明代后期，蒙古已逐渐形成三大部：生活在蒙古草原西部直至准噶尔盆地一带的漠西厄鲁特蒙古，生活在贝加尔湖以南、河套以北的漠北喀尔喀蒙古，生活在蒙古草原东部、大漠以南的漠南蒙古。漠南蒙古东西诸部，介于明朝与后金之间，其中有的部同后金接壤，因此后金最早同东部漠南蒙古诸部发生政治联系。
后金兴起，努尔哈赤之所以决意征抚漠南蒙古，这是因为：首先，漠南蒙古同海西女真关系密切，如叶赫贝勒“金台什孙女为虎墩兔妇”（《明史·鞑靼传》第327卷），蒙古内喀尔喀介赛贝勒夺娶努尔哈赤“已聘叶赫锦泰希贝勒之女”（《满文老档·太祖》第13卷），征抚漠南蒙古有助于女真内部的统一。其次，漠南蒙古位于后金的右翼，只有征抚漠南蒙古，才能解除进入辽沈地区的后顾之忧。再次，漠南蒙古的林丹汗等，与明朝缔结了共同抵御后金的盟约：“愿助兵灭奴，并力恢复天朝疆土。若奴兵到，憨兵不到，断革旧赏；倘奴酋通路，背盟阴合，罹显罚。”（王在晋：《三朝辽事实录》第7卷）只有拆散这个联盟，才能南犯明朝。再其次，征服漠南蒙古，可以打通进入长城的走廊。最后的一个原因是，后金为夺取明统，深感兵力不足，需要征抚蒙古，扩充八旗兵源。努尔哈赤曾说：“蒙古与满洲，语言虽各异，而衣饰风习，无不相同，兄弟之国。”（《满文老档·太祖》第13卷）魏源所说“夫草昧之初，以一城一旅敌中原，必先树羽翼于同部。故得朝鲜人十，不若得蒙古人一”（魏源：《圣武记》第1卷），即是此理。
漠南蒙古自明初以来，已经遭受二百余年兵燹（xiǎn）之难。明朝政府与故元势力之间，蒙古各部之间，长期无休止的战争，导致了漠南蒙古社会经济的破坏和部民生活的贫困，使许多贫苦牧民陷于“爨（cuàn）无炊”、“衣无帛”的悲惨境遇。蒙古族部民要求结束战乱割据局面，渴望得到安定统一。但是，明朝后期极为腐败，无力重新统一蒙古地区；蒙古各部贵族长期内讧，也无法实现其内部统一。因此，努尔哈赤征抚漠南蒙古，既利用了蒙古人民渴求统一的愿望，又利用了蒙古贵族不满明朝的心态，也利用了蒙古王公分裂割据的条件。时蒙古封建王公在进行分裂争斗，从一己利益出发，忽而联合一些封建王公去反对另一些封建主；忽而翻云覆雨，昨天的盟友变成了今天的敌人，昨天的敌人又变成了今天的盟友。努尔哈赤利用漠南蒙古同明廷的结盟与矛盾、各部之间的分裂与内讧，对于各部封建王公，有的分化瓦解，有的武力征讨，或者征抚并用，先后逐一征服东部漠南蒙古。
努尔哈赤征服漠南蒙古，先从其科尔沁部开始。
漠南蒙古的科尔沁部，驻牧于嫩江流域。它东邻乌拉，东南近叶赫，西南界扎鲁特，南接内喀尔喀，北临嫩江上游地区。科尔沁部为同察哈尔部争雄，就与势力较强的叶赫、乌拉结盟。万历二十一年（1593），科尔沁部明安贝勒等率蒙古兵万骑，同叶赫、哈达、乌拉、辉发、锡伯、卦尔察、朱舍里、讷殷共九部之师，直指建州。攻黑济格城不下，陈兵古勒山。九部兵大败，明安贝勒骑裸马尴尬地逃回。翌年，“北科尔沁部蒙古贝勒明安、喀尔喀五部贝勒老萨，始遣使通好”（《清太祖高皇帝实录》第2卷）。科尔沁部初次遣使建州。此后，“蒙古各部长遣使往来不绝”（《满洲实录》第2卷）。
