全国体制会议后，根据《国务院关于改进国家行政体制的决议》和中共八大确定的正确路线，合理调整中央与地方关系成为我国行政体制改革的核心内容。1957年11月，国务院公布了《关于改进财政管理体制的规定》、《关于改进商业管理体制的规定》和《关于改进工业管理体制的规定》，把体制改革问题加以具体化。这三个文件总的精神是把一部分工业、商业和财政管理的权力，下放给地方行政机关和厂矿企业，以便进一步发挥地方和企业的积极性，因地制宜地完成国家统一计划。
关于中央分权给地方、进行行政体制改革的重要意义，周恩来在一届人大三次会议上阐明：由于我们国家对农业、手工业和资本主义工商业的社会主义改造的胜利，生产关系已经起了根本性的变化，生产力将大大提高，为了适应这种新的情况，中央与地方的职权的划分，应该更加具体。在中央统一领导下实行中央与地方的适当的分权，是为了更能发挥地方和广大人民发展生产、加强工作的积极性和创造性，这样就更有利于社会主义建设。1957年6月，周恩来在一届人大四次会议所作的政府工作报告中再次指出：“我们国家基本制度的某些组织形式和运用方法，必须随着经济的发展和政治情况的变化而不断改进。”同年8月他在谈到社会主义改革问题时进一步指出：“这种改革，不仅是经济制度的改革，也会影响到别的方面。因为经济基础变动了，上层建筑也要受影响，就是说，政治上、思想上也要受影响。政治上的制度要适合社会主义的经济基础，也要改革。”
周恩来根据行政环境的变化和经济基础、上层建筑的变化，阐明了行政体制改革的必要性和长期性。他指出：“我们各种制度需要改革的很多，而且不会一下子完全改革好，要不断地改革，要适应当时经济发展的情况，适应生产力发展的情况，来解决问题。”“改革是个长时间的问题。我们总要采取健康的办法，使其变动不突然，要因势利导，要和风细雨地进行，这样使社会的震动不大。因为是人民内部的事情，应该从长计议，应该和谐地团结无间地进行。”
周恩来深刻认识到，机构庞大、层次过多，是影响行政效率，滋生官僚主义的重要原因。对此，他提出在政府机构设置上，一切应从本身的需要出发，应当少而精。早在中共八大上他就明确指出：“现在国务院各部门机构大，层次多，因而公文多，电报多，表格多，弄得下级机关疲于奔命。”1963年5月，周恩来在中共中央和国务院直属机关负责干部会议上，列举了机构庞大所带来的种种弊端，尖锐地提出：“凡是机关大而人多的地方，必定要出官僚主义，这几乎成为规律了。那里的领导人即使精明强干，也会有官僚主义。因为那个机关本来不需要那么大，机构搞得那么臃肿，一定会有很多人不办事情，吵吵嚷嚷，很多事情在那里兜圈子，办不出去。”“把机关搞小，有事情一商量就解决了。”“把机关搞小”就要减少中间层次，按照精简、高效的原则，根据实际需要，科学地设置机构。只有这样，才能解决因机构庞杂造成的“人浮于事，重床叠屋，团团转转，人多事乱，不务正业，浪费资财，破坏制度”等一系列问题，从而使行政机构精干高效，灵活有力。
从“文革”前我国行政体制改革的推行过程中可以看出，周恩来“因地制宜、因事制宜”的主张是其行政管理体制改革思想及实践的一个鲜明特色。国务院成立后周恩来身体力行，从多个方面推动行政体制的调整和改革。为正确处理中央和地方的关系，发挥出两方面的积极性，他积极调整政府机构，紧缩编制，努力提高行政效率，坚决反对官僚主义。然而，由于当时的政治、经济等客观环境的影响，以及周恩来所处的地位，中央行政体制的改革虽然取得了一定成效，但体制上存在的固有弊端不可能得到根本的克服。周恩来当时提出的一系列行政改革主张和措施，并没有完全落到实处。不过，周恩来的正确思想有着深远的历史影响，他提出的一系列行政改革的主张特别是对于中央与地方关系的思考给我们今天的行政体制改革提供了很多有益的启示。
二、1954-1966年国务院机构的设置与调整
从1954年国务院成立到“文革”开始的1966年，国务院经历了三次较大规模的机构变革，分别是1956年、1958年和1963年。这些变革均为当今的政府机构改革积累了宝贵经验。
