随着努尔哈赤统一女真和对明征战的不断胜利，其人口日众，疆土日广，骑兵日强，国力日盛，其军政中心相应地进行转移：最早为费阿拉，后迁至赫图阿拉，又移至界凡，再搬往萨尔浒山城，复徙至辽阳，最后迁都沈阳。
费阿拉是努尔哈赤的第一个根据地。费阿拉东依鸡鸣山，南靠喀尔萨山，西偎烟筒山（虎拦哈达），北濒苏克素浒河，位置在苏克素浒河支流加哈河与首里口河之间三角形河谷平原的台地上。万历十五年（1587），努尔哈赤在费阿拉筑城三层，兴建衙门，启筑楼台，设堂祭天。《清太祖武皇帝实录》记载：
丁亥年，太祖于首里口，虎拦哈达下，东南河二道——一名夹哈，一名首里，夹河中一平山，筑城三层，启建楼台。（《清太祖武皇帝实录》第1卷）
这时努尔哈赤二十九岁，已起兵五年，尼堪外兰授首，建州本部统一。努尔哈赤在这里“定国政”，费阿拉成为建州第一个政治中心。他在费阿拉居住十六年，统一建州，吞并哈达，创建军队，制定满文，后迁至赫图阿拉。
赫图阿拉是继费阿拉之后努尔哈赤的第一个都城。它位于费阿拉北面，在苏克素浒河与加哈之间。万历三十一年（1603），努尔哈赤从费阿拉迁往赫图阿拉。《清太祖高皇帝实录》记载：
上自虎拦哈达南冈，移于祖居苏克苏浒河、加哈河之间赫图阿喇地，筑城居之。（《清太祖高皇帝实录》第3卷）
后金汗努尔哈赤在赫图阿拉居住十六年，灭辉发，并乌拉，创八旗，兴屯田，征抚东海女真，降服萨哈连部，发布“七大恨”誓师，获取萨尔浒大捷。努尔哈赤在赫图阿拉建立后金，强化汗权，奠下了他政治大业的基础。但是，努尔哈赤不循旧苟安，他为着锐意进取，又放弃赫图阿拉，徙驻界凡。
界凡城是努尔哈赤向明发动大规模进攻的前哨阵地。万历四十七年即天命四年（1619）二月，努尔哈赤派夫役一万五千人往界凡运石筑城。他在三月获得萨尔浒之捷后，决意将后金政治重心西移，在界凡建衙门，修行宫，屯田牧马，待机攻明。六月，界凡城修竣。界凡又称者片，在赫图阿拉西一百二十里，位置于苏克素浒河与浑河之间：“者片城在两水间，极险阻，城内绝无井泉，以木石杂筑，高可数丈，大小胡家皆在城外水边。”（李民寏：《建州闻见录》）界凡城初步竣工后，努尔哈赤的迁驻之议，受到诸贝勒大臣的阻挠，但他力排众议，决计迁居界凡。史载：
上谕贝勒诸臣曰：“吾等勿回都城，筑城界凡，治屋庐以居，牧马边境，勿渡浑河，何如？”贝勒诸臣议曰：“不如还都，近水草，息马浓阴之下，浴之、饲之，马乃速壮；且使士卒归家，缮治兵仗便。”上曰：“此非尔所知也。今六月盛夏，行兵已二十日矣。若还都二三日乃至，军士由都至各路屯寨，又须三四日，炎蒸之时，复经远涉，马何由壮耶？吾居界凡，牧马于此，至八月又可兴师矣。”遂驻跸界凡，令军士尽牧马于边。（《清太祖高皇帝实录》第6卷）
诸王贝勒不理解后金汗的政治抱负与军事意图，力请解缰释弓，燕居家园。努尔哈赤说服贝勒大臣后，接亲眷，摆大宴，迁驻“四面皆险截”的山城界凡。努尔哈赤迁居界凡后不久，即率师出征，两月之间，擒介赛，陷铁岭，灭叶赫。努尔哈赤在界凡栖驻一年零三个月后，又移居萨尔浒山城。
萨尔浒山城在界凡西十里许。努尔哈赤为向辽沈地区进军，迁至萨尔浒山城。不久，即连陷沈、辽。他在萨尔浒山城未及半年，便迁都辽阳。
辽阳原为明辽东首府。天启元年即天命六年（1621）三月，后金占领辽阳后，努尔哈赤立即拟议迁都辽阳，诸贝勒大臣因循旧习，不愿迁都。努尔哈赤说服他们，遂定迁都辽阳之计。《清太祖高皇帝实录》记载：
上集贝勒诸臣议曰：“天既眷我，授以辽阳，今将移居此城耶，抑仍还我国耶？”贝勒诸臣俱以还国对。上曰：“国之所重，在土地、人民，今还师，则辽阳一城，敌且复至，据而固守。周遭百姓，必将逃匿山谷，不复为我有矣。舍已得之疆土而还，后必复烦征讨，非计之得也。且此地，乃明及朝鲜、蒙古接壤要害之区，天既与我，即宜居之。”贝勒诸臣皆曰：“善。”遂定议迁都。（《清太祖高皇帝实录》第7卷）
后金迁都辽阳议定，诸福晋在众贝勒等的迎接下来到辽阳。她们踏着芦苇席上铺设的红地毯，进入后金汗的衙门里。翌年三月，努尔哈赤议另筑辽阳新城。他召集诸贝勒大臣曰：“天眷佑，遂有辽东之地。但今辽阳城大，年久倾圮。东南有朝鲜，北有蒙古，二国俱未弭帖。若舍此征明，恐贻内顾忧，必更筑坚城，分兵守御，庶得固我根本。”诸贝勒大臣以兴建城郭，辽民劳苦为谏。努尔哈赤执意建筑新城，他说：
