东部地区
1.耕地面积大幅减少。农业的发展离不开耕地，但随着东部地区工业化城市化进程的加快，大量耕地被占。例如，到2002年底，江苏省人均耕地量仅为1亩，远低于全国平均水平151亩，更低于世界平均水平336亩。江苏省的一些经济发达地区耕地减少更是令人咋舌。以太湖地区为例，随着苏州新加坡工业园区的建立，沪宁、沪杭高速公路的开通和新长铁路的建设以及密集型城镇群的大规模扩张，从1990年到1995年，5年内全区耕地面积下降59％，共1595万亩，人均耕地从068亩下降到062亩。在南京至上海一线，从20世纪60年代到90年代末期，短短30年内沪宁走廊地区城市面积已经急速增加了400%以上。大多数被占耕地中将因为土壤中有机质受到破坏而无法恢复到原来状态，耕地的减少是难以恢复的。
2.农村税费制度改革后，乡镇村级基层政府人员精简，导致基层政府管理能力下降。取消农业税以后，县乡财政收入减少，债务负担沉重。有限的财政收入不再能够养活过去那么多乡镇机构和乡镇干部了，形成税费改革倒逼乡镇体制改革。最近几年农村撤乡并镇，合村并组，精简机构，裁减人员的改革取得明显成效，但新的问题又出现了，基层政府的人力、财力严重短缺使其无法管理那么多的事务，只能应付上级领导，对推进社会主义新农村建设是不利的。
3.农业生产规模不经济导致农产品缺乏竞争力。东部地区的农业生产仍然是由分散的家庭经营为主体，带来了小规模、高成本、低效率，这样的规模不经济导致农业生产标准化难以实施，农产品质量也缺乏竞争力。规模不经济使得优势农产品难以形成规模化生产。农产品规模化程度低是农产品进入市场、开拓市场的主要障碍，尤其在优质、无公害和特色农产品生产方面表现更为突出。小规模生产使得农产品标准化难以实施，容易遭到外国绿色壁垒的制约。标准化是实现农产品质量安全必要的、充分的条件。不进行标准化生产，就生产不出符合要求的优质农产品的无公害、绿色、有机农产品，农产品加工也就失去了达标的原料。在农产品需要开拓国内外市场的情况下，标准化生产已到了非抓不可的地步。
4.农民文化水平较低导致对农业科技有效需求不足。农户是实现农业科技向生产力转化的重要一环，技术最终还须依靠农户的使用才能推动农业的发展。农户对农业科技的偏好受到农户规模、农业自然条件、农业市场组织、农产品目标市场消费者的偏好、农户文化水平等多种因素决定。在这些制约因素中，农户文化水平是决定农业科技使用效率的决定因素。采用农业科技本身需要农民具有一定的科学文化知识。现代农业技术已不同于以往，很多结合了生物学、化学、信息科学的知识，同时农机用具也日益机械化、自动化。农业生产不再是简单的体力劳动，需要劳动者能够处理一些与生产相关的技术问题。
5.农民环境意识仍然较薄，难以自觉降低环境污染和农产品药物残留。近年来，农民衣食住行发生了巨大变化，但同时由于农民的环保意识薄弱，自觉性低，造成农村环境严重污染，如村前村后垃圾成堆，田间地头废弃的塑料制品飞扬，河流小溪污浊不堪。农村经济发展了，环境却在恶化，亟须要通过社会主义新农村建设进行改善。
6.农村公共服务能力严重滞后。目前农村社会事业和基础设施与城市的差距很大。农村上学难、看病贵、社会保障水平低、公共设施薄弱等问题相当突出。由于上学学费高、考大学难，很多农村学生初中毕业就辍学了。由于农村医疗设施差，看病收费高，农民往往是小病不治、拖成大病；大病看不起。除了苏南开始进行农村社会保障试点外，全省大部分地区的农民还不能像城市居民那样享受最低社会保障，严重制约农民生活质量的提高和农村社会的全面进步。
