回族穆斯林以及东乡、撒拉、保安各族穆斯林，属于伊斯兰教的逊尼派，教法学一贯遵行哈乃斐学派。从古代一些文献资料可看出，元代回回人中，似乎也有少数什叶派存在的迹象，并且也有苏非派的传播，但后来都逐渐融合于回族穆斯林主体逊尼派中，不复流传，也渐趋消失。因此，回族伊斯兰教内部，长时期中，无教派分化，没能产生其他宗支派别。清初以来，苏非派广泛传入甘宁青穆斯林地区，并逐渐形成许多苏非门宦(教团)。回族伊斯兰教发生教派分化，产生了苏非派，自此，未改宗苏非门宦的广大回族穆斯林，称为格迪目(即古老的，老派)派。18世纪苏非派中产生了着名的哲赫忍耶苏非派，曾被称为新教，其余苏非派和格迪目派，被统称为老教。到了清末民国初产生了伊赫瓦尼教派，被称为新兴教。后来又从伊赫瓦尼教派中，分化产生了赛莱菲耶派，实际是伊赫瓦尼的激进派。清末民国初产生的西道堂，是由北庄苏非门宦分化而形成的，有苏非派的显着影响，故有时也视为苏非派，但就其最突出的特点来看，因具有特殊的组织形态，故一般又视之为一个单独的派别。
格迪目派系回族穆斯林内部的主流派，全国50%以上回族穆斯林均为此派。
苏非派包括许多互不隶属、不同道统起源的苏非门宦(教团)，主要分布在甘宁青新四省区回族以及东乡、撒拉、保安族穆斯林地区。
伊赫瓦尼，近现代回族伊斯兰教派别之一，主要分布西北五省区和河南省。
赛莱菲耶近年来有较快的发展，信众主要分布在新疆和甘宁青回族穆斯林地区。
西道堂，即以公有制为基础的穆斯林大家庭，在甘肃省临潭县，信众不多，分堂内、堂外两个部分，共四五千人，堂内信众以公有制为基础组成一个穆斯林大家庭，到50年代，公有制大家庭解体。
二
唐代是回回民族的萌芽时期，这和伊斯兰教的早期传入一样，中国回族伊斯兰宗教制度概论是建筑在回回先民即蕃客从事的商业经济基础之上。蕃客商业活动所到之地，便是穆斯林和伊斯兰教扎根发芽之处。当时回回民族的先民基本活动于内地各大商业城市和东南沿海城市。据阿拉伯客商记述，唐末，黄巢领导的农民军攻克广州时，除杀中国人外，回教徒、犹太人、基督教徒、袄教徒，亦被杀甚多。死于此役者达12万人。尽管这个数字可能是夸大的统计，但大食波斯人为数应是不少。当年，长安有留居40年的胡客，扬州有经商20年的波斯胡客。所以，出现了“土生蕃客”的称呼，即指阿拉伯、波斯客商在居住地娶妻出生的后裔。唐时“华化”的阿拉伯、波斯人的后裔，经过学习中国文化，不少人在学术上颇有成就。如安附国、阿罗憾、李元谅、石处温等，其中尤以李殉兄妹闻名于世。李珣字德润，原籍波斯，先祖随唐僖宗入蜀，世代定居蜀中(四川梓州)，为土生蕃客，人称“李波斯”。从幼善于谈吐，还能识别矿物和古文物，“所吟诗句，往往动人”。着有《琼瑶集》。其妹舜弦亦工诗词、善画，是称誉于当时的女诗人，她的佳作在李调元所辑的《全五代诗》中还保存一部分。在唐代阿拉伯土生蕃客中更有以进士登第者。如大食国人李彦升，公元847年由宣武军节度使卢钧荐举于京师，唐宣宗准礼部主考，他竟然得了第一，轰动朝野。李彦升已采用汉姓汉名，他的阿拉伯本名不传，一定是留华较久，本人下功夫钻研中国文化才得以获此殊荣。
宋时，曾出现不少蕃客巨商，如11世纪下半期的大食商人辛押陁罗，留居广州几十年，家资甚殷，曾设想出资修筑广州城。同时，另一大食后裔蒲寿庚，曾在泉州任提举市舶达30年之久。元初又任福建“安抚沿海都置使”，执掌一定的军政大权。他的兄长蒲寿宬，曾任梅州知州，着有《心泉学诗稿》传世。据泉州《蒲姓族谱》记载，蒲寿庚“始祖蒲孟宗，西域人。宋仁宗时，二世与苏子瞻是亲戚。四世为朱熹门生。六世蒲任滨知泉州府晋江县官。卜居晋江之法石乡，夫人蔡氏，生三子。七世曰寿宬、寿毓、寿庚三兄弟”。上述材料还说明蒲家是“乐江湖而忘乡国者”，成为“华化”了的具有阿拉伯血统的中国居民了。
本世纪以来，泉州陆续发掘出数十块阿拉伯文穆斯林的墓碑。其年代多在回历400至700年间(约公元1009-1310年)。这些碑石的墓主大多是定居泉州，亡故于此的。他们当中有商贾、传教士、贵族，还有妇女和儿童，说明蕃客已在当地结成了亲缘关系，或有了后代。
