家庭联产承包责任制的实行，实现了集体土地所有权与使用权的分离，按照通行的说法，农民所获得土地使用权即是承包经营权。农村改革以来，政府也一直在探索加强和扩大农民土地使用权的途径。1993年11月，中共中央国务院在《关于当前农业和农村经济发展的若干政策措施》中规定：为了稳定土地承包关系，鼓励农民增加投入，提高土地的生产率，在原定的耕地承包期到期之后，再延长30年不变，开垦荒地，营造林地，治沙改土等从事开发性生产的，承包期可以延长。为了避免承包地的频繁变动，防止耕地规模不断被细分，提倡在承包期内实行“增人不增地，减人不减地”的办法，在坚持土地集体所有和不改变土地用途的前提下，经发包方同意，允许土地的使用权依法有偿转让。1995年，国务院在批转农业部《关于稳定和完善土地承包关系的意见》中，除了重申以上政策外，又明确规定在承包期内，土地承包经营权允许子女继承。到1998年10月，党的十五届三中全会通过的《关于农业和农村工作若干重大问题的决定》则更明确地指出：“要切实保障农户的土地承包权，生产自主权和经营收益权，使之成为独立的市场主体”，“要赋予农民长期而有保障的土地使用权”。然而，政府稳定土地承包关系的上述改革政策落实得并不好，其表现是现实中土地的频繁调整及土地承包期限短。在绝大多数地区，根据人口的变化，周期性地进行土地调整是司空见惯的事，这种调整严重损害了土地承包经营权的稳定性。而政府关于将土地承包期在原先耕地使用权15年的基础上再顺延30年的政策，只是在很小的一部分地区得到了执行。土地的频繁调整与过短的土地承包期限，使得许多农民对使用权缺乏安全感。农民土地承包经营权不稳定，还表现在农民土地承包经营权的内容仍不够充分，例如，在现行制度下农民缺乏抵押土地使用权以获得银行贷款的权利。尤其是，农民在现实中缺乏充分行使自己的土地权利的能力。虽然政府要求农户和集体之间要签订书面的土地承包合同，但在现实中，随意解除土地承包合同，侵犯农民合法权益的现象时有发生。这种农地承包经营权的不稳定极大地损伤了农民进行农业生产和土地可持续利用的积极性，而且也不利于土地在农户之间进行流转。这些矛盾的存在，根源于土地产权的不明晰，给农民的实际利益带来了较大的损害。土地产权制度的明晰对农民切身利益的保障和土地的流转都有着至关重要的影响。
2.阻碍了土地资源市场配置与效率的提高。
家庭承包责任制对土地使用权的划分，使农民对所承包的土地产生了恋土情结，农民不仅把集体所有的土地作为解决生活资料的来源，而且当作应付从事不稳定的非农产业带来的风险的一种手段。加上土地对农民的就业保障、生活福利保障和伤病养老保障等功能，许多农民即使已经从事了非农产业也不愿放弃土地占有权，宁愿粗放经营或抛荒。目前，我国大多数农户经营的土地面积在05公顷以下，而世界上中等收入以上的国家平均每个生产单位的面积是765公顷。我国人均农用地资源高度缺乏，而一些种田能手也为取得规模效益而希望得到更多的土地。换句话说，承包制使许多农民不能真正离开土地，安心从事非农产业；另一方面，又使得安心从事农业生产的农户不能通过扩大生产面积取得规模效益。因此，承包制既阻碍了广大农民真正从土地上解脱出来，又阻碍了农业的规模化、集约化经营。
3.土地承包经营权的流转不畅。
现行的土地承包经营权流转实践中出现很多问题，比如强制调整或收回农民承包地，强迫农民流转承包地，非法改变土地的农业用途，截留农民土地流转收益。承包经营权的流转总结起来主要有以下三点：
（1）强制土地流转，损害农民利益。《农村土地承包法》实施后，2003年下半年农业部派出6个检查组赴全国12个省（市、自治区）检查各地贯彻实施《农村土地承包法》的情况，发现在一些地方的农业结构调整和产业化发展过程中，有的地方乡镇政府或村级组织以结构调整和发展农业产业化为借口，强迫承包方流转土地承包经营权，强制收回农民承包地搞土地流转，乡镇政府或村级组织出面租赁农户的承包地再进行转租或发包，假借少数服从多数强迫承包方放弃或者变更土地承包经营权而进行土地承包经营权流转等情况，也有的对承包方合法流转土地进行限制。再比如目前很多发包方以各种手段强迫承包方将承包地进行流转，集中土地搞所谓“规模经营”和“产业化”。各级地方政府，假借“规模经营”和“产业化”的名义，以这些不合理的手段强占农民的土地承包权用于流转，其目的就是为了从流转的差额中为自身获取不正当的利益。
