首先是美洲的银矿出现了枯竭的迹象；其次在1605年，由于宗教上的原因，国王策动了一场驱逐摩尔人的运动，将格拉纳达地区的阿拉伯人后裔逼走，结果是让西班牙失去了一大批技术高超的手工艺匠人。英国和荷兰也在此时崛起，不断骚扰着西班牙和葡萄牙的殖民地。连年的战争开支使帝国的国库日渐吃紧，西班牙渐渐无力顾及葡萄牙的海外属地了。于是曾经是葡萄牙人天下的印度洋成为了英国人和荷兰人的舞台。
1609年荷兰人占领斯里兰卡；1617年开始葡萄牙人又在日本受到荷兰人的刁难和排挤；1622年在英国人的支持下，伊朗将霍尔木兹海峡夺了回去；1637年荷兰甚至占据了几内亚湾的一部分地区。
最令葡萄牙人忍无可忍的是1623年至1630年巴西的几个重要港口竟也落到了荷兰人手中，其中包括作为巴西首府的圣萨尔瓦多和最富饶的伯南布哥地区。
葡萄牙的殖民势力在逐渐地衰弱，昔日的瓜分世界的霸气已然不复存在，曾经的航海殖民奇迹也被历史抛在了身后。
无法避免的“下坡路”
葡萄牙自1580年被西班牙当时的国王菲利普二世兼并，经历了长达60年的兼并历史，直至菲利普二世去世之后才出现转机。
1621年菲利普二世去世，年仅十六岁的菲利普三世（西班牙称四世）继位。西班牙统治者看到葡萄牙国内不稳定的形势，决定结束其半独立的状态，但这很明显的，菲利普二世的对葡萄牙贵族的怀柔政策也成为废纸了，原本最认同西班牙国王的贵族们，进而作为了追求葡萄牙复国的急先锋。为了填补军费造成的漏洞，政府加重了税收。
这项措施在整个伊比利亚半岛都激起了民众的反感，后来发展成为此起彼伏的起义。
其中在葡萄牙，最著名的一场起义就是1637年发生在埃武拉的“曼努埃里尼奥”起义。这场起义的起因是因为要增加新的房地产转让税来支付政府拖欠贵族的津贴金。当一名王室的法官来到埃武拉宣布这项决定的时候，他下榻的地点遭到了愤怒的群众的袭击和洗劫。
起义就此开始，传说中起义的领导者是一个“十六岁的青年，似乎谁也不认识他；他衣着破旧，身上只有一件斗篷和一条灰颜色的披肩，脸上从未流露过笑容。”这就是那个“曼努埃里尼奥”了。起义迅速波及全国；但是由于缺乏有效的组织领导，几个月后这场声势浩大的运动便自行消亡了。
西班牙统治者看到葡萄牙国内不稳定的形势，决定结束其半独立的状态；西班牙的军队被派往葡萄牙镇压起义，西班牙的贵族被派往葡萄牙担任要职；不仅如此，西班牙还继续在整个半岛招兵买马，四处拉壮丁，为当时欧洲正在进行的三十年战争充当炮灰。
1640年5月，巴塞罗那爆发了起义；为了镇压这次起义，葡萄牙的贵族们都收到了动员令，让他们去加泰罗尼亚参战。这项动员令让忍耐已久的上层阶级也坐不住了。大家开始聚集在当年的王位继承人女公爵卡塔琳娜的孙子、如今的布拉甘萨公爵若昂的周围，策划着一次干脆彻底的行动。
这个若昂和上个若昂一样，也是一个黎元洪式的角色。他本人由于长时间居住在自己的领地上，远离里斯本的政治生活，所以革命的态度并不十分坚决；但是他时任全国军事总督，手中握有兵权，再加上他的出身也正，想不领导革命都难。