1954年9月，我国颁布了《国务院组织法》，将政务院时期实行的二级行政体制改为国务院一级行政体制，并规定了各类机构的审批程序。根据《国务院组织法》规定，1954年国务院设立部委机构35个，直属机构20个，办公机构8个以及1个秘书厅、共计64个部门。这些机构同政务院相比，在设置上出现了新的变化，主要有：
一是撤销了政务院时期的政治法律、财政经济、文化教育、人民监察四个委员会，以及人事部、法制委员会、扫盲工作委员会等，增设了国家建设委员会，国防部、地方工业部和监察部，并重新确定了部委之间的分工。部侧重于对国家一个方面行政工作的管理，其中管理经济工作的部，按专业化设置；委实行委员会制，属于综合性机构，实行综合管理。在上下级关系上，部委一般分作两种情况，一种是他们的领导垂直管理到企业，对它们设在地方的企事业单位和管理部门，实行以中央为主地方为辅的双重领导；另一种是实行对口领导，它们的任务主要是提出指导方针，制定工作规划，进行督促检查，各种政务要通过地方各级对口部门去办，而不是由这些部委直接处理。
二是增设了承上启下的办公机构作为各部门的归口管理单位，这些办公机构分别管理若干部门，使每一个部都有一个归口的“办”，从而在国务院与各部门之间增加了一道中间层次。当时国务院设有政法、文教、重工业、轻工业、财贸、交通、农林水、国家资本主义八个办公室分别管理各部工作。
三是设立了20个直属机构，主办各项专门业务工作。直属机构在法律上的地位略低于部委，一般称局或总局。中国科学院不再作为国务院的组成部分，但其工作仍受国务院的指导。
由于1955年后社会主义改造高潮的兴起、“一五计划”的加紧实施和工农业生产的迅速发展，使得一些部委管理的产业过多，业务过重，国务院根据形势发展的需要增设了一批部委和直属机构，到1956年底国务院所属部门由原来的64个增长到81个。
1959年9月召开了第二届全国人民代表大会，决定对国务院工作部门进行精简调整，当时确定了国务院设立部委机构39个，直属机构14个，办公机构6个以及1个秘书厅共60个部门。与1956年国务院所属机构81个相比，减少了21个管理单位。自1958年以来，国家管理体制有所改变，许多原先由中央集中管理的企业和事业单位下放给地方管理，扩大了地方的权限。与此相适应，中央国家机构的设置有较大幅度调整和减少，特别是60年代初国家经济严重困难时期，干部大量下放，压缩城市人口，国务院的机构和干部队伍也不断精简下放。1960年7月至1961年9月，集中对中央一级机关进行了调整，对行政部门和事业单位同时进行精简。经过一年多的努力，在机构设置方面，中央各部门司局级机关减少了15%，事业单位减少了26%；在干部队伍方面，中央行政机关精简了1.6万余人，事业单位精简了6.5万余人。
但是1963年开始中央重新强调集权统一，又陆续收回了1958年以来下放给地方的权力，中央政府曾经撤销的机构又陆续恢复。1964年国务院工作部门又开始增加。1964年底到1965年初，第三届全国人民代表大会召开，对国务院机构又进行了一次调整。新一届国务院设立部委机构49个，直属机构23个，办公机构7个和秘书厅1个，共计79个单位。
1954年至1966年间，国务院机构设置和调整出现了两个高峰期和一个低谷期。
两个高峰期一个处于1956-1957年行政体制改革时期，国务院机构总数分别为81个和80个；另一个处于1965年国民经济调整任务基本完成，国民经济将进入一个新的发展时期，国务院机构总数达到79个。低谷期处于1959年至1961年的三年经济困难时期，国务院机构总数分别为60、61和62个。其余时间趋于平稳。各类机构在国务院机构总数中所占比例大小依次为：经济管理类、社会管理类、政务办公类、宏观调控类和执法监督类。其中，经济管理类机构不但所占比例最大、数量最多，而且变化也更显得活跃；社会管理类组织和宏观调控类组织基本保持平稳，没有太大变化；直属机构与办公机构的变动很小；执法监督类机构在1959年被撤销之后没再重设，处于削弱状态。总体看来，国务院部委机构的变化走势与国务院机构总数的变化趋于一致，由此可见国务院机构的变动主要是由部委的变动引起的。