科尔沁部虽然在古勒山之役遭到失败后，遣使建州和好，但并不认输。万历三十六年（1608）三月，建州兵往乌拉部的宜罕阿麟城，“科尔沁蒙古翁阿岱贝勒与乌拉布占泰合兵”（《满文老档·太祖》第1卷），科尔沁军遥望建州兵强马壮，自知力不能敌，便撤兵请盟，联姻结好。努尔哈赤从大局出发，不念科尔沁两次动兵旧恶。说：“俗言：‘一朝为恶而有余，终身为善而不足。’”（《满洲实录》第3卷）同意与科尔沁弃旧怨，结姻盟。万历四十年（1612），努尔哈赤闻科尔沁贝勒明安的女儿博尔济吉特氏（博尔济锦氏）“颇有丰姿，遣使欲娶之。明安贝勒遂绝先许之婿，送其女来”（《清太祖武皇帝实录》第2卷）。努尔哈赤以礼亲迎，大宴成婚。明安贝勒是蒙古封建王公中第一个与建州联姻者，对后世影响深远。其后，万历四十三年（1615）正月，努尔哈赤又娶科尔沁孔果尔贝勒女博尔济吉特氏为妻。
恩格斯有一句名言：对封建王公说来，“结婚是一种政治的行为，是一种借新的联姻来扩大自己势力的机会；起决定作用的是家世的利益，而决不是个人的意愿”。建州女真贵族同科尔沁蒙古王公联姻，便是一个很好的例证。努尔哈赤不仅娶科尔沁两贝勒的女儿为妻，他的儿子也相继纳蒙古王公的女儿做妻子。仅万历四十二年（1614），努尔哈赤的四个儿子，即次子代善娶扎鲁特部钟嫩贝勒女为妻，第五子莽古尔泰娶扎鲁特部纳齐贝勒妹为妻，第八子皇太极娶科尔沁部莽古思贝勒女为妻，第十子德格类娶扎鲁特部额尔济格贝勒女为妻。尔后，第十二子阿济格娶科尔沁部孔果尔女为妻，第十四子多尔衮娶桑阿尔寨台吉女为妻。努尔哈赤在位时，同科尔沁联姻十次，其中娶入九次、嫁出一次；其子皇太极继续实行上述联姻政策，皇太极在位时，同科尔沁联姻十八次，其中娶入十次、嫁出八次。蒙古科尔沁部等与后金政权，通过联姻，巩固同盟，以加强自己的势力，来对抗察哈尔部。
察哈尔部林丹汗为统一漠南蒙古，行使大汗权力，防止后金扩张，先后讨伐与后金结盟的科尔沁等部。这种驱鱼于渊的做法，更加促使科尔沁投附后金。科尔沁部翁果岱子粤巴台吉，于天启五年即天命十年（1625）八月遣使送信至建州，报告察哈尔部在“草枯前将夹击科尔沁”（《满文老档·太祖》第65卷），请求后金汗努尔哈赤出兵援助。不久，林丹汗派兵指向科尔沁，围攻粤巴台吉的驻地格勒珠尔根城。粤巴向后金告急，努尔哈赤派其子莽古尔泰率精骑五千前往援救。时林丹汗“围鄂巴城已数日，攻之不下。闻满洲援兵至，仓皇夜遁，遗驼马无算，围遂解”（《满洲实录》第8卷）。后粤巴台吉亲自跪见努尔哈赤，努尔哈赤将舒尔哈齐第四子图伦之女嫁给粤巴做妻子。随后，努尔哈赤与粤巴刑白马黑牛，祭告天地，盟誓结好。从粤巴台吉的誓词中，可以看出蒙古贵族内部的纷争及粤巴台吉投附后金的原因。其誓词曰：
