1949年，随着新中国的建立，回族、东乡、撒拉、保安各族穆斯林，和全国其他各民族一同得到解放，获得了新生。回族、东乡、撒拉、保安各民族，被国家分别正式承认为几个单独的民族共同体。自此，确立了自己的民族地位，各自成为祖国民族大家庭中自由平等的一员，结束了民族歧视和民族压迫的历史。回族的伊斯兰教信仰，同样受到国家的尊重和保护，伊斯兰教与基督教、天主教以及佛教、道教成为新中国并存的五大宗教。在旧中国，由于对伊斯兰教和回族缺乏了解，一直把伊斯兰教称为“回教”，把新疆维吾尔等民族穆斯林称为“缠头回”。1956年6月2日，中华人民共和国国务院发布《关于伊斯兰教名称问题的通知》：“伊斯兰教是一种国际性的宗教，伊斯兰教也是国际通用的名称”，因此，规定：“今后对伊斯兰教一律不要使用"回教"这个名称，应该称："伊斯兰教"。”这样，便恢复了伊斯兰教准确的称谓，受到广大穆斯林的赞同和拥护。从50年代末期起，伊斯兰教同其他各宗教，曾经历了一段艰难曲折的里程。到80年代，伊斯兰教又进入了正常传播和发展的历史阶段，进入了一个新的兴盛时期。
国家对待人民的宗教信仰问题，实行一项全面的宗教信仰自由政策，中华人民共和国的公民都享有宗教信仰自由的权利，国家采取尊重和保护宗教信仰自由的政策。每个公民既有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由；有信仰这种宗教的自由，也有信仰那种宗教的自由；在同一宗教里面，有信仰这个教派的自由，也有信仰那个教派的自由；有过去信仰宗教而现在不信仰宗教的自由，也有过去不信仰宗教而现在信仰宗教的自由。宗教信仰问题要使公民有自己选择的自由，成为公民个人的私事。社会主义国家政权既不推行某种宗教，也不禁止某种宗教。同时，也不允许宗教干预国家行政、司法、学校教育或社会公共教育。总之，要使全体信教的和不信教的人民联合起来，集中意志和力量，把我国建设成为一个现代化的社会主义强国。宗教信仰自由的政策，是中国共产党根据马克思列宁主义的基本理论所制定的，既符合全体人民的利益，也符合国家的利益。
早在民主革命时期，在中国共产党领导的解放区，就实行宗教信仰自由的政策。在中国工农红军二万五千里长征途中，特别是路经少数民族地区时，严格地执行了党的民族政策和宗教政策，十分尊重少数民族的风俗习惯和宗教信仰。红军到达陕北以后，在1936年5月25日发布的《中华苏维埃中央政府对回族人民的宣言》中规定：“我们根据信仰自由的原则，保护清真寺，保护阿訇，担保回民信仰的绝对自由。”抗日战争胜利的前夕，毛泽东同志在《论联合政府》的报告中再次指出：“根据信教自由的原则，中国解放区允许各派宗教存在，不论是基督教、天主教、回教、佛教及其他宗教，只要教徒们遵守人民政府法律，人民政府就给以保护。信教的第二十二章当代回族伊斯兰教发展特点和不信教的各有他们的自由，不许加以强迫和歧视。”在中华人民共和国成立前夕，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过的《中国人民政治协商会议共同纲领》总纲第五条规定：中华人民共和国公民有宗教信仰自由的权利。
中华人民共和国成立后，1954年第一届全国人民代表大会通过的我国第一部宪法及以后历届全国人民代表大会通过的《中华人民共和国宪法》，都就公民有宗教信仰自由，作了明文规定。这一政策的贯彻执行，使信仰伊斯兰教的穆斯林真正享受到了宗教信仰自由的权利。清真寺、道堂、拱北得到妥善保护，在穆斯林群众的三大节日(开斋节、古尔邦节、圣纪节)，期间供应特需的粮油，节日食用的牛、羊免征屠宰税，对信仰伊斯兰教的国家职工，在节日放假，照发工资，并发给过节费。广泛团结伊斯兰教爱国爱教人士，他们中有的当选为全国及各级地方人民代表大会的代表，有的被推荐为全国和地方政治协商会议的委员，一些代表性广泛，影响较大的宗教人士，还在各级政权机关担任领导职务。成为中国共产党领导下的爱国统一战线中的一个重要组成部分。