1640年12月1日上午九点左右，40名王公贵族突然冲进里贝拉王宫和她的国务大臣米格尔·德·瓦斯贡塞洛斯。在将后者处死之后，这些人逼迫女公爵命令圣若热城堡和特茹河各要塞的西班牙守军立即缴械投降、不得抵抗。一切办妥之后，他们才走出王宫，号召人民起来欢呼葡萄牙的光复。15天之后，布拉甘萨公爵正式加冕成为葡萄牙国王，称若昂四世。布拉甘萨王朝就此建立，国家重获独立。
葡萄牙本土和除休达之外的所有海外领地都宣布效忠新王若昂四世。并与英国、法国、尼德兰等国建立了外交关系。
1640年若昂由公爵变成国王之后，立即于第二年召开宫廷会议，决定为了将独立战争进行到底，向全国增收赋税；得来的税款用于组建一支常备边防军、在边境修筑要塞、重建海军、建设一批兵工厂和造船厂等等。同样是增收赋税，这次为了祖国的独立和尊严，老百姓们都没有表示反对。
不仅如此，葡萄牙人民还在战争中表现出了无比的爱国热忱。
1641年东北地区山后省的一个边境小村遭到西班牙人的进攻，村民们躲进教堂进行战斗，但最终失败。70多名村民被侵略者砍掉了头颅。在西班牙方面的军方报告中这样写道：“这些叛逆者是如此顽固，除一名老年妇女之外，没有一个人要求怜悯或者同意呼喊‘菲利普国王万岁’的口号。”在第二年的另外一次军事冲突中，西班牙人在报告中说：“葡萄牙士兵力量虚弱，也不机警，但是反抗精神十分顽强。”
幸亏当时处在三十年战争的最后阶段，西班牙忙于在比利牛斯、比利时、阿尔萨斯、意大利等地与法国作战，无暇顾及葡萄牙，所以在若昂四世时期所谓的“光复战争”除了1644年有一次较大规模的战役之外，基本上都维持在边境冲突的水平上；双方互有胜负。
葡萄牙独立之后，在海外也逐渐开始了收复失地的行动。丹吉尔、安哥拉、圣多美和普林西比以及巴西的伯南布哥等地相继被葡萄牙从荷兰人手中夺了回来。但是印度洋的锡兰岛（斯里兰卡）、马六甲等地依然鞭长莫及。
若昂四世意识到葡萄牙本身的力量是十分弱小的。为了寻求外国的支持，共同对抗西班牙，并收复海外的失地，国王向英国、法国、荷兰、瑞士、丹麦和罗马派出了外交使节，表示葡萄牙愿意加入以法国为首的波旁家族集团，与西班牙为首的哈布斯堡家族集团作战。
但是结果又如何呢？对于葡萄牙人来说，西班牙的敌人理所当然的应该接受葡萄牙作为同盟者；但是对于这些大国来说，把葡萄牙作为敌国比把它作为盟国更有利可图，因为这样就可以光明正大的把那些葡萄牙人手里的商业港口和战略要塞攻打下来。最终所谓“光复外交”得到的是一个更为可悲的结果：葡萄牙从哈布斯堡家族集团脱离了出来（从西班牙独立），但是却没有被另一个集团所接纳。
罗马方面的使节一无所获。因为当时三十年战争中哈布斯堡家族是打着天主教的名号和新教徒作战，教皇当然不会站到他们的对立面去。因此教皇拒绝在西班牙承认葡萄牙独立之前承认后者的独立地位。
直到1669年教皇才同意接见了葡萄牙的特使。
英国方面，为了得到实质上的支持，葡萄牙付出了巨大的代价。
其实自古以来英葡两国之间就有着历史悠久的联盟关系，比如1385年葡萄牙的改朝换代就得到了英国的大力支持。但是这次情况有所不同的是偏偏赶上了英国革命，查理一世被处决，克伦威尔上台。若昂四世见状想保持中立看看再说，但是英国的一群保王党人却以两国由来已久的联盟关系为借口率领一支忠于国王的舰队停泊在了里斯本港口，并以此为基地袭击克伦威尔的舰队。恼羞成怒的克伦威尔派舰队封锁了里斯本港，切断了通往巴西的海上通道。