上述蕃客及其后裔，虽然总的说来仍属于侨居状态，但自唐五代至宋末，历经五六百年的绵延发展，他们已广泛接受了中国传统文化和相应礼俗的影响，成为后来形成回回民族共同体的来源之一。
应该说，回回民族的主要来源，则为13世纪，成吉思汗西征后而东迁的中亚细亚人、波斯人和阿拉伯人，以及当时东西商道畅通纷纷东来的商人。这些人士大多信仰伊斯兰教，在元代官方文书中通称为“回回”。
“回回”这一名称，最早出现在北宋的《梦溪笔谈》一书中，指的是唐代以来居住在安西(今新疆南部和葱岭以西部分地区)一带的“回纥人”(“回鹘”人)。“回回”和“回纥”、“回鹘”音近，可能是后者的转音或俗写。南宋时有的文献提到“回回”和“回回国”，在含义上除包括唐代所说的“回纥”、“回鹘”外，还包括葱岭以西的一些民族，这些都和元代所说的回回含义不同。元代的“回回”人是指当时来华“色目”人中的主要部分，即信仰伊斯兰教各民族穆斯林，后来他们自己也就接受，而以“回回”自称。同时，由于中原各地先后归入元的版图，唐宋时来华定居的“土生蕃客”，亦信仰伊斯兰教，均又称为“回回蕃客”，当作“回回”人的一部分。因此，回回民族就是以13世纪初叶开始东来的中亚细亚信仰伊斯兰教各族人以及波斯人、阿拉伯人为主，吸收了汉人、蒙古人、维吾尔人成分以及土生蕃客等成分，经长期融合、充实、发展而形成的一个新民族。
从经济方面看，元代“回回”人大都以“探马赤军”的组织形式在甘肃河西、宁夏、山东和河北这一带屯聚牧养。此后，又有大批回回军士解甲转入农牧业生产，就地落户入籍。与此同时，迁徙东来的还有大批回回工匠、商人，他们多半定居在城市和交通要道。由于绝大部分回回从事屯戍和从事手工业、商业，因此逐渐形成了共同的经济生活。
从居住地域看，由集体屯戍以及回回每到一地必定建筑清真寺，形成环寺居住的格局，往往成为一个新村落或聚集为大村庄的一部分。同样，在城镇内，回回也集中在一两条街上。于是，就显露出大分散中有小聚居的回回分布特点。在城乡这些分散的聚居点的基础上形成了无数的教坊。
从政治方面看，回回“探马赤军”和被迁东来的许多回回贵族、官员、学者以及回回商人，由于政治待遇较高，对元朝统一中国、国家建设都作出了一定贡献，特别是回回上层曾参与政治活动，有利于回回的发展。
从思想方面看，元代回族处于民族孕育阶段，还没有立即形成民族共同体。因此，民族的意识也处于构建过程中。但是，回回原先都有一个共同的思想基础，即一致信仰伊斯兰教。广大回回军士和工匠处于封建政权的下层，尽管彼此来自不同地区，但同为穆斯林，有共同的宗教信仰，这就为日后回族形成共同心理状态提供了重要条件。从回回上层来看，他们为了求仕晋宦，比较热衷于接受中国封建礼制和价值观念，对宗教往往采取实用主义的达变态度。
如果说元代是回回民族的孕育时期，那么，明代则是回族形成的关键时期。当时，甘肃和陕西已是回族的主要聚居区域。在宁夏，明初以来又不断有大批回回以归附者的身份被安插在灵州、固原一带。日后发展为全国最大的回族聚居区。在云南的回族也有了新的发展，少数居住城镇，多数定居乡村。在东南沿海和运河两岸的不少地方也都有回回居住，有的是元时在这里定居的，有的相传是明成祖时从外地迁来的。从运河边的济宁西出曹州一直到河南境内的开封、洛阳，并西抵陕西，在这一条线上都分布着回回。此外，在北京、南京、安庆、武昌和江浙、湖广的广大地方，也都有回回散居其间。
当时，回回的主要特点是回族村庄发展显着。其中因军屯和官屯田庄而形成的占一部分。此外，还有不少回庄是由于当地或附近回回人口繁衍而逐渐形成的。回回的另一个特点，在明代依然凭借善于经商而着称。洪武二十三年(1390年)的谕旨就特别提到回回商人的频繁贸易往来。“如过关津渡口，不许阻滞。”明宣宗(1426-1435年)也说过：“回回人善营利。”因回回商人有经营珠宝业的传统，明代就有“回回识宝”的说法。那时，从事屠宰的回民很多，北京宣武门外以宰牛羊为业的回民就有上万人之多，后来也就成为回民的传统行业。明代回回手工业情况虽缺乏详细记中国回族伊斯兰宗教制度概论载，但也知道有制香料业、制药业、制瓷器业等行业。如北京“香儿李家”，从明代以来，祖传制香有几百年。北京王回回膏药和马思运药锭都是从明代开始的。瓷器方面则有“回青”的兴市，烧制的器皿上有阿拉伯文字和几何图案。