今既与明构兵，岂能即图安逸？汝等所惜者，一时小劳苦耳！朕所虑者大也。苟惜一时之劳，何以成将来远大之业耶？朕欲令降附之民筑城，而庐舍各自营建。如此虽暂劳，亦永逸已。（《清太祖高皇帝实录》第8卷）
众贝勒大臣同意努尔哈赤另筑新城之议，后金汗即命在辽阳城东太子河畔，兴筑辽阳京城宫殿、城池、坛庙、衙署，是为东京。据乾隆《盛京通志》记载：
东京城在太子河东，离辽阳州城八里，天命六年建。周围六里零十步，高三丈五尺，东西广二百八十丈，南北袤二百六十二丈五尺。城门八：东向者左曰迎阳、右曰韶阳，南向者左曰龙源、右曰大顺，西向者左曰大辽、右曰显德，北向者左曰怀远、右曰安远。（《盛京通志》第5卷）
营建东京，大兴徭役，征发降民，夫役繁苦，引起辽沈汉民的不满与反抗。然而，后金迁都辽阳，是努尔哈赤的重要决策，也是女真发展史上意义深远的重大事件。这反映了他的远见卓识和英明果断。从此，努尔哈赤将明朝统治东北的政治中心，变为后金的都城；将明朝对抗后金的前线，变成后金进攻明朝的基地。努尔哈赤在东京统治达四年之久，最后迁都沈阳。
沈阳城当时仅有辽阳城一半大。如熊廷弼所说：“况辽城之大，两倍于沈阳有奇。”（《明经世文编》第6册）但是，后金汗努尔哈赤最早看出沈阳比辽阳更有发展前途，于是提议迁都沈阳。天启五年即天命十年（1625）三月，后金汗与诸贝勒大臣就迁都沈阳一事，发生了一场激烈的争论：
帝聚诸王臣议欲迁都沈阳。诸王臣谏曰：“东京城新筑宫廨方成，民之居室未备，今欲迁移，恐食用不足，力役繁兴，民不堪苦矣。”帝不允，曰：“沈阳四通八达之处，西征大明，从都儿鼻渡辽河，路直且近；北征蒙古，二三日可至；南征朝鲜，自清河路可进；沈阳浑河通苏苏河（苏克素浒河），于苏苏河（苏克素浒河）源头处，伐木顺流而下，材木不可胜用；出游打猎，山近兽多，且河中之利亦可兼收矣。吾筹虑已定，故欲迁都，汝等何故不从！”乃于初三日出东京，宿虎皮驿，初四日至沈阳。（《清太祖武皇帝实录》第4卷）
后金汗努尔哈赤分析了沈阳在地理、政治、经济、军事和交通上的重要地位之后，认为它是“形胜之地”，便于控制整个东北地区，决定后金政治中心由辽阳迁至沈阳。从此，沈阳发展成为我国东北地区政治、经济、文化和交通的中心。
努尔哈赤迁都沈阳，后称沈阳为盛京。盛京，满文音译为穆克屯和屯，简称穆克屯。其满文体为Mukden hoton，Mukden意为兴盛，hoton意为城郭，合意译为盛京。后金迁都沈阳后，开始改建沈阳城，兴修沈阳宫殿。先是，努尔哈赤凡遇大事或宴赏，则张天幕八座，为八旗诸王大臣分列处座之所。他迁都沈阳后，住居在一座二进式宫院里，其前有宫门三楹，门内为一进院，院内正中突起高台，上有穿堂。其后，为二进院，中为正殿三楹，东西各有配殿三楹，均为悬山夹前后廊式建筑。但是，努尔哈赤为着典礼与议政之需，命将昔时设置天幕营帐之制，兴建为大政殿前之十王亭。这也是辽、金以来“帐殿”之遗意。大政殿和十王亭是沈阳宫殿的主体建筑，也是后金汗努尔哈赤进行统治的权力中心。大政殿坐北朝南，宏伟壮丽，金碧辉煌。基台周围用雕刻构件垒砌，纹饰生动，造型优美。台基上矗立朱红圆柱，正面有金色双龙盘绕，玲珑剔透秀丽，象征威严吉祥。它为亭子式八角重檐建筑，殿顶满铺黄琉璃瓦，缘镶绿色剪边，上列十六道五彩琉璃脊。这种重檐庑殿、木架结构、丹漆彩绘和五彩琉璃，是汉族传统的建筑形式。大殿内的梵文天花，又具有少数民族的建筑特点。大政殿八脊顶端聚成尖状，上面安设相轮宝珠与八个力士的宝顶，具有喇嘛教色彩。大政殿左右列署为十王亭，即右翼王亭、正黄旗亭、正红旗亭、正白旗亭、正蓝旗亭，左翼王亭、镶黄旗亭、镶红旗亭、镶白旗亭、镶蓝旗亭。大政殿与十王亭合成一组完整的建筑群。它既是后金汗与八和硕贝勒等议政的殿亭，又是八旗制度在宫殿建筑上的反映。
总之，努尔哈赤从费阿拉到沈阳，为加强和发展其统治权力而走过了漫长的历程。他进入辽沈地区后的许多重大军政，都是在辽阳或沈阳决策与实施的。其中一项就是西渡辽河，进攻宁远。