清中期以来，平定新教苏四十三、田五起义后，清廷对回民社会的监控日趋严厉，回民和伊斯兰教所受限制日多，教禁益严，对整个回族社会造成巨大的压力，回民社会与官府之间的关系日趋紧张。官府对新教采取严格的限制，是镇乱之后必然的措施，但为了防止将来进一步产生教争引发的动荡事件，同样的限制也加之于老教，则扩大了对回民宗教的压制。不仅如此，官府也限制不同地区的回民互相来往，“嗣后严禁回民邪教及阿洪名目，亦不许添建礼拜寺，及留外来回民居住。”乾隆五十四年（1789），总督札饬各处回民，实行“三不许”的政策：不许留外来人教经学经、不许此村人前往彼村念经、不许存《卯路》《冥沙》等经。这些政令都实际禁断了回民伊斯兰教的“走坊”和阿訇、满拉四处开学、求学的传统，从而限制了伊斯兰教的发展，造成回民内部的持续疲惫与紧张，加剧了回民对官方的不满情绪。乾隆五十四年十月，甘肃总督又复颁示“五禁”：禁搀夺、禁勾引窝留、禁抱养及改归回教、禁添造礼拜寺、禁诬告。这其中，禁抱养及改归回教，官方有更加具体的限制：“抱养者，汉民本生父及回民，照略诱例，各杖一百，徒刑三年。如无父母，罪归该亲房户首，照所得罪减一等。其叛汉归回者，照谋叛、谋而未行为首律，拟绞。”①官方对于汉民“入教”的个人行为，却视为谋叛大罪，施以过份严厉的处罚，并加之于汉、回双方，不仅打击了汉回双方个人，也警告和压制了各自的社会群体，汉回双方因为官府稳定统治的行为而付出了不能和平交往、只能持续警惕、经常处于紧张状态的代价，其后果在历史的发展中将要慢慢呈现出来。
余澍畴有“陕则民七回三，甘则民三回七”的说法，②官员的奏折也往往称甘省回民多于汉民，但路伟东研究认为同治前，甘肃回民大约只占到全省人口总数的三成左右，不会超过600万。③
咸同时，因远离南方民变之地，造成陕西大规模民族冲突的团练问题在甘肃并不十分突出。如果没有陕西回民起义，甘肃的局势必能继续维持。张集馨谓“甘肃回祸与陕不同……甘肃城内无回居，只需将标兵回弁回兵千余人调从征剿，省中可无后患。陕回通省无一不叛背村庄，甘回闻尚有数处安静。”④但陕西的回汉冲突和官府对回民的镇压却极大地刺激了甘肃各地的回民，“自陕西暨西宁用兵以来，各处回民无不疑惧……迨南北两路派兵剿贼，回众又复惊惶，”①甘肃地区的民族关系因之恶化。
存在于陕西的农民组织羊头会，在甘肃也有，据《隆德县志》，“俗有羊头会、青苗会，则联合结社，举里乡公正绅耆充当社首，严立法条，以资保护农田之偷盗并畜牧者。”②就文献所见，甘肃的羊头会大概主要存在于平川农业地区，规模有限，没有引发严重的回汉械斗事件。
就文献所见，甘肃的绅民官员较少挑起歧视、压迫回民的事件，回汉间的法律诉讼之争，也比较少见。但甘肃回民多群体、教派之分，内部屡屡以大小事故互讼争斗。在这个过程中，官员判案不牵涉民族歧视，但在回民内部，却因诉讼屡起争斗。据《海城县志》，“若就其呈词讯断，必有一赢一输，赢者不受责斥，输者终不甘心，或捏词上控，如上控不准，即造生谣诼，散布流言，以耸听闻，此回民争讼之大概情形也。”而在河狄西宁一带则经常发生教争事件，“而回民中又有老教新教之分……两教势同水火，一钱之微，口角之嫌，即寻仇报复，无有穷期，甚且酿成巨案。”③最终免不了让官府、朝廷介入处理。
并非严重的回汉族群冲突，对地方统治的不满，加上西宁一隅回民的教派运动，尚不至导致甘肃回民整体起义反清。然而传统的起义史观对于回民起义前甘肃的经济状况和阶级斗争的研究，仍然能相当解释甘肃回民起义的原因——只不过，在陕西回民起义的影响下，所有这些方面不是恶化了，就是加剧了。