但是，自1957年到“文化大革命”前夕，这十年中，在当时全国总的政治形势的影响下，宗教也不可避免地受到“左”倾错误的冲击，使党对宗教的工作逐步偏离了正确轨道，遭受了严重损失。
1957年底，“反右”斗争在全国开展以后，阶级斗争扩大化的错误也延伸到宗教界。继河南、河北两省在阿訇中进行了反对右派分子和反对坏人坏事的斗争，在以北京、天津、甘肃、宁夏、青海、山东等地为重点的各回族聚居地区的阿訇中，以座谈会的形式普遍推广，展开“反右”斗争。1958年，在回族伊斯兰教和藏传佛教中，大张旗鼓地开展了以废除宗教封建特权和压迫剥削制度为主要内容的宗教制度民主改革运动。
回族伊斯兰教形成、发展于封建压迫剥削制度集大成的封建主义社会，在其宗教制度、生活制度及其社会习俗等方面，不可避免地打上了封建社会的烙印。改革回族伊斯兰教中与社会主义制度不相适应的封建压迫剥削制度在当时的历史条件下是必要的，是有利于回族社会进步的，在一定程度上也反映了回族穆斯林的要求。但是，任何改革都是一个渐进的过程，尤其宗教是远离经济基础的上层建筑，是属于意识范畴。而“意识的一切形式和产物不是可以用精神的批判来消灭的”。采用急剧的政治运动，用行政命令的手段解决处理宗教问题，特别是在当时“左”的错误严重泛滥的形势下，阶级斗争扩大化的错误必然要反映到这场运动中来。
1958年到1959年，宁夏、甘肃、青海等省区在这场运动中，严重混淆了两类不同性质的矛盾，以“反革命罪”、“反革命预谋叛乱罪”逮捕法办了一大批阿訇和回族群众，有许多回族干部也受到株连；混淆了封建压迫剥削制度和宗教信仰方面的界限，干涉和限制了回族穆斯林的正常宗教活动；结合运动进行合坊并寺，各地保留下来的清真寺，只有10%左右，而且有些也是名存实亡；强迫回民养猪、剃胡子、放辫子，不准给亡人裹“卡凡布”等，严重违反了党和国家的民族政策和宗教政策，极大地伤害了回族穆斯林的感情，严重破坏了民族团结和党群关系。
1964年至1966年的“社教”运动中，强调开展宗教领域的阶级斗争，“左”的错误不断升级。有些地方对一些宗教上层人士进行了公开点名批判，有的地方让阿訇现身说法，批判宗教，发动回族群众诉宗教压迫之苦。有的地方搞“无宗教县”、“无宗教区”的试点，胁迫人们放弃宗教信仰，动员回族穆斯林声明退教，强迫回式养猪，把被迫养了猪的人当作“新生事物”、“进步表现”大加宣传，粗暴地干涉了穆斯林的宗教信仰和宗教生活。
“文化大革命”期间，林彪、江青反革命集团出于反革命罪恶目的，全盘否定建国以来党对宗教问题的正确方针，根本取消了党的宗教工作，妄图一举消灭宗教。在“横扫一切牛鬼蛇神”的口号下，以“破四旧”为名，拆寺庙、烧经、扒坟、游斗和迁赶宗教人员，强行禁止信教群众的正常宗教活动。全国的清真寺、道堂、拱北都被关闭，不少重点保护的清真寺、文物古迹也被破坏，许多伊斯兰教的经典和文史资料也被焚毁或散失了。信仰伊斯兰教的一些少数民族的风俗习惯，也视为“宗教迷信”强行加以干涉或禁止；一些宗教用品也被当作废铜烂铁强行收购销毁；把教职人员，甚至信教群众视为“牛鬼蛇神”，当作“专政对象”，歧视迫害，被游斗、抄家、迁赶、判刑，制造大量冤、假、错案，有的甚至被迫害至死。例如云南省的沙甸事件，河北省的“伊玛尼党”，宁夏回族自治区同心的“万人油香大会”、“灰条沟事件”，贵州省平坝县的“清真反共党”等案件。
1976年10月，中国共产党粉碎了江青反革命集团，从危难中挽救了党，挽救了国家。各级政府解放思想，拨乱反正，贯彻落实宗教信仰自由政策，恢复了党对宗教问题的正确方针和政策。
1982年3月，中共中央发出了《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策》的文件，系统地总结了建国以来党在宗教问题上的正反两个方面的历史经验，阐明了党对宗教问题的基本观点，重申了党和国家的宗教信仰自由政策。
1982年中华人民共和国第五届全国人民代表大会会议通过的《中华人民共和国宪法》第三十五条对我国宗教信仰自由政策，又进一步作了全面充分的规定，保护宗教信仰自由和宗教活动：