明代回回经济的发展，同时伴随着人口的增长和“大分散、小聚居”地域特点的发展。那时，回回一方面继续吸收新的成分，另一方面，各种不同来源的回回逐渐融合，促使一个新的民族共同体日趋成熟。其中，汉族在回回新吸收的成分中所占比重很大。洪武五年诏书规定：“蒙古色目人现居中国，许与中国人结婚姻，不许本类自相嫁娶。”违犯者，“男女没官为奴，父母流放”。虽说雷厉风行，然而在实际生活中，不可能完全行得通，反而为回汉通婚创造了便利条件，促进回族人口的繁衍增加，扩大了回回共同体。泉州《林李宗谱》在提到明代色目人之多时，又指出“其间有色目人者，有伪色目人者，有从妻为色目人者，有从母为色目人者”。说明当时不只汉女嫁回男可以归入回回，汉男娶回女，也可以成为回回了。维吾尔人是明代被吸收入回回的另一重要成分。15世纪30年代明英宗先后迁调甘州、凉州“寄居回回”1749人于江南各卫，迁调在凉州的“归属回回”702人于浙江，这些成员原先都是维吾尔人。
经历了元代的孕育，至明代中叶，回族作为一个民族共同体的特征，就表现得越来越明显。第一，回回普遍以汉语作为共同语言。《泉州丁氏族谱》记载嘉靖十五年(1536年)事务时提到，当时回回不懂阿拉伯文《古兰经》的字义。万历三十七年(1609年)《重修清净寺碑记》，也说到《古兰经》虽还“未经汉译”，但东南沿海已出现了一些宣传伊斯兰教义的汉文读物。第二，回回的民族情感已经产生。明代不少记载都谈到了“党护族类”，“行赉居送，千里不持粮”的情况。第三，明代官私记载中对于“回回”的称呼含义与元代显然不同。元代所说“回回人”泛指许多种民族的穆斯林，明代说的“回回”是指一个具有共同经济文化和语言的人们群体，没有了包含许多种民族在内的意思。
至明末清初，各地回族获得更明显的发展。乾隆四十六年(1781年)署理陕西巡抚毕沅在奏折中陈述：“查陕省各属地方，回回居住较他省为多。”“回民多聚堡而居，人口更为稠密。西安城内回民不下数千家。城中礼拜寺共有七座”。渭河两岸，到处分布着回回村庄。甘肃东部，自“宁夏至平凉干余里，尽系回庄”。而天水、秦安、临夏，以至张掖、酒泉、安西一带，也成为回族聚居的地区。
从经济上看，当时回民主要从事农业生产，其次是经营畜牧业和商业。生产水平和汉族差不多，田间管理也较细致。在宁夏地区，回汉人民一起兴修水利或整修渠道，发展了灌溉事业，像大清渠、惠农渠、七星渠都是清代回汉人民开凿的。着名的唐徕渠、汉延渠等，也在这一时期进行了整修和扩建。“天下黄河富宁夏”的赞誉，就是历史上回汉民族人民善于利用黄河水利并同“河崩沙压”的自然环境进行艰苦斗争换来的。在云南，从18世纪中叶起，回回逐渐发展，昭通、会泽、巧家、大理、保山等遍布回回村镇。清代的云南，成为仅次于西北的第二个回民大聚居区域。云南回回除了主要经营农业外，还有较发达的商业贸易和对铜、银、盐等矿产的采冶。
国内大城市里，回族人口也已明显增加，并出现了回族聚居的街道。在沿海城市中，回回仍保持过去的传统，从事珠宝、饮食等行业。而宁夏石嘴山、甘肃兰州、陕西、河南、山东等地，还发展成回民皮毛工业集散地。
从政治上看，明末清初回族的社会待遇基本和汉族相似，除了传统的民族偏见外，没有明显的压迫迹象。清朝前期，官方对伊斯兰教尚能采取宽容政策，多次驳回朝臣查禁伊斯兰教的奏折。从回族学者马注当时编写《清真指南》的经过及成书后“欲献上览”的情况看，康熙皇帝曾欲了解《古兰经》内容，并对伊斯兰教表示关注。不管此事的可靠程度如何，但基本事实是伊斯兰教有相对活动自由。在这一时期国内新修建相当数量的清真寺，并有一些穆斯林相继出国朝觐。