因此，甘肃回民起义，程度不一，但普遍受到陕西回民起义的影响。正因为如此，当陕西的局势在同治元年四月便趋于紧张时，甘肃的局势则在元年下半年以后才纷起云涌。很多情况下，甘肃回民起义似乎并没有明显的、不得已而为之的原因，但起义后很快就将斗争目标指向官府，普遍发生了起义回民与汉、藏等族的冲突，也很快便普遍形成了与官府对抗的局面。这种现象，恐怕与甘肃及甘肃回民更加边缘、疏离于中心腹地的状况有很大关系。
甘肃回民相继起义，宁夏、灵州、西宁、肃州，几乎主要的城镇都被回民军占领，甘境几全为回民掌握。早期，官员无法控制局面，只好妥协优容。陕回占领董志原陇东，亦耕亦战；哲合忍耶的马化龙占据宁灵，自封“大总戎”；花寺的马桂源兄弟掌控西宁，先后署理循化厅同知、循化营游击及西宁府知府、西宁镇标游击；马文禄夺取肃州，恣意专权；妥得璘占乌鲁木齐，称清真王。起义之初，他们为控制城镇乡野，除攻击官府外，与各地的汉民汉团都有程度不同的冲突。但是控制地方后，为稳定局势，又采取措施调和汉回矛盾，通过各种措施积极拉拢绅民，尤其在宁灵和西宁，更是如此。在这种情形下，我们可以看出，同治时最初的那几年，用军事力量平定甘肃，很长时间内只是清廷次要的考虑。
实际上，各地起义回民只从国家机器夺取了有限的权力，无法在持续存在的外部压力和内部紧张下稳固地控制地方，也不可能建立独立的异质性“中国苏丹国”（Chinese Sultanate）①，只能因应局势的发展，或者寻求地方官绅的支持，或者寻求与官方的妥协与和局，或者与清廷军队决一死战。
回民起义远远不是宗教圣战，也并非纯粹意义下的不同阶级你死我活的斗争，因此，清军进逼甘境后，从陕回到甘回，为了自身利益，多利用各种时机寻求与清军的抚局。但大多数情况下，抚局中的回、官双方只不过保持了貌合神离的关系。到了战争后期形势逆转的情况下，受抚回民被迫满足官方的要求或配合清军的行动。清军先后收抚盐固、陇南李德仓部、河州马占鳌部，又于金积堡、西宁收抚陕西回民军，编成“旌善马队”，壮大了清军的作战力量，在此后镇压起义回民的行动中颇得已抚回民军的助力。
金积堡之战因为哲合忍耶派回民顽强抵抗，清军损失大将刘松山等人，又作为平定陕甘第一战功，从而实行了残酷的善后清洗行动。肃州起义回民也因杀毙清军大将杨世俊等，兼左宗棠有意隔绝西北回族，城内的回民因此几乎被杀净尽。①相反，由于河狄回民势力浩大，清军战败，不得不与马占鳌达成抚局，所以河狄回民社会没有遭受大的打击；西宁、新疆的起义被平定后，地方回民社会也得保全。
民国年间桑丹桂修《隆德县志》称，“甘肃自清顺治五年直达现在，其间每隔二、三十年或四、五十年，必有回匪之乱。换言之，即汉民生命财产遭绝大之损失一次。其中以同治六年至十三年之一次最甚，此次汉民之被杀戮者凡三百余万。”②这种估计虽然基于偏见，但尚算客观。海思波引述英国人贝尔（Mark Bell）的估计，经过同治回民起义，甘肃人口从原来的1500万锐减到100万，其中每十个汉人中就有九个遇难，每三个穆斯林中就有二人丧命。③则显然过于夸大。清末甘肃范围广大，各地事变烈度不尽相同，不能一概而论。同时应该指出，在以往的起义史研究中，对于甘肃回民起义的族群冲突因素，重视回民内部的教派争斗，而对于回、汉、藏之间的族群冲突重视明显不够，限于篇幅，本章不一一回应。
二、平固地区的回民起义
从地理位置上说，陕西与甘省之平凉府、固原州、灵州、宁夏府的距离依次扩展，陕西回民起义，如同投石入池，上述各地回民也相继激起。平凉府是陕甘交通的必经通道；固原为古萧关所在，清末为陕西提督驻地，亦是兵家必争之地。两地扼咽喉要地，回民起义，必然首当其冲，陕西回民与甘肃回民势力联通，相互声援，平、固也必遭攻击。
按署陕甘总督恩麟的奏稿，同治元年（1862）八月，已经起义的陕西渭南回民到平凉府盐茶厅平远所（今预望城）“结伙抢夺，伤害事主。”①在他们的发动下，回民把总马兆元（沅）首先举旗，旋即围困灵州。固原回民杨祥、杨大娃子也在石家沟口及北川一带率众起义。已有研究也认为，起义的原因除了社会经济方面的因素外，“主要发端于陕西回民起义军的影响和‘洗回'、‘灭回'等浮言的煽动”，②不无道理。
