海洋自然保护区是国家为保护海洋环境和海洋资源而划出界线加以特殊保护的具有代表性的自然地带，是保护海洋生物多样性，防止海洋生态环境恶化的措施之一。20世纪70年代初，美国率先建立国家级海洋自然保护区，并颁布《海洋自然保护区法》，使建立海洋自然保护区的行动法制化；中国自20世纪80年代末开始海洋自然保护区的选划，5年之内建立起7个国家级海洋自然保护区。建立海洋自然保护区的意义在于保持原始海洋自然环境，维持海洋生态系的生产力，保护重要的生态过程和遗传资源。
美国设立世界最大海洋保护区
2006年6月15日美国政府批准把夏威夷岛西北诸岛区域划为世界最大的海洋保护区。这个占地195000平方英里（约50万平方千米）的地带，将禁止一切采矿和商业捕捞活动（1英里=1.6093千米）。
在贾维斯岛附近发现珊瑚这个区域包括马里亚纳海沟和美国萨摩亚群岛里的玫瑰环礁。马里亚纳海沟是世界上最深的海沟。位于太平洋中部地区赤道附近的7座小岛也将受到这一计划的保护。这一区域的环礁、暗礁和水下山脉是数百种珍稀鱼类和鸟类的栖息地，其中包括稀有鸟类马来西亚冢雉，这种鸟在该地温热的火山灰里孵卵。
在金曼礁上发现珊瑚马里亚纳海沟位于海平面以下36000英尺（1英尺=0.3048米）的地方，深达6.8英里。最深处比得上世界最高峰珠穆朗玛峰的高度，而且面积是美国大峡谷的5倍。玫瑰环礁是世界上最小的环礁，面积大约只有20英亩（1英亩=4047平方米）。之所以会起这样一个名字，是因为外侧环礁斜坡上长满了粉色的珊瑚藻类。玫瑰环礁是那些受到灭绝威胁的绿海龟和濒临灭绝的玳瑁海龟筑巢的重要地方。
三个地方将被正式称为马里亚纳群岛海洋国家历史遗址、玫瑰环礁海洋国家历史遗址和太平洋岛海洋国家历史遗址。环保组织非常欢迎这项举措，不过表示希望这个保护区能再扩大200海里，覆盖整个美国专属经济区。
澳大利亚大堡礁
大堡礁是世界上最大、最长的珊瑚礁区，是世界七大自然景观之一，也是澳大利亚人最引以为自豪的天然景观。又称为“透明清澈的海中野生王国”。
大堡礁卫星图
大堡礁位于澳大利亚东北部昆士兰省，是一处延绵2000千米的地段，它纵贯蜿蜒于澳大利亚东海岸，全长2011千米，最宽处161千米。南端最远离海岸241千米，北端离海岸仅16千米。在落潮时，部分的珊瑚礁露出水面形成珊瑚岛。这里景色迷人、险峻莫测，水流异常复杂，生存着400余种不同类型的珊瑚礁，其中有世界上最大的珊瑚礁，鱼类1500种，软体动物达4000余种，聚集的鸟类242种，有着得天独厚的科学研究条件，这里还是某些濒临灭绝的动物物种（如儒艮和巨型绿龟）的栖息地。
大堡礁位置世界最大的珊瑚礁区，延伸于澳大利亚东北岸外，长逾2000千米，距岸16~160千米，由数千个相互隔开的礁体组成。许多礁体在低潮时显露或稍被淹没，有的形成沙洲，有的环绕岛屿或镶附大陆岸边。是数百万年来由珊瑚虫的钙质硬壳与碎片堆积，并经珊瑚藻和群虫等生物遗体胶结而成。至少有350种色彩缤纷、形态多样的珊瑚，生长在浅水大陆棚的温暖海水中。据钻探，礁体之下是早第三纪陆相堆积，说明该地区原先位于海面以上。自早中新世以来，陆地下沉，间有数次回升。在海底礁坡上有多级阶地，相当于更新世冰川引起的海面变动的停顿期。礁区海底地形复杂，有穿过礁区与现代河口相连的许多谷地，这是古代陆上侵蚀产物。