恰在此时，光绪十年三月初八日（1884年4月3日）日讲起居注官左庶子盛昱上一封奏，严词弹劾张佩纶、李鸿藻，同时涉及恭亲王奕和军机大臣宝鋆等。盛昱奏曰：“越事失机，议者皆谓，咎在云南抚臣唐炯、广西抚臣徐延旭……外间众口一词，皆谓侍讲学士张佩纶荐之于前，而协办大学士李鸿藻保之于后……乃以轻信滥保，使越事败坏至此，即非阿好徇私，律以失人偾事，何说之辞？恭亲王、宝鋆久直枢廷，更事不少，非无知人之明，与景廉、翁同龢之才识凡下者不同，乃亦俯仰徘徊，坐观成败，其咎实与李鸿藻同科，然此犹共咎共见共闻者也。”“该大臣等参赞枢机，我皇太后皇上付之以用人行政之柄，言听计从，远者二十余年，近亦十数年，乃饷源何以日继，兵力何以日单，人材何以日乏，即无越南之事，且应重处，况已败坏于前，而更蒙蔽诿卸于后乎？……唯有请明降谕旨，将军机大臣及滥保匪人之张佩纶，均交部严加议处，责令戴罪图功，认真改过，讳饰素习，悉数湔除。”
细审盛折，知他的本意旨在敦促恭亲王与军机大臣，不要蒙蔽视听，诿卸责任，而要戴罪图功，改正前非。
但事与愿违。慈禧对奕一直耿耿于怀，认为奕是她实行独裁的一大障碍，必欲去之而后快。现在光绪帝年仅14岁，慈安太后又已死去3年，削掉奕的一切权力时机已经成熟。据说，慈禧接到盛折后曾召见盛昱，说：“枢臣如此，教我们如何是好？”并流着泪说：“然非更动不可。”盛昱也流了泪。
三月十三日（4月8日），慈禧有一非常之举。这一天，她没有像往常一样召见军机大臣，而只单独召见领班军机章京，按她的意见，御前拟旨，朱书授出。全文如下：
谕内阁：钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后懿旨：现值国家元气未充，时艰犹巨，政虞丛脞，民未敉安，内外事务，必须得人而理。而军机处实为内外用人行政之枢纽，恭亲王奕等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循日甚。每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行，屡经言者论列，或目为壅蔽，或劾其委靡，或谓簠簋不饬，或谓昧于知人。本朝家法綦严，若谓其如前代之窃权乱政，不唯居心所不敢，亦实法律所不容。只以上数端，贻误已非浅鲜，若不改图，专务姑息，何以仰副列圣之伟烈贻谋？将来皇帝亲政，又安能诸臻上理？若竟照弹章一一宣示，即不能复议亲贵，亦不能曲全耆旧，是岂朝廷宽大之政所忍为哉？言念及此，良用恻然。恭亲王奕、大学士宝鋆，入直最久，责备宜严，姑念一系多病，一系年老，兹特录其前劳，全其来路，奕著加恩仍留世袭罔替亲王，赏食亲王双俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养疾。宝鋆著原品休致。协办大学士、吏部尚书李鸿藻，内廷当差有年，只为囿于才识，遂致办事竭蹶，兵部尚书景廉只能循分供职，经济非其所长，均著开去一切差使，降二级调用。工部尚书翁同龢甫直枢廷，适当多喜，唯既别无建白，亦有应得之咎，著加恩革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走，以示区别。朝廷于该王大臣之居心办事，默察已久，知其决难振作，诚恐贻误愈深，则获咎愈重，是以曲示矜全，从轻予谴。初不因寻常一眚之微，小臣一疏之劾，遽将亲藩大臣投闲降级也。嗣后内外臣工，务当痛戒因循，各摅忠悃，建言者秉公献替，务期远大，朝廷但察其心，不责其迹，苟于国事有补，无不虚衷嘉纳。倘有门户之弊，标榜之风，假公济私，倾轧攻讦，甚至品行卑鄙，为人驱使，就中受贿渔利，必当立扶其隐，按法惩治不贷。将此通谕知之。
一道懿旨，将军机处全班人马全部罢斥。罪名是“委蛇保荣”、“因循日甚”、“谬执成见”、“簠簋不饬”、“昧于知人”等。奕开去一切差使，家居养疾。宝鋆原品休致。李鸿藻、景廉降二级调用。翁同龢革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走。
同一天，又颁发上谕：“礼亲王世铎著在军机大臣上行走，毋庸学习御前大臣，并毋庸带领豹尾枪。户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万均著在军机大臣上行走。工部侍郎孙毓汶著在军机大臣上学习行走。”
