对宗教组织和经堂教育的改革，伊赫瓦尼维新运动不仅提倡凭经立教，对宗教功课、礼仪制度进行遵经革俗的革新活动，同时，试图改革回族伊斯兰教传统的教坊组织和经堂教育制度。
在青海和甘肃部分地区，已改变互不隶属的教坊，恢复海乙寺坊，实行三级寺坊制，建立统一的领导中心。青海在马步芳统治时期，马万福以西宁东关大寺作为伊赫瓦尼的总寺，亦称总海乙寺。它占地11940平方米，其中大殿面积为1120平方米，大殿内可容纳三千人礼拜，是青海省最大的清真寺。实行董事制，由董事会管理该寺事务，由教长(伊玛目)负责宗教事务。教长兼任“宁海回教促进会”副董事长职务。该寺办有规模较大的经堂学校，常年在寺学习的满拉，中学班有七十多人，大学班有五十多人。此外有时还开办在职阿訇培训班。每期学习一年左右。培养出来的阿訇，由东关大寺派往各清真寺开学。当时青海和临夏有约一千多座清真寺。各寺的开学阿訇或由西宁东关大寺直接选派，或当地选任报经西宁东关大寺批准，方可聘请。非伊赫瓦尼派的阿訇，一般不能在这些清真寺开学。在这一千多所清真寺中，西宁东关大寺又指定若干寺为下设的海乙寺，每星期五的聚礼、一年两大会礼，均在各海乙寺举行。其余为一般清真寺，即稍麻寺，作为海乙寺的属寺，受海乙寺管辖。但开学阿訇均由总寺委派。
由于伊赫瓦尼极力提倡天课制度和“卧格甫”财产制度，所以他的清真寺的收入一般比较固定。主要经济来源有“则卡提”、“卧格甫”(宗教基金)，“尔德·菲图尔”和“寺费捐”(学粮)等。马步芳曾一次向西宁东关大寺捐赠“卧格甫”五万元作该寺基金。该寺将这笔巨款借贷给当时西宁市商会会长赵墨林经营取息。其他经济收入，该寺也以三分计息，贷款放给附近商人和上层人士。所取的收入，均作为寺产基本收入，支付清真寺日常开支，解决阿訇、满拉的生活用费、水房燃料、灯火费等。其他各地伊赫瓦尼清真寺，一般也比其他教派占有为数更多的土地和房产，藉此收取地租和房租，或由教众无偿耕种，产品归清真寺。
在宁夏，马鸿逵曾根据伊赫瓦尼派的建议，从30年代中期开始，以改革“聚礼”为手段，也推行“海乙寺”制度。马鸿逵在其编着的《十年来宁夏省政述要》中说，聚礼的意义本来是“以化散为整，聚会大众之精神命脉于一致为依归”，而宁夏地区“一区之内三五家各自成坊，一望之中，十百步栉比建寺，各标门户，互争雄长，不惟自毁集团，亦且重违经训”。因此授意中国回教协会宁夏分会制定了联合聚礼办法，在全省强制推行。联合聚礼办法规定：城镇农村均以建筑最早的清真寺为联合聚礼的场所，凡该寺五里范围之内的穆斯林，都要归并到这所清真寺举行聚礼。领导聚礼的伊玛目，由这个范围内各寺的开学阿訇轮流担任。联合聚礼时，各寺的阿訇不准无故缺席，参加联合聚礼的各坊，也不准中途退出，否则以破坏宗教论处。但由于宗教成见根深蒂固和传统势力的阻挠，这种联合聚礼制度在川区穆斯林中只实行了一个时期，在山区还未来得及推行就逐渐自行流产了。
伊赫瓦尼维新运动，也很重视加强经学教义研究，提高经堂教育教学质量。在宁夏，从1934年开始，马鸿逵在银川办了宁夏私立省垣中阿师范学校，该校在中大寺设有“阿訇研究班”，又在吴忠东大寺设立了“宁夏私立河东中阿师范学校”。后来两校又改名为“阿訇高级讲习所”，招收年轻在职阿訇研习伊斯兰教经典，先后聘请伊赫瓦尼着名阿訇虎嵩山、王自忠、王静斋、马振东、李诚忠、王世龙等人主持校务工作或讲学。在青海，以西宁东关大寺为中心，也开展了类似的研讨经典活动。其中规模最大的一次是在1941年。当时由马祥臣发起，组织了由青海、甘肃十四名阿訇参加的宗教研究班，集中研究伊斯兰教经典、教义、教法。
