：第一，财政体制实行分税制之后，农业税由中央税变成地方税，成了财政收入的主要来源，征收比例提高，加重了农民负担。第二，城乡之间的税负不公。城镇居民有起征点作扣除，而农民不论种多少地、产多少粮、增收多少，都要就收入全额纳税。第三，一方面，从事粮食等农业生产的农户收入少、负担重，而从事非农业生产的农户收入高、负担轻；另一方面，农民负担分摊不公平，农民收入贫富不均，提留和统筹按人均纯收入的5%计征，采用按人头或田亩计征，造成高收入者负担低于5%，低收入者负担高于5%。如，国务院发展研究中心农村部在对湖南省的2个县（市）8镇16村350余农户的抽样调查中，将样本农户按2002年的人均纯收入进行分组，对不同组农户的人均纯收入负担总量进行对比（见表4-1）。第四，农业户与非农业户的减负程度不同，造成了农民负担不均。
二、税费改革的过程
我国近期开展的农村税费改革大致可以分为四个时期：一是地方自发试点改革阶段，即改革初期，从1988年到1998年。二是改革的试点阶段，先在安徽省进行，从1999年到2001年4月。三是改革的推行阶段，将范围扩大到了20个省，从2002年到2003年。最后是改革的深化阶段，即2003年至今。
1.改革初期（1988~1998年）。
从1988年安徽省政府办公厅调研室在《完善和发展家庭联产承包责任制的政策研究》中提出农业税征收改革方案，到1992年安徽涡阳县新兴镇进行了“土地承包税（费）制度”的改革试验，从1993年河北及安徽阜阳、贵州湄潭、湖南怀化都进行“并税”并税：将各种杂费合并到农业税中统一征收。“折实征收”折实征收：在并税的基础上，以既定税率征收上来的税费实际上是粮食实物，政府再卖粮获取现金。的改革试点，到1996年农村税费制度改革试点扩大到安徽、河北等7个农业大省近50个县市，农村税费改革的“前奏”逐步唱响。1998年3月，朱镕基总理在全国人大会议期间正式提出了“费改税”，并将此作为政府施政的目标之一，同年11月国务院成立由财政部长项怀诚牵头的农村税费改革三人工作小组，开始改革的一系列筹备工作。
从实际效果来看，各地自发进行的税费改革，在提高农民负担的透明度、改善农村干群关系、促进农村的经济发展方面取得了一定成效。但是，由于这些改革只是简单地从形式上和表面上对农村税费征管方式进行改良，并没有认识到农民负担沉重的根本原因是我国现行国民收入分配政策中含有对农民不合理的税费项目，因而不可能从根本上去触动现行农村税费制度深层次的问题，其效果也就仅仅局限于遏制不合理和不合法的收费项目，防止乡镇政府随心所欲乱收费。而且，这些改革对农民硬约束，而对乡镇机构和上级部门软约束，且配套改革没有跟上，制度上也存在缺陷。
总的说来，这一阶段的改革仅仅是应急之举，还达不到规范和稳定农民负担的长远目的。
2.改革的试点阶段（1999~2001年）。
1999年3月在九届全国人大二次会议上，朱镕基总理进一步强调，要切实减轻农民负担，抓紧制订并实施农村“费改税”方案。1999年4月，三人小组向国务院提交了《关于农村税费改革有关重大政策问题的调研报告》。2000年1月，国务院，农业特产税税率按现行国家规定的政策进行。“一改革”：改革村提留征收和使用办法。村干部报酬、五保户供养、办公经费，除原集体经营收入开支仍继续保留外，由农民上缴村提留开支的部分，采取新的农业税附加方式统一征收，附加比例为农业税正税的20%，农业税及附加征收代金，并在一定时期内保持相对稳定。农业税及附加、农业特产税统一由县地税局负责征收。同时，中央高屋建瓴地提出了规范农村收费管理、精简乡镇机构和压缩人员、做好有关法律法规的修改工作等五项配套措施。
