毫无疑问，对于镰仓幕府来说，如何回复忽必烈的书信是一个难题。这位蒙古大汗的语气似乎比较平和，而且，他想要的是和平，而不是战争。高丽王王禃随附的一封书信也强调，忽必烈的目的是增加国威，而不是要征服日本，臣服只是一个形式而已。
但是，敏感多疑的幕府却已然意识到，忽必烈看似平和的语气下，很可能隐藏着某种威胁，因此，他们不得不仔细斟酌。而幕府之所以如此谨慎，还有一个重要的原因，即他们对蒙古人知之甚少。
看到唐朝日渐衰微之后，日本逐渐对中国失去兴趣，从9世纪末期开始，日本不再往中国派遣唐使。虽然双方继续维持着商业关系，但是，官方往来的停止，意味着日本难以全面了解中国的政治、经济和军事情况。这意味着在与蒙古人的沟通中，日本难以获得足够的主动权。
日本当时的情报来源只有两个：其一是往来南宋与日本之间的商人，其二是往来南宋与日本之间的僧侣。而这些人对蒙古的成见很深，因为蒙古军队的残忍让他们厌恶，蒙古的入侵影响到了他们的生活。
北条家族笃信佛教，尤其欣赏中国的禅宗。比如，北条时赖（1246—1263年执权）就是兰溪道隆（1213—1278年，即大觉禅师）的虔诚信徒。公元1246年，这位禅师从南宋来到日本，并在镰仓修建了建长寺。禅宗提倡的质朴寡欲的生活，恰好符合镰仓武士的作风，而禅僧对戒律的遵从，也为幕府所倡导。
北条时赖和北条时宗十分欣赏的兀庵普宁禅师（1197—1276年），以及无学祖元禅师（1226—1286年，谥号佛光国师），都是蒙古入侵南宋的受害者。而这些禅师肯定会反对蒙古大汗的臣服要求。
南宋的贸易商是另一股反对力量。自日本废止了遣唐使之后，尤其是五代时期，中日之间的贸易往来大为减少。12世纪初，中日之间的商船往来几近绝迹。在南宋之前，中国前往日本的商船，大多以高丽作为中转站，后因高丽内乱频发、政治腐败，勒索抢夺无所不为，中日贸易商的积极性大受打击。
而南宋造船技术的发展，给了两国商人以新的机遇。南宋制造的大型楼船，可以不必借助桨橹之力，就可以直达日本港口。根据南宋周去非所著《岭外代答》，当时的海船舵长数丈，可载几百人，积一年粮食，甚至还能在船上养猪和酿酒。再者，指南针已经在海船上得到应用。
公元1133年8月，从宁波出发的南宋商船第一次抵达日本，由此开启了中日贸易的新纪元。南宋的丝织品、香料、书籍、陶瓷、药材、茶叶等商品，源源不断地运往日本。日本的珍珠、硫磺、水银、沙金等也大批运往南宋。
毫无疑问，蒙古入侵给南宋带来的灾难，影响了中日贸易商的利益，而蒙古人的暴行，会通过往来中日的贸易商传到天皇朝廷以及镰仓幕府。
台湾东吴大学历史学家汪公纪在《日本史话》一书中，以幕府将军实朝为例说明南宋的经济文化对日本的影响。汪公纪写道：
经过将近一百五十年文化经济的交流接触，日本和南宋之间，可以说十分融洽，南宋高度的文风，吸引了日本的知识阶层，幕府三代将军实朝，甚至想过放弃他在镰仓的荣华，而去建造一条大船，到文化大国的南宋去终老。（这件事）说明了当时日本朝野对南宋真挚的盛情。[1]
正是因为这些原因，幕府选择不作回应，同时却在积极备战。正如前面已经提到过的，虽然幕府不知道此举会有什么后果，但是，两百多年前“刀伊入寇”事件的胜利，已经极大增强了日本的自信心。据《剑桥日本史》记载，在1268年的某一天，幕府曾经致信四国岛赞岐市守护：
我们最近得到消息，蒙古人已经变得邪恶，并正准备攻打日本。赶快通知你们的御家人（指的是与将军直接保持主从关系的武士），保证国家防务的安全。[2]
符合情理的设想是，九州岛的守护应该也收到了同样的命令。至于幕府到底是在何时又是从何处得知蒙古准备要攻打日本的消息，至今仍然是待解之谜。总之，这条消息是准确的：蒙古确实在作攻打日本的准备。
《元史》载，至元5年（公元1268年）6月，高丽王王禃派遣使臣崔东秀向蒙古大汗忽必烈汇报，说是准备了一万军队，建造好了一千艘战船。随后，忽必烈还派了一位都统领去作了检查。这位都统领还简单视察了去日本的海道。另外，忽必烈还命令耽罗（今济州岛）建造百艘战船待用。
[1]汪公纪：《日本史话》，广西师范大学出版社，2006年。
[2]The Cambridge History of Japan，Vol.3，Medieval Japan，Edited by Kozo Yamamura，1990.
高丽王是在1268年6月遣使汇报的，此时一千艘战船已经造好了，而根据当时的人力及技术条件，造这么多战船至少也需要半年的时间，也就是说，最迟在1267年年末时，蒙古就有了攻打日本的想法。