回族伊斯兰教，在明王朝闭关锁国的政策下，禁止人民出关出海。数百年中，回族穆斯林与伊斯兰教世界长期隔绝，自己在一种封闭状态中传衍发展，某些方面形成一些差异。谢赫马来迟朝觐游学归来，在他的传教活动中就指出这种差异的错误，提倡改革，这也是他传教成功，获得大量的信众的一个重要因素。史载河州地方在每年两次会礼中，穆斯林先上寺举行会礼，然后再行开斋，称为后开派。马来迟游学阿拉伯归来后，对此则提倡先行开斋，然后再上寺举行会礼，称为前开派。他又在结婚和丧葬中，以“冥沙勒”代替习惯在清真寺举行的诵经仪式，从而简化了仪式和减少了开支。
谢赫马明心回国后的传教活动中，比谢赫马来迟更富有改革和革新的精神，所以，谢赫马明心的新宗教就具有更大吸引力，他的宗教势力很快胜过马来迟华寺门宦的势力。马明心不但在格迪目派信众中获得大量积极追随者，马来迟的华寺门宦和其他苏非门宦的信众，也纷纷改宗马明心的新宗教。
谢赫马明心的道统得自也门乃格什板迪耶道堂的谢赫穆罕默德·伊本·载尼，据称他曾经是麦地那学者集团的主要创始人伊布拉欣·本·哈桑·库拉尼的弟子。库拉尼也是一位很有影响的乃格什板迪耶苏非派成员。麦地那学者集团和他的门弟子，都在传播伊斯兰教的革新运动。马明心继承了这种传统，回国后在回族伊斯兰教中推行宗教革新运动。
马明心时代，甘宁青伊斯兰教盛行世袭的伊玛目制度；宗教仪礼受汉文化影响而日益风俗化；特别由于苏非派广泛传播，形成了不少门宦势力。河州地方原来只有一个门宦，到马明心回国时，已发展到七、八个门宦，门宦谢赫都实行世袭制，教权主义日盛，并且渐渐兴起了圣徒圣墓崇拜之风。
马明心回国后在他的传教活动中，便针对回族伊斯兰教的这种情况，提倡改革宗教，积极推行宗教革新运动。马明心反对强征天课，提倡革除汉化仪礼习俗，主张为教众诵经不收取任何报酬；过尔曼里(做善事)不宰牛羊设席，而以果碟代替。即为教众诵经罢，主人上几碟干果或水果即可，不再备饭设席招待阿訇。主张门宦传教者的继承人，传贤不传子，反对家传世袭，反对建造和崇拜拱北，对教坊清真寺的掌教，也主张由教众自由选聘，反对委派和世袭制。马明心推行宗教革新，在官书文献中也有许多记载，《甘宁青史略)说：“马明心自西域归，慨然欲革除门宦。意谓道者公也，岂为一家私有？教规者随时变通者也，不宜胶柱鼓琴……入其教者皆有周济，附之者愈众，反盛于马来迟之教。”又据《清实录》载称：“近闻旧教念经，须用羊只、布匹，所费较多；而新教念经，仅取忏钱五十六文，是以穷民愿归新教者较多。”(《高宗实录》，卷一三四一，八一九页)马明心的宗教革新，反映了回族、撒拉、东乡各族穆斯林大众的要求和利益，所以他的新教一经产生，就受到他们的欢迎和拥护，纷纷归信他的新教。
