刘少奇认为，“合作社制度已逐步成为中国一种日益重要的新的社会经济制度，它在中国将有极伟大的光明的发展前途。”他的合作思想主要体现在6个方面：一是“合作社制度应该成为一种普遍的社会经济制度”，“无论是现在还是将来，我们都不能不十分重视合作社”。二是组织和发展流通领域合作社，是引导农民走向市场，促进农业生产和农村商品经济发展的关键。三是组织和发展合作社，必须尊重农民的意愿和选择，“要防止急性病”，不能搞强迫命令，不要好高骛远。四是合作社要真正由社员当家做主，“只有社员才是合作社的‘老板’”，“多数社员认为不能办的事，就不要办”。“各级合作社必须彻底实现社内的民主生活。合作社内部的一切情况，必须使社员经常了解，不得向社员保守任何秘密”。“合作社的代表大会应该成为合作社活动的中心环节，合作社的理事会和监事会应按期向代表大会报告自己的工作，并抽出所要讨论和决定的问题。合作社内部的一切重要问题，应由代表大会讨论并作出决定。”五是必须加强合作社教育的宣传与培训，把重视培养合作社干部与增强广大农民群众的合作意识结合起来。六是应该在政府中设立合作社事务管理机关，统一协调和指导，严格保护各种合作社的财产。
邓小平关于中国农业发展要有“两个飞跃”的思想，也包含着发展合作经济的思想。1990年3月，邓小平在谈到农业问题时指出：“中国社会主义农业的改革和发展，从长远的观点看，要有两个飞跃。第一个飞跃，是废除人民公社，实行家庭联产承包为主的责任制。这是一个很大的前进，要长期坚持不变。第二个飞跃，是适应科学种田和生产社会化的需要，发展适度规模经营，发展集体经济。这又是一个很大的前进，当然这是很长的过程。”在家庭经营的基础上发展集体经济，合作社就是集体经济的一种形式，它能适应规模经营和科学种田以及发展市场经济的需要。
（三）新中国成立后合作事业的变迁
新中国成立以后，包括新中国成立前的革命根据地，经过土地改革以后，广大农民成了自耕农。在农业商品化程度尚不高，农民普遍缺乏役畜、生产工具和日用工业品的情况下，政府组织农民成立农业生产、互助合作社，组织从事工农业产品交换、农副产品余缺调剂的供销合作社，受到农民的普遍欢迎。但是，后来将初级社改为高级社和人民公社，将农民的生产资料的个人所有制变成集体所有制，把以农民为股东的供销社变成承担国家征购、派购任务的准国营商业，大大侵害了农民的切身利益。加上人民公社和供销社内部缺乏激励机制，外部不适应商品经济发展的要求，于是就像欧文的新和谐公社和劳动交易市场一样，虽然多次反反复复调整，最终还是因为生产力低下、入不敷出而陷入困境。
改革开放以后，人民公社组织解体，代之而起的是家庭联产承包责任制。1981年中央75号文件《关于进一步加强和完善农业生产责任制的几个问题》发布以后，家庭联产承包责任制席卷全国，人民公社制度迅速丧失生产经营职能。1983年10月，中共中央、国务院发布《关于实行政社分开，建立乡政府的通知》，要求全国农村在两年内，基本完成乡政府的组建工作，以其作为农村居民的自治组织。至此，政社合一的人民公社制度宣告全面解体。
改革开放以来农村陆续形成了一批新型农民合作组织，其中农民专业技术协会是发展最快、普及面也最广的一种。20世纪70年代末，安徽天长县成立了中国第一个农民科学种田技术协会。1980年四川郫县成立了养蜂协会。这些协会的初衷是以技术辅导和交流的形式，组建一支农民技术队伍。1982年，中央召开科学技术大会，作出了《中共中央关于改革科学技术体制的决定》，鼓励农业技术推广单位开展技术承包，实行有偿服务，兴办经营实体，从而推动了农业科技人员走出实验室，深入农村，发起和组建了一批农民专业技术协会。1987年全国农村陆续成立各种专业技术协会近万个，到1993年达到13万个。
农民专业技术协会大体有4类，一类是由科技协会发起建立的，一类是由农业技术推广站等政府部门、事业单位发起建立的，一类是由供销社发起建立的，还有一类是由农村中的专业户和技术能手自发建立的。脱产和半脱产技术干部和农民技术员在专业协会中起着骨干作用。在农民专业技术协会中，有的单纯从事交流活动，有的提供有偿服务，有的还兴办了经济实体。在协会办的经济实体中，又包含多种不同制度类型的企业，既有合作制企业，也有股份制企业，还有私人、合伙企业。可见，农民专业技术协会是一种制度差异很大、类型多样化的组织。到现在，农民专业技术协会发展已经走过20多个春秋，各地成立的协会数量相当多，覆盖地域相当广，但是，绝大部分协会仍停留在单纯从事信息交流，技术推广和辅导活动的层次，很少进一步向商业经营领域延伸。少数协会将业务延伸到商业经营领域，也还是处于一种小规模、低水平、分散经营、各自为政的状态。