礁区海水温度季节变化小，表面水温高21℃~38℃（70~100℉），向深处去温度变化不大。海水清澈，可清楚看到30米深处的海底地形。礁区海洋生物丰富，有色彩斑斓、形状奇特的小鱼；还有宽1.2米、重90千克的巨蛤和以珊瑚虫为食的海星。植物贫乏。养珠业发达，有对虾和扇贝繁殖区。大堡礁吸引着越来越多的旅游者。北昆士兰岸外建有水下观测站。有从大陆海滨城市到大堡礁的航线。其他资源有石灰、石英沙。最近发现石油，已开始测量和试钻。
大堡礁景令人不可思议的是，营造如此庞大“工程”的“建筑师”，是直径只有几毫米的腔肠动物珊瑚虫。珊瑚虫体态玲珑，色泽美丽，只能生活在全年水温保持在22℃~28℃的水域，且水质必须洁净、透明度高。澳大利亚东北岸外大陆架海域正具备珊瑚虫繁衍生殖的理想条件。珊瑚虫以浮游生物为食，群体生活，能分泌出石灰质骨骼。老一代珊瑚虫死后留下遗骸，新一代继续发育繁衍，像树木抽枝发芽一样，向高处和两旁发展。如此年复一年，日积月累，珊瑚虫分泌的石灰质骨骼，连同藻类、贝壳等海洋生物残骸胶结一起，堆积成一个个珊瑚礁体。珊瑚礁的建造过程十分缓慢，在最好的条件下，礁体每年不过增厚3~4厘米。有的礁岩厚度已达数百米，说明这些“建筑师”们在此已经历了漫长的岁月。同时也说明，澳大利亚东北海岸地区在地质史上曾经历过沉陷过程，使追求阳光和食物的珊瑚不断向上增长。在大堡礁，有350多种珊瑚，无论形状、大小、颜色都极不相同，有些非常微小，有的可宽达2米。珊瑚千姿百态，有扇形、半球形、鞭形、鹿角形、树木和花朵状的。珊瑚栖息的水域颜色从白、青到蓝靛，绚丽多彩。珊瑚也有淡粉红、深玫瑰红、鲜黄、蓝相绿色，异常鲜艳。
大堡礁也是一座巨大的天然海洋生物博物馆。在辽阔澄碧的海面上，点缀着一个个色彩斑斓的岛礁，大礁套小礁，环礁包着澙湖，礁外波涛汹涌，礁内湖平如镜。礁上海水淹不到的地方，已发育了较厚的土层，椰树、棕榈挺拔遒劲，藤葛密织，郁郁葱葱，一派绚丽的热带风光。透过温暖清澈的海水，可看清400余种珊瑚所构成的密密丛丛海底“森林”，千姿百态，五彩缤纷。珊瑚丛中游戈着1500种鱼和4000种软体动物，这里也是儒艮和大绿龟等濒临灭绝动物的栖息之地。肥大的海参在蠕动，大红大黄的海星在爬动，奇形怪状的蝴蝶鱼、厚唇鱼穿梭如织，还有近1米的大龙虾、上百千克重的砗磲、潜伏礁中的石头鱼。这里又是鸟类的乐园，成群的海鸟如云遮空，更为大堡礁增添勃勃生机。
挪威扩大海洋保护区
2003年12月19日，挪威政府宣布，扩大海洋资源保护区，禁止人们在其区域采矿、采天然气或石油，以保护当地的海洋生物，其中包括北极熊、海豹、鱼等海洋生物。
罗弗敦群岛
挪威环境大臣伯厄·布伦德在谈到旨在保护斯瓦尔巴群岛生态环境的新保护区时说：“这些地区非常脆弱，但对海鸟、北极熊和海象等海洋动物具有重要意义。”
挪威政府指出，该国将海洋保护区域从围绕斯瓦尔巴群岛4海里的区域扩大到12海里，使保护区的面积增加了4.1万平方千米。
12月15日，在环保人士和渔业部门的要求下，挪威政府还决定保护位于斯瓦尔巴尔群岛以南的景色优美的罗弗敦群岛。
挪威政府保护斯瓦尔巴群岛和罗弗敦群岛的决定，被世界自然基金会北极项目负责人萨曼沙·史密斯称为“政府给每一个关心环保的人的双份圣诞礼物”。
我国海洋自然保护区