这就组成了以礼亲王世铎为首的新的军机处。因此次变动发生在甲申年，史称“甲申易枢”，或“甲申朝局之变”。
三月十四日（4月9日），慈禧又发一懿旨：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕商办，俟皇帝亲政后再降懿旨。” 这就是说，醇亲王奕成了幕后首席军机大臣。
这一大变动出乎人们意料。奕咸丰十一年（1861年）入主军机处至今已24年。在人们的印象中，他没有功劳，还有苦劳，不至于一撸到底。懿旨公布，列朝愕然。
盛昱尤为始料不及，同时也懊悔不已。因为两相比较，新军机处远不如旧军机处。盛昱感到为慈禧所利用，于是又上一折，内称：“恭亲王才力聪明，举朝无出其右，只以沾染习气，不能自振。李鸿藻昧于知人，暗于料事，唯其愚忠不无可取。国步阽危，人才难得。若廷臣中尚有胜于该二臣者，奴才断不敢妄行渎奏。唯是以礼亲王与恭亲王较，以张之万与李鸿藻较，则弗如远甚。奴才前日劾章请责令戴罪图功，洗心涤虑，将从前过举认真改悔。”
此折慈禧搁置一旁，不予理睬。
三月十九日（4月14日）左庶子盛昱、右庶子锡钧、御史赵尔巽等奏，醇亲王不宜参与军机事务。被慈禧驳回。
慈禧对以奕为首的军机处的撤换是晚清政治史上的一个重大事件，其影响所及十分深远。
醇亲王奕是道光帝的第七子，是奕的异母弟，是光绪帝的本生父，其福晋为慈禧之胞妹。慈禧对这个胞妹“颇亲之” 。爱屋及乌，对奕印象亦颇佳。奕在辛酉政变中功绩卓著，亲自逮捕肃顺。光绪帝继位，他又乖觉地上疏乞罢诸职，词颇悲楚，得以旨准，自是闭门谢客，作出不问政事之姿态。事实上，他同六哥奕的政见长期不合，也一直在关心着政坛的变化。他对外坚持强硬立场，主张对外敌“不能使彼不来，要在虽来而不惧；不能遏彼不战，要在虽战而不虞” 。但他的能力究不如奕。
礼亲王世铎乃平庸之辈，但待人谦恭，“终身无疾言厉色”。他毫无主见，任首席军机后，经常到奕处讨指示，“不以仆仆为苦”。颇好货，“以其取赂细大不蠲”，因此“富甲诸王” 。
新军机处的组成人员，在识见、威望、能力和人品上与原军机处相比，相差甚远。他们是一些不谙国际事务、不熟国内政情的顽固腐败的官僚。真是一蟹不如一蟹。有人认为，这次易枢是“易中枢以驽产，代芦服以柴胡”，是一语中的的。新军机处从某种程度上讲成了任慈禧摆布的装饰品。甲申易枢后，慈禧拥有了不受任何制约的至高无上的权力，清朝更加腐败。有人认为：“枢垣大为调动，时局一大变，然所用者，似非戡乱之人，恐恣意更张，国事日坏。”
其实，对这次易枢慈禧早有盘算。光绪九年五月二十九日（1883年7月3日），慈禧即命醇亲王奕会筹法越事宜。这实质上是恭亲王、醇亲王两派政治势力消长之始，也是罢斥奕全班军机之先声。此时的慈禧在玩弄政治手腕上已是十分娴熟了。
附带一笔。盛昱亦是清流党人。他上奏疏是有背景的。中法战争事起，李鸿章因母去世，回籍守制。清廷命李鸿章之部下淮军将领张树声代理李鸿章的直隶总督。张树声之子张华奎专意结纳清流，向盛昱游说，弹劾枢臣，以博其父声誉，结果盛昱上了此折。
慈禧对清流既纵容，又打击。她完全按照自己的利益来摆布清流。她利用清流盛昱的奏折，削掉了奕的一切权力，达到了独裁的目的。现在，她又反过来抑制并瓦解清流了。因为清流的某些做法触犯了她的权益，“久为西朝所不满” 。
清流宝廷以礼部右侍郎、内阁学士的身份典试福建，路过浙江，见一船妓俏丽多姿，便买为妾，还朝上奏“自劾” 。慈禧借机罢了他的官。
清流陈宝琛以内阁学士被命会办南洋军务。这是慈禧故意刁难他，“欲入以罪” 。恰逢陈宝琛回籍丁艰，暂时躲过此难，但终因保荐徐延续、唐炯被降五级。
清流张佩纶以书生典兵，会办福建军务。中法马尾一战，清福建海军全军覆没，他“身败名裂”。
就这样，清流党也就瓦解了。有人说：“清流毁于甲申。”这是事实。清流是一帮书生，慈禧让他们去带兵打仗，不能说不是别有用心。有人认为这是慈禧耍弄的一个权术，即“美珠箝口” 法。这是有道理的。
甲申年，慈禧个人取得了胜利。罢免了奕，瓦解了清流，可谓一箭双雕。慈禧终于成了一个不受任何约束的拥有绝对权力的太上女皇。这是她梦寐以求的。
光绪十一年（1885年）二月，清军在老将冯子材统率下大败法军于镇南关（今友谊关），“自海通以来，中国与外国战，惟是役大捷” 。慈禧利用军事上的胜利，对法妥协退让，与法签订和约，下令撤军，结束战争。