（2）程序不合理致使流转无序。《农村土地承包法》规定：“发包方将农村土地发包给本集体经济组织以外的单位或者个人承包，应当事先经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。由本集体经济组织以外的单位或者个人承包的，应当对承包方的资信情况和经营能力进行审查后，再签订承包合同。”《管理办法》也规定：“承包方与受让方达成流转意向后，以转包、出租、互换或者其他方式流转的，承包方应当及时向发包方备案；以转让方式流转的，应当事先向发包方提出转让申请。”这类规定使行政管制措施有效的地方的农地向社区外流转的可能性降低，特别是在人地矛盾特别紧张的地区；这可能产生的另一后果是，因对土地承包经营权流转的限制而导致的流转的自发和无序会影响到土地用途管制和所有权人权利的实现。虽然《农村土地承包法》规定了出租和转包等须经过批准，但实践当中，农户之间的流转在很多时候是自发的和无序的。尽管上述法律法规规定，土地承包经营权流转过程中，除代耕不超过1年可以不签订书面合同外，当事人应签订书面合同；通过转让方式流转的，应经发包方同意，其他方式应报发包方备案。但实践中，许多承包经营权的流转以口头协议的形式进行，更未办理同意或备案手续，处于自发或无序状态；有的合同不规范、内容不完整、程序不完善。
（3）流转对象过于局限，无偿流转占多数。目前我国农村的土地承包经营权流转的对象基本都是本村的村民，以亲朋好友居多，所以很大程度上都是一种帮忙的性质，不存在利益之间的流转，土地承包经营权的流转大多是无偿的或是低价的。所以这样必然会导致农民无论是否有稳定的非农收入来源，都不会放弃自己的土地，也使得兼业农户与农地的分离难上加难，从而进一步限制了农村土地的合理利用。
二、家庭联产承包制的完善与创新
1.家庭联营承包模式。
这种模式适于经济不甚发达且远离城市的边远农村，在这样的乡村，几家农户可根据其劳力余缺的情况，自愿地将所承包耕地连在一起，实行集中经营，在选择种植什么作物、种多少问题上联营农户可商议解决。由于土地相对集中，经营规模较以前扩大若干倍，因此实行半机械化、引入农业科技手段就具备了条件。对此，联营农户应共同投资购置农机具、化肥、农药、改造农田，以提高经营效率，增加农产品科技含量和资本含量。至于经营成果的分配，联营户可实行劳动力要素与土地和其他投资相结合的分配方式，但应注意切不可搞复杂的计划与核算，对于经营中的问题，联营农户之间大体商议即可，否则会增加联营成本，降低效益。这是一种风险共担，利益共享的联营模式，虽然较大规模的专业化、机械化的农场生产比起来没有那么明显的规模效应，但是对于个体小农户的生产来说，可以在一定程度上降低他们的生产成本，增加收益，因此说这是一种可以积极尝试的生产模式。
2.家庭农场模式。
这种模式的选择也是以自愿为前提的。家庭农场式实际是家庭承包制的扩大，但属于规模化经营。家庭农场是以血缘关系为纽带构成的经济组织，其成员间具有天然的亲合性，家庭成员利益的高度一致，劳动不需要监督，不存在道德风险。家庭的随机决策由家长作出，不存在与其家庭成员之间的讨价还价，具有迅速、快捷、应变能力强的特点。这种特点最能有效抵御自然界的不确定因素对农业生产的干扰。其具体组织形式是：以一户或少数几户为主体（称为核心农户），其他十几家或几十家不愿再经营承包土地的农户可将其经营的土地以流转形式入股；核心农户作为入股农户的代表负责入股土地的经营；核心农户以农场负责人的身份对农场的经营享有自主权，承担自负盈亏责任，并实行独立统一规划与核算；核心户可以招聘种田能手作为农业工人，亦可招聘农业科技人员作顾问，对所招聘人员均实行工资制；核心农户为提高投入产出效率，势必集资或个人直接投资购置大型农机具、水利设备、交通工具和电力设备，进行较大规模的农田改造等，这些投资可通过分红逐步回收和得到收益；对于经营成果的分配，应采取劳动要素与非劳动要素（土地股份、用于土地经营的资本投入以及智力投资等）相结合的分配形式，家庭农场模式一般适于平原、中小城市郊区较富余的农村，边远贫弱地区一般不宜实行。总之，一切依条件而定，由于家庭农场模式仍以农户为基础，虽然属于规模化经营，但仍未超出家庭承包制的范畴，应当说它是家庭承包制的高级形式。
3.土地股份合作制。
