仇士良依仗武宗乃自己拥立，更加猖獗，甚至对武宗也指手划脚。他劝武宗赐杨贵妃、陈王成美死，随后，凡文宗所宠幸者，无论乐工，还是内侍，或诛，或贬，相继皆被除去。知枢密刘弘逸、薛季陵有宠于文宗，宰相杨嗣复、李珏又非拥立武宗之人，仇士良便以此为由，建议将刘弘逸、薛季陵赐死，将杨嗣复、李珏罢相后，又将杨贬为湖南观察使，将李贬为桂管观察使。
然而，仇士良并未就此罢休。他屡劝武宗除掉杨嗣复、李珏、终于说服了武宗，遣中使前去二人贬所将其诛之。户部尚书杜惊，急忙飞马报知宰相李德裕说：“天子年少，新即位，兹事不宜手滑。”李德裕与另外两名宰相奏请赦免杨、李二人，并在延英殿上与武宗百般力争，才使杨、李二人免遭毒手。
武宗刚毅果断，喜怒不形于色，对于仇士良，他“内实嫌之，阳示尊宠”武宗任命李德裕为相，就是要排斥专权干政的仇士良。仇士良觉察武宗对他疏远以后，免不了非常懊悔。万没料到，自己费尽心机拥立的皇帝，竟然如此冷淡自己。他不甘心就这样衰败下去，企图扭转危局。在他看来，他之所以陷于被动地位，关键在于宰相李德裕既得宠，又得利。如果能够除掉李德裕，就可架空武宗，也就能稳固他把持朝政的地位。于是，仇士良精心策划了鼓动禁军闹事的阴谋。会昌二年（842年）四月，仇士良听说李德裕正准备草制赦书，减禁军衣粮及马刍粟，并于丹凤楼宣赦，便当众扬言：“如此，至日，军士必于楼前喧哗！”并在禁军中大肆张扬，以激起禁军怨愤，说：“审有是，楼前可争。”这是露骨地煽动禁军围攻李德裕，伺机扩大事态，造成兵变之势，威逼武宗铲除李德裕。李德裕审时度势，看穿了仇士良的阴谋，急速请求武宗召见，在延英殿向武宗面奏了这一危急形势。武宗大怒，立即派中使谕神策军说：“赦令自朕意，宰相何豫？尔渠敢是？”风波顿息，仇士良的阴谋未能得逞。
这次失败，使仇士良非常“惶惑不自安”。他看出，皇权已固，相权已稳，他权倾朝野之日已无望复来；另外，他自知作恶多端，武宗疏谈，臣吏怨恨，说不定何时就会大祸临头。于是，他便以病为名请求辞职。武宗将其罢为内侍监，知省事。接着，他又请求告老还乡，武宗亦未挽留，“诏可”。不久，病死。时为会昌三年（843年）。次年，有人告发仇士良，并在其家中搜出兵器数千，武宗下诏“削其爵，籍其家”。
仇士良乃一宦官，不过是皇帝的内侍而已。宦官利用常年侍奉皇帝的便利条件，按自己的意愿影响皇帝的事并不罕见。但是，仇士良已不满足于奴才影响主子，而是个蓄意弄权干政的阴谋家。仇士良在宫中侍奉六主，拥立二帝，专权二十余年。他上挟天子，下凌宰相，并对公卿大臣肆意杀戮，可谓恶贯满盈。
仇士良之所以能够如此贪暴，一方面在于他掌握禁军的兵权，另一方面在于他弄权有术。他曾对宦官朋党传授“以固权宠之术”说：“天子不可令闲，常宜以奢靡娱其耳目，使日新月盛，无暇更及他事，然后吾辈可以得志。慎勿使之读书，亲近儒生，彼见前代兴亡，心知忧惧，则吾辈疏斥矣。”仇士良的这段自白，是他丑恶嘴脸的一幅绝妙的自画像。