中华人民共和国公民有宗教信仰的自由。
任何国家机关、社会团体和个人不得强制公民信仰宗教或不信仰宗教，不得歧视信仰宗教的公民或不信仰宗教的公民。
国家保护正常的宗教活动。任何人不得利用宗教进行反革命活动，或者破坏社会，损害公民身体健康，妨碍国家教育制度的活动。
宗教不受外国的支配。
《中华人民共和国刑法》第四章《侵犯公民人身权利、民主权利罪》第一百四十七条中规定：
国家工作人员非法剥夺公民的正当的宗教信仰自由和侵犯少数民族风俗习惯，情节严重的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
此外，在《中华人民共和国民法通则》第五章第七十七条，就宗教团体的合法财产也作了规定：社会团体包括宗教团体的合法财产受法律保护。
这样，便将宗教信仰自由政策以法律形式固定下来，从法律上保障宗教信仰自由政策的贯彻执行。
在党和国家的正确宗教理论和方针政策指引下，各省(市)、自治区党委和人民政府大力贯彻落实了宗教政策。自1980年以后的几年中，在全国开放了清真寺、道堂、拱北约3万多座，就总数来说已大大超过了解放初期。对那些在历史上有较大影响，具有一定文物保护价值的清真寺，人民政府逐年拨出巨款予以修葺，有相当一部分着名清真寺分别列入了国家或省(市)、自治区级重点文物保护名单，有的被列入了国家重点宗教活动场所。对历次政治运动中受到打击的回族伊斯兰教界人士和穆斯林的冤假错案全部平反，并在经济上经予了适当补助。1958年被错划为右派分子的伊斯兰教界人士，给予平反昭雪，“文革”期间被查处的伊斯兰教界人士的财物、存款，大都根据政策予以追回，没有追回的得到了适当处理。一大批爱国爱教、在穆斯林中颇有威望的伊斯兰教界代表人物，被选为各级人民代表大会、政协、伊斯兰教协会及青年联合会的代表或选拔担任委员、常委或主任、副主席、会长、副会长等职务，有的还在各级政府担任职务，使他们在各自不同的岗位上，代表和行使回族穆斯林的合法权益。伊斯兰教人士被停发多年的生活补助费已得到恢复，国家每年拨出相当数额的专款对宗教人士给予定期、定额或临时性生活补助。
回族伊斯兰教进入当代以来，虽一度遭受冲击，经历了一段曲折艰难的道路，但在国家拨乱反正和贯彻落实宗教政策之后，回族伊斯兰教进入了一个新的发展时期。伊斯兰教各种功修礼仪、婚丧礼制、节日文化、生活饮食仪则制度，成为正当的宗教活动和民族风俗习惯，受国家的尊重和保护，穆斯林享有充分的宗教信仰自由权利。宗教组织、宗教教育、宣教事业以及学术文化研究和交流，更趋于现代化的发展倾向，具有时代特点，显着地表现在以下各方面：
一、建立和健全代表各民族穆斯林合法权益的全国和地区性宗教团体组织。早在建国初期，就建立中国穆斯林全国性的宗教团体——中国伊斯兰教协会。1952年7月，由我国信仰伊斯兰教的各民族穆斯林的知名人士包尔汗、达浦生、马坚在北京发起筹备，次年5月在北京召开了第一次全国代表会议，正式成立了中国伊斯兰教协会。选举包尔汗任主任，达浦生等为副主任。会址设在北京。
建立地方性的伊斯兰教协会，始于1959年，首先在宁夏回族自治区和新疆维吾尔自治区成立了伊斯兰教协会。从1978年以来，先后又有二十个省(市)、自治区成立了伊斯兰教协会；有一百三十多个自治州、县(市)相继成立了伊斯兰教协会。总之，全国各个回族穆斯林较集中的地方，基本上都成立了伊斯兰教协会。
各级伊斯兰教协会的一贯宗旨是：协助人民政府贯彻宗教信仰自由政策，发扬中国伊斯兰教优良传统，爱护祖国，团结各族穆斯林积极参加社会主义建设，发展和加强同各国穆斯林的友好联系，维护世界和平。
当前，各级伊斯兰教协会积极发挥着各族穆斯林同中国共产党和人民政府之间的桥梁作用，代表穆斯林的合法利益，向党和人民政府反映他们的意志和要求，协调穆斯林与非穆斯林之间的团结合作关系，协助党和人民政府宣传贯彻宗教信仰自由政策，管好教务，开展宣教工作，举办经学教育，协助寺坊建立健全清真寺民主管理组织，兴办各种公益服务事业，推动广大穆斯林发扬爱国爱教的优良传统，为社会主义现代化建设贡献力量。