为了换取和平和英国人的支持，1654年葡萄牙被迫与克伦威尔签订了协议，将巴西、非洲及东方的贸易领地向英国开放，并许以优惠的关税税率，甚至还规定葡萄牙需要租赁外国船只的时候只能租赁英国船只。英国还要求允许在葡萄牙的英国商人从事自己的宗教活动。
这对于传统的天主教国家葡萄牙来说是难以接受的。于是克伦威尔又用海军开到里斯本逼迫葡萄牙同意了这项条款。
1660年，三十年战争结束之后，西班牙集中全力来对付葡萄牙，于是葡萄牙不得不再次向英国寻求援助。北非的丹吉尔被送给了英国；而且如果英国人能将印度洋上那些被荷兰人占据的地区夺回来的话，那些地区就让给英国人；对于锡兰岛，如果英国人能够夺回，那么葡萄牙就和英国平分该岛的肉桂贸易。作为交换，英国向葡萄牙派遣两个骑兵团和两个步兵团；需要时英国将派舰队对葡萄牙进行援助。从此直到葡萄牙第一共和国时期，英国人一直在葡萄牙拥有外交特权，并进行着无孔不入的经济渗透。
法国方面，葡萄牙人同样失望而归。1641年葡萄牙向法国提出正式建立一个对付西班牙的多国联盟；但法国人对此不予理睬。后来葡萄牙降低了标准，只是一个形式上的联盟就可以了（即，如果西班牙不同葡萄牙和解，那么法国也不同西班牙和解）；但法国还是对此避而不提。
到了三十年战争的最后阶段，作为西班牙的敌对国，葡萄牙要求在最后的和谈中占有一个席位，以便使西班牙承认其独立地位，免得以后还要继续打仗；然而法国没有接纳葡萄牙。最后的威斯特伐利亚条约根本没有葡萄牙什么事儿。甚至在法国和西班牙单独签订的比利牛斯条约中明确规定了法国不支持葡萄牙与西班牙进行和谈。葡萄牙成为了大国之间利益博弈的筹码。
对于荷兰，葡萄牙善意的提出了和解的请求。但是两国的和平仅限于欧洲范围内，海外领地的争夺却从未停止过。最后到了1661年，葡萄牙在无奈之下做出了让步，放弃当时荷兰占领下的海外属地，并且给予荷兰商人类似于英国商人在葡萄牙属地上的贸易特权。在其他欧洲国家，葡萄牙人取得的外交成绩大同小异。期望的国际援助或没有兑现，或让葡萄牙付出了惨痛的代价。葡萄牙海上霸主的地位正式让与了英、荷两国。帝国曾经的辉煌被葡萄牙人亲手埋葬了。
在若昂四世统治时期，葡萄牙殖民帝国灾难不断，外交上也屡遭挫折。国内经济很不景气，还发生了几起暴乱。因此，若昂四世将圣母玛丽亚尊为“葡萄牙的庇护者和女王”。从这时开始，葡萄牙的国王不再佩戴王冠，因为王冠是属于圣母的，这一点从他们的画像上也可以看出来。然而圣母的庇佑也没有持续多久，好运气不再降临葡萄牙，若昂四世于1656年11月6日去世，最终也没有实现使葡萄牙恢复强大的愿望，其子阿方索六世继承了他的王位。
虽然葡萄牙又一次恢复了独立，但这次的独立显然与年的独立是不同的，先前的独立接下来在走“上坡路”，最终发展成为了一个势力覆盖非常广的全球性的殖民地帝国；而这次的独立却再也无法力挽狂澜，威严不再，经历了一次次的战争之后葡萄牙再也不是一个强国了。