寺内有两座“筛海坟”，据原存阿拉伯文墓碑载，系宋末元初来华讲学的波斯人艾哈迈德和布哈拉人阿力的墓葬。
北京东四清真寺位于北京东城区东四牌楼，始建于明正统十二年(1447年)，为明代后军都督府都督同知陈友独资创建，明代宗于景泰元年(1450年)敕题“清真寺”三字，亦为北京“四大官寺”之一。
全寺占地面积约六千平方米，建筑布局分前中后三进院落，主体建筑礼拜大殿高十五米，面积四百八十平方米，可容五百人礼拜，前部为木制结构，造型古朴，殿内二十根直径半米的彩柱，饰以金荷花，中央三根横梁浮雕库法体阿拉伯经文，金碧辉煌。后部砖砌，不用木架，称无梁殿，基本保持明代的建筑结构。
明成化二十二年(1486年)，曾建一宣礼楼，毁于光绪末年，铜顶至今仍在。大殿抱厦南侧有一明万历(1573-1619年)年间碑记，上刻明太祖朱元璋赞颂先知穆罕默德的《至圣百字赞》。并藏有一部元延佑五年(1318年)《古兰经》手抄本，以及绘有阿拉伯文《清真言》的明代瓷牌等珍贵文物。
东四清真寺历来是北京伊斯兰教宗教文化活动的中心，1926年曾创办清真中学，1927年续办由济南迁北平的成达师范学校，1936年创办了福德图书馆，1947年创办了北平伊斯兰经学院。
南京净觉寺又名三山街礼拜寺。位于今南京市建康路，是明王朝“敕建”的重要的伊斯兰教寺院之一。
据传，太平天国定都南京期间，因该寺多用楠木建筑，所以，将该寺的楠木梁栋，折移建王府。清末宣统年间重建，无甚特色。原明代建筑保存下的已不多见。确知的明代建筑遗物，仅遗下砖牌坊一座，此砖坊砌造精良，年代久远，即敦实而又华丽，它的形制充分显示砖石建筑的特点，为国内所少见。明末清初，回族伊斯兰教学者王岱舆、刘智、伍遵契进行宗教学术活动，掀起汉文译着的热潮，曾与净觉寺有密切的关系。
明代重建和创建的规模宏大的清真寺，除西安化觉巷清真大寺(明代重建扩建)和南京净觉寺外，再无规模更大的清真寺。到了清代回族穆斯林创建和重建的清真大寺就很多了，山东济宁东、西大寺，广西桂林西门外清真寺，青海洪水泉清真寺，循化撒拉族穆斯林街子工大寺，甘肃兰州桥门街大寺及临夏八坊的数座大寺，这些清真寺突出的特点是大殿宏伟壮丽，是前所少有的，而尤以济宁东、西大寺为最。
山东济宁东、西清真大寺相传济宁东大寺创建于明成化年间，清康熙年间扩建重修，奠定规模，乾隆年间又扩建重修，始成今日宏大壮丽之规模。东大寺建筑的艺术风格，最突出的是它的全部建筑的高大巍峨，使人最为感赞。大寺面临大运河，河岸以石镶砌，由河岸至礼拜大殿共有四道门，显示大殿之深遂而庄重。大殿之规模宽达七间十五檩，平面呈长方形。望月楼三层高，上层为六角形。后门楼(也即二门)，三门重檐，下檐带垂柱制度。从大寺背面望去，见大殿、望月楼、后门楼及后牌楼，显示大寺重重叠落的巍峨雄伟的姿态和气势，达到了很高的艺术水平，是我国伊斯兰教木结构建筑前所未有的。如此气魄在我国其他建筑上也是少有的，它充分显示了我国古代木结构建筑的特点。