农村税费改革试点是国务院先于2000年3月在安徽全省进行的。税费改革后，全省农民总的税费负担为3761亿元，比改革前同口径税费负担4925亿元减少1164亿元，减少农民负担达236%；加上取消屠宰税和农村教育集资，全省农民税费负担减少169亿元，减幅达61%。
但是，农村税费改革在进行中也遇到了很多问题，一些障碍一时无法逾越。主要是乡村两级经费缺口较大，运转出现困难，农村义务教育难以为继；乡村负债项目多、数额大、归还难；配套改革不到位，减事、减人难以完全付诸实施等。
根据当时改革的具体情况，国务院在2001年4月紧急发文，决定暂缓扩大农村税费制度的改革试点。
3.改革的推行阶段（2002~2003年）。
2002年4月，国务院办公厅发出了《关于做好2002年扩大农村税费改革试点工作的通知》，决定进一步扩大改革试点范围。根据通知精神，新增河北、内蒙古、黑龙江、吉林、江西、山东、河南、湖北、湖南、重庆、四川、贵州、陕西、甘肃、青海、宁夏16个省（自治区）为试点省份，由中央财政向其分配农村税费改革的专项转移支付资金；而另一些沿海经济发达地区，如上海、浙江省、广东省，不享受中央转移支付资金，自费进行扩大改革试点。至此，中国农村的税费改革就扩大到了20个省。
这一阶段的农村税费改革有针对性地增加了用于改革试点的转移支付资金，并要求各级财政专款专用、包干使用；提出努力做到“三个确保”（即确保农民负担得到明显减轻、不反弹，确保乡镇机构和村级组织正常运转，确保农村义务教育经费正常需要）是衡量农村税费改革是否成功的重要标志；强调扎实推进各项配套改革、加强干部教育培训和对试点工作的监督检查，这在操作上弥补了上一阶段试点改革的不足之处。
4.税费改革的深化阶段（2003年至今）。
2003年3月27日，国务院发布了“关于全面推进农村税费改革试点的意见”，决定2003年在进一步总结经验、完善政策的基础上，全面推进农村税费改革试点工作。从此，农村税费改革工作在全国范围内展开。按照中央的要求，改革的根本目的是减轻农民负担，规范农村税费制度。在制订改革方案和实施过程中，要求各地始终贯彻“减轻、规范、稳定”的指导思想。减轻，即合理确定农民的税赋水平，从根本上治理对农民的各种乱收费，切实减轻农民负担；规范，即从制度上规范国家、集体和农民之间的分配关系、分配方式；稳定，即在减轻和规范的基础上，使农民的税赋水平在一个较长时期内保持不变，让农民休养生息。不仅税赋制度要长期稳定，不能朝令夕改，而且农民负担总水平也要保持长期稳定，不能随意增加。中央把“减轻”作为改革的第一位目标，把减轻农民负担作为基本出发点。而“稳定”将农村分配关系纳入了法制化轨道，从根本上遏制向农民乱收费的制度保障。实行税费改革后，农民照章纳税，政府依法收税，双方的权利和义务都有了明确的界定，再也不能巧立名目、搞没有法律依据的乱收费。仅2003年当年新增全面改革试点的10个省份农民减负总额达到123亿元，平均减负幅度为63%，农民人均减负55元，亩均减负50元。其中，广东、福建减负率高达84%和77%。
除上述改革内容之外，自税费改革一开始，中央就强调要进行配套改革。改革的内容主要有如下几个方面：（1）规范农村收费管理。对现行涉及农民负担的各种收费项目进行全面清理整顿。2004年1月5日，财政部会同国家发展和改革委员会公布了取消、免收和降低标准的15项全国性及中央部门涉农收费项目。地方和部门无权设立涉及农民负担的行政事业性收费和政府性基金、集资项目。坚决取消涉及农民的各种摊派和达标升级活动。对农村经营服务性收费进行整顿，建立规范的管理制度。对村内举办集体生产公益事业筹资筹劳，要制定专门管理办法。（2）精简乡镇机构和压缩人员。