中部地区
1.农业劳动力具有整体年龄偏大和文化素质偏低的共性，同时又表现出地区之间的差异性。农业劳动力年龄明显偏大，文化素质明显偏低，制约着农民接受新知识、新技术和新观念，阻碍着新农村建设的顺利进行。在提高收益和致富的路径选择中，越是贫困和资源禀赋差的地区，农村青壮年劳动力向外部转移的“拉力”和“推力”的作用越大，而城郊等较发达的农村，从事农业和农闲非农产业的兼业劳动力相对较多，从而使得大部分的农村青壮年劳动力留在当地。文化的差异主要是山区的特种种养业的现实和预期利润吸引了部分高中以上毕业创业者的视觉，而粮食主产区的大田生产对技术和文化的要求相对较低，缺少了对具有较高文化人力资源的吸引。
2.基层科技支农没有形成有效的传导机制和模式。调查地区科技支农运行机制沿袭“三级制”（县、乡、村）网络体系，在“自上而下”的工作机制下，其农业科技服务的对象和目标更多的时候体现在上级领导的政绩和各级政府自身的利益，而不是技术需求主体——农民的利益，因而存在较大的供需缺口。
3.基础设施仍旧薄弱。表现在“五通”（通路、通水、通电、通电视、通通讯）的不通畅：一部分村没有通公路，大部分村没有实现乡村道路硬化，造成农村农产品和城市工业产品交换的交易成本高昂，严重制约了农村经济的发展和脱贫的步伐。二是人畜饮水和山区灌溉存在较严重的季节性缺水。在较长期的农业增产不增收和农业税费取消带来基层财政更加困境的情况下，大部分骨干山塘和小型水库以及渠道多年失修，抗旱功能大为弱化，一遇区域性干旱，缺水问题随之发生。三是农村电网改造不到位，偏远地区电价过高。四是电视和通讯没有解决“最后一公里”问题：一部分村组没有网络等现代信息服务。
4.农村合作经济组织建设滞后，农民缺乏与市场和政府的对话权。转型时期农民合作赖以发生的诚信社会基础弱化和可信赖的地方精英的流失，调查地区农民的组织化程度整体处于较低水平，在与市场和政府的交易中成本高昂，而且在诸如农业科技服务等公共产品“维利”中失去了与各服务主体之间平等对话的权利。在社会主义新农村建设的过程中，能为农民真正提供各种“维利”和话语权的集团滞后于市场经济建设，制约了“小农户”与“大市场”的有效对接，滞缓了农民的致富进程。
5.新农村建设投入严重不足，没有形成多元化融资机制。地方政府财政收入远远不能满足新农村建设的资金需求。并且，在新农村建设的资金来源上，除了财政支持外，其他形式的融资渠道量少而狭窄。这样的资金投入，对新农村建设难以产生强的牵引作用和实质性的效果。
西部地区
1.人多地少，农民增收后劲不足。近年来，虽然各地加大了农业结构调整和科技推广力度，但农村土地有限，加之农业生产方式落后，因此仅靠现有土地和种养方式很难实现农民收入的突破。与此同时，西部地区农村二、三产业发展缓慢，经济效益普遍偏低，对农民增收的支撑能力弱，农民从事二、三产业收入较少，农民增收后劲不足。
2.农村基础设施和农业生产条件改善投入严重不足。近年来，尽管随着西部大开发战略的大力推进，甘肃农村基础设施建设投入力度不断加大，农业生产生活条件不断改善提高，但总体来看，农村基础设施投入严重不足。调查显示，由于受农村基础设施投入不足的制约，部分行政村灌溉和生活用水利设施严重老化，导致水资源浪费。同时村上不存在进行科技服务活动的场所，没有文化设施，村民一般不进行集体文化生活，也没有生产和生活垃圾、污水等处理设施，从而很大程度上影响了农村居民的正常生产和生活。