在现有土地制度创新模式中，土地股份合作制最具创新意义。一方面，它在集体所有制或公有制的前提下比较好地实现了集体产权的明晰化；另一方面，它又为土地的集中和规模化经营提供了一条极富启发性的思路。它迎合了农民实实在在占有土地的愿望，又满足了政府土地制度的创新及低政治风险的要求。不难分析，土地股份合作制与我国现阶段土地制度创新依赖的条件约束之间在很大程度上也是协调的，因而它的出现受到理论界和决策部门的高度关注。
土地股份合作制是试图抽取土地股份，把股份制引入合作制，实行劳动、资金及其他要素的联合，容纳多种所有制，聚集和融通各种生产要素，扩大生产经营规模，发展社会生产力的一种经济组织形式。股份合作制既融合了股份制的组织治理结构、按股份分红的特点，又吸收了合作制“一人一票”参与民主管理的原则。土地股份合作制就是将股份合作制引入农村经营体制而形成的一种新型的产权结构和运行机制。它是在坚持土地集体所有的前提下，将土地所有权、经营权和使用权进一步分离，通过股权化折股量化到农民个人头上，其股权可以出卖、继承、抵押。合作制中的土地股份制方式是家庭承包制中家庭经营方式综合创新的一种新型土地制度模式。其内容包括两个基本方面：
（1）将现在的产权主体模糊、产权权能残缺的土地集体所有制改革为社区农民土地股份共有制。土地股份共有制的主要内容包括：①将现在集体所有的土地创设为若干股份，股份类型一般为单一的个人股。②在现有村民数量的基础上，按人口或人口与贡献相结合的原则配置土地股权，并发给土地股权证书；股权分配一次到位，不再根据人口的变动调整。③土地股权人的基本权益为：土地股份的收益权，即分红权，土地股份的继承权和有偿转让权，股份共有土地管理者的选举权和被选举权。④成立股份共有的土地管理机构。土地股份共有制的最高权力机构为股东大会，其常设管理机构为董事会，董事会可以与村民委员会合一。股东大会及其董事会的主要职权是：决定股份共有土地的发包和租金标准；对土地经营者在土地保护、土地利用方向等方面行使监督控制权；收取租金并行使租金分配权。
（2）在土地股份共有制的基础上，实行农户对土地的投包经营。①为了避免低效率，股份共有土地一般不采取集体统一经营的方式；为了避免规模不经济和兼业化经营，也不再实行按人平均分的分散承包经营；在条件成熟时，实行农户对土地的集中连片的适度规模经营。②股份共有土地的经营权须通过公开招标投标的方式取得，以促使土地向具有企业家才能的农民手中集中。③通过签订长期承包，租赁合约形成农户对土地稳定的经营权；承包、租赁合约在政府土地管理部门备案，政府提供相应的制度以保证农户经营权的长期有效和鼓励农民对土地的长期投资；承包、租赁合约到期时，原经营户有优先承包、租赁权。④为了有利于土地集中，根据不同发展阶段，确定承包、租赁土地的数量下限；在开始阶段或发展落后的地区，下限应低，以保证无非农就业出路的农民有地可种；在二、三产业发展较快和比重不断提高的情况下，应提高土地经营下限。⑤土地经营者应承担的义务为：完成相应的农业税，交纳土地租金，按照合约利用和保护土地；其基本权利是，拥有承包土地的独立经营权，交纳税收和租金后的剩余独享权。
土地股份投包制与现在推行的家庭承包制在土地所有制的公有性质和土地经营的家庭承包方式方面是相同的，但是，两者存在着明显的区别：①产权清晰程度不同。作为家庭承包制基础的现有土地集体所有制的产权主体不清，权能残缺理论界已有大量分析，而土地股份共有制则把土地所有权主体明确界定为社区农民个体的叠加，并将农民个体的土地所有权明确为股权。所有权主体和产权界区均实现了明晰化。②土地经营规模不同。家庭承包制是集中所有权下的按人平均承包，因而土地经营规模小而分散；土地股份投包制是分散所有权下的集中承包，土地经营规模将扩大，相应地土地承包户将减少。③土地经营机制不同。土地股份投包制将通过竞争机制选择经营农户，取代家庭承包制按人或按人劳比例平均分配土地的办法。④土地经营代价不同。在家庭承包制中，农户的土地使用权的获得大多是无偿的或抵偿的；在土地股份投包制中，农户的土地使用权的获得是通过投包竞争方式取得的，是有偿的。承包经营户必须向土地股权人交纳地租。土地股份投包制相对于家庭承包制的突出优点是，它克服了家庭承包制使土地资源配置分散的矛盾，从产权关系上构造了土地合理流动的机制。
土地股份合作制主张将传统的土地集体所有制转变为土地股份共有制，并把股份共有制视作集体所有制的新型实现形式。土地股份合作制提出的主旨在于消除一些土地统一化经营取代农户的个体经营。因此，土地股份合作制的突出特点是试图使家庭经营方式在土地产权清晰健全、土地配置规模合理的基础上继续成为农业持续增长和农业现代化实现的制度性保证。