要按照政企分开和精简、效能的原则，合理设置乡镇机构，严格核定人员编制，提倡党政干部交叉任职。适当合并现有乡村学校，对教师队伍进行必要的整顿和压缩。（3）改革和完善县、乡财政管理体制。根据分税制财政体制的要求，明确划分县、乡政府事权和财权。（4）建立健全农民负担监督机制等等。中央反复强调，乡镇政府机构、乡镇财政体制、农村教育体制等方面的改革，不仅是农村税费改革的重要组成部分，而且是农村税费改革取得成功的重要保证，必须坚持同步实施，整体推进。农村税费改革成功与否，很大程度上取决于相关配套改革能否到位。
为了支持并保障农村税费改革及其配套改革，中央财政还给农村税费改革试点地区以一定的经费支持。按照适当照顾粮食主产区、民族地区和特殊困难地区的原则，中央财政用统一和规范的办法将转移支付资金分配给改革试点的省份，实行包干使用。2000年国务院就决定，税费改革全面推行后，中央财政每年向地方转移支付200亿元。2000年，中央财政最终向安徽提供了11亿元的专项转移支付，2001年又增加到17亿元。2001年，经国务院批准的改革试点省、县（市），中央财政按照既定的补助范围和数额继续给予转移支付补助。试点地区省级财政和有条件的市、县财政，中央要求其加大对改革试点的支持力度，通过调整支出结构，减少开支，支持农村税费改革，各级财政用于农村税费改革的资金必须确保专款专用。
三、取消农业税
随着改革一步步推进，党中央和国务院也在不断地摸索减轻农民负担、增加农民收入的新思路。与此同时，许多专家、学者对取消农业税的呼声日益强烈。他们认为，现行农业税制度现行农业税制度：农业税条例规定，全国农业税的平均为常年产量的155%。所谓常年产量就是根据土地的自然条件和当地一般经营情况及种植习惯，在正常年景下所获得的收入。不符合社会主义市场经济的要求，应该取消。关于取消农业税的诸种理由可以归纳如下：
1.农业税制不科学。
从世界其他各国来看，不论是否单独开征农业税，都是对农业商品流转额或农民的净所得课税。但中国农业税税基中，却包括了农民用于最基本的生存支出，如口粮支出、教育支出和医疗支出等。农村税费改革后，农业税是按土地的常年总产量计征，没有考虑当年总收入扣除生产耗费后的实际所得，这个常年产量既包括农民销售的商品粮，也包括农民的口粮和种子粮。农业税实际上已退化为定额的土地税，或更像地租。
2.税率并不低。
表面上看，农村税费改革后，大多数试点地区税负都是84%，但据专家推算，如果把现行农业税率换算为按商品征税，实际税率则是168%。又因为农民在购进农用生产资料时，增值税不能抵扣，实际农产品增值税税负要达到19%，而工业品增值税一般税率是17%。农产品增值税率比工业品高，这在世界上是少有的。
3.税负不公平。
城镇个体户的增值税有月销售额600~2000元的起征点，工薪阶层所得税也有月收入为800元的免征额，而农业税并没有起征点和免征额。无论土地常年产量是多少，是自用还是外销都要纳税，按全额计征，这不符合税收公平原则。这说明农民作为农产品的生产者，其税负水平不仅大大超过了城镇工商业者，更超过了农民自身的负担能力。
4.不利于提高中国农产品的国际竞争力。
我国是目前世界上仅有的征收农业税的四个国家（中国、朝鲜、古巴、越南）之一，而西方发达国家对农民都是通过各种“绿箱”政策进行保护和补贴。据国务院发展研究中心韩俊推算，美国每亩玉米农业生产者平均税收负担为389元人民币，我国每亩玉米农业税平均为1072元，另外税改前每亩还分摊2422元的“三提五统”，生产成本奇高。对于园艺产品、畜产品等我国具有比较优势的产品，由于我国设置了较高的农业特产税率，也削弱了其出口竞争力。