我以公忠之心，向察哈尔、喀尔喀。自扎萨克图汗以来，我科尔沁诸贝勒，无纤微过恶，欲求安好而不可得。杀伐我，侵掠我，殆无已时。将我科尔沁诸贝勒翦除无遗，其后我达赖台吉，以无辜被杀。介赛又以兵来杀我六贝勒。我欲相安无事，而彼不从。将无辜之人，恣行杀掠；吾等拒之，又谓我敢于相抗。察哈尔、喀尔喀，合兵而来，欲行杀掠，仰蒙天祐，又赖皇帝助我，幸而获免。我不敢忘天祐及皇帝助，以故来此，与皇帝会，昭告天地，订盟好。（《清太祖高皇帝实录》第10卷）
努尔哈赤的誓言则明确地表示，他同粤巴结盟，是为了对抗察哈尔部及与察哈尔订有盟约的明朝。其誓言曰：
我以公直处世，被明及察哈尔、喀尔喀辄肆陵侮，不能堪，乃昭告于天，天祐我。又察哈尔、喀尔喀合兵，侵掠科尔沁粤巴台吉，粤巴台吉亦蒙天祐。共今粤巴台吉怨恨察哈尔、喀尔喀二部落，来此谋事祐国，乃天以我两人被困厄，俾（bǐ，使）相合也。（《清太祖高皇帝实录》第10卷）
粤巴与努尔哈赤俱以“受害者”的身份，在浑河岸，对天焚香，贡献牺牲，行三跪九叩首礼，宣誓言，结盟好。
后金汗还以召见、赏赉、赐宴等形式，抚绥科尔沁封建王公，万历四十三（1615）九月，科尔沁贝勒明安第四子桑噶尔斋台吉至建州，送马十匹，叩头谒见。努尔哈赤赐给甲十副，并厚赏缎、布。同年十月，明安贝勒长子伊格都齐台吉又至建州，送马四十匹，叩头谒见。努尔哈赤赐给甲十五副，并厚赏缎、布。次年十二月，明安贝勒之子哈坦巴图鲁台吉带马匹至建州叩谒；又次年，明安贝勒第五子巴特玛台吉带僚友五十人，送马五十匹，到建州叩谒。他们受到努尔哈赤的赏赐。万历四十五年，即天命二年（1617）正月，科尔沁明安贝勒到建州“朝贡”，努尔哈赤对其岳翁，郊迎百里，行马上抱见礼，设野宴洗尘。入城后，“每日小宴，越一日大宴”（《清太祖武皇帝实录》第2卷），留住一月。当明安返回时，他又送行三十里，骑兵列队，夹道欢送，厚赠礼物，至为隆重。明安后隶满洲正黄旗。
天启二年即天命七年（1622）二月，明安带领兀尔宰图、锁诺木等十六贝勒及喀尔喀等部台吉，“各率所属军民，三千余户，并驱其畜产”（《清太祖高皇帝实录》第8卷），归附后金。从此别立“蒙古一旗”（《清史稿·明安传》第229卷），奠定了尔后蒙古八旗的基础。同时，由于蒙古科尔沁部归附后金最早，博尔济吉特氏与爱新觉罗氏世为懿亲。清太祖、太宗、世祖和圣祖先后有四后、十三妃出自科尔沁等部。蒙古科尔沁部博尔济吉特氏影响清初五朝四帝的政治，其中以皇太极孝庄文皇后博尔济吉特氏尤为突出。
因此，漠南蒙古科尔沁部成为后金的政治同盟和军事支柱，也成为清朝的联袂懿亲和军政屏藩。努尔哈赤采用分化抚绥与武力征讨的两手政策，在蒙古科尔沁部取得成功。
后金汗在与科尔沁部姻盟之同时，又与内喀尔喀部会盟。