谢赫马明心的道统，得自阿拉伯乃格什板迪耶苏非派。但是他与我国新疆苏非派，特别是黑山宗苏非派(乃格什板迪耶高诵学派)有着密切的关系，存在着黑山宗的影响。马明心前往阿拉伯朝觐游学路程，有两种说法，一说由海路而往，由陆路而归；一说是往返皆取陆路。不论哪种说法是，马明心由陆路前往阿拉伯或回国总要经过叶尔羌、喀什噶尔、布哈拉等地。据清朝官书文献载称：“从前马明心亦不过因曾至叶尔羌、喀什噶尔地方学回经，遂在甘肃设立新教。”所以，马明心在这些地方，曾居留过一段时期或较长的时期。马明心自出国至回国期间，新疆白山宗的首领阿帕克霍加早已去世，白山宗在南疆的统治也已为黑山宗的起义彻底推翻。黑山宗的势力转败为胜，在南疆占据统治优势。马明心在叶尔羌、喀什噶尔地方“学回经”，必然从学于苏非派黑山宗。如果马明心由海路出国由陆路回国，那么他在也门道堂接受了乃格什板迪耶高诵派的教旨，途经布哈拉、喀什噶尔、叶尔羌等地，又进一步求学于同宗的黑山宗，受到黑山宗的教育，回到家乡传播阿拉伯乃格什板迪耶和黑山宗高诵迪克尔的苏非学派。如果马明心前往也门求学往返皆取陆路，那么，他所创始的这个新派，同新疆黑山宗的道统关系就更密切了。说不定马明心的这个新派首先受传于新疆黑山宗。马明心在新疆喀什噶尔和叶尔羌等地，先就学于新疆黑山宗的道堂，后来前往麦加朝觐中，又到也门乃格什板迪耶道堂，投师于谢赫载尼得到深造，接受依札孜，回国传教。他产生后不久，就受到清朝政府的野蛮压制和迫害，企图消灭禁绝，使他几次遭到毁灭性的打击。但是与清朝统治者的愿望相反，在清朝政府的高压政策面前，哲赫忍耶穆斯林无畏无惧，不屈不挠，顽强反抗斗争，不但未被消灭，终至发展为我国西北伊斯兰教中势力最大和最有影响的一支苏非派，在西北穆斯林中拥有大量的信众，同时，他也传播到全国其他许多穆斯林地区。
凉州庄——洪门门宦的道统与印度乃格什板迪耶教团有着一定联系。16世纪末，中亚乃格什板迪耶苏非派的一位“游方圣人”瓦加·巴吉·比拉云游到印度，在印度建立了很有影响的乃格什板迪耶苏非派教团。他逝世后，便由他的大弟子，被誉为“信仰的千年复兴者”、希尔信德大长老阿赫默德·冉巴尼继承了教团的穆勒什德，他的教义学巨着《买克图巴提》，既为神秘的真理辩护，又积极维护了“舍勒尔提”教法，在南亚、中亚以及东亚穆斯林中有着深刻的影响。到18世纪中叶，印度乃格什板迪耶教团冉巴尼六传弟子依合万·里·阿(Ikhwan al-khari Ahund)进入新疆，先在和田一带传教，1760年前后又到阿克苏、库车一带传教，在温宿阿印科地方建立道堂(新疆穆斯林称为“吐鲁克”即“妥勒盖”的复数)。他在阿克苏、库车一带传教时，传授了一批弟子，有五个被封授为海里法。其中有一个是甘肃安西县大湾的回族穆斯林，姓名不清楚，道号为苏丹·阿兰，后来他被尊称为安西大湾太爷，奉命回到家乡传教。他也传授了五个海里法，这样凡七传，至宁夏同心谢赫洪海儒时，形成了洪门门宦。洪门门宦穆斯林，尊奉谢赫阿印科为第一代道祖，称为阿印科道祖，为洪门苏非门宦的始传者。近年来新疆学者研究指出，谢赫依合万·里·阿在阿克苏一带传教时，约于1760年前后，收了清军驻防阿克苏的干总马方(回族穆斯林)为弟子，从而后来在回族穆斯林中形成了这支苏非系统的几个门宦；诸如新疆吐鲁番的西道堂、青海大通的凉州庄门宦、兰州碱沟井门宦、宁夏同心的洪门门宦等，均属之。据此，前面所讲的道号苏丹·阿兰被尊称为安西大湾太爷者，就是马方了。
从19世纪开始到本世纪50年代，甘宁青又有一些穆斯林游学新疆，或前往麦加朝觐途经新疆游学，返回家乡后传播苏非主义，产生和形成了许多新的苏非门宦。