3.农产品粗放生产，加工能力低，产业化经营尚处在初级发展阶段。目前西部地区部分地区在农作物种植和畜产品养殖过程中，更多地追求数量的增长，不注重质量的提高，更忽视了品牌效应，盲目效仿和低水平重复时有发生，且多以零散种养为主，尚未形成规模效应和集约效应。与此同时，农产品加工大多停留在初级生产和加工上，精深加工很少，因而农产品科技含量低，附加值不高，竞争力较弱。此外，农户与加工或营销企业没有结成真正的利益共同体，合同不规范，订单屡约率较低。
4.城乡收入差距扩大，影响社会和谐发展。调查数据显示，西部地区城乡居民收入呈逐步扩大趋势。导致城乡居民收入差距扩大的主要原因还在于农业生产力发展水平低，劳动生产率低，农业产业化发展缓慢，与市场经济体制相适应的农业保护政策体系还没有完全建立起来。城乡居民收入差距日趋扩大，导致社会不稳定因素增加，从而影响了社会的和谐稳步发展。
5.村镇建设杂乱无章，人居环境条件恶劣。调查显示，部分地区乡镇基本没有进行建设规划，农户住宅位置沿袭历史，随处而建，比较凌乱。同时农户基本没有环保意识，随意堆放农作物副产品、肥料等。整个街巷卫生很差，秩序很乱，脏乱差问题十分突出，群众怨声载道，村干部无所适从。
6.劳动力素质低，思想观念落后。当前，绝大多数农民的素质不容乐观。突出表现在：农民思想还比较保守，传统的小农意识根深蒂固，生产、生活和行为方式都与现代社会生活的要求差距甚远。普遍存在“小富即安”心理，缺乏干大事创大业的开拓进取精神；同时缺乏诚信意识，常常有造假行骗、不守诚信行为出现。在文化素质方面，农村居民受教育程度普遍偏低。由于农民科技知识低下，对新事物、新技术缺乏认识，从而阻碍了接受新事物、学习使用新科技的能力。在技能素养方面，具有一技之长的人还比较少，导致种地只能粗放经营不能集约经营，打工则只能卖苦力打粗放工，严重地制约了农民的增收。在道德素质方面，赡养父母、尊老爱幼等传统美德有滑坡趋势，关心集体、热心公益等集体主义观念正在逐步淡化，赌博、封建迷信等不良社会风气有抬头的趋势。农民素质不高的现状严重制约着和谐社会发展的进程。
7.农村医疗卫生、科技、文化、教育、社会保障等各项社会事业建设滞后，发展水平普遍较低。一是农村医疗条件差，医疗水平低。目前农村合作医疗在西部地区农村几乎是空白，农民生一场大病往往意味着返贫。同时农村医务人员水平低，药品价格反映强烈，医疗卫生状况令人担忧。二是科技文化投入不足，教育负担加重。尽管近年来农村居民科技和文化水平有很大提高，但总体来看，科技文化投入不足，底子薄、基础差、人才缺、资金少、设施差的状况未从根本上改变。农村科技水平发展落后，缺乏多种形式的文化活动和体育活动，民间文化遗产得不到发挥和有效保护。同时一些学校巧立名目，违规多收费，学杂费一路飙升，教育乱收费现象屡禁不止，农民苦不堪言。三是社会保障难以保证。由于县乡没有稳定的公共财政，因而对社会保障的投入严重不足。部分乡镇既没有实行最低生活保障制度，又没有实行养老保险和医疗保险制度。同时农村弱势群体保障体系薄弱，一些乡镇五保户供养没有经费来源，残疾人保障经费未能足额发放。
8.村级集体经济相对薄弱，村级组织难以正常发挥作用。调查显示，部分乡村没有集体经济收入，正常的办公费用都依靠转移支付来维持，因此村级组织作用无法发挥，村党组织及村委会的凝聚力、战斗力、号召力随之减弱。同时由于包产到户后以家庭为单位的农村经济发展，也致使了无人关心集体事业的现象的产生，村委会虽实行村民自治，但一些政策、规划在本村因无力参与支持而无法实施，出现了“政治淡化”、“管理淡化”的现象。