蒙古科尔沁部归附后金最早，博尔济吉特氏与爱新觉罗氏世为懿亲。清太祖、太宗、世祖和圣祖先后有四后、十三妃出自科尔沁等部。博尔济吉特氏影响了清初五朝四帝的政治。
明兴元亡之后，元主自北平出塞，遁回蒙古草原。但故元势力仍有“引弓之士，不下百万众”（《明史纪事本末》第10卷）。元主退回漠北地区，习称北元。北元蒙古贵族仍维持其旧日统治，实行封建割据。他们不甘心于自己的失败，不时地犯扰内地，企望重新入居中原，图谋恢复元朝。明朝为解除蒙古在北方的威胁，曾多次出兵朔漠，力图消灭北元势力。明初，徐达四次北伐，朱棣七次亲征，曾取开平，占应昌，败王保保，降纳哈出。明朝击败北元势力，他们逐渐地分别与明朝建立了臣属关系。
但是，北元势力虽被击败，而未被消灭。这同明太祖对故元势力的政策不无关系。当明太祖派右丞相徐达攻元大都时，徐达问道：“元都克，而其主北走，将究追之乎？”明太祖答曰：
元起朔方，世祖始有中夏。乘气运之盛，理自当兴。彼气运既去，理固当衰。其成其败，俱系于天。若纵其北归，天命厌绝，彼自澌（sī）尽，不必穷兵追之。但其出塞之后，即固守疆圉（yǔ），防其侵扰耳。（《明太祖实录》第32卷）
但是，蒙古贵族势力并未因其气运衰败，而自澌自尽。蒙古贵族势力在不断地骚扰北陲，破墙而入，内犯中原，困围京师。尤以正统之后，明代北患益甚。
《明史·鞑靼传》载：
当洪、永、宣世，国家全盛，颇受戎索，然衅服亦靡常。正统后，边备废弛，声灵不振。诸部长多以雄杰之姿，恃其暴强，迭出与中夏抗。边境之祸，遂与明相终始云。（《明史·鞑靼传》第327卷）
严格说来，明中后期，蒙古衰微，满洲崛兴，故北境之扰，重在满洲，不在蒙古。但明朝前期，蒙古骑犯，甚为严重。
辽东地区蒙古势力，为患酷烈。洪武时，故元丞相纳哈出“拥二十万众据金山，数窥伺辽”（《明史·鞑靼传》第327卷），后被蓝玉招降。永乐时，阿鲁台为瓦剌所败，“乃率其属东走兀良哈，驻牧辽塞”（《明史·鞑靼传》第327卷）；朱棣以亲征阿鲁台，死于榆木川。成化时，蒙古鞑靼部长孛来，“诱兀良哈九万骑入辽河”（《明史·鞑靼传》第327卷），纵骑掳掠。至嘉、隆以后，即努尔哈赤青少年时期，辽东蒙古势力枝蘖（niè）纷繁，先后陵替，相互交错，举其大者，主要有：土蛮部，土蛮为打来孙长子，其弟为委正，其长子为卜言台周，次子为介赛，侄为黄台吉，族弟为土墨台猪等。时土蛮（称小王子）最强，“控弦十余万”，屡躏辽东，“大入小入，岁为边患”（瞿九思：《万历武功录》第10卷）。速把亥部，速把亥为虎喇哈赤次子，其季弟为炒花，其妹夫为花大。速把亥在嘉靖时徙至辽阳北，连结土蛮等，累略辽塞：“嘉、隆以来，虏患何岁亡之？甚至杀大将军如艾草菅。甚哉！速把亥之为祸首也。”（瞿九思：《万历武功录·速把亥列传》第12卷）黑石炭部，黑石炭为孛只第五子，与速把亥等联骑，剽掠辽左。瞿九思在《万历武功录·黑石炭列传》后评论曰：黑石炭“贻我辽左数十年大患，介胄至生虮虱”。董狐狸部，董狐狸即董忽力，为革兰台第五子，其弟为兀鲁思罕、长秃，驻牧宁前外边，牧马辽河，屡犯蓟门。阿牙台皮部，阿牙台皮长子煖兔、次子拱兔，万历初年“两兔尤桀骜甚”（瞿九思：《万历武功录·煖兔拱兔列传》第13卷）。此外，有虎墩兔、青把都、哈卜慎、长昂等诸部。
当时在辽东地区，同明朝相对抗的政治势力，主要有蒙古和女真。而对辽东掳掠甚者，则为蒙古诸部贵族的铁骑。在努尔哈赤起兵前十年，即从万历元年至十年，蒙古土蛮、速把亥等部贵族对辽东地区的扰犯，编年缕列如下：
万历元年（1573），正月黑石炭、速把亥犯辽阳，四月土蛮犯铁岭，十月董狐狸之弟兀鲁思罕犯寺儿山台，十二月董狐狸之弟长秃犯边。同年，明廷升赏辽东获功阵亡官兵一千一百四十员名，并修筑城堡边墙。
万历二年（1574），以土蛮、速把亥等犯辽东，金、复、盖三卫被“杀掠数万，村堡荡然”（《明神宗实录》第30卷）。
万历三年（1575），正月土蛮、速把亥十万骑驰辽阳，十一月土蛮、速把亥、炒花等以二万骑突锦义。
万历四年（1576），二月土蛮、黑石炭、速把亥五万骑饮马辽河，十月速把亥、炒花、委正等三万骑犯威远堡。
万历五年（1577），土蛮等几无月不犯，二月饮马旧辽阳，五月二十万众走凌河。
万历六年（1578），正月黑石炭大举窥塞，十二月速把亥等三万余骑犯东昌堡。
万历七年（1579），十月土蛮等四万骑犯前屯。
万历八年（1580），土蛮等“二十余万，空巢而来，略广宁”（瞿九思：《万历武功录·土蛮列传上》第10卷）。
万历九年（1581），正月大虏二万余骑犯辽东，十月土蛮等十余万攻广宁。
万历十年（1582），四月速把亥犯义州。
以上史实说明，辽东地区蒙古贵族势力连年攻掠，形势严重。但是，万历初年，张居正为相，“居正用李成梁镇辽，戚继光镇蓟门”（《明史·张居正传》第213卷）。李成梁在任辽事二十二年间，率骑迎击蒙古兵，力战却敌，斩杀五千一百八十八级。蒙古骑兵屡受重创，土蛮、速把亥等又相继死去，其余部分枝众多，各相雄长。明廷采取分其枝，纳其款，顺者市赏，犯边攻剿的策略，辽东蒙古势力或受挫，或分化，逐渐走向衰落，这个历史的趋势一直持续下来。
到十六世纪末，辽东地区明朝军队同蒙古骑兵斗争的结果，历史在朝着他们各自愿望相反的方向发展。虽然，蒙古贵族兴兵屡犯，严重地削弱明朝辽军的力量；同时，李成梁“前后大捷共计十次，斩首五六千级”（《明神宗实录》第141卷），又沉重地打击了蒙古诸部等。但是，他们相互争斗的结果，尤其是李成梁的战功，恰为努尔哈赤做了“嫁衣裳”。因为土蛮等和李成梁厮杀的结局，不仅使双方都退出了角斗场，而且为努尔哈赤登上历史舞台铺平了道路。