何桂清字根云，云南昆明人，道光十五年乙未翰林。这一榜很有名，逸闻也很多，其中之一是，何桂清与广东顺德的罗惇衍入翰林时，皆为十七八岁的少年。
何桂清咸丰七年继怡良总督两江，得任此缺，是出于他的同年彭蕴章的保荐。彭蕴章是道光十五年进士，咸丰六年拜文渊阁大学士，充上书房总师傅。两江辖江苏、安徽、江西三省，上海亦在其范围之内，不仅为东南膏腴之地，军事上也很要紧。薛福成《书昆明何帅失陷苏常事》中说，何桂清家世微甚，出身贫寒，然“疏陈兵事，持论侃侃”，据传文采风流，书记翩翩，立马可待。得文宗赏识，擢拔为浙江巡抚，那一年，他还不到四十岁。“文宗”是咸丰皇帝的庙号。何桂清在浙江巡抚任内，每月接济江南大营军饷六万两。金陵大营兵勇七八万人，月支饷银五十万两，皆取于苏、松、常、太地区，以及浙江之杭、嘉、宁、绍诸郡。两江总督恒驻常州，专主饷事，江南大营这才能够支撑七八年之久。何桂清在军事上，也很有谋略，辗转浙西、皖南一带，连下歙县、休宁、石城；次年又攻下太平、祁门、宁国等地。咸丰七年，以军功擢为两江总督，驻节常州，专司在江浙富庶之地筹措钱粮，供给江南大营。
江苏有两藩司：一称江宁布政使，驻江宁，归江督节制，下辖江、淮、扬、徐四府，海通而州；一称江苏布政使，驻苏州，归江苏巡抚节制，下辖苏、松、常、镇四府及太仓州和海门厅。其时的江宁，已成太平天国之“天京”，何桂清驻节常州，是侵夺苏抚之权，而江苏布政使王有龄自恃有总督何桂清撑腰，根本不把江苏巡抚赵德辙放在眼里。赵德辙不堪求去，继任者徐有壬，面对王有龄的飞扬跋扈，也只能忍气吞声。
何桂清和王有龄，关系十分特殊。何桂清的真正籍贯，并不是云南，坊间流传，王有龄的父亲王燮，官至甘肃平凉知府，而何桂清的父亲，曾给他当过门丁。王燮长子王有龄豪侠仗义，却不爱读书，何桂清给他当陪读，则过目不忘，聪慧过人。王燮于是想方设法，为他在云南挪了一个户籍，让他“冒籍应试”，何桂清这才得以中进士、入翰林，平步青云。何桂清因字“根云”，是示人以“不忘本”。王有龄的江苏布政使，也是出于他的力荐，此所谓三十年河东转河西。
咸丰十年，江南大营失陷，与何桂清的拥兵不救，有极大关系。江南大营之溃，起自兵士向提督王浚索饷不成，劫掠市肆，各营由是大乱。绿营一向克扣兵士粮饷，沿袭成例。发饷俗称“关饷”，因而有“十关”、“九关”等名目。所谓“十关”，即一年只发十个月的饷；如四十五天作一月算，则为“八关”。在烽火遍地、大敌当前之时，这极易影响士气，激起兵变。及至太平军攻陷句容，督办江南军事事务的钦差大臣和春飞檄求援，何桂清却坐视不救，遭遇大雪的江南大营粮草断绝，一时陷入绝境。和春、张国梁只得退守丹阳。远在浙江的王有龄，由驿站递书何桂清：“艰难之秋，万目睽睽，瞻大帅为进退，一摇足则众心瓦解，事不可为矣”，告诫他千万千万，勿离常州一步。如此看来，这还是个明白人。不久丹阳沦陷，张国梁战死，何桂清得着消息准备出逃，行前先派亲信兵勇，将自己的老父亲和两个小妾，秘密护送去通州。而后张榜公告，禁止常州市民出城，并封锁了城门。城内百姓发觉何桂清要逃，绅民耆宿数百人手执香烛前往辕门，跪求“总督大人”留下，和百姓一起守城。丧心病狂的何桂清为了能够脱身，竟下令随从开洋枪，打死了常州士绅十九人。这十九人之死，注定了何桂清日后必死。数日后常州城破，以民众抵抗激烈，而遭太平军屠城。苏州守军闻讯大为愤恨，在何桂清到达城下请求接纳时，江苏巡抚徐有壬断然拒绝开门。不仅如此，徐有壬还立刻草拟奏章，弹劾何桂清“弃城丧师”。身负重伤的和春，随溃兵退至无锡后，自杀殉节，而何桂清却托言借兵助剿，逃进了上海租界，在继任江苏巡抚薛焕的庇护下，“高卧不行”。数日后苏州城陷，徐有壬于巷战中被杀，遗疏再次严劾何桂清“弃城丧师”，致使江南军事一败涂地。
何桂清统领十万大军，竟不战而溃，导致常州、常熟、苏州多座城池失守，实在是罪大恶极！咸丰皇帝接着徐有壬的遗疏，怒不可遏，下诏将何桂清虢职逮问，押解京城。但此时英法联军已经进逼京师，咸丰帝仓皇避走热河，还哪里顾得上何桂清？何案于是一搁置就搁置了两年，这期间，王有龄及江苏巡抚薛焕等都相继上疏乞恩，不准。
此后，文宗驾崩，辛酉政变，两宫回銮，新君登基。同治元年，言官纷纷上疏，要求缉拿何桂清归案，恭亲王奕訢多方交涉，才将躲在租界里的何桂清逮捕下狱。主持办理此案的刑部秋审处总办、直隶司郎中余光倬是常州人，鉴于家乡绅民对何桂清恨之入骨，同时也为了给被他枪杀的十九名父老乡亲讨回公道，余光倬在封疆大吏“失守城池”的罪名之外，力主加上“击杀执香跪留父老十九人，忍心害理”罪，坚决将“斩监候”，改拟为“斩立决”。刑部尚书赵光，因与帮办江南军务的许乃钊过从甚密，得知很多何桂清失陷苏常殃及百姓的细节，愤而发言：“不杀何桂清，何以谢江南百万死难生灵？”