农民专业合作社，是除了农民专业技术协会以外，近年来发展起来的又一种新型农民组织。最早的农民专业合作社出现在山西。1994年，在省领导和中央有关部门的支持下，山西分别在定襄、祁县、万荣、临汾四个县，以日本农协为榜样，开展合作社试验。其中祁县在4个乡镇建立了果业组合，在3个乡镇建立了奶业组合，并在县级成立了联合会。万荣县则以供销社为母体，组建了4个独立于供销社的农民专业合作社，借助供销社渠道，为农民提供农产品加工和销售服务。
1994年，山东省莱阳市的有关领导，在与日商洽谈农产品加工、出口项目的时候，受日商的启发，开始倡导农民专业合作社。1995年，当地照旺庄镇祝家疃村支部书记王宇敏，为了解决村民卖菜难的问题，在市领导的支持下，领头办起了一个宇敏蔬菜供销合作社。随后，照旺庄镇的镇办企业宏达食品有限公司，为了加强原料收购，降低运作成本，也从原来的“公司+农户”的模式，转向“公司+合作社+农户”模式，联合当地20个乡镇，100多个村，283户农民，成立了莱阳市宏达果蔬加工合作社。莱阳市沐浴店镇供销合作社，为了解决资金不足，高额负债的问题，也于同期办起了一个以股金方式吸收资金的沐浴店镇生产资料供应合作社。
继山东莱阳之后，山东的宁津、泰安，河北的邯郸，北京郊区的顺义、房山等地，相继办起了一批农民专业合作社。1995年，中共中央、国务院在《关于深化供销合作社改革的决定》中，也提出了发展专业合作社的意见。
农民专业合作社的创办主体呈现出多样化的特征。有的是由供销社、国有企业、乡村集体组织、政府部门和事业单位发起建立的，有的是农民自发建立的，还有相当一部分是直接从农民专业技术协会中发育起来的。农民专业合作社的多源性，决定了其制度安排的多样性和异质性。
在合作社的产权结构方面，有相当一部分职业合作社是农民股和法人股各占一部分。其中，有的合作社是供销社、公司企业、乡村集体、政府部门等创办机构持大股，农民社员持小股；也有的合作社是社员占主要比重。在社员持股中，有的合作社按照传统的合作社原则，实行平均持股或一个一股；有一部分合作社采取从社员交易额中按比例扣缴股金的办法，形成了与交易额相应的比例持股；还有相当一部分合作社对社员入股没有限制，专业大户往往持大股。
在利润分配方面，一般都规定提取一定比例的公积金。特别是那些法人股占大头的合作社，往往把公积金比例定得很高。对由此形成的公共积累，有的合作社规定不能分割，有的合作社规定按原始股比例记账或增配新股。对扣除公共积累以后的可分配利润，有的合作社采取对股金利息进行限制，其余利润按社员交易额返还的做法；也有的合作社采取一部分利润按股分配，一部分利润按交易额返还的做法，其中按股分配的比例从10%~50%不等。还有少数合作社，全部利润都是按股分配。有一部分供销社组建的合作社，采取入股、退股自由，入股满一年以上的实行保息分红，分红率高出银行同期利率若干个百分点；入股不足一年的，按同期银行税率取息。这样一来，入股与在银行存款没有多少差别。
在合作社管理方面，大部分合作社都建立了社员代表大会、理事会和监事会制度。但在那些法人股占大头的合作社中，法人单位往往担任理事会主任或副主任，委派经理，控制着合作社决策权和经营权。而在那些农民职业技术协会和农民自行建立起来的合作社中，大部分是技术能人或专业大户担任理事会主任或合作社经理，能较好地实行民主管理、一人一票的原则。
尽管现有的农民专业合作社，在内部制度安排上存在着很大差异，但也存在着一些共同特征。其一，在这些合作社中，农民社员都保持了独立生产者的身份，入社自愿，退社自由，与过去的集体所有制经济完全不同。其二，这些合作社都是以特定的专业农户为社员，从事专项农产品经营，合作社与社员之间存在着共存共荣的联盟关系，与过去的供销社也完全不同。其三，除了一部分供销社主办的专业合作社实行保息分红外，大部分专业合作社或多或少地按交易额进行利润返还，与农民形成了较密切的利益结合。正是这些特征，使专业合作社对农民有较大的吸引力。