然而后来攻陷陇东固原以及平凉的却主要是秦州府秦安县莲花城人穆生花领导的陇南回民军。穆生花及他的两个兄弟生辉、生果都是哲合忍耶第二代掌教穆宪章的堂孙，属于宗教上层，他们的起义，直接受到哲派灵州最高层的影响与指挥。
同治元年（1862）夏，哲派第五代领袖马化龙派长子马耀邦、固原王家团庄的王大桂③阿訇到莲花城与穆生花共议起义。之后，穆便开始作军事部署。据马重雍先生讲，穆生花以扶明抗清为起义的宣传，临出发时，给部队作了“回汉本是一家，照常亲爱，不许伤害欺凌，更不许烧杀抢劫，如有犯者绝不饶恕”的约束。④这一时期，陕西回民军不时扰及张家川恭门镇、秦安县龙山镇等地，穆生花领导的“附近莲花城回民亦被勾结蠢动。”⑤穆氏起义后，杀秦州府知府托克清阿，败李玉珊、范铭于郭家河，但沿途被堵截，不能畅行，死亡特重。为避免部队北进后清军到莲花城抄家，穆生花部扶老携幼，携眷而行。但是行抵扯扯沿山（在静宁，或称车车原⑥），清军追及猛攻，回军损失惨重。马重雍的文章说，“其最伤心惨目，令人永不能忘的，是生花所携数以万计的老弱妇孺，飞崖落坎，填满沟壑，能生存者寥寥无几。”如此惨重的死伤，导致穆部回军攻克固原、平凉后大施报复，“穆生花由莲花城奔上固原、平凉、在战争中已破坏其家室，只有不惜一切地为报仇而作战……”①
由于回民起义，固原汉绅为免后患，计划于伊斯兰教开斋节洗杀回民，但其事不秘，反为回民所知。②于是固原回民与穆生花所率300余人联合，在固原驻守清军提标右营把总仇占林、经制妥贵（均出身回民）等内应下，于同治二年正月初一从南门攻入固原城，署理固原州知州、回民出身的马维岳里应外合，城遂陷。③道台万金镛、学政岳镇东等官员被杀。城内汉绅汉民遭到报复，据张集馨说“逆回破固原时，将汉人全行杀尽，尸皆以火烧化”。④
哲合忍耶第二代穆勒什德穆宪章⑤之墓在此前后被平凉汉团焚毁。慕寿祺称，“穆三阿訇（即穆生花——本书注）之祖墓，回教称为拱北。西路团练皆乌合之众，乘东路民团与贼接仗时，毁拱北而焚其骨。此汉回结仇一大原因。穆三因之称伪元帅，决意攻陷平凉城以泄其愤。”⑥同治二年（1863）元月，因传闻起义回民焚杀，平凉白水镇汉民“集团四五千人，即与本处回民互相焚杀。平凉府东关外回民闻汉民传言有剿洗回教之语，惊疑变动，将关外太平桥及附近庙宇焚毁。城内汉民乘乱将在城居住回民三十余人（或说四十余人——本书注）尽行杀毙，地方官不能约束，因而回民仇恨愈深。”①平凉回民于是联络崇信、华亭各路回军开始攻城。三月，穆生花率军开到，联合白吉原、同官镇、宁州各地回军亦南攻平凉。围攻6个月之后，至八月十五日攻入，据穆生花后人穆启圣说，官员、民团被杀8000多人，焚毁拱北的西路民团更是遭到血洗。②汉团掘墓焚尸，难怪要引来报复；然而回军报复太过，也显而易见。
此后，平凉屡经回军、流匪、溃勇的掠夺袭扰，境内大为残破，左宗棠的奏稿称“承平时，城内外烟户不止数万，乱后仅存四百七十户，男女丁口不满七百，纵横数百里，烟火寂然，而白骨黄茅，弥望皆是，遗黎泣诉被祸之烈，为古今所未有也。”③
同治三年（1864）前，平、固回民军作战的对象多为战斗力虚弱的府州军勇和民团。是年，长江水师提督杨岳斌被命为陕甘总督，楚军将领雷正绾、陶茂林、曹克忠分任甘肃提督和总兵筹职，率军尾追赫明堂、马正和部，先后进入甘肃，平、固回民军的敌人正式更易为战斗力强大的清朝官方军队。在这种情形下，四月，回绅张保隆（或作漋、龙，王大桂旧部兼外甥）暗投雷正绾，将妥贵等8人诱送清军杀害，雷正绾军接收固原，回军北撤金积堡。清军然后分三路进攻平凉，经月余激战，复之。八月，雷正绾、陶茂林南攻张家川，杀戮回民万人以上。④