也有想救何桂清的人，以大学士祁隽藻为首，所持理由是按“失守城池”罪，何桂清罪不当死，最多判他个“斩监候”。而况嗣君新立，两宫垂帘，以严刑峻法处置大臣，将大失民心。这个头一开，“救何派”纷纷上疏，前后竟有十七人之多。何桂清在江督任内，以筹饷为专责，过手的银两何止千万？京官中得其好处的，不乏其人。而力救何桂清的人中，除少数几个人外，大部分人的操守，都令人不敢放心。御史卞宾第即刻上疏纠弹，指“道光年间提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青麟失武昌，皆以失陷封疆伏法，彼时祁隽藻为军机大臣，不闻有言，何独于何桂清护惜若此？”这是诛心之论，此言一出，“救何派”再不敢出声。慈禧太后于是降旨，命大学士六部九卿翰詹科道“会议”，大理寺卿李棠阶以何桂清身为两江总督，骄横颟顸，治军无方，克扣军饷导致将士哗变，全军覆没，弃城而逃又嫁祸与人种种罪名，抗言“不杀不足以平民愤！”
同治元年是战局好转的一年，但也是最危险的一年，曾国藩以“各军沥疫繁兴，死亡相继，一身不足支危局，奏请简派亲信大臣，驰赴江南会办军务”。曾国藩不是一个喜欢悻悻作态的人，由他的奏请，可以想见太平军、捻军、回乱交相侵扰，战局胶着而凶险。是年八月，江南疾疫大作，鲍超营中，病者万余，死者日数十人；曾国荃金陵营中，病者亦逾万数；左宗棠军中，病者过半。此外江西、湖南、贵州正闹“教案”；直隶、山东、河南接壤之地，白莲教如火如荼；石达开则由云南入川，打算另辟反清路径。总之烽火处处，江山糜烂，朝廷全赖疆臣维持，将士用命，才能勉强支撑危局。当此时，非杀失土大员，则不足以激励士气，鼓舞民心。
何桂清当然不会俯首就死，他拿出一份薛焕等人具名的“请其退至苏州，以保饷源重地”的公禀，作为自己并非弃地失守的证明。公禀是出于当时还是事后伪造，无从查究，朝命两江总督曾国藩查核具奏。曾国藩身在江南，疮痍遍地，一夕数惊，自顾不暇，接到朝命，遂复奏道：“苏常失陷，卷宗无存，司道请移之禀，无庸深究。疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹定罪状，不必以公禀有无为权衡。”曾国藩节制四省军务，疆臣如因“司道公禀”即可弃城而走，此例一开，谁还肯浴血守城？这就不得不死了，刑部定谳，“何桂清着即行处决，派大学士管理刑部周祖培，刑部尚书绵森即日监视行刑”，在菜市口法场执行，是为“弃市”。
读曾国藩家书，发现有“阅新闻纸，其中一条言：何根云六月初七正法，读之悚惧惆怅”的记载，与史载何桂清于同治元年冬“弃于市”，在时间上不符。是出于什么原因，已经不知道了。何桂清之死，曾国藩是最大的推手，但看到他被正法的消息，仍感“悚惧惆怅”，其心情的复杂难言，非同处危局之人不能体会到。何桂清是“洪杨之变”中最早被处决的封疆大吏，一斩既出，百官俱惊。对他，《清史稿》给出的评价是“以才敏负一时之望，膺江表重寄……无料敌之明，又失效死之节。身名俱陨，罪实难辞”，重返百多年前风雨飘摇、烽火四起的江南，我们愈加感到，这是一个悲剧性的人物。
《清史稿》卷三百九十七，列传一百八十四：
桂清由侍从出任疆事，才识明敏。在两江值英吉利构衅，迭陈应付之策。偕大学士桂良等议税则，多中肯綮，亦不能尽用其言。晚节败裂，误国殄民，虽廷议多有袒之者，卒难挠公论。
王蕴章《然脂馀韵》：
善化何根云（桂清），咸丰丁巳，开府两江。白面谈兵，黑丸啸野，朝廷倚若长城，壁垒等于灞上。卒以狃于半壁之安，遂致符离之溃。生平功罪，载在史官，可不具论，要其文采风流，固自不可磨灭。
薛福成《书昆明何帅失陷苏常事》：
是时屯兵日久，将卒虽习战事，实已骄佚，酗酒狎妓，酣嬉无度，月支足饷，尚不敷用，及骤闻减饷事，则恨恨有如失。翼长提督王浚为和帅所倚，把持军政，借势侵克，众情蓄憾，互相传播，贼若来攻，吾辈坚勿出战，任大帅、翼长自为之。
薛福成《书昆明何帅失陷苏常事》：
绅民耆老数百人，即夕执香赴辕门跪请留常。文经谕之，不散；执鞭之士出扶之，犹不退；何帅怒，遽令开洋枪纵击，死者十九人。
曾国藩家书：
阅新闻纸，其中一条言：何根云六月初七正法，读之悚惧惆怅。