孔子的著作《春秋》完稿前一年，也就是他七十岁的时候，独子伯鱼病逝；翌年，心爱的弟子颜回去世；又过了一年，子路在卫国殉难。这一连串的打击，使他老人家有点承受不住。
自从鲁哀公西狩获麒麟以后，孔子自知不久于人世，于是便把《春秋》匆匆结束，从此搁笔。
公元前479年，也就是鲁哀公十六年，孔子七十三岁。他的健康情况已经一天不如一天，经常卧病在床。
子贡经常去照顾他。有一天，子贡又去探望孔子。孔子正拄着拐杖，站在门口像是在等待着什么人。他一见子贡来到，就对他说：“我非常想念你，我以为你会很早就来呢。”
接着，孔子叹息着唱出一首歌，歌词的大意是：
泰山就要崩颓了，
梁柱快要折断了，
哲人要像草木那样枯萎了！
孔子唱完，泪流满面。
自从颜回死后，子贡就成了孔门中最得意的弟子。他在季氏手下做事，曾出使吴国。因为孔子身体不好，他经常抽空来照料孔子。
子贡听到孔子唱出如此忧伤的歌，而且泪流满面，知道老师病势沉重，将不久于人世。做弟子的虽然心急如焚，悲恸不已，但不敢在老师面前露出哀伤的表情，免得老师更加伤感，只好强作欢颜，把孔子扶了进去。
这时候，孔子又对子贡说：“天下无道，由来已久。我走遍各国，却没有人采用我的主张。我现在已经老迈衰颓，无能为力了！”
“我昨晚做了一个梦，梦见夏代人的棺木安置在东阶上，周代人的棺木安置在西阶上，殷代人的棺木安置在正厅的两根大柱之间，而我则被放在两柱间受人祭奠。你知道，我的先祖是殷人，想必我是活不久了。”
子贡再也抑制不住，虽不敢放声痛哭，却泪如雨下，不能自已。他勉强安慰道：“夫子之道，是圣人大道，纵然今世不行，后世也必有宗法。这种梦境怎可当真？夫子虽然年老，可是精力还没有衰弱呢，何至于弃我等而去？”
七天之后，也就是周敬王四十一年、鲁哀公十六年（公元前479年）四月己丑日，在众弟子的环伺下，孔子永辞了这乱离之世，享年七十三岁。
鲁哀公接到报告后，内心感到很对不起孔子，一时之间，感慨万分，特颁赐诛辞：昊天不吊，不熬遗一老。俾屏余一人以在位。茕茕余在疚，呜呼哀哉，尼父，毋自律。
大意是说，上天不可怜我，让这位老先生多活几年以辅助我完成中兴大业，却撇下我一个人在位，孤独无依地承受一切。唉！我的尼父（指孔子），今后谁还能帮助我，我将向谁去请教啊！
子贡看了这篇吊文后，表现得非常愤慨。他说：“夫子在世的时候，不能任用他；当他去世以后，却颁诛辞大事赞扬，而且言词又多不实，不合于礼。诛辞中的‘余一人’本是天子的自称，他怎可僭越？他根本就不遵守名分。”
子贡同情孔子生时不能见用于世，故而愤加抨击。但从史实的记载看来，国君不会轻易颁赐诛辞，只有周公死时，成王颁赐诛辞这一例子。鲁哀公这一次倒确实是出于一番敬慕之情，这是可以想象得到的。
孔子去世以后，弟子们商量后，并没有把他葬到孔家的祖坟那里去，而是选择在曲阜北郊的泗水边。
孔子平日对待弟子们如同是自己的孩子，因此，弟子们也都以对待父亲的礼节服丧三年。他们在墓旁搭建草庐，在那里日日追悼老师。
匆匆三年期满，很多弟子仍不愿离去，子贡和他们又再住了三年。后来，在墓地附近又搬来不少人家，形成了一个村落，取名为孔里。
弟子们在守丧期间，将夫子平时所讲的话经过仔细地讨论辩证，然后一一记录下来，这就是留传下来的《论语》。
《论语》这部书，是孔子一生的言行实录、儒家学说之精华，由敦品为学、立身行道、处世接物，乃至治国平天下的大道组成，可谓包举无遗，说它是集中国文化之大成，并不为过。日本人对《论语》尤其推崇备至，他们曾说一部《论语》就可以治天下。在日本等地都建有巍然的孔庙，日本人对孔子的崇拜和景仰可见一斑。西方各国对孔子学说也非常重视，研究孔子学说的学者，日渐增多。
司马迁曾赞叹说：“天下的君王、贤人多得很，他们在世时固然荣华显贵，但死后则一了百了。唯有孔子，他是布衣，传了十余世，学者多宗法他。自天子王侯以下，凡是讲六艺的，都折服于他，真可算是至圣了！”
孔子的后裔都有封典，祀奉不替。当时的人尊孔圣，不敢直接称他的名讳。
唐朝开元年间，孔子被追谥为“文宣王”，弟子们也都有追赠。宋朝大中祥符元年（公元1008年），孔子被加谥为“至圣文宣王”，元朝大德十年（公元1306年）又被加谥为“大成至圣文宣王”。明朝嘉靖九年（公元1530年）被改称为“至圣先师”。清朝顺治二年（公元1645年），定文庙谥号，称“大成至圣文宣先师孔子”。十二年以后，又改称“至圣先师孔子”，一直沿用至今。
孔子的后裔，世代都接受封号。早在战国时代，孔子曾孙孔白、七世孙孔穿、八世孙孔谦即为齐、楚、魏、赵等国所争聘。
秦始皇时，九世孙孔鲋被封为鲁国文通君，拜少傅。
汉高祖十二年，封孔鲋弟孔腾为奉祀君，为孔子嫡系世袭受封之始。
衍圣公封爵始于西汉平帝元始元年，汉武帝罢黜百家，独尊儒术后，汉元帝封孔丘后人为褒成君，后历代皇帝不断加封。汉元帝封孔子十二代孙孔霸为“关内侯，食邑八百户，赐金二百斤，宅一区”。这是封建帝王赐孔子后裔府第的最早记载。
汉平帝为张扬礼教，封孔子后裔为褒侯。
汉元帝时十三世孙孔霸被封为褒成侯，除汉哀帝封十四世孙孔福为殷绍嘉侯、汉明帝封十八世孙孔损为褒亭侯、汉安帝封十九世孙孔曜为奉圣亭侯外，两汉封号仍以褒成侯为主。
曹魏改号宗圣侯。晋、南朝宋改号奉圣亭侯。
北魏称崇圣侯，北齐改恭圣侯。北周时，晋封邹国公。隋朝，文帝封邹国公，炀帝改绍圣侯。
唐初，封为褒圣侯；开元中，孔子被谥为文宣王，乃改褒圣侯为公爵，仍以文宣为号。
宋仁宗至和二年改文宣公为衍圣公，后代相沿不改。
中华民国二十四年（公元1935年），国民政府废清朝世爵，改衍圣公为大成至圣先师奉祀官，仍世袭。
2008年，末代衍圣公孔德成先生去世，“衍圣公”封爵名宣告结束，是否继续封爵尚无定论。