三、对“文革”前国务院组织结构调整变迁的分析
1954年至1966年间的国务院机构管理模式，可以说是一种“政府主导型”的管理模式。中国共产党执政后建立起有史以来最强大的行政管理系统，党中央国务院成为国家经济运行的最高决策者和管理者。发展国民经济的“一五计划”、“二五计划”以及60年代初调整国民经济的八字方针和“大三线”建设的开展均是在这种政府主导型的经济体制下进行的。这种类型的政府有着超强的社会控制力和号召力，能够集中全国的人力物力财力投入大规模的经济建设，使国家在短时间内发生巨大变化。这种变化不仅仅是国家经济上的大发展，而且努力改变了中国的政治文化，提高了民众政治觉悟的总体水平，也增大了公民的政治热情和政府的凝聚力与公信力。在现代社会，国家机构的权威主要来自行政管理体制的完备与人们的认同与支持。国家机构权威的形成是一个以执政党为中心的社会整合过程。同时，成功的社会整合也是国家行政制度走向完善与有效汲取社会资源的过程。因此，国家机构的变迁必须从政治层面、社会层面和文化层面对社会进行回应，才能形成国家机关的制度性权威。我国在1954-1966年对中央政府机构设置的探索，具有明显的政党推动的特点，对中国政治、经济、文化的发展皆发挥出积极引领作用。执政党与国家机构的关系以及国家与社会的关系构成了我国这一时期国家权力结构调整的核心内容，而政府机构调整的最终目的是围绕着怎样有效地凝聚和动员社会力量一起朝着现代化的宏伟目标迈进展开的。
当然，这一期间我国政府机构结构的调整也存在着难以解决的问题。政府各部门的设置是政府职能有效发挥的基本前提。设置的合理性直接关系到如何处理政府部门的职能定位与横向关系问题。1954至1966年间的我国中央政府机构设置的一个特色是，国务院各部、委中具有执行机关性质的部门和国务院的直属机构这两部分行政机关数量过大，对政府首脑的直接控制力要求亦大，从而需要设置副总理、国务委员这一管理层次，协助和分担总理的部分职责。与西方国家副职为补缺所设的虚职不同，我国的副职多为实职，而且人数较多，管理的面很宽，管理的内容过于具体。
此外，与西方国家政府部级机构设置相比，1954年至1966年间我国政府所设部委级机构明显过多、最多时曾达到81个，最少时亦有35个以上。而英国政府的核心内阁，由首相、枢密院长和主要大臣21位组成；法国政府由总理、经济财政和预算部长、掌玺和司法部长、环境部长等17位部长组成；德国联邦政府由联邦副总理兼外交部长、联邦区域规划和发展部长、联邦粮食和农林部长等17位组成；日本政府机构则只有法务省、大藏省、通产省等11个省部组成；世界头号经济大国美国的政府机构也仅有十几个部门。我国不但部委级机构设置较多，而且部下面设置的司局级机构也很多。多数部委设置的司局在10个以上，有的高达20个以上。各部、委、司、局职责难免交叉重叠，工作环节繁多，管理事项模糊，管了许多本不该管的事务。
作为国务院总理，周恩来较早也较清醒地认识到机构臃肿、人浮于事所带来的弊端，他积极主张根据形势发展需要对政府机构进行调整和改革。20世纪60年代初周恩来等人的努力取得了显着的成效，各级政府机关和工作人员皆有较大幅度的精简，工作成效也大大提高。在党中央国务院领导下，全国人民共渡难关，克服了严重的经济困难，到60年代中期国民经济全面恢复，各条战线欣欣向荣，国防科技尖端取得重大突破，国家经济水平又发展到一个新高度。当然，我们也应客观地看到，受当时大的政治环境和经济体制影响，我国政府机构的调整与改革始终存在着“精简-膨胀-再精简-再膨胀”的循环怪圈，中央政府长期试图通过政府机构和人员的简单分合与增减来适应国内外的形势变动，而没有进行政府职能的转变与行政体制的调整。