更值得提出的是大寺建筑的石工非常精致，大门前立石牌坊一座刻有狮子、羊、麒麟及山、水、花卉之物，大小额枋全刻卷草。大门三间五檩，屋顶歇山造，绿琉璃，黄剪边，有跑龙脊，左右八字墙，大门两侧又立抱鼓石一对，大门显得非常华丽堂皇，石工雕刻很精细，皆为少见的精品。
西大寺的整体建筑规模与东大寺相当，而礼拜大殿又大于东大寺，创建年代则晚于东大寺。据记载为回族穆斯林经学大师常志美(1610-1670年)于清初所创建，康熙二十年、乾隆年间以至道光初年陆续又加扩建。
相传常志美大师于清初，为济宁穆斯林邀请来济，于东大寺投帐讲学，开办大学教育(即经堂教育大学部)。当时济宁穆斯林在集体礼拜的仪式中，普遍实行联班制，即领导大众礼拜的伊玛目不独自站立于最前面，而列于大众的行列中，领导大众礼拜。常志美提倡“遵经改俗”，改革联班制，实行独班制，率众礼拜的伊玛目单列，站立于最前面。常志美的改革主张，有一半穆斯林拥护，一半穆斯林反对，济宁的穆斯林遂分为两派，为此争执不下。后来主张改革的穆斯林退出东寺，另行立坊，在济宁西隅修建了一座清真寺。这就是济宁西大寺。
西大寺最引入注目的是，它的礼拜大殿，为全国起脊式的伊斯兰教清真寺大殿中最大的一个，它的规模仅次于北京清宫太和殿，也是国内最大的大殿之一。就是在佛、道教宫殿古建筑中也是最大的建筑之一。大殿用窄而深的平面，用勾连搭的结构，表现了伊斯兰教大殿建筑的显着特点，是国内其他建筑所无。
大殿呈狭而深的“十”字平面，由四个建筑单元构成，卷棚三大间，矗立于前；前殿为五间单檐庑殿顶；中殿为七间重檐歇山顶；后殿为五间周围廊式，又将地面加高，重檐也高过中殿，总高约二十米，是为大殿的重点建筑。
大殿本来就很高，而内部又完全是砌上“露明造”，所以，大殿更加雄伟高大。进入殿内一片木柱，如入森林。柱上及斗拱、梁、枋上(原状)是全部彩饰，金碧辉煌的“旋子”彩画。木柱全用卷枝莲彩画，都是很高级的装饰。使殿内呈现出一片富丽豪华的气派。
这座大寺规模最为完备，有大门、邦克楼、左右汫堂、水房、阿訇住室、经生住室、望月楼等。大门气魄很大，面宽十三间，甚为突出，为国内其他建筑所无，它使寺院显得更加宏伟。邦克楼六角二层，寺院内部即用此楼将庭院分为内外两部，外院是四合院状，内院为一开敞而方正的庭院。
值得我们重视的是，明清时代，回族伊斯兰教不仅仅在各地城市中建造如此多的清真大寺，即使在偏僻农村荒漠山区也修建了许多宏伟壮丽的清真寺。最着名的要算青海平安县洪水泉大寺和宁夏同心清真大寺。
洪水泉清真寺位于一处海拔近3000米的深山中，清初至中叶建造最为突出的是邦克楼建筑，技术精美。邦克楼为三层楼阁式建筑，斗拱的做法，精致灵活，富于变化，上中下三层各不相同，愈上愈灵活愈华丽。连顶脊标志装饰物计算，总高二十多米，巍峨高耸，凌空独立。礼拜大殿也显得格外雄伟庄严。寺院大小木作极为精美可观，如邦克楼的六角形网状窗棂，大殿的格门雕刻，后窑殿内部壁面及天花板全是用木板镶成的。砖雕之精美也是一般建筑所少见的。迎门有砖雕照壁一座，在向门的一面，整个用六角形绣球式花瓣雕成，华丽大方。大门左右八字墙上也布满了雕刻，大殿券棚左右桶子墙上，八字墙的砖雕，也都是国内少见的精品。