1995年，我国有关部门制定了《海洋自然保护区管理办法》，贯彻养护为主、适度开发、持续发展的方针，对各类海洋自然保护区划分为核心区、缓冲区和试验区，加强海洋自然保护区建设和管理。目前，我国已建立各种类型的海洋自然保护区60处，所保护的区域面积近130万公顷，其中国家级15个、省级26个、市县级16个。
我国第一批国家级自然保护区有5个，即河北省昌黎黄金海岸自然保护区，主要保护对象是海岸自然景观及海区生态环境；广西山口红树林生态自然保护区，主要保护对象是红树林生态系；海南大洲岛海洋生态自然保护区，主要保护对象是金丝燕及其栖息的海岸生态环境；海南省三亚珊瑚礁自然保护区，主要保护对象是珊瑚礁及其生态系；浙江省南麂列岛海岸自然保护区，主要保护对象是贝、藻类及其生态环境。
蛇岛蛇岛——老铁山自然保护区
蛇岛——老铁山国家级自然保护区位于辽东半岛南端、大连市旅顺口区西部，是1980年经国务院批准建立的野生动物类型保护区，是环保系统建立的第一个国家级自然保护区。保护区由蛇岛和老铁山地区两部分组成，总面积14595公顷，其中蛇岛面积155公顷（包括蛇岛周围200米海域）。主要保护对象是蛇岛蝮蛇和候鸟及其生态环境。1981年成立了保护区管理处，现已更名为辽宁蛇岛老铁山国家级自然保护区管理局。下属单位有蛇岛老铁山自然博物馆、大连蛇岛医院和大连蛇类蛇毒研究所。1993年首批被纳入“中国生物圈保护区网络”单位。
南麂列岛海洋自然保护区
南麂列岛国家级海洋自然保护区南麂列岛国家级海洋自然保护区位于中国浙江省平阳县以东海域，其中心点为北纬27°27′，东经121°25′，总面积为201.06平方千米，其中海域面积190.71平方千米。距浙江省平阳县鳌江港56千米，离台湾岛约150千米。最大岛屿为南麂岛，面积7.64平方千米，因形似麂而得名。该保护区地处温带和热带的过渡带，受台湾暖流和浙江沿岸流影响，为海洋生物栖息生长提供了良好的场所。是中国建立的第一个海岛海域生态系自然保护区，不仅在海洋生态方面有着重要的研究价值，也是海洋生物“南种北移，北种南移”的资源库。
深沪湾海底古森林遗迹自然保护区
海底古森林遗迹深沪湾海底古森林遗迹自然保护区位于福建省晋江市深泸湾内，经纬度范围：东经118°，北纬24°。全区面积31平方千米，其中陆域面积5平方千米，海域面积22平方千米。以保护7500年前的古树桩遗迹、9000~2.5万年前的已胶结古牡蛎礁、石圳海岸变质岩区、老红沙分布区和海岸沙丘等地质景观为主要内容，其保护对象为海底古森林、牡蛎礁和海蚀变质岩等。自1986年7月被广东省地震局徐起浩发现以来，先后于1990年6月被定为县级保护区，1992年被中国国务院以国函92（166）号文确立为国家级海洋自然保护区，2004年1月29日，又正式被批准为国家地质公园。
深沪湾海底古森林遗迹自然保护区这种类型的保护区在中国是独一无二的，在世界上也是少有的。区内埋藏于潮间带经历7800多年历史的油杉树林遗迹有20多棵，大片成长于数千年的牡蛎礁，典型的海蚀红土陵岩、卵石海滩岩和现代堆积中的细沙丘，以及可展示古生代、中生代、新生代等漫长地质历史演变的独特、典型、出露良好而又多种多样的海蚀变质岩。为研究古海洋、古地理、古气候、古植物，研究台湾海峡地质构造与海平面升降运动及太平洋地质板块运动，研究泉州市古港海外交通史提供可靠的科学依据。