回族伊斯兰教传统的经堂教育，只注重阿拉伯文和波斯文的学习，而忽视了汉文的学习。把学习汉文看作是经生个人自学的事情。马万福在传教时期，也不重视经生的汉文学习。30年代起，在回族新文化运动的影响下，伊赫瓦尼经堂教育也开始重视汉语文的学习。宁夏两所中阿师范学校，除设有宗教学课程外，还开设国文、数学等课程。宁夏着名伊赫瓦尼经学家虎嵩山还用自己的切身体会说明：“通过阅读汉译经典，对于研究宗教教义更能收得事半功倍的效果。”其他地区伊赫瓦尼的经堂学校，也多加授汉文课程。故后来伊赫瓦尼教派的阿訇一般都具有一定的汉文基础。
伊赫瓦尼教派在其维新运动中也重视经籍翻译和汉文着述。其特点是注重实用，通俗易懂。在这方面，宁夏的伊赫瓦尼经学家译着较多。虎嵩山着有《阿文文法基础课本》、《波斯文法精华》、《中阿要汇》、《中波要汇》四部供经堂教育使用的工具书。前两部是对经堂教育传统课本“连五本”、《遭伍》的简化和修订。将原来教材中阿波两文注释的地方全部改写成阿文，并用汉文详加说明，对原来缺陷的“字根”、“动词”等作了补充和校正。后两部是供经生和教职人员使用的文字工具书。这四部着作流行于西北，在经堂教育中产生了一定的影响。虎嵩山还编写有《伊斯兰教三字课本》、《月论释难》、《教律摘要》、《文法摘要》、《亡人赎罪问题》，与苏盛华合译了《拜功之理》，苏盛华着有《伊斯兰教宗旨》，王世龙着有《朝觐须知》，杨干卿译有《伊斯兰入门》，虎学良着有《伊玛尼问答实说》、《回教女子三字经》等，多以通俗歌诀形式，宣传伊斯兰教基本常识，从而使一般回族穆斯林群众，对伊斯兰教基本精神有了较系统深刻的了解。
伊赫瓦尼维新运动有其鲜明的特点，它十分强调教乘功修。教乘功修就其宗教意义讲，属于穆斯林在后世得到解脱的宗教功干，但与某些以遁世哲学为核心的苏非道乘功修来说，又更接近于现世的积极生活。所以，伊赫瓦尼维新运动的社会作用，并不限于宗教范围。17世纪初开始，中亚苏非神秘主义传入甘宁青回族地区，随之出现了回族伊斯兰教史上的第一次教派分化运动。在持续近三个世纪的分化过程中，出现了许多大大小小的苏非门宦。尽管各苏非派别传入的具体形式、各个门宦产生和形成的具体原因不尽相同，但有两点是十分清楚的：一是就回族穆斯林社会内部来说，苏非门宦的兴起往往都以简化传统的宗教形式，反对其沉重的经济负担及宗教特权制度的面貌出现；二是反对中国封建政治制度及其御用官吏对回族穆斯林的压迫和歧视。当这种矛盾难以调和时，便表现为激烈的教派冲突和以某些地区各教派穆斯林联合反封建民族压迫的武装斗争。由于种种原因，这些斗争不可避免地都归于失败。这些苏非门宦也日渐流于世俗化，从而走向了其早期教义的反面，失去了进步意义。伊赫瓦尼的产生和伊赫瓦尼维新运动，构成了回族伊斯兰教的第二次教派分化运动。这次教派分化运动不仅仅限于西北回族、东乡族、撒拉族、保安族穆斯林地区。而且波及全国回族穆斯林地区。所产生的影响和作用，也远远超过了第一次教派分化运动。继承和发扬了第一次教派分化的积极精神，为回族伊斯兰教的生存与发展注入了新的因素。它倡导的重视教乘功修的原则，实际上起到了促使回族穆斯林从消极遁世、逃避现实的悲观自我封闭状态，回到不仅重视后世，还要敢于面对现实，放眼社会、放眼世界的开放状态的积极的现实中来。他所倡导的“遵经革俗”，就宗教本身讲，是一场伊斯兰教维新运动，就其社会作用讲，则是一场反对封建礼俗制度的运动。
伊赫瓦尼毕竟是一种宗教派别，这就决定了它的维新运动的历史作用的局限性。在甘宁青地区，伊赫瓦尼的某些宗教主张顺应了西北新兴的回族统治阶级的要求，从而得到了他们的扶植，改变了伊赫瓦尼的宗教社会地位。在这种条件下，新兴的西北回族统治阶级，在一定程度上左右了伊赫瓦尼维新运动，伊赫瓦尼教派的一些上层人士也不同程度地依附于这种政治势力，从而使教派矛盾更加复杂化。宗教的主张和口号带上了政治色彩，激化了教派矛盾，在一些地区引起了不应有的械斗事件，使不少回族穆斯林死于非命，也严重影响了回族穆斯林内部的团结。这种过激行为，既不符合“穆斯林皆兄弟”的宗教意志，更不利于回族穆斯林社会的发展。这种血的历史教训，是需要认真吸取的。